genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27796246--27796305	26	2.3	26	80	8	68	30	10	3	56	1.48
27796582--27796792	107	2.0	107	91	0	341	31	19	18	30	1.96
27798301--27798425	62	2.0	62	92	3	207	40	20	5	32	1.76
27799722--27799765	12	3.5	13	84	9	65	81	9	9	0	0.87
27799716--27799765	24	2.2	22	89	7	73	82	10	8	0	0.86
27800201--27800257	7	8.4	7	83	11	66	84	0	12	3	0.75
27800194--27800258	6	10.0	6	79	17	60	81	0	13	4	0.84
27800193--27800257	20	3.3	19	89	8	94	83	0	12	4	0.80
27800194--27800258	13	5.0	12	77	18	60	81	0	13	4	0.84
27801303--27801905	88	6.9	89	80	4	616	26	15	27	30	1.96
27801435--27801911	175	2.7	176	89	1	683	26	15	27	30	1.96
27801276--27801898	307	2.0	307	86	1	874	26	15	27	31	1.96
27801278--27801905	132	4.8	132	85	2	859	26	15	27	31	1.96
27802098--27802538	82	5.4	82	90	3	551	31	25	20	22	1.98
27802101--27802538	122	3.6	123	88	4	581	31	25	20	22	1.98
27802101--27802538	204	2.1	204	94	0	761	31	25	20	22	1.98
27803697--27803907	107	2.0	107	91	0	341	31	19	18	30	1.96
27805808--27805909	38	2.6	40	76	4	109	27	16	23	32	1.96
27806239--27806380	43	3.3	43	84	3	180	33	28	14	22	1.94
27808086--27808164	31	2.6	31	81	2	106	44	20	13	21	1.86
27809604--27809643	7	5.7	7	93	0	62	57	37	0	5	1.21
27809652--27809692	21	2.0	21	85	0	55	53	21	2	21	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27810058--27810323	103	2.6	103	89	0	381	32	26	17	23	1.97
27810248--27810374	41	3.1	41	82	7	141	30	30	17	21	1.96
27818729--27818801	38	1.9	38	88	2	112	30	21	4	43	1.71
27819810--27819913	51	2.0	51	96	0	190	33	24	20	22	1.97
27821874--27821934	26	2.3	27	86	8	90	34	14	13	37	1.85
27833706--27833743	13	2.8	13	88	7	51	13	23	13	50	1.76
27842870--27842897	12	2.3	12	100	0	56	25	17	7	50	1.72
27844168--27844196	14	2.1	14	100	0	58	27	24	6	41	1.80
27849573--27849605	4	8.5	4	93	6	59	51	0	0	48	1.00
27853000--27853038	18	2.2	17	82	13	51	7	17	0	74	1.05
27853754--27853826	36	2.0	36	94	0	128	38	17	19	24	1.93
27855208--27855248	22	1.9	21	85	5	55	46	0	4	48	1.23
27857787--27857820	16	2.2	16	89	5	52	47	14	8	29	1.75
27869279--27869384	21	5.2	21	68	13	60	21	17	38	21	1.93
27873211--27873268	29	2.0	30	86	3	82	10	13	12	63	1.51
27873203--27873269	24	2.7	25	77	13	75	10	16	10	62	1.53
27873203--27873263	10	6.2	10	75	11	63	11	16	9	62	1.54
27875404--27875451	22	2.3	22	85	7	64	62	6	4	27	1.38
27889798--27889854	21	2.7	21	86	0	78	40	15	28	15	1.88
27890504--27890565	3	21.3	3	80	6	74	66	4	0	29	1.12
27890606--27890631	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
27891921--27891990	30	2.3	30	80	5	77	24	18	5	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27893126--27893231	45	2.3	46	81	1	124	25	21	20	32	1.98
27907666--27907729	33	1.9	33	87	6	94	31	3	21	43	1.68
27912680--27912704	8	3.1	8	100	0	50	24	0	28	48	1.52
27915585--27915612	12	2.3	12	100	0	56	42	7	7	42	1.59
27917373--27917508	42	3.2	42	87	2	184	11	19	17	51	1.75
27918077--27918124	22	2.2	22	88	7	71	54	2	8	35	1.42
27921672--27921843	51	3.4	51	85	3	204	25	18	25	31	1.97
27921799--27921880	38	2.2	37	89	4	128	28	17	20	34	1.95
27921898--27921992	45	2.1	45	90	0	154	28	17	23	30	1.97
27930679--27930799	41	3.0	41	80	3	122	20	18	29	31	1.96
27930818--27931055	41	5.8	41	82	3	262	20	17	26	35	1.95
27930818--27931055	124	1.9	123	87	2	352	20	17	26	35	1.95
27931399--27931437	15	2.7	14	76	7	51	28	0	33	38	1.57
27931417--27931471	28	2.0	28	85	0	74	23	0	40	36	1.55
27931421--27931474	21	2.6	21	80	16	67	25	0	38	35	1.57
27931560--27931618	7	8.4	7	79	7	66	16	0	49	33	1.47
27931560--27931618	14	4.2	14	80	8	75	16	0	49	33	1.47
27937435--27937484	17	3.0	17	85	2	75	46	6	20	28	1.74
27941737--27941804	24	3.1	22	70	15	61	42	7	1	48	1.40
27941799--27941839	19	2.2	19	91	8	66	46	0	0	53	1.00
27941859--27941889	12	2.7	11	90	9	53	48	9	0	41	1.36
27943882--27944062	43	4.2	43	93	1	292	21	19	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27954020--27954071	21	2.4	21	84	9	61	19	7	26	46	1.77
27954042--27954132	48	1.9	47	86	2	128	20	15	25	38	1.92
27954202--27954237	17	2.0	19	89	10	58	33	11	13	41	1.80
27955366--27955457	33	2.8	32	83	1	112	43	13	17	26	1.85
27955364--27955466	16	6.3	16	75	13	77	45	12	17	24	1.83
27963764--27963952	51	3.7	50	83	6	247	31	27	17	23	1.97
27963881--27963954	24	3.0	23	64	21	60	33	27	14	24	1.94
27969103--27969287	51	3.7	50	75	6	176	31	25	17	25	1.97
27969101--27969285	101	1.8	101	85	3	264	31	25	17	25	1.97
27972112--27972152	20	2.0	20	85	4	55	46	4	14	34	1.66
28001451--28001689	50	4.7	50	77	4	194	29	20	27	23	1.99
28004628--28004668	21	2.0	21	100	0	82	41	14	9	34	1.79
28005296--28005335	14	2.9	14	84	0	53	17	5	2	75	1.10
28005293--28005333	21	1.9	22	85	5	57	19	4	2	73	1.13
28006648--28006753	44	2.4	44	91	1	167	20	5	29	44	1.74
28008302--28008373	37	1.9	37	100	0	144	38	5	15	40	1.70
28011329--28011405	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
28011345--28011384	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28011333--28011399	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
28011368--28011407	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
28016210--28016246	18	2.0	19	89	5	58	40	8	5	45	1.56
28022063--28022178	55	2.1	56	95	1	207	33	24	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28024466--28024519	26	2.1	26	82	0	63	40	20	16	22	1.91
28024484--28024534	26	2.0	26	88	0	75	41	15	17	25	1.89
28024594--28024798	32	6.4	32	80	4	227	40	19	18	21	1.91
28024608--28024785	96	1.9	96	85	4	252	40	18	18	22	1.91
28024814--28024872	27	2.2	27	84	6	75	33	23	23	18	1.97
28024963--28025016	26	2.0	27	82	3	65	35	22	18	24	1.96
28024996--28025206	27	7.9	27	78	6	205	24	21	20	33	1.97
28024996--28025206	54	3.9	53	82	7	230	24	21	20	33	1.97
28024995--28025206	81	2.6	81	83	6	252	24	21	20	33	1.97
28027863--28027907	16	2.6	17	82	6	56	60	13	0	26	1.34
28027863--28027907	17	2.6	18	82	10	58	60	13	0	26	1.34
28031442--28031507	28	2.4	28	100	0	132	21	10	10	57	1.62
28032830--28032883	23	2.3	23	83	3	63	66	5	7	20	1.37
28033861--28033916	18	3.2	17	76	19	62	78	1	14	5	1.00
28033861--28033918	17	3.4	17	77	13	66	77	1	15	5	1.02
28033860--28033933	35	2.2	34	83	11	98	71	4	17	6	1.24
28035852--28035921	28	2.6	28	84	4	90	24	10	14	51	1.72
28041483--28041537	27	2.1	26	86	3	74	27	20	12	40	1.88
28056859--28056884	6	4.3	6	100	0	52	0	30	0	69	0.89
28058481--28058516	18	2.0	18	94	0	63	25	27	11	36	1.90
28069586--28069717	27	4.9	27	88	0	176	26	25	9	38	1.86
28075229--28075254	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28075388--28075754	41	9.0	41	88	1	511	18	22	31	28	1.97
28076537--28076599	14	4.4	14	88	4	81	20	0	31	47	1.51
28076532--28076599	7	9.6	7	83	3	64	22	0	29	48	1.51
28076587--28076626	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
28076597--28076666	7	10.0	7	71	11	54	20	0	45	34	1.51
28076597--28076666	14	4.9	14	80	5	70	20	0	45	34	1.51
28076614--28076666	21	2.5	22	87	12	83	20	0	47	32	1.51
28079511--28079548	19	2.0	19	100	0	76	21	15	10	52	1.72
28081014--28081099	43	2.0	43	88	0	127	33	11	10	44	1.75
28081365--28081550	43	4.3	43	88	1	273	18	17	32	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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