genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21256346--21256393	11	4.4	11	82	10	62	43	4	0	52	1.20
21260504--21260537	16	2.1	16	94	0	59	70	2	17	8	1.25
21262635--21262668	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
21263965--21263989	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
21270895--21270931	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
21271416--21271479	17	3.6	17	75	19	60	34	4	0	60	1.17
21271959--21271984	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
21273325--21273383	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
21278298--21278352	25	2.2	25	83	3	67	25	14	18	41	1.88
21278409--21278466	9	6.4	9	84	7	82	41	22	8	27	1.83
21279968--21280020	25	2.1	25	85	0	70	33	0	1	64	1.05
21280353--21280421	25	2.8	24	91	6	111	62	2	0	34	1.10
21295171--21295276	55	1.9	55	92	0	176	39	10	9	40	1.72
21300037--21300146	55	2.0	55	92	0	184	37	10	11	40	1.77
21303863--21304115	46	5.6	46	95	2	442	32	15	22	28	1.95
21303863--21304115	91	2.8	92	95	2	442	32	15	22	28	1.95
21304881--21304929	22	2.2	21	86	13	64	63	0	2	34	1.06
21304881--21304929	21	2.2	22	86	13	66	63	0	2	34	1.06
21311032--21311093	31	2.0	31	90	0	97	33	3	4	58	1.36
21311031--21311103	31	2.5	30	84	8	96	31	2	5	60	1.34
21315850--21315930	27	2.8	30	78	12	82	54	4	2	38	1.35
21316051--21316138	24	3.8	23	71	16	83	48	2	10	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21316123--21316199	22	3.7	21	75	16	70	51	2	7	37	1.45
21317190--21317225	13	2.6	14	82	8	56	5	16	0	77	0.94
21317968--21318183	117	1.8	117	91	0	360	28	22	20	28	1.99
21318065--21318807	132	5.6	132	92	1	1233	28	24	18	28	1.98
21318065--21318807	263	2.8	263	94	2	1251	28	24	18	28	1.98
21318065--21318807	395	1.9	395	92	1	1249	28	24	18	28	1.98
21320015--21320097	42	2.0	42	97	0	157	28	27	12	31	1.92
21320184--21320233	7	7.0	7	80	15	50	14	18	0	68	1.22
21320194--21320233	21	1.9	21	90	10	64	12	17	0	70	1.18
21320187--21320239	21	2.5	21	81	9	63	11	15	0	73	1.09
21325424--21325504	27	2.8	30	78	12	82	54	4	2	38	1.35
21325625--21325705	24	3.5	24	69	14	71	49	2	11	37	1.52
21325709--21325774	20	3.1	22	75	18	68	54	3	7	34	1.44
21326764--21326800	13	2.6	15	79	16	51	2	18	2	75	1.04
21329035--21329080	7	6.4	7	79	20	51	69	0	15	15	1.19
21329035--21329061	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
21329038--21329080	22	1.9	23	90	4	70	72	0	13	13	1.13
21330363--21331043	128	5.3	128	92	1	1114	32	19	23	24	1.97
21331127--21331407	44	6.7	39	70	14	125	32	19	19	28	1.96
21331127--21331235	39	2.6	42	84	7	134	30	22	21	25	1.99
21331127--21331248	44	2.9	43	84	6	144	30	22	22	24	1.99
21333240--21333301	31	2.0	31	90	0	97	33	3	4	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21333239--21333311	31	2.5	30	84	8	96	31	2	5	60	1.34
21337684--21337882	60	3.3	59	80	11	199	43	15	16	24	1.86
21337743--21337882	62	2.3	63	85	8	191	43	15	15	25	1.86
21337931--21337969	16	2.4	17	86	4	53	15	2	15	66	1.36
21337968--21338046	37	2.1	36	84	13	99	27	8	8	54	1.61
21341149--21341195	17	2.8	17	87	6	60	44	14	6	34	1.71
21341491--21341649	79	2.0	79	100	0	318	35	22	17	23	1.95
21341940--21342009	36	1.9	36	85	5	97	42	21	7	28	1.79
21342321--21342399	36	2.2	36	93	4	135	49	13	0	36	1.43
21342333--21342395	17	3.3	20	65	26	55	49	15	0	34	1.45
21344484--21344889	44	9.3	44	65	2	163	23	24	23	28	1.99
21344459--21344891	87	5.0	87	92	0	686	22	24	23	29	1.99
21354488--21354518	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
21354571--21354607	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21354816--21354876	30	2.0	31	87	3	88	21	36	0	42	1.53
21355133--21355179	17	2.8	17	73	20	53	34	2	6	57	1.36
21356505--21356581	26	3.0	26	86	0	109	19	23	22	35	1.96
21368993--21369098	23	4.7	23	80	5	119	40	20	17	20	1.91
21370194--21370232	18	2.2	18	86	9	53	12	12	2	71	1.24
21371252--21371285	16	2.2	16	89	5	52	50	11	8	29	1.69
21372538--21372970	213	2.0	212	98	0	839	45	15	6	32	1.71
21375581--21375759	84	2.2	80	83	6	216	53	4	16	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21377303--21377328	13	2.0	13	100	0	52	7	15	15	61	1.55
21380741--21380795	9	6.1	9	91	0	92	25	12	20	41	1.87
21381921--21381994	27	2.7	29	80	16	77	66	1	5	27	1.22
21382021--21382066	20	2.3	21	82	14	62	60	2	10	26	1.41
21382259--21382348	30	3.3	26	81	10	83	28	2	1	67	1.09
21382316--21382368	20	2.7	19	82	11	63	28	1	1	67	1.11
21382254--21382378	9	13.3	9	69	16	58	27	2	1	68	1.11
21382543--21382708	84	2.0	85	83	3	210	35	10	15	39	1.81
21385068--21385186	33	3.6	33	82	6	152	42	9	8	40	1.67
21385068--21385193	65	1.9	65	95	0	225	42	10	7	39	1.68
21386187--21386241	18	3.1	18	71	7	51	69	1	5	23	1.19
21387667--21387934	143	1.9	143	89	1	421	28	22	20	28	1.98
21388817--21388879	32	1.9	33	84	9	85	4	12	3	79	1.01
21388815--21388874	27	2.2	26	80	13	68	5	15	1	78	1.00
21393516--21393553	15	2.7	14	80	11	51	60	0	7	31	1.25
21396989--21397094	22	4.8	22	86	0	140	32	14	26	27	1.94
21399863--21399892	15	2.0	15	93	0	51	33	16	6	43	1.74
21406038--21406110	19	3.8	19	85	0	110	41	9	12	36	1.75
21406251--21406337	45	1.9	45	95	0	156	48	4	22	24	1.69
21406349--21406391	19	2.2	19	83	8	50	18	9	4	67	1.36
21406664--21406731	33	2.0	34	83	8	86	22	5	2	69	1.24
21406814--21406856	22	2.0	20	86	8	59	30	2	4	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21406926--21406973	23	2.1	22	85	14	62	41	4	4	50	1.41
21412498--21412538	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
21422098--21422151	3	17.3	3	81	14	65	37	1	0	61	1.07
21422226--21422298	25	2.8	25	74	17	69	30	5	0	64	1.16
21427364--21427400	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
21431130--21431299	30	5.7	30	78	10	161	31	24	5	39	1.77
21431137--21431298	59	2.7	60	84	5	204	32	24	4	38	1.77
21431469--21431494	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
21431642--21431701	22	2.8	22	76	14	63	73	5	21	0	1.02
21431795--21431869	4	19.5	4	69	17	52	72	1	26	0	0.93
21431812--21431859	25	1.9	25	91	0	78	68	2	29	0	1.01
21431810--21431871	7	8.6	7	71	7	52	74	1	24	0	0.91
21432515--21432561	20	2.3	21	85	3	60	53	6	8	31	1.57
21432568--21432833	37	7.2	37	77	13	237	35	11	9	43	1.73
21432568--21432833	18	14.3	18	70	19	174	35	11	9	43	1.73
21432568--21432793	75	3.1	74	81	12	236	34	12	8	43	1.73
21432862--21432896	18	1.9	18	94	0	61	22	8	14	54	1.67
21434604--21434635	16	2.0	16	93	0	55	25	18	9	46	1.79
21438614--21438719	1	106.0	1	73	0	86	86	8	2	1	0.73
21438614--21438713	30	3.2	31	80	10	114	87	9	2	2	0.71
21438617--21438719	36	2.9	36	85	11	124	86	8	2	1	0.75
21438611--21438695	44	1.9	45	90	2	136	87	10	0	2	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21438601--21438719	44	2.7	43	81	8	134	84	8	4	2	0.83
21439576--21440478	74	11.9	74	82	7	976	27	16	20	35	1.94
21439599--21440472	151	5.7	150	86	6	1045	27	16	21	34	1.95
21440679--21440756	30	2.6	31	90	8	126	32	24	2	41	1.69
21441123--21441182	22	2.8	22	76	14	63	73	5	21	0	1.02
21441279--21441353	13	5.2	13	71	24	53	73	0	26	0	0.84
21441286--21441345	31	1.9	30	83	12	77	70	0	30	0	0.88
21442052--21442128	17	4.5	16	74	16	66	35	12	11	40	1.80
21442051--21442204	18	8.5	17	77	13	139	33	12	11	42	1.79
21442229--21442315	17	4.6	18	68	24	54	37	9	9	43	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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