genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483480--2483598	20	6.2	20	71	9	70	33	1	3	61	1.22
2483538--2483586	19	2.5	20	86	3	73	44	0	0	55	0.99
2483669--2483881	92	2.3	90	84	5	268	35	11	20	33	1.88
2483671--2483912	92	2.7	91	82	6	251	35	11	19	33	1.88
2484811--2484894	30	2.7	32	80	7	102	33	9	4	52	1.55
2485664--2485705	21	2.0	21	85	0	57	73	4	9	11	1.22
2486617--2486742	41	3.2	40	73	10	125	26	15	22	36	1.93
2486618--2486720	37	2.7	38	78	6	109	26	16	23	33	1.95
2494190--2494343	73	2.1	73	89	4	231	36	5	27	30	1.80
2495207--2495282	18	4.3	18	71	21	63	51	6	38	3	1.47
2495217--2495267	24	2.1	24	88	0	75	50	5	41	1	1.37
2495217--2495289	12	6.1	12	77	0	65	49	5	42	2	1.40
2497020--2497070	25	2.0	25	100	0	102	37	11	11	39	1.79
2502798--2502823	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2504231--2504267	4	9.2	4	87	0	56	24	2	21	51	1.61
2505439--2505495	23	2.5	23	77	8	71	50	0	1	47	1.11
2505447--2505501	24	2.3	23	81	6	65	52	0	1	45	1.11
2508058--2508086	6	5.0	6	91	8	51	34	0	0	65	0.93
2508058--2508086	11	2.5	12	94	5	51	34	0	0	65	0.93
2511882--2511943	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
2518393--2518459	27	2.5	27	80	0	89	25	20	28	25	1.99
2521224--2521298	27	2.7	27	78	12	80	30	24	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521260--2521323	27	2.4	26	85	15	78	28	26	14	31	1.95
2521439--2521537	50	2.0	50	81	0	117	28	20	14	37	1.91
2532110--2532323	105	2.0	105	98	0	410	28	18	24	28	1.98
2542715--2542916	106	1.9	105	85	9	275	31	17	18	32	1.94
2543353--2543377	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
2546567--2546594	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2547252--2547302	17	2.9	17	75	16	59	35	1	5	56	1.35
2549038--2549066	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2562262--2562314	16	3.3	16	94	0	97	39	5	33	20	1.76
2562295--2562384	44	2.0	46	93	4	157	26	4	30	38	1.76
2562295--2562401	46	2.5	44	85	11	143	28	3	30	36	1.75
2562545--2562581	18	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
2562746--2562797	12	4.2	12	76	9	50	51	1	0	46	1.12
2562748--2562800	26	2.0	26	85	7	72	50	1	0	47	1.12
2567407--2567440	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
2568508--2568552	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
2569367--2569391	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
2577682--2577718	11	3.4	11	89	10	58	40	2	0	56	1.13
2578488--2578670	61	3.0	61	92	0	303	19	19	16	44	1.86
2582974--2583059	44	2.0	44	90	0	136	24	4	16	54	1.61
2584760--2584836	29	2.5	31	87	4	104	28	12	11	46	1.77
2584991--2585050	27	2.2	26	80	13	68	5	30	1	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589676--2589709	16	2.1	16	88	5	50	61	0	11	26	1.30
2597402--2597449	22	2.3	20	82	10	53	14	6	6	72	1.24
2600296--2600326	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2607314--2607351	6	6.3	6	93	0	58	31	34	13	21	1.91
2609114--2609142	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
2612136--2612169	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2617677--2617765	27	3.4	27	86	9	114	59	7	2	30	1.38
2622326--2622364	20	1.9	21	89	5	62	46	17	15	20	1.84
2629076--2629276	109	1.8	109	89	4	316	34	18	15	30	1.92
2629921--2629989	3	22.3	3	91	5	111	65	0	2	31	1.08
2630589--2630627	18	2.2	18	90	9	62	79	2	7	10	1.02
2631370--2631435	31	2.1	31	83	5	80	46	12	15	25	1.80
2631651--2631767	51	2.3	51	83	7	148	35	15	6	42	1.73
2639698--2640052	118	3.0	120	81	7	343	26	20	23	29	1.99
2644558--2644852	122	2.4	122	82	3	353	38	8	12	39	1.75
2656891--2656918	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2659319--2659343	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2661356--2661477	44	2.8	43	82	2	145	31	23	17	27	1.97
2661451--2661565	44	2.6	44	76	10	119	26	27	20	25	1.99
2661619--2661829	87	2.4	88	92	2	345	24	22	22	29	1.99
2663309--2663376	13	5.5	13	79	11	65	14	13	0	72	1.13
2663318--2663375	6	9.7	6	79	20	59	13	13	0	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2663309--2663360	6	8.0	7	81	10	58	15	13	0	71	1.15
2678995--2679031	18	2.2	18	90	9	60	48	5	0	45	1.25
2679991--2680016	4	6.5	4	100	0	52	0	26	0	73	0.84
2682729--2682769	11	3.8	11	78	15	50	80	0	0	19	0.71
2691110--2691185	40	1.9	40	83	5	100	53	14	5	26	1.61
2694150--2694226	28	2.6	30	83	4	113	33	20	18	27	1.96
2703381--2703406	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2706718--2706816	19	4.8	20	74	19	80	38	0	2	59	1.09
2706781--2706822	19	2.3	18	92	8	68	35	0	0	64	0.94
2707896--2707974	30	2.7	29	81	11	81	24	6	10	59	1.53
2711150--2711251	52	1.9	53	84	7	136	23	17	17	41	1.90
2713529--2713564	18	2.0	18	88	0	54	63	2	16	16	1.42
2714461--2714515	27	2.0	27	82	6	67	56	3	1	38	1.28
2717571--2717608	16	2.2	18	86	9	53	68	5	2	23	1.23
2717648--2717696	23	2.1	23	100	0	98	53	16	12	18	1.73
2721270--2721306	15	2.5	15	86	4	58	29	8	18	43	1.79
2724857--2724894	17	2.2	17	90	0	58	26	7	28	36	1.84
2725085--2725110	12	2.2	12	100	0	52	46	0	23	30	1.53
2728233--2728266	17	2.0	17	88	11	52	67	2	0	29	1.05
2728345--2728385	2	20.0	2	85	5	55	51	2	2	43	1.28
2738392--2738513	47	2.6	47	86	1	163	34	26	13	26	1.93
2740753--2740800	24	2.0	24	100	0	96	25	20	0	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747373--2747408	16	2.2	16	90	0	54	33	0	0	66	0.92
2751729--2751767	20	2.0	20	85	10	53	30	0	2	66	1.05
2757750--2757808	31	1.9	31	85	0	82	47	8	6	37	1.61
2758318--2758371	20	2.7	19	86	8	81	35	0	1	62	1.06
2763579--2763636	29	2.0	29	96	0	107	24	15	3	56	1.54
2763820--2763881	25	2.5	25	100	0	124	30	20	16	32	1.95
2769981--2770042	25	2.5	25	79	7	74	20	24	25	29	1.99
2771245--2771275	12	2.6	12	94	0	53	35	22	38	3	1.71
2777642--2777670	12	2.4	12	100	0	58	17	20	6	55	1.65
2779326--2779382	29	1.9	30	85	3	80	56	14	3	26	1.54
2783025--2783592	283	2.0	283	98	0	1109	45	2	1	50	1.25
2789756--2789785	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2794310--2794335	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2798829--2798954	60	2.1	60	82	7	148	43	10	4	41	1.60
2810420--2810454	8	4.4	8	88	0	52	25	11	22	40	1.88
2810421--2810454	12	2.8	12	86	0	50	26	11	23	38	1.89
2814341--2814367	13	2.1	13	100	0	54	7	22	14	55	1.64
2814987--2815038	18	2.7	19	80	14	63	42	0	0	57	0.98
2825787--2825831	11	4.1	11	79	0	54	8	6	13	71	1.31
2825783--2825826	22	2.0	22	95	0	79	9	6	13	70	1.33
2826046--2826070	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2837239--2837293	28	2.1	26	83	10	67	16	9	14	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839116--2839147	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2839956--2840136	53	3.7	53	73	21	194	49	7	3	39	1.49
2839970--2840153	93	2.0	93	96	0	341	48	7	4	39	1.52
2840200--2840240	16	2.6	16	96	0	73	46	4	2	46	1.37
2840214--2840275	22	2.7	23	87	5	81	46	1	3	48	1.28
2850331--2850389	30	2.0	30	86	3	84	50	1	13	33	1.52
2858462--2858515	13	4.0	14	77	11	51	16	9	0	74	1.07
2869903--2869964	29	2.1	29	84	6	79	32	9	17	40	1.82
2870267--2870332	29	2.2	30	86	2	98	53	13	3	30	1.55
2871102--2871163	29	2.1	31	84	6	83	17	6	14	61	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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