genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28879322--28879442	56	2.2	56	89	0	188	19	14	27	38	1.90
28879335--28879426	29	3.2	29	67	11	82	18	14	27	40	1.89
28880551--28880581	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
28882588--28882620	17	1.9	17	93	0	57	33	27	18	21	1.96
28887168--28887237	27	2.6	27	100	0	140	22	11	27	38	1.89
28887160--28887253	9	10.4	9	90	0	125	24	8	24	42	1.82
28887416--28887440	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
28888831--28888959	11	12.4	11	75	14	105	37	2	0	60	1.10
28888812--28888915	40	2.6	40	90	4	158	34	0	0	64	1.00
28888831--28888968	51	2.7	51	93	2	233	36	2	0	61	1.08
28888942--28888981	21	1.9	21	85	10	55	35	2	0	62	1.09
28888941--28888995	22	2.5	20	80	13	56	36	1	3	58	1.26
28889517--28889541	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28890789--28890884	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
28891452--28891511	10	5.8	10	74	14	59	66	13	18	1	1.32
28891445--28891514	20	3.4	20	85	14	106	70	11	17	1	1.24
28900307--28900349	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
28900457--28900523	9	7.4	9	88	6	82	25	7	23	43	1.80
28900457--28900524	27	2.5	27	87	0	100	25	7	23	44	1.79
28902670--28902801	41	3.2	40	78	8	140	25	27	12	34	1.92
28911864--28911892	13	2.3	13	94	5	51	41	0	13	44	1.44
28912553--28912648	26	3.7	26	83	4	113	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28916119--28916297	27	6.6	27	72	9	78	20	16	35	27	1.94
28916213--28916301	27	3.3	27	83	9	110	20	19	37	23	1.94
28928116--28928154	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
28934296--28934465	84	2.0	83	87	1	241	20	21	25	33	1.97
28937538--28937563	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
28940139--28940169	12	2.6	12	94	0	53	29	45	19	6	1.75
28940151--28940238	42	2.1	43	89	8	137	22	22	31	22	1.98
28940151--28940259	42	2.6	41	82	8	130	21	22	33	23	1.98
28969943--28969989	25	1.9	24	83	12	60	57	2	29	10	1.44
28972966--28973111	48	3.0	49	83	11	178	23	28	21	26	1.99
28979724--28979901	96	1.9	96	86	0	257	24	30	20	24	1.99
28979715--28979907	48	4.0	48	82	5	228	23	29	21	25	1.99
28986559--28986613	22	2.5	22	94	2	94	41	3	20	34	1.69
28993661--28993695	17	2.0	18	88	5	54	28	5	2	62	1.32
29004441--29004491	18	2.8	18	82	8	59	58	3	0	37	1.16
29004590--29004631	17	2.5	16	85	11	57	19	4	0	76	0.96
29009301--29009342	22	2.0	21	85	4	57	35	26	0	38	1.57
29010283--29010312	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
29010481--29010532	27	2.0	26	81	11	61	55	7	3	32	1.46
29013259--29013308	16	3.1	16	94	0	82	30	0	36	34	1.58
29013289--29013398	45	2.6	43	80	12	131	34	5	28	31	1.80
29013533--29013574	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29013553--29013768	89	2.4	88	83	9	260	50	5	3	41	1.42
29013644--29013689	15	3.1	15	81	9	51	47	4	0	47	1.21
29013590--29013772	89	2.1	89	91	4	298	49	6	3	40	1.45
29026017--29026483	102	4.6	102	90	0	700	18	20	28	31	1.97
29026017--29026483	205	2.3	204	89	0	700	18	20	28	31	1.97
29033722--29033899	75	2.4	75	89	4	277	20	19	28	32	1.97
29033797--29034050	102	2.5	103	92	1	420	19	19	29	31	1.96
29045257--29045312	28	2.0	28	82	6	69	51	10	8	28	1.66
29056676--29056744	29	2.4	29	76	11	70	31	17	18	31	1.94
29056736--29056795	22	2.7	22	92	0	93	31	16	21	30	1.96
29077800--29077830	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
29079857--29079943	26	3.3	26	85	0	111	26	26	19	27	1.99
29085685--29085742	20	2.9	20	81	0	71	6	25	22	44	1.77
29086687--29086738	20	2.5	20	84	6	59	28	9	15	46	1.77
29086701--29086751	20	2.5	20	93	3	84	21	9	17	50	1.74
29090843--29090884	20	2.1	20	90	0	66	40	16	28	14	1.88
29091867--29091924	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
29092136--29092167	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
29092262--29092503	50	4.7	50	86	3	286	27	23	28	20	1.99
29092266--29092511	100	2.4	104	86	5	347	26	23	28	21	1.99
29099517--29099574	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
29099912--29100153	50	4.7	50	86	3	286	27	23	28	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29099912--29100161	100	2.4	103	87	5	353	26	23	28	20	1.99
29102522--29102641	25	4.8	24	82	6	141	28	15	24	32	1.95
29102517--29102641	50	2.5	49	85	5	169	28	14	24	33	1.94
29103761--29103790	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
29104617--29104771	41	3.8	40	86	1	193	34	14	30	20	1.92
29104701--29104765	20	3.2	20	64	12	51	33	13	33	18	1.90
29104592--29104771	82	2.2	81	82	3	220	33	14	31	20	1.93
29111644--29112018	27	14.0	27	76	10	261	42	22	18	16	1.88
29111659--29112018	53	6.7	54	77	8	322	43	21	18	16	1.88
29129987--29130421	27	16.1	27	81	5	393	42	20	20	17	1.90
29135126--29135168	23	1.9	22	81	13	52	27	20	4	46	1.71
29140212--29140241	15	2.0	15	93	0	51	33	10	16	40	1.82
29147880--29147918	18	2.2	18	90	0	69	87	0	10	2	0.65
29147883--29147917	18	1.9	18	100	0	70	85	0	11	2	0.69
29150534--29150631	29	3.4	29	81	4	92	26	26	10	36	1.88
29159445--29159682	51	4.7	51	80	2	253	31	27	15	26	1.96
29159434--29159684	102	2.5	102	86	0	331	31	27	15	26	1.96
29169789--29169883	26	3.7	26	91	0	145	24	29	25	21	1.99
29172477--29172518	18	2.3	18	80	8	50	40	4	9	45	1.58
29177279--29177320	18	2.3	18	80	8	50	40	4	9	45	1.58
29180749--29180910	81	2.0	81	95	0	288	33	12	21	32	1.91
29187814--29187844	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29188511--29188555	15	2.9	16	81	12	58	44	0	2	53	1.13
29190333--29190391	23	2.6	23	80	0	64	44	28	10	16	1.81
29190333--29190403	23	3.1	22	76	11	63	45	26	11	16	1.82
29190359--29190410	23	2.3	23	80	6	61	46	25	11	17	1.81
29195008--29195036	12	2.4	12	100	0	58	55	6	17	20	1.65
29195319--29195426	53	2.0	53	94	0	189	32	7	21	38	1.81
29197608--29198160	139	4.1	138	86	6	804	41	7	4	46	1.53
29197608--29198160	267	2.0	273	87	5	800	41	7	4	46	1.53
29215068--29215186	27	4.4	27	82	2	141	43	17	18	20	1.88
29215068--29215186	54	2.2	54	86	3	159	43	17	18	20	1.88
29215337--29215410	26	2.8	26	81	0	85	14	22	21	40	1.90
29215369--29215418	26	1.9	26	83	0	64	16	20	22	42	1.89
29216909--29217015	22	4.9	22	87	0	142	31	14	26	27	1.95
29225997--29226042	24	1.9	24	86	0	65	32	19	23	23	1.97
29228867--29229256	27	14.4	27	80	6	398	42	20	16	20	1.90
29228925--29229258	54	6.2	54	86	3	449	41	20	17	20	1.90
29228867--29229258	81	4.8	81	84	4	468	41	20	17	20	1.90
29229461--29229515	26	2.1	26	100	0	110	21	21	21	34	1.97
29229622--29229733	28	4.0	29	73	10	97	26	21	20	31	1.98
29229628--29229734	56	1.9	56	82	3	135	27	21	20	30	1.98
29231018--29231047	16	1.9	15	93	6	51	46	13	10	30	1.75
29233510--29233605	50	1.9	49	83	10	124	39	16	17	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29233685--29233782	46	2.1	46	92	0	160	31	15	14	38	1.87
29237844--29237896	19	2.6	21	80	20	67	37	3	3	54	1.36
29237859--29237897	20	2.0	20	95	5	71	35	5	5	53	1.45
29248963--29249009	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
29250443--29250486	23	1.9	23	86	9	63	31	9	25	34	1.87
29251154--29251254	41	2.5	41	95	0	184	28	19	27	23	1.99
29251220--29251288	34	2.0	34	91	0	111	30	23	28	17	1.97
29253406--29254005	44	13.8	44	69	8	298	28	20	24	26	1.99
29253234--29253609	171	2.2	172	90	1	585	29	19	23	27	1.98
29253621--29253909	132	2.2	131	91	0	452	27	20	26	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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