genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22971233--22971625	147	2.7	147	79	5	395	36	21	15	25	1.94
22972889--22972929	14	2.9	14	88	3	64	41	46	0	12	1.41
22973353--22973399	12	3.7	12	78	15	58	42	2	0	55	1.12
22973548--22974121	225	2.5	223	85	5	744	26	24	21	26	2.00
22973482--22974129	114	5.7	113	84	4	752	26	24	22	26	2.00
22974409--22974516	40	2.7	40	84	1	146	34	19	23	23	1.97
22976654--22976783	41	3.2	41	86	3	185	21	21	28	28	1.99
22976654--22976831	81	2.2	79	81	8	193	23	20	25	30	1.98
22976974--22977075	14	7.1	14	69	12	64	19	1	31	47	1.61
22977029--22977076	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
22977366--22977403	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
22977589--22977632	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
22977673--22977871	68	3.1	66	79	14	197	45	9	6	39	1.60
22977726--22977753	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
22977735--22977887	59	2.6	59	95	2	274	45	8	5	40	1.57
22977876--22977917	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22977891--22977951	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
22977730--22977909	59	3.2	56	83	12	230	46	8	4	41	1.54
22981626--22981712	43	2.0	43	86	4	122	34	11	10	43	1.75
22981989--22982290	43	7.0	43	90	1	417	26	16	30	27	1.97
22985283--22985378	31	3.1	31	92	3	165	46	13	8	31	1.73
22986781--22986847	34	2.0	34	94	5	118	47	4	23	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22989019--22989391	202	1.8	202	91	0	620	34	22	14	28	1.93
22992063--22992097	2	17.5	2	93	0	61	0	2	48	48	1.16
22992100--22992151	2	26.0	2	96	0	95	48	0	0	51	1.00
22992598--22992649	22	2.4	23	78	12	56	78	9	7	3	1.06
22995845--22995978	33	3.7	34	73	22	121	31	26	20	20	1.98
22995957--22996006	26	1.9	26	95	0	91	28	32	22	18	1.97
22995881--22996097	102	2.2	97	88	4	319	32	26	20	19	1.97
22996028--22996097	28	2.6	27	86	10	92	34	25	24	15	1.95
22999751--22999793	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
22999971--23000075	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
22999969--23000078	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
23000057--23000121	16	4.1	16	95	0	112	26	36	1	35	1.66
23000347--23000380	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
23006376--23006453	27	2.9	27	98	0	147	29	30	23	16	1.96
23006300--23006556	130	2.0	130	94	0	451	31	27	20	19	1.97
23006403--23006634	103	2.3	103	94	0	401	31	27	20	20	1.98
23010762--23011003	50	4.7	50	79	8	215	23	26	21	27	1.99
23013590--23013671	39	2.1	39	97	0	155	52	7	19	20	1.70
23013601--23013666	20	3.3	20	67	12	64	54	9	16	19	1.68
23013847--23013885	3	13.7	3	89	10	64	28	0	0	71	0.86
23015716--23015863	75	2.0	75	97	0	278	32	18	12	37	1.88
23017103--23017148	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23019779--23019812	18	1.9	17	94	5	59	79	5	14	0	0.91
23021151--23022062	132	6.9	132	92	0	1466	28	19	23	28	1.98
23022014--23022129	44	2.6	44	90	0	178	26	17	26	29	1.97
23022719--23022784	20	3.3	20	71	12	73	56	9	15	19	1.66
23022708--23022789	39	2.1	39	100	0	164	53	7	18	20	1.68
23022707--23022765	19	3.1	19	69	11	57	55	6	18	18	1.64
23022976--23023007	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
23024835--23024981	75	2.0	75	98	0	285	31	19	12	37	1.88
23041886--23041924	3	13.3	3	89	5	62	69	0	0	30	0.89
23041885--23041920	17	2.1	17	94	0	63	66	0	0	33	0.92
23041886--23041923	20	1.9	20	94	0	67	68	0	0	31	0.90
23041886--23041940	23	2.4	22	82	11	65	69	1	0	29	0.99
23042385--23042481	21	4.7	21	85	10	146	37	12	9	41	1.75
23048470--23048532	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
23051578--23052195	138	4.5	138	90	1	974	40	9	6	44	1.61
23054046--23054328	43	6.7	41	77	9	275	35	26	15	22	1.94
23054011--23054328	84	3.8	84	91	1	476	35	25	15	23	1.94
23054302--23054354	26	2.0	26	89	7	81	22	32	24	20	1.98
23062254--23062287	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
23062776--23062906	42	3.0	42	77	8	113	34	25	16	23	1.95
23062744--23062906	43	3.8	40	75	12	112	31	25	17	25	1.97
23069015--23069094	3	26.7	3	100	0	160	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23076899--23077487	285	2.1	286	95	0	1072	37	16	17	28	1.91
23077252--23077704	235	1.9	235	96	0	834	36	17	16	29	1.91
23093920--23093975	9	5.9	9	78	19	60	64	0	1	33	1.04
23093918--23093993	30	2.5	32	77	18	90	61	0	1	36	1.04
23094010--23094044	16	2.2	16	89	0	52	62	0	8	28	1.24
23094258--23094305	4	12.0	4	81	0	51	70	8	0	20	1.12
23095890--23096535	87	7.4	87	70	9	383	26	21	20	30	1.98
23095784--23096405	218	2.9	218	89	2	896	27	21	19	30	1.98
23096220--23096536	128	2.5	128	92	1	499	26	21	21	30	1.98
23095816--23096537	44	16.6	44	71	8	359	27	21	19	30	1.98
23097753--23097799	7	7.0	7	85	9	71	14	17	0	68	1.22
23097756--23097798	13	3.3	13	87	6	61	13	16	0	69	1.19
23097753--23097799	20	2.3	20	96	0	85	14	17	0	68	1.22
23098692--23098747	16	3.3	17	83	14	55	7	17	0	75	1.03
23098686--23098756	25	2.9	23	77	10	61	5	16	1	76	1.05
23098700--23098747	16	3.1	16	79	8	64	6	18	0	75	1.01
23098744--23098808	22	2.9	23	84	8	73	9	6	7	76	1.14
23098766--23098814	12	4.4	11	85	10	64	8	10	6	75	1.18
23100611--23100648	20	1.9	20	94	0	67	15	21	5	57	1.57
23103358--23103387	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23103509--23103543	16	2.2	16	89	0	52	62	0	8	28	1.24
23103848--23103895	4	12.0	4	81	0	51	70	8	0	20	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23111315--23111361	18	2.5	19	82	6	51	59	2	4	34	1.29
23118190--23118236	20	2.4	20	80	16	62	12	25	6	55	1.61
23118447--23118574	49	2.6	49	92	0	202	23	24	21	31	1.98
23118491--23118695	50	4.0	52	75	11	156	24	27	18	29	1.98
23125651--23125689	20	2.0	20	94	0	69	15	23	2	58	1.49
23125938--23126083	50	2.9	50	81	4	168	20	28	21	29	1.98
23131859--23131953	44	2.2	44	90	0	145	43	10	21	25	1.84
23131861--23131967	44	2.4	44	85	3	126	41	12	21	25	1.87
23131974--23132204	50	4.7	49	73	10	177	29	19	29	21	1.98
23135310--23135347	20	1.9	20	94	0	67	13	28	15	42	1.85
23138011--23138091	42	1.9	42	89	0	126	24	22	2	50	1.61
23146356--23146466	57	1.9	57	90	0	177	39	18	13	27	1.89
23162308--23162371	20	3.2	20	71	8	58	32	21	26	18	1.97
23162288--23162386	40	2.5	40	77	6	119	37	20	24	18	1.94
23162461--23162552	38	2.4	37	80	8	96	43	11	19	25	1.85
23162679--23162789	40	2.8	40	85	1	150	36	17	12	33	1.87
23166778--23166823	20	2.3	20	88	0	65	21	13	23	41	1.88
23166766--23166921	60	2.6	60	86	3	199	25	18	19	36	1.94
23171617--23171715	35	2.9	34	83	4	126	38	20	18	23	1.93
23182197--23182257	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
23188664--23188704	21	2.0	21	85	0	55	2	21	0	75	0.92
23222074--23222118	22	2.0	22	100	0	90	13	22	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23227364--23227396	15	2.3	15	89	5	50	36	0	9	54	1.32
23229740--23229783	22	2.0	22	95	0	79	34	22	15	27	1.95
23229753--23229918	50	3.4	50	79	6	187	34	24	15	25	1.94
23241933--23242419	243	2.0	243	98	0	938	30	15	22	31	1.95
23244757--23244800	23	2.0	22	90	4	70	61	0	0	38	0.96
23245200--23245241	15	2.8	16	85	7	52	59	0	0	40	0.97
23248708--23248786	40	2.0	40	89	0	122	34	16	31	17	1.93
23270960--23271006	24	1.9	25	91	4	78	38	0	36	25	1.56
23271637--23271917	27	10.4	27	82	2	278	34	19	23	23	1.97
23271995--23272048	26	2.1	26	82	0	63	14	20	29	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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