genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28081365--28081550	87	2.2	86	89	1	273	18	17	32	31	1.94
28081711--28081797	42	2.0	42	82	10	106	50	0	1	48	1.08
28081888--28081922	12	2.9	12	100	0	70	60	5	0	34	1.21
28089540--28089582	16	2.7	16	82	10	52	65	0	9	25	1.22
28093688--28093744	27	2.1	27	100	0	114	31	19	24	24	1.98
28113485--28113534	26	1.9	26	100	0	100	12	28	16	44	1.83
28115175--28115251	24	3.3	24	75	12	72	24	32	11	31	1.91
28119842--28119978	40	3.5	40	79	8	156	36	25	18	19	1.94
28120011--28120115	41	2.6	41	92	0	174	17	18	30	34	1.93
28120487--28120620	7	18.9	7	73	10	76	19	0	34	46	1.50
28121215--28121246	13	2.3	15	89	10	50	43	0	0	56	0.99
28125894--28126101	43	4.8	43	88	3	267	21	16	32	28	1.96
28127818--28127889	16	4.4	16	77	10	65	44	20	9	25	1.82
28128816--28128856	18	2.3	17	84	12	55	65	9	4	19	1.40
28138359--28138423	25	2.6	26	79	15	75	63	4	4	27	1.34
28138431--28138490	15	4.0	15	78	6	68	56	1	3	38	1.26
28138414--28138552	49	2.9	48	76	6	120	54	5	4	35	1.42
28138581--28138640	12	5.1	12	78	9	70	65	1	1	31	1.13
28138581--28138637	24	2.4	24	88	5	80	64	1	1	31	1.13
28150599--28150698	46	2.2	44	81	11	114	34	25	17	24	1.96
28150704--28150887	50	3.7	50	80	5	192	30	27	17	24	1.97
28150704--28150884	100	1.8	100	87	3	274	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28154470--28154576	33	3.2	33	91	0	169	39	34	12	14	1.83
28156481--28156590	53	2.1	54	85	1	150	25	23	11	39	1.89
28157575--28157613	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
28157725--28157764	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
28157960--28158119	41	3.9	41	94	0	275	28	23	20	27	1.99
28158632--28158688	2	28.5	2	100	0	114	50	49	0	0	1.00
28167669--28167853	46	4.0	46	92	0	307	29	29	8	33	1.86
28169084--28169125	17	2.6	16	85	7	57	52	23	0	23	1.47
28170166--28170199	17	2.0	17	94	0	59	11	55	17	14	1.68
28171147--28171238	40	2.3	39	83	12	116	32	10	6	50	1.63
28180876--28180902	7	3.9	7	100	0	54	14	25	0	59	1.36
28181004--28181028	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
28182077--28182167	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
28182312--28182366	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
28182318--28182366	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
28182219--28182702	156	3.1	156	97	0	914	43	3	6	46	1.46
28182488--28182522	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28182256--28182820	156	3.8	147	91	5	749	44	3	5	46	1.43
28182570--28182782	67	3.1	67	65	16	168	46	3	3	46	1.37
28182644--28182678	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28182582--28182860	137	2.0	135	82	6	339	45	5	3	45	1.43
28185679--28185800	57	2.1	57	98	0	235	31	23	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189462--28189527	27	2.4	27	92	2	105	53	12	4	30	1.58
28210991--28211250	36	7.4	36	74	8	221	23	18	22	35	1.96
28210982--28211291	70	4.4	70	88	0	442	23	19	23	34	1.97
28217168--28217198	13	2.4	13	94	0	53	25	0	0	74	0.82
28219961--28220056	11	9.0	11	73	14	76	23	30	2	43	1.65
28219973--28220072	51	2.0	51	90	4	157	26	27	1	46	1.60
28220070--28220126	29	2.0	30	82	6	73	36	0	3	59	1.14
28221216--28221261	14	3.3	14	82	14	51	28	0	13	58	1.35
28221903--28221945	18	2.4	18	80	0	50	20	23	6	48	1.73
28222201--28222245	21	2.1	21	83	0	54	28	42	26	2	1.67
28223295--28223963	230	3.0	228	90	6	1006	43	18	2	35	1.63
28223612--28223939	102	3.3	94	69	19	259	42	15	2	39	1.62
28223788--28223823	18	1.9	19	94	5	65	50	36	0	13	1.43
28227393--28227426	18	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15
28229437--28229467	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28235737--28235771	17	2.1	17	100	0	70	31	22	5	40	1.78
28239921--28240068	75	2.0	74	87	1	215	27	14	16	40	1.88
28242529--28242685	78	2.0	78	90	2	244	36	21	12	29	1.90
28249707--28249958	124	2.0	127	87	3	368	28	15	13	42	1.85
28262405--28262459	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
28263321--28263357	20	1.9	18	89	10	56	40	0	5	54	1.24
28267891--28267935	15	2.9	15	76	3	54	35	24	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28267892--28267941	16	3.2	16	77	2	57	34	24	20	22	1.97
28270334--28270533	27	7.4	26	84	5	202	19	19	20	41	1.91
28270335--28270533	54	3.7	54	84	1	256	19	19	19	41	1.91
28270335--28270534	81	2.5	81	87	3	287	19	19	19	41	1.91
28284433--28284610	51	3.5	51	77	1	178	24	17	27	30	1.97
28284443--28284568	50	2.5	51	85	1	164	23	18	26	30	1.97
28292634--28292694	27	2.3	27	100	0	122	36	11	9	42	1.74
28293075--28293108	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
28297039--28297083	17	2.6	17	96	0	81	22	51	13	13	1.75
28303733--28303908	27	6.5	27	84	3	194	42	21	18	17	1.89
28310706--28310896	50	3.7	50	78	5	168	28	19	27	24	1.99
28318164--28318356	50	3.7	50	81	4	206	26	22	27	23	1.99
28321863--28321900	20	1.9	20	100	0	76	21	26	5	47	1.71
28326467--28326892	107	4.0	106	88	3	599	36	17	14	30	1.90
28326467--28326892	215	2.0	211	87	4	613	36	17	14	30	1.90
28326871--28326908	19	2.1	19	85	14	53	34	13	5	47	1.65
28328901--28329361	44	10.7	44	72	11	355	24	21	22	31	1.98
28328906--28329361	85	5.3	85	73	10	318	24	21	22	31	1.98
28328855--28329366	129	4.0	129	90	1	801	25	21	22	31	1.98
28329367--28329556	45	4.2	45	91	0	263	27	24	16	30	1.97
28341134--28341563	108	4.0	108	88	1	611	36	18	14	30	1.91
28341690--28341767	24	3.3	23	72	21	63	67	5	6	20	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28354292--28354597	44	7.1	43	71	10	185	32	21	19	27	1.97
28354280--28354661	129	3.0	129	88	3	538	31	21	19	26	1.97
28354548--28354707	85	1.9	85	83	10	211	29	21	20	28	1.98
28360580--28360652	25	2.9	25	82	13	96	20	24	16	38	1.93
28360581--28360665	25	3.5	23	76	12	80	22	24	17	35	1.95
28360705--28360804	50	2.0	50	98	0	191	30	27	13	30	1.93
28366549--28366625	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
28366565--28366604	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28366553--28366619	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28366588--28366627	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
28372170--28372228	21	2.8	21	81	2	55	61	0	0	38	0.96
28372181--28372228	22	2.1	22	84	3	60	64	0	0	35	0.94
28377905--28377996	38	2.4	39	90	5	143	34	8	9	46	1.68
28377905--28378011	38	2.8	36	81	13	117	34	8	11	45	1.70
28386016--28386114	49	2.0	49	100	0	198	43	14	10	32	1.78
28392868--28392976	52	2.1	52	91	3	175	33	12	16	37	1.87
28409969--28410020	23	2.3	23	82	0	59	23	7	25	44	1.79
28437984--28438038	25	2.2	24	82	17	69	60	1	3	34	1.25
28438688--28438751	30	2.1	32	82	5	78	50	10	6	32	1.63
28450568--28450639	38	1.9	37	83	10	94	6	25	2	65	1.31
28452152--28452195	21	2.1	21	91	0	70	18	18	36	27	1.94
28467514--28467671	75	2.1	75	80	6	169	48	12	12	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28480244--28480474	27	8.6	27	84	0	239	35	19	20	24	1.95
28480722--28480835	32	3.6	32	84	4	133	21	19	22	35	1.96
28480914--28480977	22	2.9	21	76	4	65	17	21	15	45	1.85
28492789--28492854	27	2.3	29	84	15	100	50	0	33	16	1.46
28492798--28492853	27	2.1	27	100	0	112	48	0	33	17	1.48
28503064--28503123	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
28507964--28508008	22	2.0	22	100	0	90	48	13	0	37	1.42
28509450--28509491	22	1.9	22	90	0	66	64	0	23	11	1.27
28512065--28512420	41	8.7	41	76	8	323	24	21	22	31	1.98
28512065--28512407	122	2.8	122	77	9	354	24	20	22	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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