genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512101--28512405	163	1.9	164	83	6	404	24	20	22	32	1.98
28512435--28512472	20	2.0	18	90	10	58	26	2	7	63	1.35
28512805--28512837	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
28513623--28513672	25	2.0	25	84	0	64	40	2	12	46	1.52
28517345--28517388	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
28519575--28519621	19	2.5	19	86	6	60	25	21	10	42	1.85
28519763--28519796	12	2.8	12	81	0	50	44	23	23	8	1.81
28522075--28522118	16	2.7	15	83	13	52	86	6	4	2	0.77
28522076--28522151	20	3.9	18	77	17	64	84	2	11	1	0.79
28522076--28522152	13	6.0	12	78	11	64	83	2	12	1	0.82
28522095--28522151	26	2.2	26	84	6	71	82	0	15	1	0.75
28523651--28523977	46	7.1	46	87	1	458	25	14	26	33	1.94
28523652--28523977	92	3.5	92	90	0	510	24	14	26	34	1.94
28524501--28524586	44	2.0	44	83	0	109	30	20	20	27	1.98
28527002--28527046	19	2.3	19	85	11	56	44	0	2	53	1.13
28527108--28527254	12	13.6	11	71	21	64	48	15	0	35	1.51
28527106--28527177	21	3.3	21	76	16	74	50	15	0	34	1.44
28527129--28527195	23	2.9	23	78	8	73	49	10	1	38	1.46
28527052--28527254	96	2.1	95	94	1	352	48	15	0	34	1.49
28527056--28527464	50	7.9	49	70	19	233	47	18	1	33	1.57
28527078--28527271	32	6.2	32	68	22	117	47	16	0	35	1.51
28527271--28527616	9	40.9	9	66	21	119	44	19	2	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28527271--28527381	25	4.4	25	73	8	100	45	23	1	28	1.63
28527432--28527474	12	4.0	11	80	14	54	46	11	0	41	1.40
28527152--28527602	220	2.1	218	91	2	733	45	19	1	33	1.60
28527491--28527603	25	4.5	25	84	0	145	46	20	1	31	1.61
28527491--28527613	50	2.4	50	87	2	174	44	21	2	31	1.65
28533037--28533200	66	2.5	66	81	5	181	42	16	26	14	1.87
28533188--28533247	21	2.9	21	87	0	84	31	11	48	8	1.69
28533575--28533902	43	7.6	43	80	2	257	23	20	29	26	1.99
28533575--28533916	129	2.6	128	74	6	332	22	20	29	27	1.99
28533994--28534036	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
28553191--28553222	15	2.1	15	100	0	64	28	6	6	59	1.46
28554941--28554974	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
28555362--28555507	77	1.9	77	89	0	229	42	10	20	26	1.84
28558322--28558350	15	1.9	15	100	0	58	48	27	13	10	1.75
28575618--28575680	22	2.9	23	84	13	71	22	25	15	36	1.94
28582710--28582905	51	3.9	50	76	4	205	31	28	17	22	1.97
28582716--28582897	101	1.8	99	86	5	258	32	28	16	22	1.96
28586990--28587029	20	2.1	19	85	4	53	37	22	30	10	1.87
28592550--28592606	20	2.8	21	84	10	82	38	24	28	8	1.85
28602755--28602825	25	2.8	25	95	0	124	32	16	21	29	1.95
28607509--28607554	23	1.9	24	86	8	67	36	2	10	50	1.50
28609955--28609983	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28622221--28622260	20	2.0	20	90	9	64	55	7	22	15	1.65
28629452--28629644	50	3.7	51	78	8	176	24	20	30	23	1.99
28643115--28643149	16	2.2	16	94	0	61	37	31	0	31	1.58
28651061--28651103	20	2.1	21	83	12	54	58	0	34	6	1.25
28651413--28651475	33	1.9	33	100	0	126	28	23	12	34	1.92
28657335--28657369	17	1.9	19	88	11	56	57	5	11	25	1.56
28658401--28658631	50	4.5	50	77	7	198	29	21	26	22	1.99
28665783--28666025	50	4.8	50	76	6	159	28	20	25	24	1.99
28665839--28666024	50	3.8	49	76	3	160	28	22	25	23	1.99
28665830--28666017	100	1.9	99	80	5	218	29	21	26	22	1.99
28674142--28674274	50	2.7	50	93	0	230	21	30	21	26	1.98
28677379--28677435	27	2.1	27	96	0	105	36	10	33	19	1.86
28680798--28681028	100	2.5	93	83	7	254	21	30	21	25	1.98
28680857--28681028	50	3.4	50	93	0	290	20	32	22	25	1.98
28683827--28683875	18	2.8	17	76	11	55	77	10	2	10	1.07
28701524--28701815	50	5.7	50	80	3	282	23	27	20	28	1.99
28702162--28702219	30	1.9	30	82	6	73	31	25	3	39	1.73
28724286--28724342	21	2.8	20	81	10	62	43	31	10	14	1.79
28726443--28726493	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
28730087--28730123	18	2.1	18	100	0	74	27	16	32	24	1.96
28733558--28733600	21	2.0	21	100	0	86	51	0	13	34	1.42
28739977--28740077	37	2.8	34	77	11	103	34	31	17	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28744937--28745007	33	2.2	33	84	5	90	14	12	29	43	1.82
28746138--28746176	20	2.0	20	84	0	51	33	15	2	48	1.58
28748769--28748802	18	1.9	18	88	5	52	64	14	14	5	1.46
28750153--28750245	19	5.1	19	70	12	77	44	13	10	31	1.79
28750088--28750264	54	3.3	54	91	1	275	41	14	11	32	1.82
28750565--28750604	15	2.4	17	84	16	57	2	20	0	77	0.88
28751072--28751133	27	2.3	27	85	0	88	35	8	9	46	1.66
28757602--28757653	26	1.9	28	92	7	90	53	15	11	19	1.71
28758228--28758282	22	2.5	23	82	5	60	38	1	18	41	1.61
28763333--28763377	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
28765699--28765762	22	2.9	22	92	0	101	25	15	28	31	1.96
28765687--28765769	22	3.8	22	86	0	94	30	14	26	28	1.95
28769772--28769829	22	2.6	22	86	5	73	39	5	3	51	1.41
28774006--28774084	39	2.0	39	92	0	131	41	18	2	36	1.65
28776966--28777029	32	2.0	32	100	0	128	34	12	21	31	1.91
28780104--28780142	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
28780394--28780588	50	3.8	50	82	4	210	23	29	20	26	1.99
28788277--28788394	48	2.5	48	83	2	139	29	26	20	23	1.99
28788275--28788394	24	5.0	24	78	3	125	29	26	20	23	1.99
28791377--28791424	25	1.9	25	82	0	60	47	4	8	39	1.53
28793552--28793631	40	2.0	40	90	0	124	30	13	32	23	1.93
28800751--28800989	29	8.2	29	77	0	190	35	13	28	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28800731--28800916	87	2.1	87	82	3	214	36	11	29	23	1.90
28800789--28800989	87	2.3	88	80	3	226	35	13	28	22	1.93
28802970--28802995	13	2.0	13	100	0	52	30	0	30	38	1.58
28813124--28813191	25	2.8	25	78	10	70	48	0	0	51	1.00
28814970--28815054	20	4.2	20	69	11	66	34	18	22	24	1.96
28814950--28815040	40	2.3	40	84	0	110	35	23	21	19	1.96
28818832--28818874	21	2.0	21	95	0	77	30	18	16	34	1.93
28826051--28826126	23	3.3	23	90	0	125	30	25	21	23	1.99
28832506--28832543	12	3.2	12	100	0	76	23	7	15	52	1.69
28837622--28837702	12	6.8	12	69	17	53	12	24	1	61	1.38
28837637--28837692	18	3.0	20	68	26	59	10	26	0	62	1.28
28837732--28837778	15	3.1	15	84	9	60	12	17	0	70	1.17
28838834--28838872	19	2.2	19	86	13	57	5	15	5	74	1.17
28838879--28838905	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
28840403--28840449	20	2.3	20	85	7	60	25	17	29	27	1.97
28843082--28843331	50	4.9	50	85	3	302	26	20	30	22	1.98
28843143--28843363	100	2.2	100	82	0	253	27	21	27	23	1.99
28843082--28843418	150	2.2	152	78	5	324	29	19	27	23	1.99
28851123--28851449	50	6.4	50	83	2	357	27	21	29	22	1.99
28851123--28851449	150	2.1	153	84	4	419	27	21	29	22	1.99
28851123--28851519	100	3.9	100	80	4	372	27	20	27	23	1.99
28851735--28851770	15	2.4	15	85	0	54	47	8	22	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28851921--28851972	27	1.9	27	96	0	95	40	19	19	21	1.92
28857885--28858005	50	2.4	52	87	2	174	38	14	15	31	1.87
28859999--28860043	18	2.4	18	82	10	56	13	15	0	71	1.15
28862215--28862335	50	2.4	52	87	2	174	38	14	14	33	1.87
28870273--28870465	51	3.8	51	80	7	214	24	17	27	30	1.97
28870281--28870465	101	1.8	101	89	3	291	24	17	27	30	1.97
28870387--28870467	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
28870281--28870473	102	1.9	101	88	3	289	24	18	27	29	1.98
28870469--28870567	46	2.2	43	79	12	101	23	19	25	32	1.97
28870691--28870722	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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