genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5848039--5848080	19	2.3	19	87	4	59	33	0	2	64	1.07
5849266--5849302	13	2.7	14	84	16	51	67	5	5	21	1.31
5857714--5857746	14	2.4	14	85	5	50	42	18	21	18	1.89
5858909--5858962	26	2.0	28	85	7	76	33	1	5	59	1.31
5859018--5859082	26	2.3	26	79	10	67	33	1	4	60	1.27
5859125--5859162	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
5865433--5865779	44	8.1	44	80	10	405	26	18	25	28	1.98
5865523--5865587	34	1.9	34	96	0	121	23	24	24	27	2.00
5865547--5865806	89	2.9	88	79	8	294	28	19	23	28	1.98
5865848--5866568	169	4.3	169	90	2	1079	29	17	27	26	1.97
5871218--5871258	15	2.7	15	92	0	64	73	4	19	2	1.13
5875354--5875424	33	2.2	33	94	0	124	23	9	26	39	1.86
5876690--5876991	144	2.1	144	86	2	419	32	21	20	25	1.97
5876822--5877085	50	5.5	49	67	21	150	32	21	19	25	1.97
5876875--5877382	282	1.8	282	86	0	748	34	19	20	25	1.96
5876835--5877379	94	5.8	94	85	0	667	34	19	20	25	1.96
5877606--5877634	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
5877677--5877715	18	2.2	18	85	0	51	61	25	5	7	1.44
5878100--5878148	20	2.4	20	82	3	53	75	8	4	12	1.16
5888230--5888295	32	2.1	30	83	5	78	53	3	3	40	1.32
5889139--5889174	16	2.2	16	90	0	54	8	8	0	83	0.82
5889438--5889483	23	2.0	22	83	4	56	28	0	4	67	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5892408--5892460	6	8.8	6	87	8	72	50	3	0	45	1.19
5893009--5893033	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
5896747--5896783	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
5896837--5896867	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
5902050--5902097	24	1.9	24	83	8	60	37	6	16	39	1.74
5906538--5906568	14	2.2	14	94	0	53	16	0	38	45	1.47
5906530--5906602	34	2.1	34	84	0	92	19	4	36	39	1.71
5906585--5906609	7	3.6	7	100	0	50	0	0	56	44	0.99
5909123--5909157	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
5911252--5911469	44	5.0	44	67	14	121	27	22	17	31	1.97
5911556--5912769	44	27.4	42	71	13	626	27	22	18	31	1.97
5911556--5912775	45	27.5	44	74	6	707	26	22	18	32	1.97
5911532--5912775	89	14.0	89	87	1	1694	27	22	18	32	1.97
5920839--5920878	20	2.0	20	95	0	71	32	15	22	30	1.94
5924428--5924466	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
5928199--5928238	17	2.3	16	87	12	53	72	12	0	15	1.12
5929353--5929433	3	27.0	3	83	0	72	27	2	7	62	1.34
5929389--5929449	18	3.5	17	77	22	56	36	4	1	57	1.30
5934590--5934620	16	1.9	16	93	0	53	22	12	22	41	1.88
5939180--5939295	41	2.8	40	84	5	133	30	18	21	29	1.97
5939612--5939644	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
5940437--5940479	21	2.0	20	83	16	52	30	11	16	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5940710--5940828	47	2.6	46	80	6	143	40	17	24	17	1.91
5941775--5941822	24	2.0	24	84	8	62	33	8	27	31	1.86
5942150--5943582	123	11.0	123	70	11	864	30	15	24	28	1.96
5942369--5942438	36	1.9	36	88	5	106	28	20	21	30	1.98
5942496--5942535	21	1.9	21	89	0	62	37	5	32	25	1.77
5942128--5943582	261	5.6	260	86	1	1998	30	15	24	28	1.96
5942517--5942668	51	3.0	51	79	0	169	28	16	25	29	1.97
5942630--5942703	36	2.1	36	84	0	94	28	20	20	31	1.97
5942579--5942754	87	2.0	87	84	0	226	28	17	22	31	1.97
5942666--5942778	51	2.2	51	84	3	147	32	15	21	30	1.95
5942781--5942922	51	2.8	51	75	0	158	28	17	26	27	1.98
5942927--5943039	51	2.2	52	90	3	176	33	13	23	30	1.92
5943048--5943190	51	2.8	51	78	4	162	29	18	23	28	1.98
5942128--5943573	522	2.8	522	90	0	2214	30	16	24	29	1.96
5943101--5943276	87	2.0	87	88	2	264	27	17	23	31	1.97
5943413--5943486	36	2.1	36	86	0	103	24	20	22	32	1.98
5943362--5943537	87	2.0	87	85	2	237	27	17	23	31	1.97
5943449--5943561	51	2.2	52	90	3	176	31	15	23	30	1.95
5944200--5944292	3	31.0	3	88	0	78	24	1	10	63	1.33
5949360--5949394	19	1.9	17	88	11	52	74	0	5	20	1.02
5949360--5949395	18	1.9	19	88	5	56	75	0	5	19	1.00
5953127--5953175	9	5.4	9	87	0	62	44	22	6	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5953286--5953325	18	2.2	18	86	0	53	12	2	45	40	1.56
5955177--5955277	52	1.9	52	95	0	184	32	9	10	46	1.72
5956046--5956088	21	2.1	21	87	8	63	44	37	4	13	1.65
5956122--5956159	13	2.8	14	84	4	51	26	7	26	39	1.83
5962003--5962198	105	1.9	101	82	8	243	33	14	23	28	1.94
5962888--5962983	33	3.2	32	67	27	91	43	15	9	31	1.78
5964227--5964321	42	2.3	42	85	5	122	44	9	5	41	1.59
5967528--5967660	68	2.0	68	84	3	178	48	2	9	39	1.47
5967624--5967666	2	21.5	2	81	9	52	46	0	6	46	1.30
5967537--5967676	68	2.1	68	81	5	158	52	2	7	37	1.43
5967751--5967787	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
5968397--5968430	11	3.0	11	83	8	50	79	2	2	14	0.97
5969466--5970494	88	11.7	88	91	1	1611	24	24	22	27	2.00
5969481--5970494	350	2.9	352	91	1	1626	24	24	22	27	2.00
5971602--5971648	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
5971742--5971778	8	4.6	8	96	0	65	13	8	0	78	0.96
5972573--5972605	13	2.5	13	90	9	50	0	15	0	84	0.61
5972574--5972613	19	2.1	19	85	0	53	2	15	0	82	0.77
5972617--5972705	9	10.3	9	84	15	102	10	0	10	79	0.93
5972617--5972695	29	3.0	27	84	13	103	8	0	11	79	0.93
5972629--5972709	36	2.2	36	89	10	121	11	0	9	79	0.95
5972629--5972687	20	3.1	20	92	7	97	8	0	10	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5977831--5977878	15	3.1	15	82	8	53	60	12	6	20	1.54
5979377--5979489	44	2.6	44	88	2	147	28	19	20	31	1.97
5979406--5979494	44	2.0	44	97	0	169	25	19	22	32	1.97
5979717--5980494	50	15.7	49	72	8	167	24	21	22	31	1.98
5979717--5980854	100	11.4	99	82	3	1171	24	21	22	31	1.98
5979739--5980854	298	3.7	298	87	2	1456	24	21	22	31	1.98
5979916--5980841	50	18.6	50	75	8	766	24	21	22	31	1.98
5980859--5981033	44	4.0	44	71	10	133	22	22	26	28	1.99
5982072--5982173	43	2.4	42	79	12	109	27	24	15	32	1.96
5983466--5983496	12	2.7	11	90	9	53	0	0	9	90	0.46
5987852--5987885	11	3.0	11	83	8	50	79	2	2	14	0.97
5995986--5996267	122	2.3	121	84	7	351	39	20	3	36	1.72
5996036--5996266	63	3.7	62	73	6	218	38	21	3	36	1.72
5996401--5996552	67	2.4	62	79	6	160	37	19	4	38	1.73
5996562--5996606	23	2.0	23	86	0	63	44	17	2	35	1.62
5996846--5996994	60	2.5	57	73	9	147	37	19	4	38	1.71
5997132--5997395	71	3.8	71	83	5	308	34	26	3	36	1.72
5996882--5997463	61	9.0	66	76	8	414	34	26	3	35	1.75
5996942--5997470	65	8.1	65	73	11	237	35	26	3	34	1.74
5996846--5997490	126	5.1	127	78	10	493	35	25	3	35	1.74
5996879--5997458	200	3.0	193	78	8	493	35	26	3	35	1.75
5999355--5999396	3	13.7	3	90	5	66	33	2	0	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5999358--5999393	19	1.9	19	94	5	65	33	2	0	63	1.08
6000159--6000300	72	2.0	72	92	0	239	27	17	19	35	1.94
6005758--6006238	238	2.0	238	95	0	865	34	19	24	22	1.96
6012510--6013627	50	22.3	50	76	4	797	33	20	19	27	1.97
6012510--6013531	100	10.2	100	86	1	1332	33	20	19	26	1.97
6012515--6013549	150	6.9	150	78	3	938	33	20	19	26	1.97
6013737--6013999	132	2.0	132	90	1	411	29	17	25	26	1.98
6014159--6014267	44	2.5	44	83	0	119	32	17	20	30	1.95
6016287--6016327	10	4.1	10	79	20	50	41	0	0	58	0.98
6016815--6016957	73	2.0	73	91	0	232	30	18	13	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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