genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8410132--8410181	23	2.1	24	88	3	75	20	24	10	46	1.81
8415957--8416018	29	2.1	29	93	0	106	19	4	30	45	1.71
8417386--8417448	30	2.1	30	96	0	117	58	6	11	23	1.55
8422791--8422848	11	5.4	11	79	4	64	50	3	27	18	1.63
8422808--8422853	22	2.1	22	95	0	83	41	4	28	26	1.74
8426853--8426891	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
8441413--8441484	30	2.4	30	83	4	83	16	29	30	23	1.96
8453770--8453943	12	14.8	12	67	17	55	66	1	5	26	1.22
8457831--8457870	19	2.1	19	90	0	62	77	2	0	20	0.88
8462110--8462145	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
8462118--8462150	16	2.1	16	94	0	57	30	0	36	33	1.58
8462395--8462429	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8462586--8462779	41	4.8	40	65	19	107	51	4	1	43	1.27
8462375--8462776	120	3.4	120	92	2	666	49	4	1	44	1.32
8468508--8468581	22	3.4	22	83	3	78	45	16	17	20	1.85
8468645--8468711	32	2.1	32	88	0	98	43	13	17	25	1.86
8468883--8468937	24	2.3	24	93	0	92	47	23	9	20	1.78
8468921--8468967	24	2.0	24	86	0	67	42	14	8	34	1.77
8468990--8469212	27	8.3	27	77	4	175	22	20	19	37	1.94
8469013--8469304	27	10.9	27	77	5	144	22	19	18	39	1.92
8469095--8469306	27	7.9	27	77	8	166	22	19	17	40	1.92
8471069--8471124	28	2.0	28	100	0	112	14	35	0	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8474610--8474726	57	2.1	56	87	4	164	28	20	6	44	1.77
8477707--8477777	31	2.3	32	85	4	101	32	23	12	30	1.92
8485000--8485045	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
8485564--8486095	111	4.9	111	92	1	862	30	14	18	35	1.92
8489933--8489959	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
8489911--8489963	16	3.4	16	78	2	63	79	0	20	0	0.74
8491186--8491323	44	3.2	43	65	19	113	30	25	21	23	1.99
8491198--8491424	44	5.2	44	63	17	112	27	25	21	25	1.99
8491418--8491556	44	3.2	44	66	8	120	25	27	25	22	2.00
8491185--8492261	88	12.2	88	91	0	1553	26	25	24	23	2.00
8492295--8492515	116	1.9	116	91	1	363	30	19	20	28	1.97
8492534--8493032	99	5.0	99	90	2	675	32	24	21	21	1.98
8492572--8493030	50	9.2	49	71	10	306	31	24	21	22	1.98
8493040--8493350	44	7.2	43	66	18	130	27	18	23	30	1.98
8493023--8493363	126	2.6	130	87	8	496	28	18	22	29	1.97
8493314--8493420	44	2.4	44	79	0	106	34	15	22	27	1.95
8495045--8495078	3	11.3	3	87	0	50	29	0	5	64	1.17
8495439--8495477	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
8495593--8495908	110	2.9	109	88	4	444	30	15	19	34	1.93
8496310--8496358	17	2.9	18	80	14	61	24	6	4	65	1.33
8504477--8505267	94	8.4	93	79	4	701	34	17	21	26	1.95
8504477--8505267	188	4.2	188	84	1	872	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8504806--8505223	50	8.9	48	65	20	170	33	17	22	26	1.96
8504524--8505248	282	2.6	280	82	2	819	33	17	21	27	1.95
8504907--8505249	44	7.4	44	66	23	186	32	17	23	26	1.96
8505125--8505280	44	3.4	44	70	18	138	33	19	19	27	1.96
8508535--8508564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8509803--8509860	30	1.9	30	89	0	89	43	0	37	18	1.51
8510077--8510111	9	3.9	9	92	0	61	28	11	14	45	1.79
8511048--8511082	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
8511348--8511388	19	2.2	19	86	8	57	56	0	0	43	0.99
8515696--8515779	16	5.2	16	97	0	150	27	0	34	38	1.57
8516377--8516620	120	2.0	120	98	0	470	47	6	1	43	1.40
8520382--8520412	15	2.1	15	93	0	53	45	9	9	35	1.70
8529336--8529371	18	1.9	19	94	5	65	0	22	0	77	0.76
8540039--8540080	18	2.3	18	81	18	52	33	7	2	57	1.39
8543200--8543228	5	5.8	5	100	0	58	20	0	17	62	1.33
8549694--8549799	54	1.9	55	84	1	142	21	28	24	25	1.99
8550376--8550420	22	2.0	22	82	0	54	26	15	15	42	1.87
8552478--8552587	42	2.6	42	81	2	123	22	23	34	19	1.96
8552371--8552650	146	1.9	146	85	1	391	25	23	29	21	1.99
8556399--8556854	27	17.2	27	82	4	516	45	21	14	18	1.85
8556638--8556781	73	2.0	73	84	2	191	48	18	13	20	1.80
8556584--8556833	127	2.0	127	85	3	342	46	19	14	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8556606--8556808	100	2.0	100	83	0	253	47	17	14	20	1.82
8560209--8560403	85	2.3	86	79	8	202	30	25	14	29	1.95
8560209--8560454	43	5.7	43	78	7	205	30	24	15	29	1.95
8565590--8565638	22	2.2	22	85	0	62	26	16	20	36	1.93
8572309--8572427	45	2.6	45	81	5	125	42	16	19	21	1.90
8572396--8572493	45	2.2	45	81	7	110	37	13	23	25	1.91
8572420--8572537	45	2.6	45	77	5	121	38	14	21	25	1.91
8572527--8572686	46	3.5	46	83	1	171	46	13	20	20	1.83
8575561--8575586	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
8579443--8579646	35	5.9	35	76	5	182	21	26	22	30	1.98
8579478--8579636	69	2.3	69	88	0	237	21	25	20	32	1.98
8587549--8587601	5	10.0	5	85	6	61	39	1	0	58	1.09
8594487--8594584	35	2.9	34	73	8	90	31	19	24	24	1.98
8594564--8594654	35	2.6	35	78	0	101	28	17	27	26	1.98
8597708--8597801	25	3.8	25	78	13	95	26	20	21	31	1.98
8597934--8597968	17	2.1	17	94	0	61	57	8	0	34	1.29
8598536--8598572	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8598623--8598679	29	2.0	29	82	0	69	17	42	1	38	1.60
8604555--8604615	28	2.2	28	88	5	88	39	4	3	52	1.39
8614601--8614640	21	1.9	21	100	0	80	27	25	12	35	1.92
8616954--8617045	25	3.7	25	79	2	96	30	16	20	32	1.95
8627567--8627599	17	1.9	17	93	0	57	21	15	9	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8633736--8633810	25	2.9	26	80	7	82	25	21	21	32	1.98
8633747--8633810	25	2.6	25	87	0	92	25	23	23	28	2.00
8636962--8637013	26	2.0	26	96	0	95	40	30	13	15	1.86
8649980--8650034	27	2.0	27	82	6	67	60	12	12	14	1.60
8650084--8650122	13	2.7	15	88	7	55	66	5	23	5	1.32
8651918--8651960	22	1.9	23	86	13	63	34	23	13	27	1.93
8652204--8652241	19	2.0	19	89	0	58	31	31	21	15	1.94
8657227--8657294	25	2.7	25	88	8	111	36	11	29	22	1.89
8657667--8657771	52	2.0	53	84	1	140	34	15	17	33	1.91
8658249--8658413	86	1.9	86	83	0	213	21	31	25	21	1.98
8658424--8658774	85	4.2	83	78	6	314	24	29	24	21	1.99
8658510--8658642	43	3.1	43	72	8	128	23	31	24	20	1.98
8658424--8658734	170	1.8	169	83	0	406	23	30	25	20	1.99
8658466--8658670	42	4.8	43	69	11	118	23	31	25	19	1.98
8658611--8658738	42	3.0	42	66	14	100	22	29	24	23	1.99
8658468--8658824	170	2.1	169	79	6	373	24	29	25	19	1.98
8669954--8670064	42	2.6	42	88	0	150	21	36	25	17	1.95
8672533--8672618	41	2.1	41	95	0	154	55	17	8	18	1.65
8680071--8680123	26	2.0	27	81	7	63	69	7	20	1	1.22
8685604--8685642	19	2.0	20	90	5	62	43	10	5	41	1.61
8687213--8687468	45	5.6	45	74	6	167	43	12	20	23	1.86
8687343--8687472	47	2.8	46	87	4	174	42	13	22	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694580--8694650	29	2.6	26	85	12	90	40	7	1	50	1.38
8694569--8694641	29	2.4	29	84	4	92	45	5	1	47	1.34
8697391--8697490	42	2.4	42	93	0	164	27	29	10	34	1.89
8701013--8701177	89	1.9	89	89	2	260	33	16	12	36	1.87
8706307--8706338	12	2.8	12	95	4	57	40	34	9	15	1.80
8706739--8706771	15	2.3	15	89	5	50	51	0	3	45	1.16
8710564--8710639	35	2.1	35	85	2	98	42	27	15	14	1.86
8710574--8710645	35	2.1	35	91	0	117	38	26	18	16	1.91
8713627--8713654	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
8716885--8716937	15	3.6	14	80	7	61	50	13	0	35	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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