genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   

This is table  62  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18462600--18462650	20	2.5	20	100	0	102	21	19	17	41	1.91
18462554--18462667	20	5.8	19	77	4	93	21	19	16	42	1.89
18468392--18468490	40	2.5	40	83	0	126	25	20	6	48	1.72
18472371--18472409	18	2.2	18	85	0	51	15	0	7	76	0.99
18478250--18478327	26	3.0	24	76	22	70	24	5	3	66	1.29
18478221--18478323	45	2.2	46	84	8	129	24	4	3	66	1.28
18480016--18480075	5	11.6	5	81	13	68	13	5	1	80	0.96
18494719--18494764	20	2.3	20	84	0	65	36	6	0	56	1.25
18494787--18494863	22	3.5	22	85	0	109	29	25	14	29	1.95
18495002--18495052	26	2.0	25	92	3	84	23	3	3	68	1.23
18507355--18507463	44	2.5	44	83	3	130	31	20	19	29	1.97
18507482--18507594	44	2.5	46	82	5	142	30	22	23	24	1.99
18509212--18509258	20	2.3	20	85	0	67	36	6	0	57	1.24
18509286--18509318	15	2.1	17	88	11	52	39	0	0	60	0.97
18514945--18515010	25	2.6	25	76	4	71	28	22	22	25	1.99
18518223--18518412	50	3.7	50	80	5	175	24	29	20	25	1.99
18521616--18521653	18	2.1	18	90	0	58	42	47	2	7	1.46
18527897--18527969	23	3.3	21	78	14	76	83	1	15	0	0.71
18527923--18527969	17	2.9	16	87	6	76	85	0	14	0	0.61
18530170--18530862	44	15.8	44	66	18	208	26	18	24	30	1.98
18529916--18530882	263	3.7	264	88	2	1448	26	18	25	29	1.98
18529916--18530882	131	7.4	132	92	1	1455	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18540854--18540887	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
18543508--18543539	16	1.9	17	93	6	57	28	15	0	56	1.40
18545152--18545223	28	2.6	28	90	0	108	31	12	26	29	1.93
18545152--18545232	28	3.0	24	76	16	63	33	12	23	30	1.92
18545944--18546186	70	3.4	70	90	2	369	28	12	16	42	1.85
18545987--18546241	47	5.4	47	76	9	223	29	12	15	43	1.83
18545946--18546336	23	16.6	23	68	14	104	27	13	16	42	1.85
18545968--18546182	72	3.0	72	96	1	398	29	11	15	43	1.82
18546176--18546392	72	3.1	70	80	5	240	27	11	17	42	1.85
18545943--18546392	142	3.2	141	79	7	396	28	12	17	42	1.85
18546057--18546289	119	2.0	118	92	2	387	28	12	16	43	1.83
18545987--18546390	189	2.1	190	88	4	595	28	11	17	42	1.84
18552696--18552742	23	2.0	23	95	0	85	25	14	17	42	1.87
18552701--18552790	23	3.8	25	70	19	75	27	13	18	40	1.88
18552663--18552811	71	2.1	72	80	6	160	28	12	19	39	1.87
18559173--18559244	28	2.6	28	90	0	108	31	12	26	29	1.93
18559173--18559253	28	3.0	24	76	16	63	33	12	23	30	1.92
18559967--18560158	23	8.3	23	72	3	71	26	13	18	41	1.87
18559989--18560201	70	3.0	70	96	0	381	29	11	15	43	1.82
18560013--18560178	23	7.1	24	70	11	69	29	10	16	42	1.82
18560192--18560221	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
18560218--18560319	23	4.3	24	75	4	100	25	16	16	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18562698--18562911	41	5.2	41	84	1	252	35	25	13	26	1.93
18570003--18570198	41	4.8	41	83	5	218	35	24	12	27	1.92
18570003--18570198	82	2.4	81	85	4	250	35	24	12	27	1.92
18575064--18575111	25	1.9	25	83	8	62	25	20	12	41	1.87
18586293--18586495	103	2.0	105	89	2	311	21	21	26	30	1.98
18597497--18597581	42	2.0	41	86	2	116	47	11	10	30	1.74
18605186--18605266	25	3.2	24	85	3	99	35	13	30	19	1.91
18621166--18621251	45	1.9	45	95	0	154	34	24	15	25	1.94
18621253--18621439	51	3.7	50	75	6	171	32	26	16	24	1.96
18621259--18621444	101	1.8	99	84	5	239	33	26	16	24	1.96
18622759--18622832	36	2.1	36	92	5	123	24	21	14	39	1.91
18625175--18625657	69	7.1	69	78	4	426	21	19	21	37	1.95
18641346--18641817	262	1.8	262	81	7	600	41	17	12	28	1.86
18647911--18647951	9	4.4	9	90	6	64	82	0	17	0	0.66
18647911--18647951	19	2.2	19	91	4	66	82	0	17	0	0.66
18648617--18648649	16	2.1	16	88	11	50	39	0	15	45	1.46
18649878--18649924	21	2.2	22	81	11	62	8	4	31	55	1.49
18649887--18649929	11	3.9	11	80	20	54	9	2	32	55	1.44
18654780--18654818	14	2.8	14	96	0	69	20	23	0	56	1.42
18655008--18655078	37	1.9	37	81	16	85	56	0	2	40	1.14
18657000--18657059	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
18657704--18657734	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18657942--18658126	101	1.8	102	85	3	266	25	15	25	32	1.96
18657938--18658124	51	3.7	50	77	7	198	26	15	26	32	1.96
18658135--18658220	45	1.9	45	90	0	136	27	15	24	32	1.95
18662631--18662700	34	2.1	34	100	0	140	24	8	17	50	1.74
18669866--18670001	66	2.1	65	94	1	236	50	9	8	31	1.66
18670004--18670051	25	1.9	25	95	0	87	25	27	10	37	1.88
18670004--18670063	25	2.4	25	88	0	84	23	23	13	40	1.90
18670835--18670910	37	2.1	36	85	7	100	55	2	2	39	1.28
18671787--18671978	91	2.1	90	82	4	226	32	21	13	32	1.92
18699857--18699942	40	2.2	39	93	4	147	73	13	11	1	1.16
18711471--18711534	32	2.0	32	93	3	112	32	17	10	39	1.84
18719123--18719165	20	2.2	20	86	0	59	48	0	4	46	1.22
18726011--18726056	22	2.1	22	96	4	85	26	15	4	54	1.59
18733583--18733746	43	3.8	42	84	4	204	31	26	16	25	1.96
18734836--18734860	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
18737089--18737120	16	2.0	16	93	0	55	50	9	3	37	1.51
18746920--18746956	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
18750585--18750967	187	2.0	187	89	1	579	27	24	28	19	1.98
18756634--18756672	20	2.0	20	89	0	60	28	20	12	38	1.89
18759083--18759249	54	3.1	53	83	1	208	34	14	22	29	1.93
18759092--18759269	54	3.3	54	80	4	144	34	14	21	29	1.93
18759602--18759661	29	2.0	31	83	6	79	25	20	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18759923--18759957	6	5.8	6	93	0	52	0	68	0	31	0.90
18762474--18762686	66	3.4	62	67	20	174	41	3	6	48	1.44
18762436--18762728	120	2.4	120	94	2	509	42	2	4	50	1.38
18762561--18762612	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
18762690--18762731	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18762681--18762722	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
18762665--18762980	156	2.0	157	96	0	580	47	5	3	43	1.41
18762833--18762867	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18763032--18763122	45	2.0	45	85	2	121	37	28	5	28	1.79
18763103--18763138	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
18765561--18765590	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
18765747--18765790	20	2.2	20	84	8	54	54	9	4	31	1.52
18772293--18772485	9	22.3	9	71	16	149	32	2	19	45	1.64
18772282--18772386	25	4.2	25	80	7	122	34	1	19	44	1.61
18772350--18772528	18	10.8	16	68	18	75	29	2	18	48	1.63
18772297--18772505	34	6.4	34	71	18	140	31	2	18	46	1.64
18772293--18772485	16	11.2	17	72	17	116	32	2	19	45	1.64
18772333--18772534	87	2.3	87	81	7	214	30	3	18	47	1.65
18772320--18772455	53	2.6	55	80	7	142	33	1	19	45	1.60
18774084--18774112	15	1.9	15	100	0	58	55	13	10	20	1.68
18776158--18776201	13	3.1	14	87	9	63	50	43	0	6	1.29
18776165--18776209	7	6.6	7	79	5	56	48	46	0	4	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18776158--18776201	14	3.2	14	83	6	63	50	43	0	6	1.29
18776165--18776209	14	3.3	13	87	9	63	48	46	0	4	1.22
18776583--18776738	81	1.9	80	85	6	217	43	28	0	27	1.60
18777254--18777834	114	5.1	114	82	7	628	27	24	21	25	1.99
18779422--18779462	22	1.9	22	85	5	57	36	7	9	46	1.65
18779816--18779851	15	2.3	16	90	9	65	50	16	11	22	1.77
18780806--18780968	43	3.8	42	84	4	211	28	16	25	28	1.97
18782519--18782551	12	2.8	12	86	13	50	54	6	18	21	1.64
18783159--18783201	23	1.9	23	86	13	63	27	4	18	48	1.68
18790773--18790937	43	3.9	42	78	7	163	28	16	24	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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