genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   

This is table  72  of  150  ( 17918 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21442086--21442275	75	2.6	73	80	13	219	33	12	9	44	1.74
21442050--21442318	37	7.2	39	73	14	164	35	11	10	43	1.75
21443309--21443348	9	4.3	9	84	6	53	85	2	12	0	0.71
21443302--21443348	19	2.5	18	82	6	58	82	4	12	0	0.80
21448932--21448960	13	2.1	14	93	6	51	13	0	27	58	1.36
21450082--21450145	7	8.7	7	73	21	51	79	3	17	0	0.85
21450082--21450114	16	2.1	16	94	0	57	78	3	18	0	0.87
21450088--21450135	13	3.5	13	83	8	60	81	0	18	0	0.70
21454929--21454982	27	2.0	27	85	0	72	37	9	16	37	1.81
21460442--21460494	27	2.0	27	92	0	88	54	15	1	28	1.51
21465762--21465912	45	3.4	45	83	1	187	39	18	23	19	1.93
21470708--21471292	290	2.0	291	96	0	1091	38	15	13	32	1.87
21471533--21471588	23	2.4	23	96	0	103	41	0	5	53	1.24
21473635--21473691	25	2.2	26	81	9	64	42	24	12	21	1.87
21473701--21473817	27	4.3	27	86	8	141	24	16	21	37	1.93
21473715--21473832	27	4.4	27	86	8	161	22	18	17	41	1.90
21474067--21474104	19	2.0	19	85	10	51	23	44	18	13	1.85
21481435--21481488	22	2.4	22	93	3	90	48	11	7	33	1.67
21482707--21482736	14	2.2	14	94	5	53	60	0	6	33	1.23
21489233--21489292	26	2.3	26	85	0	84	28	35	20	16	1.94
21493076--21493151	9	8.4	9	78	5	82	43	21	7	27	1.80
21493075--21493143	27	2.6	27	93	4	113	46	18	7	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21493150--21493224	37	2.0	37	92	0	123	45	17	4	33	1.67
21493355--21493471	39	3.0	39	96	1	209	18	2	28	50	1.60
21493452--21493489	13	2.9	13	96	0	67	15	0	44	39	1.47
21497330--21497363	17	2.1	17	88	5	52	41	11	0	47	1.40
21503147--21503207	22	2.8	22	92	0	95	42	29	13	14	1.84
21506797--21506882	25	3.4	25	77	0	73	25	20	23	30	1.99
21507265--21507297	17	2.0	17	88	5	50	33	15	0	51	1.43
21512397--21512470	36	2.1	36	92	0	121	48	20	2	28	1.63
21515805--21515931	24	5.2	24	73	11	91	17	22	20	39	1.92
21521373--21521420	24	2.0	24	100	0	96	41	20	16	20	1.90
21522871--21522919	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
21523122--21523258	49	2.8	50	81	6	154	24	24	21	29	1.99
21524569--21524609	21	2.0	21	85	0	55	48	19	17	14	1.81
21528138--21528274	68	2.0	68	97	0	256	34	27	10	27	1.90
21533250--21533285	5	7.2	5	96	0	63	58	38	0	2	1.13
21537261--21537385	49	2.5	48	82	7	126	18	24	23	33	1.97
21537261--21537339	25	3.2	24	80	8	88	17	29	21	31	1.96
21537299--21537376	25	3.1	26	78	16	92	15	25	23	35	1.94
21547568--21547743	45	4.0	44	85	7	198	21	14	26	36	1.92
21548058--21549741	841	2.0	841	99	0	3359	36	8	20	34	1.83
21560571--21560758	25	7.6	25	69	16	90	19	27	19	33	1.96
21560639--21560746	24	4.5	24	73	9	76	18	27	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21560700--21560783	25	3.4	25	79	14	93	21	28	17	32	1.96
21560703--21560814	25	4.5	24	79	8	84	21	27	18	32	1.97
21565754--21565799	22	2.0	23	91	4	76	47	36	4	10	1.58
21566995--21567042	21	2.4	21	86	6	64	43	8	4	43	1.53
21569649--21569822	48	3.6	48	85	3	217	34	27	12	25	1.91
21575736--21575778	7	5.7	7	79	15	50	30	0	0	69	0.88
21575734--21575778	17	2.9	15	81	15	56	31	0	0	68	0.89
21580300--21580453	53	2.8	55	80	5	186	46	15	7	30	1.74
21581798--21581839	16	2.6	16	84	0	57	38	2	28	30	1.70
21584000--21584297	50	5.9	49	80	7	251	23	27	20	28	1.99
21584052--21584297	100	2.4	104	83	4	293	23	29	19	27	1.99
21597570--21597594	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
21597535--21597694	73	2.2	73	94	0	275	35	16	18	30	1.93
21601758--21601801	23	2.0	22	86	8	63	65	0	0	34	0.93
21616247--21616279	15	2.2	15	94	0	57	30	6	6	57	1.47
21616283--21616321	18	2.2	18	86	9	53	30	0	7	61	1.24
21617778--21617848	13	5.4	13	69	15	56	36	15	4	43	1.66
21623296--21623358	26	2.3	26	83	5	72	31	30	15	22	1.95
21623316--21623444	29	4.7	29	79	5	108	32	23	16	27	1.96
21623664--21623725	30	2.1	30	84	0	79	27	17	17	37	1.93
21626128--21626190	27	2.3	27	81	5	83	34	30	15	19	1.93
21626754--21626824	27	2.6	28	82	6	83	19	43	21	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21630122--21630166	23	2.0	23	87	8	67	77	2	4	15	1.02
21630538--21630591	28	1.9	28	92	7	92	55	7	0	37	1.28
21645205--21645257	26	2.0	26	100	0	106	30	15	7	47	1.73
21645355--21645382	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
21649824--21649866	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
21668051--21668168	25	4.8	25	75	7	89	33	19	24	22	1.97
21668245--21668299	26	2.1	26	89	0	83	34	21	25	18	1.96
21668249--21668327	26	3.1	26	80	14	76	36	18	22	21	1.95
21668935--21668975	20	2.0	20	90	0	64	31	12	2	53	1.51
21670199--21670241	21	2.0	21	100	0	86	53	18	13	13	1.73
21692913--21692964	17	3.0	17	81	10	61	61	0	0	38	0.96
21692913--21692964	18	3.0	18	77	5	54	61	0	0	38	0.96
21692916--21692954	9	4.4	9	83	3	53	64	0	0	35	0.94
21692916--21692968	27	2.0	26	82	10	63	64	0	0	35	0.94
21693829--21693882	20	2.5	22	74	14	60	27	9	0	62	1.25
21701318--21701350	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
21702575--21702616	12	3.5	12	81	12	50	38	0	0	61	0.96
21706838--21706952	53	2.2	53	93	1	194	54	21	13	9	1.67
21709249--21709323	33	2.3	33	83	4	89	36	14	22	26	1.93
21710085--21710127	23	1.9	22	85	4	59	69	2	27	0	1.00
21716630--21716691	30	2.1	30	84	0	79	56	4	6	32	1.46
21720129--21720169	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21720250--21720309	30	2.0	30	93	0	102	56	13	3	26	1.52
21726383--21726428	23	2.0	23	83	8	58	43	8	19	28	1.80
21735316--21735369	22	2.4	23	72	9	58	66	1	0	31	1.02
21735876--21735931	21	2.8	19	79	10	67	28	1	5	64	1.26
21735876--21735934	19	3.0	19	80	9	73	28	1	5	64	1.24
21737029--21737085	25	2.3	25	93	3	98	29	21	21	28	1.98
21739833--21739868	18	2.0	18	100	0	72	33	27	0	38	1.57
21740267--21740387	62	2.0	59	80	7	136	38	4	9	47	1.57
21743517--21743585	28	2.5	27	80	4	75	24	14	8	52	1.70
21743545--21743849	125	2.4	124	87	3	407	27	15	16	40	1.89
21743938--21744025	28	2.8	32	71	16	85	37	15	1	45	1.54
21743963--21744041	28	2.9	28	84	1	97	35	13	1	49	1.51
21752479--21752593	25	4.6	25	79	6	117	25	22	20	32	1.98
21752479--21752593	50	2.3	50	83	5	135	25	22	20	32	1.98
21755817--21755930	59	1.9	58	87	1	165	35	16	14	34	1.89
21764896--21764920	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21777759--21777856	20	4.8	20	80	1	106	40	23	25	10	1.86
21785542--21785645	40	2.7	40	86	3	140	36	4	8	50	1.55
21796433--21796492	28	2.1	29	84	9	79	65	5	1	28	1.23
21796435--21796490	17	3.1	17	74	20	51	67	5	1	25	1.21
21805276--21805431	73	2.2	73	91	3	253	59	2	8	28	1.41
21806659--21806716	13	4.6	13	73	14	50	63	1	3	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21809324--21809367	23	1.9	23	90	0	70	27	2	9	61	1.38
21810975--21811027	21	2.5	22	79	14	58	5	7	20	66	1.38
21816162--21816194	15	2.1	16	88	5	50	45	6	21	27	1.75
21823871--21823906	18	2.0	18	88	0	54	69	11	16	2	1.29
21824740--21824998	74	3.5	75	82	4	310	22	18	22	35	1.95
21826038--21826117	25	3.2	25	91	3	126	21	25	35	18	1.96
21836443--21836505	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
21837357--21837423	31	2.1	32	81	13	77	31	26	11	29	1.92
21841868--21841957	22	4.0	22	92	1	135	30	24	12	33	1.92
21860362--21860412	21	2.4	21	80	6	59	23	31	15	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150