genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20836087--20836420	177	1.9	177	82	0	425	28	23	23	23	1.99
20836436--20836815	131	2.9	131	91	1	591	29	21	22	26	1.99
20836452--20836766	44	7.2	44	64	11	117	28	20	23	26	1.99
20840280--20840317	19	2.0	19	90	10	60	65	0	5	28	1.14
20842092--20842230	75	1.9	74	84	4	190	50	7	10	31	1.65
20844375--20844518	53	2.7	53	74	7	139	28	21	18	31	1.96
20844547--20844668	56	2.1	57	86	3	174	34	25	17	22	1.96
20845269--20845318	26	1.9	26	91	0	82	32	16	10	42	1.81
20845274--20845318	13	3.5	13	79	11	56	33	15	8	42	1.78
20848571--20848713	63	2.3	63	86	2	189	27	25	19	27	1.99
20849259--20849305	20	2.3	20	78	7	60	68	0	25	6	1.13
20851088--20851130	20	2.1	21	82	4	52	69	2	0	27	1.00
20853296--20853335	18	2.3	18	83	8	57	30	0	0	70	0.88
20856619--20856726	17	6.4	17	68	4	65	45	17	8	28	1.77
20856619--20856718	51	2.0	51	85	0	137	47	17	8	28	1.75
20873004--20873055	21	2.4	21	84	9	61	40	0	1	57	1.10
20873004--20873059	22	2.6	21	86	8	69	41	0	1	57	1.09
20873468--20873508	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
20884690--20884785	45	2.2	45	81	12	110	41	8	20	29	1.81
20888557--20888581	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
20889497--20889536	21	1.9	21	89	0	62	27	37	20	15	1.92
20889496--20889542	21	2.2	20	82	10	58	27	38	17	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20890027--20890194	91	1.9	91	88	3	259	57	7	7	26	1.54
20895680--20895722	18	2.4	18	92	0	68	67	0	2	30	1.03
20896312--20896353	18	2.3	18	84	12	50	26	0	2	71	0.98
20906637--20907168	266	2.0	266	94	0	938	32	19	15	31	1.94
20911946--20912031	45	1.9	45	87	0	127	23	22	12	41	1.88
20913869--20913907	21	1.9	20	84	5	51	43	5	7	43	1.55
20914093--20914134	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
20914093--20914131	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
20916276--20916362	27	3.3	27	79	7	97	21	19	20	37	1.94
20916290--20916362	27	2.7	28	85	8	98	23	16	23	36	1.94
20917733--20917782	24	2.1	24	85	3	66	16	44	4	36	1.66
20924091--20924133	23	2.0	22	83	16	56	53	6	0	39	1.28
20932341--20932407	20	3.5	20	64	15	59	26	17	20	34	1.96
20932329--20932406	38	2.1	38	100	0	156	29	17	17	34	1.94
20936174--20936271	33	3.0	33	80	0	124	45	18	20	15	1.85
20939630--20939676	19	2.5	20	76	20	55	57	2	34	6	1.36
20939636--20939671	18	1.9	19	88	5	56	61	2	33	2	1.25
20941315--20941339	11	2.3	11	100	0	50	16	8	36	40	1.77
20942399--20942440	21	2.0	21	95	0	75	40	0	21	38	1.53
20946387--20946517	51	2.6	51	81	2	147	25	19	25	29	1.98
20946332--20946517	102	1.8	101	86	3	266	25	18	25	29	1.98
20947142--20947175	17	2.1	16	88	5	50	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20957988--20958022	7	5.0	7	92	0	61	31	0	54	14	1.40
20963502--20963535	17	2.0	17	88	0	50	26	11	8	52	1.67
20974892--20974998	53	2.0	53	98	0	205	31	23	16	28	1.96
20975177--20975208	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
20975338--20975430	46	2.1	43	82	9	107	32	21	18	27	1.97
20975436--20975624	51	3.7	50	80	8	222	30	26	17	24	1.97
20975434--20975618	101	1.8	102	90	3	302	30	25	18	24	1.98
20975431--20975652	101	2.2	103	82	6	274	30	27	16	25	1.97
20994588--20994715	66	1.9	66	88	3	195	25	22	21	30	1.99
20998031--20998059	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
21029343--21029519	33	5.4	33	79	0	165	18	23	14	43	1.87
21029343--21029517	66	2.7	66	80	1	208	18	24	14	43	1.87
21031115--21031406	50	5.9	50	75	4	216	22	28	20	28	1.98
21031163--21031405	100	2.4	100	80	1	254	22	29	20	28	1.98
21038035--21038276	50	4.8	50	82	6	247	21	28	21	28	1.99
21038035--21038268	100	2.3	98	83	5	274	21	27	22	28	1.99
21058093--21058133	16	2.6	15	84	7	55	43	0	2	53	1.13
21058591--21058677	41	2.1	41	82	0	102	16	44	18	20	1.86
21062179--21062264	28	3.2	27	80	4	95	37	18	16	27	1.92
21065441--21065479	20	2.0	20	94	0	69	51	5	7	35	1.53
21077660--21077715	4	14.0	4	100	0	112	50	25	0	25	1.50
21088070--21088125	27	2.1	27	83	12	71	51	3	1	42	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21088059--21088124	20	3.3	20	81	8	73	53	4	1	40	1.31
21088940--21088972	15	2.3	15	89	5	50	27	0	0	72	0.85
21091685--21091947	45	5.8	45	76	7	185	41	15	20	22	1.90
21091870--21091992	46	2.7	45	85	1	156	43	15	24	17	1.87
21091840--21091992	45	3.4	45	81	5	166	42	16	24	16	1.88
21095068--21095096	15	1.9	15	100	0	58	55	13	10	20	1.68
21105594--21105731	41	3.4	40	83	2	159	19	16	24	39	1.92
21108612--21108648	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
21111269--21111311	21	2.0	21	90	0	68	23	18	27	30	1.98
21112412--21112490	3	28.0	3	75	12	69	2	31	0	65	1.06
21112415--21112449	8	4.2	8	85	7	52	0	34	0	65	0.93
21112412--21112490	11	7.1	11	75	13	72	2	31	0	65	1.06
21112406--21112490	14	6.1	14	72	13	68	3	31	0	64	1.10
21112406--21112471	25	2.6	25	83	4	80	4	31	0	63	1.14
21125631--21125688	24	2.4	24	82	0	62	34	3	1	60	1.24
21125882--21126023	59	2.4	59	78	11	162	49	11	14	23	1.77
21145266--21145312	22	2.1	23	84	11	62	65	6	2	25	1.27
21152169--21152202	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
21152829--21152862	17	1.9	18	94	5	61	52	14	2	29	1.56
21158700--21158759	30	2.0	30	83	0	75	15	28	30	26	1.96
21160524--21160722	85	2.4	85	84	5	237	45	11	12	31	1.77
21161327--21161364	20	1.9	20	94	0	67	50	5	5	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21161331--21161380	20	2.5	20	83	0	55	52	6	8	34	1.55
21161554--21161642	32	2.6	34	91	8	137	52	0	12	34	1.39
21161583--21161642	19	3.2	19	80	4	86	50	0	11	38	1.39
21162197--21162248	27	1.9	27	92	0	86	13	32	21	32	1.92
21162293--21162366	27	2.7	26	89	8	112	44	0	10	44	1.39
21162601--21162633	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
21165287--21165342	29	1.9	29	92	0	94	32	12	8	46	1.73
21166723--21166747	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21167533--21167570	19	2.0	20	85	15	53	28	13	0	57	1.36
21172194--21172437	50	4.9	50	83	2	249	23	28	20	27	1.99
21172243--21172437	50	3.9	50	87	2	257	22	30	20	26	1.98
21172193--21172490	50	5.9	50	80	6	217	24	27	18	28	1.98
21180225--21180770	44	12.4	44	78	0	471	31	17	21	29	1.96
21180223--21180697	177	2.7	177	87	0	646	32	17	21	29	1.96
21180260--21180767	177	2.9	177	84	1	536	31	18	21	29	1.97
21180975--21181010	16	2.1	18	90	10	58	77	16	2	2	1.00
21182159--21182223	3	21.0	3	72	12	51	29	7	1	61	1.33
21185672--21185714	19	2.3	18	80	11	52	67	4	0	27	1.10
21187958--21188000	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
21190636--21190748	54	2.1	54	94	0	199	26	12	12	48	1.76
21190640--21190735	30	3.4	29	67	21	78	27	11	14	46	1.79
21195237--21195339	54	1.9	53	82	7	127	40	4	2	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21200290--21200314	9	2.8	9	100	0	50	48	0	12	40	1.40
21201610--21201742	50	2.7	50	84	0	167	27	22	29	21	1.99
21208560--21208604	22	2.0	22	100	0	90	40	13	17	28	1.88
21221634--21221683	22	2.2	22	85	3	73	24	0	24	52	1.48
21227969--21228009	20	2.0	20	100	0	82	9	29	24	36	1.87
21234225--21234272	16	3.1	16	91	5	73	58	0	31	10	1.32
21241219--21241655	51	8.6	50	80	6	436	29	25	15	29	1.96
21241210--21241655	102	4.4	102	89	2	621	29	25	15	29	1.96
21242809--21242841	11	2.8	12	90	9	50	36	15	12	36	1.84
21249002--21250097	551	2.0	551	92	0	1836	43	20	10	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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