genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19134493--19134531	6	6.5	6	96	0	69	84	0	12	2	0.72
19136648--19136720	9	8.1	9	100	0	146	45	10	10	32	1.74
19138959--19138984	9	2.9	9	100	0	52	23	7	11	57	1.59
19140417--19140616	56	3.9	50	78	10	192	25	25	19	30	1.98
19144533--19144569	18	2.1	18	89	0	56	18	21	5	54	1.64
19156991--19157034	22	2.0	22	86	4	63	43	4	18	34	1.70
19160799--19160837	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
19163802--19163872	25	2.8	25	86	0	97	38	21	14	26	1.91
19168947--19168987	21	2.0	21	85	0	55	26	36	9	26	1.88
19177845--19177895	19	2.8	17	75	18	50	58	0	9	31	1.30
19178735--19178854	42	2.8	43	84	2	136	25	15	25	33	1.95
19179399--19179503	48	2.2	48	82	3	131	24	17	15	42	1.87
19184499--19184623	33	3.5	33	75	17	133	34	28	17	20	1.95
19184417--19184627	75	2.8	74	91	3	325	32	27	18	21	1.97
19184602--19184654	27	2.0	27	96	0	97	26	28	24	20	1.99
19187591--19187668	36	2.2	35	90	6	129	43	12	26	16	1.84
19194818--19194847	16	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
19195137--19195165	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
19205925--19205974	21	2.5	20	80	3	55	0	22	2	76	0.89
19215537--19215716	89	2.0	89	100	0	360	27	25	18	28	1.98
19221065--19221103	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
19221124--19221210	33	2.7	32	77	12	95	47	17	9	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19221186--19221262	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
19221202--19221241	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
19221190--19221256	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
19221225--19221264	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
19223111--19223163	26	1.9	29	81	11	67	52	9	1	35	1.45
19225038--19225863	44	18.7	44	77	5	718	30	26	15	27	1.96
19225038--19225863	133	6.2	133	91	0	1332	30	26	15	27	1.96
19236617--19236658	15	2.7	16	81	7	50	61	11	11	14	1.56
19242870--19242934	13	4.8	13	81	12	69	46	1	16	35	1.57
19242955--19242992	20	1.9	20	88	0	58	47	0	21	31	1.51
19247088--19247184	37	2.6	36	80	11	97	43	3	4	49	1.37
19247399--19247449	25	2.0	25	88	7	77	45	9	5	39	1.62
19247569--19247619	24	2.1	24	100	0	102	49	3	13	33	1.61
19252149--19253126	488	2.0	488	96	0	1812	26	23	16	32	1.96
19254221--19254366	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
19254330--19254598	46	5.6	46	90	6	358	27	22	14	34	1.94
19254373--19254589	52	4.2	52	87	8	320	27	23	14	35	1.93
19254330--19254598	98	2.8	94	83	12	348	27	22	14	34	1.94
19261965--19262089	7	17.9	7	100	0	250	14	13	0	72	1.14
19268023--19268055	5	6.6	5	100	0	66	39	18	0	42	1.50
19268576--19268657	4	20.5	4	100	0	164	25	0	24	50	1.50
19272202--19272231	10	3.1	10	90	9	53	73	16	0	10	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19279147--19279192	9	5.3	9	76	10	51	84	2	10	2	0.79
19279147--19279192	17	2.8	16	83	9	65	84	2	10	2	0.79
19280077--19280563	100	4.9	99	86	3	647	32	21	20	24	1.97
19280088--19280596	50	10.2	50	73	6	370	31	21	21	24	1.98
19280558--19280906	44	7.8	44	72	15	250	28	17	23	30	1.97
19280560--19280764	89	2.3	88	81	7	229	25	19	24	30	1.98
19280560--19280803	133	1.8	133	82	10	311	27	18	24	30	1.97
19281170--19281199	10	3.1	10	90	9	53	73	16	0	10	1.09
19286409--19286441	13	2.5	13	95	5	57	39	3	6	51	1.42
19286569--19286601	15	2.1	16	88	5	50	18	75	0	6	1.00
19299141--19299208	29	2.4	28	82	9	75	33	1	29	35	1.67
19300596--19300622	6	4.5	6	100	0	54	48	0	33	18	1.49
19306608--19306786	29	6.2	29	87	0	268	21	26	13	37	1.91
19306608--19306786	58	3.1	58	93	0	313	21	26	13	37	1.91
19318495--19319474	489	2.0	487	91	1	1586	28	22	16	32	1.96
19328764--19328872	30	3.6	30	83	0	128	23	22	33	20	1.97
19328756--19328870	60	1.9	60	83	3	151	22	21	33	22	1.98
19335567--19335613	24	2.0	23	91	4	76	46	10	14	27	1.78
19335859--19335894	17	2.1	17	100	0	72	44	0	11	44	1.39
19338745--19339577	418	2.0	413	81	5	955	33	22	15	29	1.94
19340040--19340069	12	2.6	11	94	5	51	20	0	0	80	0.72
19340312--19341841	94	16.3	93	82	2	1438	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19340312--19341867	188	8.3	188	82	2	1599	27	20	18	33	1.96
19340616--19340888	50	5.7	51	71	17	228	26	19	19	34	1.96
19340634--19340961	44	6.9	49	68	21	198	27	18	19	35	1.95
19341439--19341583	44	3.2	44	71	18	114	25	20	17	35	1.95
19340312--19341841	281	5.4	282	82	2	1648	27	20	18	33	1.96
19354649--19354744	48	2.0	48	97	0	183	19	20	32	27	1.97
19363548--19363588	21	1.9	22	85	5	57	9	17	0	73	1.09
19363631--19363656	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
19365683--19366648	235	4.0	249	75	13	713	45	7	9	36	1.66
19366158--19366191	16	2.2	16	89	5	52	29	8	11	50	1.69
19365925--19366640	235	3.0	236	80	7	808	45	8	9	36	1.66
19366376--19366416	20	2.0	21	85	4	57	63	2	0	34	1.08
19365465--19366640	479	2.5	472	82	8	1275	45	7	9	36	1.67
19368896--19369030	42	3.2	42	79	3	128	23	14	21	40	1.91
19369018--19369162	43	3.4	41	71	14	116	21	15	19	44	1.87
19369889--19369940	26	2.1	23	86	10	68	17	15	7	59	1.58
19372413--19372479	25	2.7	25	86	4	91	40	13	16	29	1.87
19377317--19377370	25	2.2	25	100	0	108	46	11	12	29	1.77
19379178--19379243	13	5.1	13	83	0	87	34	25	7	31	1.84
19381381--19381423	18	2.4	17	85	11	59	41	0	16	41	1.48
19385936--19385982	23	2.0	23	100	0	94	34	8	17	40	1.79
19391127--19391188	26	2.4	26	81	5	72	38	9	14	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19400195--19400294	28	3.6	28	90	0	146	31	11	27	31	1.91
19407030--19407136	18	6.1	17	74	16	69	33	3	4	57	1.37
19407079--19407124	17	2.6	17	96	3	83	28	4	6	60	1.40
19407043--19407168	69	1.9	68	88	8	195	31	4	7	56	1.47
19407326--19407367	14	3.1	13	78	21	50	35	2	4	57	1.33
19407409--19407461	21	2.5	21	81	6	54	32	1	9	56	1.42
19416847--19416875	15	2.0	15	93	6	51	31	20	0	48	1.50
19417414--19417470	26	2.3	25	80	11	73	47	1	0	50	1.11
19417554--19417595	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
19417558--19417594	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
19424914--19424956	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
19426460--19426492	16	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
19431503--19431690	99	1.9	99	92	0	313	27	21	11	40	1.87
19434410--19434445	18	2.1	17	94	5	63	63	2	0	33	1.08
19434400--19434446	23	2.1	21	84	7	58	61	2	0	36	1.08
19434997--19435041	21	2.1	21	84	8	56	35	31	2	31	1.70
19436566--19436603	14	2.6	14	91	4	58	39	0	2	57	1.12
19444856--19445816	131	7.3	132	92	1	1502	30	24	18	27	1.97
19444951--19445794	44	19.3	44	65	16	292	29	24	18	27	1.98
19444856--19445816	263	3.7	263	91	1	1500	30	24	18	27	1.97
19444890--19445816	394	2.4	395	92	1	1540	29	23	18	27	1.98
19447109--19447160	24	2.2	24	86	6	70	11	19	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19447640--19447718	1	79.0	1	74	0	68	1	3	7	87	0.71
19447640--19447719	9	8.8	9	77	16	76	1	3	8	86	0.75
19447647--19447718	38	1.9	36	88	5	108	1	4	6	87	0.71
19447640--19447719	18	4.4	17	80	12	88	1	3	8	86	0.75
19456628--19456665	19	2.0	19	85	10	51	13	15	44	26	1.83
19456896--19457110	27	8.0	27	80	6	141	42	18	17	21	1.89
19456900--19457099	54	3.7	54	83	4	242	43	18	18	20	1.88
19456900--19457098	81	2.5	81	85	4	260	43	18	18	20	1.88
19464525--19464568	6	7.3	6	97	0	61	0	22	0	77	0.77
19464528--19464599	6	12.0	6	82	11	58	0	33	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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