genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   

This is table  6  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689063--1689104	20	2.1	20	82	8	50	50	35	7	7	1.57
1690140--1690247	3	36.0	3	85	3	65	36	1	10	51	1.46
1701126--1701171	16	2.9	16	73	23	51	41	4	28	26	1.74
1701110--1701183	32	2.3	32	88	0	112	45	2	25	25	1.66
1701193--1701281	39	2.3	38	86	5	126	39	15	15	29	1.89
1702662--1702726	27	2.4	27	87	2	87	61	1	0	36	1.05
1706022--1706067	16	2.9	16	73	23	51	41	4	28	26	1.74
1706006--1706079	32	2.3	32	88	0	112	45	2	25	25	1.66
1706089--1706176	38	2.3	38	92	3	142	36	15	15	31	1.90
1708556--1708586	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1723282--1723337	25	2.4	21	76	21	58	57	7	5	30	1.48
1725817--1725910	47	2.0	47	97	0	179	39	19	14	26	1.90
1732570--1732793	74	3.0	74	95	1	396	30	12	12	44	1.80
1733372--1733412	18	2.4	17	88	12	57	24	0	2	73	0.96
1734815--1734929	60	1.9	60	96	0	212	53	14	5	26	1.62
1734833--1734928	30	3.2	30	64	11	79	54	15	5	25	1.62
1741398--1741447	23	2.1	23	82	10	57	62	0	4	34	1.14
1743687--1743737	22	2.3	22	100	0	102	7	17	19	54	1.67
1751870--1751902	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
1755283--1755313	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1757878--1758074	98	2.0	98	96	2	360	38	25	9	27	1.86
1769291--1769332	22	1.9	22	85	9	59	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770275--1770320	23	1.9	25	86	8	69	52	6	8	32	1.58
1770907--1771022	58	2.0	58	81	9	139	36	20	16	26	1.94
1774152--1774193	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
1777055--1777096	20	2.1	20	90	0	66	45	0	9	45	1.36
1779912--1779963	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1781543--1781612	23	3.0	23	78	2	77	27	11	18	42	1.84
1781549--1781630	23	3.5	23	75	5	67	31	10	17	40	1.84
1781873--1781897	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1786335--1786367	17	1.9	17	93	0	57	45	6	24	24	1.75
1786517--1786543	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
1788041--1788082	12	3.7	11	81	12	50	76	7	4	11	1.15
1788034--1788103	24	3.2	22	76	11	72	78	4	4	12	1.04
1792619--1792676	27	2.1	27	83	0	71	44	12	8	34	1.72
1793542--1793566	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
1798026--1798067	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
1799184--1799324	71	2.0	71	98	0	273	29	15	23	31	1.95
1799828--1799911	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
1799808--1799898	23	4.1	23	70	11	91	45	7	26	20	1.78
1804254--1804293	19	2.0	22	85	14	59	47	10	7	35	1.65
1804304--1804394	23	4.1	23	72	11	91	45	6	26	21	1.76
1804324--1804407	42	2.0	42	92	0	141	44	9	22	23	1.82
1811536--1811685	40	3.8	40	84	5	169	27	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1811536--1811685	80	1.9	80	84	5	205	27	20	22	30	1.98
1811934--1812002	27	2.5	27	77	11	68	46	13	1	39	1.52
1812140--1812196	14	3.9	15	79	6	73	36	43	0	19	1.51
1812115--1812196	22	3.9	21	75	15	71	35	42	1	20	1.60
1812477--1812526	22	2.3	21	79	3	55	40	36	0	24	1.55
1812866--1813060	41	4.8	41	83	2	221	32	25	16	25	1.96
1812866--1813065	82	2.4	81	84	1	265	32	26	17	24	1.97
1816331--1816373	12	3.4	12	87	6	50	23	4	0	72	1.04
1821259--1821398	70	2.0	70	100	0	280	31	7	11	50	1.65
1822204--1822249	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
1822587--1822637	20	2.6	19	77	19	59	17	1	5	74	1.11
1842919--1843032	42	2.7	42	85	5	133	22	16	30	29	1.96
1847626--1847827	42	4.8	41	77	8	183	26	15	29	29	1.96
1852373--1852574	42	4.8	41	78	8	192	25	15	29	29	1.96
1852369--1852574	84	2.5	84	78	4	220	25	15	29	30	1.95
1857091--1857302	84	2.5	84	79	4	232	26	14	28	30	1.95
1857097--1857302	42	4.9	41	80	8	209	26	15	28	30	1.96
1861769--1861970	42	4.8	41	78	8	192	25	15	29	29	1.96
1861765--1861970	84	2.5	84	78	4	220	25	15	29	30	1.95
1866430--1866631	42	4.8	41	77	11	185	25	15	29	29	1.96
1866426--1866631	84	2.5	84	77	6	213	25	15	29	29	1.96
1871085--1871290	42	4.9	41	80	8	209	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875751--1875894	42	3.4	41	85	4	189	24	16	29	29	1.97
1875747--1875953	84	2.4	83	78	8	213	26	15	28	29	1.96
1880421--1880564	42	3.4	42	87	0	198	23	17	29	29	1.97
1880417--1880622	84	2.5	84	78	6	222	25	16	28	30	1.96
1884836--1884979	42	3.4	42	87	0	198	23	17	29	29	1.97
1884832--1885037	84	2.5	84	78	6	222	25	16	28	30	1.96
1885295--1885322	13	2.2	13	100	0	56	46	0	21	32	1.52
1886818--1886845	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1889526--1889669	42	3.4	42	83	2	164	27	14	27	30	1.95
1897241--1897425	101	1.8	102	90	3	302	24	18	27	30	1.98
1897235--1897423	51	3.7	50	81	5	229	24	17	27	30	1.98
1897429--1897527	46	2.2	43	84	12	128	25	19	23	32	1.97
1897651--1897682	16	2.0	16	100	0	64	62	0	12	25	1.30
1899375--1899420	22	2.0	25	83	12	62	45	10	19	23	1.82
1899493--1899555	31	2.0	31	87	0	90	46	0	15	38	1.47
1903819--1903899	40	2.0	41	82	2	101	27	22	22	28	1.99
1912901--1912926	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
1914683--1914749	33	2.0	34	85	2	91	26	23	26	22	2.00
1914718--1914839	28	4.4	28	85	1	165	31	20	25	22	1.98
1914722--1914839	56	2.1	56	90	0	182	31	20	25	22	1.98
1914945--1915020	26	2.9	26	86	0	107	34	26	23	15	1.95
1915226--1915752	27	19.8	27	80	9	266	20	16	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1915256--1915766	81	6.4	81	80	6	508	19	16	23	40	1.91
1915609--1915648	20	2.0	20	95	0	71	20	12	30	37	1.89
1921385--1921600	27	8.0	26	86	3	261	42	22	18	17	1.89
1921385--1921600	81	2.7	81	87	0	297	42	22	18	17	1.89
1921386--1921629	81	3.0	81	85	1	274	40	21	18	18	1.91
1924334--1924386	20	2.7	20	85	5	72	43	20	9	26	1.82
1924794--1924883	43	2.1	43	85	0	117	32	33	20	14	1.92
1925522--1925560	1	39.0	1	89	0	60	94	2	2	0	0.34
1928312--1928365	20	2.7	20	80	5	65	44	18	9	27	1.80
1940782--1940862	18	4.7	17	74	19	55	39	0	3	56	1.17
1940819--1940860	6	7.0	6	100	0	84	33	0	0	66	0.92
1945183--1945262	39	2.1	39	87	0	115	23	10	23	42	1.84
1950473--1950851	35	10.5	35	82	7	366	24	21	15	39	1.92
1950473--1950851	73	5.2	72	82	3	435	24	21	15	39	1.92
1953630--1953784	46	3.6	46	77	16	195	36	12	21	29	1.91
1953666--1953818	36	4.0	36	78	17	166	35	15	20	28	1.93
1953630--1953818	82	2.3	82	94	1	328	35	13	21	28	1.92
1957821--1957850	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1960375--1960405	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
1975177--1975317	68	2.1	68	94	0	246	26	23	12	36	1.91
1979265--1979458	52	3.8	52	91	4	310	32	14	23	28	1.94
1979369--1979456	46	1.9	46	95	0	158	34	14	21	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979563--1979597	14	2.4	15	95	4	63	48	2	28	20	1.63
1979606--1979714	37	3.0	37	93	2	186	36	16	22	24	1.94
1984006--1984032	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
1984757--1984795	19	2.0	21	90	10	64	38	0	2	58	1.12
1986143--1986194	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1992536--1992591	29	2.0	28	89	3	85	32	16	8	42	1.79
1992590--1992632	21	2.0	21	95	0	77	16	30	0	53	1.43
1993564--1993595	8	4.0	8	91	0	55	40	0	0	59	0.97
1993562--1993599	16	2.3	17	90	9	69	42	0	0	57	0.98
1994736--1994836	40	2.5	41	82	3	116	34	6	18	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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