genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20768235--20768949	386	1.9	381	85	2	990	27	18	25	28	1.98
20768710--20769491	386	2.0	386	81	4	918	28	19	23	28	1.98
20768518--20769295	298	2.6	293	81	6	703	28	17	25	28	1.98
20769183--20769335	78	2.0	78	86	2	218	28	17	23	30	1.97
20769139--20769379	122	2.0	122	82	1	295	27	18	24	29	1.98
20769186--20771755	298	8.6	295	72	13	1062	28	18	24	29	1.98
20768816--20769555	386	1.9	386	87	1	1090	28	18	24	29	1.98
20769484--20769633	78	1.9	78	83	2	194	26	16	24	32	1.96
20769782--20769925	78	1.8	78	86	5	211	26	18	26	28	1.98
20770300--20770449	78	1.9	78	87	2	221	25	18	24	32	1.97
20770300--20771055	386	2.0	386	87	2	1088	27	18	24	28	1.98
20770984--20771133	78	1.9	78	83	2	194	26	16	24	32	1.96
20772228--20773195	298	3.2	297	82	3	1142	28	18	24	28	1.98
20771932--20774296	342	6.9	340	70	11	1331	28	18	24	28	1.98
20771932--20772677	386	2.0	381	82	4	916	28	17	25	28	1.98
20772228--20773326	298	3.7	297	79	9	1018	28	18	25	28	1.98
20773162--20773794	122	5.0	123	69	14	360	27	19	25	27	1.99
20773637--20773701	34	1.9	34	93	0	112	23	26	23	27	2.00
20772941--20777024	386	10.6	386	72	12	1587	28	18	24	28	1.98
20773593--20773745	78	2.0	78	85	2	209	25	22	24	27	2.00
20773600--20774333	298	2.4	299	84	3	943	27	19	24	28	1.98
20774536--20774680	78	1.9	78	83	2	193	24	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20774513--20774737	122	1.8	122	82	1	290	26	17	26	29	1.98
20774544--20775509	298	3.2	296	81	3	1136	27	18	24	28	1.98
20774886--20774952	34	1.9	35	85	8	93	23	19	25	31	1.98
20775869--20776018	78	1.9	78	81	8	180	23	17	24	34	1.96
20776208--20776433	122	1.9	122	86	1	328	26	20	23	29	1.99
20775939--20776880	429	2.2	429	88	1	1390	28	18	24	29	1.98
20776975--20777124	78	1.9	78	81	5	178	24	18	24	34	1.96
20776681--20778226	298	5.3	293	76	8	1101	28	18	24	28	1.98
20777569--20777870	78	3.7	78	79	10	311	25	19	24	30	1.98
20777569--20778440	166	5.2	166	70	11	630	27	17	24	29	1.98
20777688--20778436	122	6.0	122	72	11	496	27	18	24	29	1.98
20777823--20778612	386	2.0	386	92	0	1323	28	17	25	29	1.97
20778235--20778392	78	2.0	78	85	4	212	27	17	25	29	1.98
20778585--20778651	34	1.9	35	87	3	100	25	19	23	31	1.98
20778541--20778690	78	1.9	78	87	2	221	26	16	24	33	1.95
20778909--20778988	34	2.3	34	82	2	88	25	17	25	32	1.97
20778243--20779338	298	3.7	298	78	10	1068	28	17	24	29	1.97
20779226--20779374	78	1.9	78	88	2	228	25	18	26	28	1.98
20779182--20780188	122	7.9	122	68	16	399	27	18	25	28	1.98
20779138--20779442	166	1.8	166	82	6	395	26	19	24	29	1.98
20778953--20780342	385	3.6	386	92	0	2248	28	18	25	28	1.98
20779609--20779756	78	1.9	78	87	2	217	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20780036--20780100	34	1.9	34	96	0	121	20	24	27	27	1.99
20779992--20780144	78	2.0	78	90	2	245	24	21	24	28	1.99
20779995--20781346	298	4.5	298	82	5	1585	27	18	24	28	1.98
20780293--20780442	78	1.9	78	82	5	187	24	18	24	34	1.96
20780671--20780740	34	2.1	34	91	0	113	24	22	27	25	2.00
20780889--20781038	78	1.9	78	87	2	221	25	18	24	32	1.97
20781274--20781424	78	1.9	78	81	5	180	25	19	23	31	1.98
20781244--20781833	122	4.7	122	67	15	279	27	17	24	29	1.98
20781653--20781810	78	2.0	78	85	2	210	27	17	25	30	1.97
20781616--20781854	122	2.0	122	85	1	327	26	17	25	29	1.98
20780889--20782030	386	3.0	385	88	2	1666	28	18	24	28	1.98
20782342--20782406	34	1.9	34	90	0	103	21	27	23	27	1.99
20782257--20784008	342	5.1	342	72	13	1119	28	18	24	28	1.98
20782721--20783014	131	2.2	131	84	1	374	30	18	23	27	1.97
20781661--20782906	298	4.2	296	83	4	1461	29	18	23	29	1.98
20781775--20782905	596	1.9	595	89	1	1748	29	18	23	29	1.98
20783292--20783441	78	1.9	78	90	2	239	27	19	24	29	1.98
20783000--20783809	386	2.1	386	89	0	1246	27	18	25	28	1.98
20783290--20784988	298	5.7	298	70	15	1065	27	18	25	28	1.98
20783719--20783783	34	1.9	34	93	0	112	24	24	23	27	2.00
20783000--20784051	386	2.7	383	81	5	951	27	18	25	28	1.98
20783753--20784270	219	2.4	220	85	3	695	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20784280--20784344	34	1.9	34	96	0	121	21	26	24	27	1.99
20784236--20784388	78	2.0	78	89	2	236	23	22	25	28	2.00
20784192--20784414	122	1.8	122	84	3	306	25	22	23	28	1.99
20783370--20784564	561	2.1	562	89	1	1777	28	18	25	27	1.98
20784059--20785098	342	3.0	338	79	6	948	27	18	24	28	1.98
20784876--20784940	34	1.9	34	93	0	112	21	26	23	29	1.99
20784835--20784984	78	1.9	78	89	2	230	25	20	24	29	1.99
20784195--20785329	298	3.8	296	78	5	1009	27	19	24	28	1.98
20785176--20785241	34	1.9	35	84	3	89	28	19	24	27	1.99
20785132--20785281	78	1.9	78	87	2	221	26	18	24	31	1.97
20784791--20785846	342	3.1	338	79	9	1045	27	18	25	29	1.98
20785518--20785661	78	1.8	78	82	5	184	23	18	27	29	1.98
20784833--20785688	297	2.9	293	82	6	788	27	18	25	29	1.98
20786126--20787317	44	28.0	43	67	13	177	27	17	25	29	1.97
20786186--20786347	88	1.8	88	84	2	218	27	17	24	31	1.97
20786238--20786759	220	2.4	220	87	1	753	29	17	24	28	1.97
20786722--20786871	78	1.9	78	90	5	241	24	20	26	29	1.99
20786007--20787094	562	1.9	556	83	5	1384	28	17	24	28	1.97
20786456--20787213	342	2.2	338	82	6	904	27	17	25	29	1.97
20787036--20787327	122	2.4	122	85	5	376	26	16	26	30	1.97
20787146--20787291	78	1.9	78	89	2	231	25	18	26	29	1.98
20787212--20787336	44	2.8	44	86	2	162	24	18	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20787487--20788617	44	26.4	44	71	13	530	27	18	24	29	1.98
20787513--20787665	78	2.0	78	88	2	227	25	17	23	33	1.96
20787894--20788051	78	2.0	78	88	2	237	25	18	25	29	1.98
20787855--20788074	122	1.8	122	90	2	361	25	20	24	30	1.98
20786678--20788570	298	6.4	296	72	12	1047	27	18	24	29	1.98
20788200--20788349	78	1.9	78	90	2	239	25	17	25	32	1.97
20786458--20788402	386	5.1	387	74	11	1373	27	18	24	29	1.98
20788498--20788613	45	2.6	44	87	2	160	26	19	25	28	1.99
20790123--20790200	33	2.4	33	84	0	102	38	20	11	29	1.88
20790123--20790209	33	2.6	33	80	3	95	41	18	12	27	1.87
20792581--20792634	18	2.9	18	81	8	63	77	3	16	1	1.00
20794610--20794702	44	2.1	44	84	9	118	32	5	25	36	1.79
20795110--20795142	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
20801668--20801859	50	3.8	50	82	2	215	22	28	21	27	1.99
20803491--20803532	14	2.9	14	83	16	59	23	0	2	73	0.94
20804366--20804405	20	2.0	20	100	0	80	5	15	30	50	1.65
20807153--20807200	25	1.9	25	95	0	87	25	22	16	35	1.95
20821425--20821460	16	2.3	17	81	18	51	72	0	8	19	1.10
20823723--20823785	9	7.2	8	74	22	56	69	1	0	28	0.97
20823722--20823852	19	6.9	18	70	16	79	65	1	2	30	1.14
20823723--20823792	27	2.6	26	84	10	88	68	1	0	30	0.98
20823723--20823805	28	3.0	28	86	8	109	66	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20823740--20823853	10	11.7	10	68	24	50	63	0	2	33	1.15
20824178--20824251	29	2.6	29	82	4	89	37	2	0	59	1.12
20825631--20825685	22	2.5	23	75	21	64	38	5	14	41	1.69
20829375--20829404	8	3.9	8	95	4	53	36	0	0	63	0.95
20835854--20836040	88	2.1	88	85	2	241	28	22	24	23	1.99
20835980--20836095	57	2.0	57	83	0	142	31	22	26	19	1.98
20835900--20836178	145	1.9	145	83	1	362	27	24	26	21	2.00
20836037--20836456	88	4.8	88	78	1	347	28	23	24	23	1.99
20836184--20836288	44	2.4	45	79	6	106	28	27	20	23	1.99
20836087--20836328	89	2.7	89	79	0	225	28	24	23	23	1.99

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