genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22321672--22321711	20	2.0	20	85	9	55	20	12	12	55	1.69
22323869--22323918	25	2.0	25	88	7	75	58	0	2	40	1.10
22324966--22325042	40	1.9	39	82	10	93	35	24	18	22	1.96
22332356--22332713	41	8.6	40	77	7	347	22	15	26	35	1.94
22332355--22332717	84	4.4	84	89	1	534	22	15	26	35	1.94
22338810--22338871	30	2.1	30	84	6	81	46	11	8	33	1.69
22341189--22341288	50	2.0	50	100	0	200	22	22	20	36	1.96
22350570--22350729	71	2.3	71	92	0	257	45	15	13	25	1.83
22364069--22364137	31	2.3	31	79	2	77	46	18	5	28	1.72
22364082--22364189	52	2.1	53	83	1	137	46	18	5	29	1.72
22364135--22364266	31	4.3	31	85	0	167	43	15	8	31	1.77
22378971--22379045	37	2.0	37	97	0	141	28	16	34	21	1.94
22386215--22386341	40	3.2	40	62	20	102	35	7	25	32	1.83
22386214--22386373	80	2.0	80	98	0	311	34	6	24	35	1.81
22391155--22391582	215	2.0	216	88	1	635	33	16	21	28	1.95
22392045--22392144	26	3.8	26	81	0	110	34	26	18	22	1.96
22398787--22398973	51	3.7	51	79	5	200	29	27	18	24	1.98
22398785--22398968	101	1.8	101	86	3	271	29	27	17	24	1.98
22407257--22407293	14	2.6	15	83	12	51	59	5	16	18	1.55
22411921--22412003	19	4.1	20	74	16	73	74	2	15	7	1.14
22411921--22412009	13	6.8	13	73	22	55	75	2	15	6	1.11
22411970--22412010	15	2.8	16	82	10	52	73	2	19	4	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22416916--22416960	17	2.7	16	77	12	54	13	17	2	66	1.34
22417015--22417049	12	2.8	12	95	4	61	11	11	0	77	1.00
22417016--22417121	55	1.9	57	82	7	137	8	12	3	75	1.16
22422065--22422129	22	2.9	22	79	2	67	26	32	4	36	1.77
22430789--22430861	23	3.2	23	84	0	92	13	16	28	41	1.87
22430964--22431087	30	4.2	30	72	5	72	19	16	30	33	1.94
22431550--22431589	20	2.0	21	90	5	64	30	2	22	45	1.66
22432940--22433005	30	2.2	29	84	7	80	36	12	21	30	1.90
22433961--22434005	21	2.1	21	84	8	56	66	6	4	22	1.33
22434204--22434290	8	10.8	8	71	22	58	68	1	12	17	1.26
22434184--22434306	65	1.9	65	96	0	228	67	2	14	15	1.34
22434201--22434282	12	6.4	12	71	20	60	69	1	12	17	1.25
22434198--22434290	16	5.8	15	70	25	66	68	1	11	18	1.25
22435520--22435562	14	3.4	14	70	29	51	4	0	41	53	1.21
22435517--22435595	23	3.4	23	94	0	140	5	1	37	55	1.30
22436014--22436238	44	5.1	44	81	1	243	31	19	16	33	1.94
22436749--22436799	25	2.0	25	96	0	93	23	13	13	49	1.78
22441627--22441683	20	3.0	20	75	14	66	73	3	3	19	1.12
22443056--22443101	23	2.0	23	100	0	92	4	8	34	52	1.52
22452406--22452442	18	2.1	18	94	0	65	40	8	27	24	1.83
22457657--22457682	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
22460782--22460809	6	4.7	6	100	0	56	17	32	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22460960--22461202	135	1.8	134	94	0	432	27	18	14	38	1.90
22461605--22461630	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
22461687--22461743	29	1.9	30	82	10	73	42	0	3	54	1.17
22461828--22461895	15	4.4	15	71	16	50	51	1	1	45	1.19
22466714--22466765	21	2.4	21	80	3	59	21	11	25	42	1.86
22481837--22481897	21	2.9	21	92	0	104	18	27	14	39	1.90
22484650--22484694	21	2.1	22	84	12	58	22	15	13	48	1.79
22488215--22488244	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
22496572--22496659	44	2.0	43	88	2	131	23	23	2	50	1.61
22505522--22505579	17	3.4	17	100	0	116	22	29	17	31	1.96
22505884--22505986	51	2.1	50	81	3	118	30	9	12	47	1.73
22510731--22510787	12	4.9	11	76	18	53	45	5	0	49	1.24
22510722--22510810	35	2.5	35	81	3	117	42	5	1	50	1.33
22510743--22510954	58	3.8	57	87	7	305	41	4	0	53	1.24
22510784--22510956	50	3.3	50	88	6	229	41	4	0	53	1.24
22510836--22510956	25	4.9	23	70	22	77	42	3	0	54	1.16
22511326--22511381	27	2.1	27	89	0	85	37	42	1	17	1.60
22511281--22511374	35	2.7	36	73	12	97	39	43	1	15	1.54
22511351--22511516	74	2.1	74	82	7	188	46	25	1	27	1.60
22511598--22511630	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
22512027--22512385	41	8.7	41	83	6	406	30	26	20	22	1.98
22512027--22512386	123	2.9	122	84	2	461	30	26	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22512027--22512386	82	4.4	82	85	2	454	30	26	20	22	1.98
22519669--22519722	19	2.9	18	83	10	74	74	1	18	5	1.11
22519667--22519721	24	2.3	24	84	6	76	74	1	18	5	1.10
22519670--22519724	6	9.0	6	80	11	51	74	1	18	5	1.10
22521885--22521924	20	2.0	20	90	0	62	22	22	22	32	1.98
22529624--22529656	14	2.4	14	100	0	66	42	18	0	39	1.50
22531046--22531093	22	2.2	22	85	3	62	35	0	2	62	1.07
22534636--22534762	37	3.4	36	80	6	123	33	13	15	37	1.87
22534664--22534778	37	3.1	37	80	6	110	30	13	19	36	1.91
22536174--22536258	41	2.1	40	86	4	118	51	1	31	15	1.51
22536313--22536360	22	2.2	22	85	7	62	50	2	0	47	1.12
22536302--22536385	39	2.2	39	81	10	102	51	3	0	45	1.18
22540623--22541145	126	4.2	126	90	1	773	28	16	16	38	1.91
22541244--22541328	34	2.4	35	92	3	145	47	15	0	37	1.46
22541308--22541367	28	2.2	28	93	3	104	40	16	0	43	1.48
22541308--22541384	28	2.8	28	86	3	95	41	16	0	41	1.49
22554122--22554203	41	2.0	41	100	0	164	19	26	4	48	1.69
22558336--22558386	10	4.8	10	80	20	50	37	0	7	54	1.29
22563280--22563440	41	3.8	42	76	10	132	31	26	19	22	1.98
22566172--22566358	41	4.6	41	86	1	241	20	26	16	36	1.93
22566168--22566358	81	2.3	81	83	2	222	20	27	15	36	1.93
22573020--22573078	18	3.3	18	85	0	82	72	6	15	5	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22573016--22573108	6	15.3	6	70	5	62	72	4	18	5	1.21
22573108--22573142	18	1.9	18	88	0	52	57	0	20	22	1.41
22580374--22580518	27	5.4	27	84	1	166	42	22	17	17	1.90
22580387--22580518	53	2.5	53	83	2	174	40	22	18	18	1.91
22587565--22587746	91	2.0	91	86	0	256	43	15	23	18	1.87
22589223--22590408	590	2.0	587	99	0	2327	29	11	20	37	1.88
22596603--22596791	29	6.6	29	75	7	145	36	11	28	23	1.90
22596655--22596829	87	2.0	87	88	0	260	36	11	29	23	1.90
22596686--22596877	29	6.6	29	76	8	158	36	11	29	22	1.90
22596657--22596877	87	2.5	87	83	4	259	37	11	28	23	1.89
22602415--22602559	45	3.2	45	99	0	281	26	21	15	37	1.93
22608734--22608921	45	4.2	45	95	0	331	25	20	15	38	1.92
22609433--22609536	44	2.4	43	74	6	102	30	19	24	25	1.98
22609657--22609861	46	4.5	46	92	0	329	33	27	15	23	1.95
22610820--22611169	107	3.3	103	86	5	504	48	8	17	25	1.76
22611502--22611578	1	77.0	1	71	0	55	0	6	7	85	0.73
22611490--22611535	12	3.9	12	85	5	67	0	17	0	82	0.67
22611489--22611565	7	10.6	7	81	13	66	0	10	5	84	0.77
22611488--22611578	21	4.4	20	77	15	78	0	9	6	83	0.81
22611489--22611575	16	5.3	16	81	14	81	0	9	6	83	0.80
22611513--22611579	12	5.4	12	82	12	64	0	4	10	85	0.74
22611489--22611576	30	2.9	30	80	14	51	0	9	6	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22611525--22611577	24	2.2	25	86	3	72	0	1	11	86	0.64
22615932--22615957	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
22619419--22619468	26	1.9	26	100	0	100	42	8	14	36	1.74
22620389--22620427	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22620628--22620821	50	3.8	50	80	6	201	23	29	22	25	1.99
22628191--22628327	50	2.7	50	86	2	186	20	27	24	27	1.99
22655115--22655369	43	6.0	43	79	6	268	32	24	16	26	1.96
22656475--22656514	17	2.2	20	86	13	59	32	32	2	32	1.71
22658439--22658564	40	3.1	41	80	8	150	23	18	21	37	1.94
22658613--22658896	138	2.1	138	87	3	405	41	6	4	47	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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