genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996358--1996407	24	2.1	24	88	0	73	2	50	2	46	1.24
1996793--1996834	18	2.3	19	88	12	70	33	0	2	64	1.07
2001136--2001178	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
2001366--2001498	69	1.9	69	89	0	203	42	20	16	21	1.90
2001350--2001500	23	6.7	23	83	2	182	40	20	17	21	1.91
2005301--2005347	13	3.3	14	76	11	51	61	2	2	34	1.20
2006354--2006383	13	2.3	13	94	0	51	3	10	0	86	0.67
2006365--2006401	16	2.2	18	85	9	51	2	16	0	81	0.81
2011569--2011599	15	2.1	15	100	0	62	51	22	12	12	1.74
2012049--2012177	66	1.9	67	88	1	197	26	34	19	19	1.95
2012299--2012446	57	2.5	60	86	9	214	21	26	22	29	1.99
2016610--2017320	100	7.1	100	92	0	1080	22	21	23	32	1.98
2020079--2020106	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
2020620--2020662	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
2020709--2020833	54	2.4	54	80	10	134	41	0	3	55	1.16
2020627--2020953	174	1.8	174	92	6	559	41	0	4	52	1.26
2021151--2021196	16	2.9	16	93	0	83	23	34	2	39	1.67
2022034--2022084	7	7.3	7	82	8	68	45	37	0	17	1.49
2022035--2022231	14	13.9	14	69	13	89	46	31	0	21	1.52
2022036--2022087	15	3.6	15	87	7	63	48	34	0	17	1.48
2022713--2022819	40	2.7	39	81	2	124	23	19	21	35	1.96
2024674--2024716	19	2.3	19	88	4	61	37	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032182--2032252	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
2033694--2033730	2	19.5	2	83	10	51	48	2	0	48	1.15
2033772--2033821	23	2.1	24	85	10	68	8	14	10	68	1.40
2034109--2034149	17	2.3	19	79	12	50	24	0	2	73	0.96
2037603--2037660	28	2.1	28	90	3	91	55	1	1	41	1.20
2043416--2043529	43	2.6	42	74	17	108	26	20	23	29	1.99
2047618--2047653	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2053533--2053570	4	9.5	4	94	0	67	73	2	0	23	0.95
2059199--2059262	23	2.8	24	78	7	69	51	3	7	37	1.47
2065768--2065808	15	2.7	15	80	0	55	63	4	7	24	1.40
2065874--2065907	4	8.5	4	86	0	50	67	2	2	26	1.19
2067469--2067519	19	2.7	19	90	0	84	33	19	0	47	1.50
2067708--2067900	69	2.8	69	80	1	219	38	19	21	20	1.94
2067697--2067899	23	9.0	23	89	1	178	38	19	21	20	1.93
2075164--2075335	65	2.9	56	85	14	263	30	21	7	40	1.81
2075750--2075805	20	3.0	20	70	24	59	35	0	3	60	1.14
2075752--2075818	35	1.9	35	84	6	91	34	0	2	62	1.10
2075772--2075828	28	2.0	28	80	12	64	40	1	3	54	1.28
2084382--2084424	18	2.4	16	82	17	50	41	13	0	44	1.44
2087691--2087754	31	2.1	31	83	13	80	57	0	14	28	1.37
2088637--2088700	24	2.6	24	92	2	101	15	28	18	37	1.92
2089860--2089889	13	2.4	12	89	10	51	33	3	10	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091184--2091221	20	1.9	20	94	0	67	28	26	18	26	1.98
2095743--2095889	30	5.0	30	85	6	194	34	22	4	38	1.73
2095752--2095864	58	1.9	58	89	3	174	35	21	3	39	1.70
2096205--2096276	3	22.0	3	78	18	56	69	0	30	0	0.89
2096208--2096276	7	9.9	7	82	4	50	69	0	30	0	0.89
2096225--2096292	4	18.5	4	78	17	60	76	0	23	0	0.79
2096226--2096288	33	1.9	33	93	0	108	76	0	23	0	0.79
2096222--2096292	7	9.9	7	80	11	54	76	0	23	0	0.79
2096395--2096433	18	2.2	17	95	4	69	76	12	10	0	1.01
2097124--2097189	18	3.6	19	78	12	57	34	10	15	39	1.82
2097102--2097206	35	3.0	34	81	8	115	33	9	14	42	1.78
2097092--2097212	17	7.2	16	72	16	93	29	11	14	43	1.81
2098986--2099252	133	2.0	133	99	0	525	42	12	24	20	1.86
2106001--2106057	27	2.1	27	100	0	114	31	3	24	40	1.72
2106550--2106591	17	2.4	18	80	15	52	11	11	0	76	1.03
2107429--2107573	73	2.0	73	95	0	263	33	9	15	41	1.79
2109357--2109405	19	2.5	19	87	9	64	38	0	8	53	1.31
2113229--2113266	20	1.9	20	94	0	67	28	26	18	26	1.98
2124199--2124257	16	3.8	16	70	18	52	59	0	3	37	1.14
2124412--2124995	114	5.1	113	75	8	551	33	16	21	29	1.95
2124417--2125013	227	2.6	227	90	3	898	33	16	20	28	1.95
2124795--2125198	188	2.1	188	91	0	646	31	15	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124937--2125081	74	2.0	74	84	2	193	33	15	20	30	1.93
2125017--2125222	114	1.8	114	80	6	247	31	14	23	31	1.94
2125611--2125654	7	6.6	7	84	10	65	15	0	50	34	1.45
2125604--2125643	21	1.9	21	94	0	71	17	0	47	35	1.48
2125616--2125654	12	3.1	12	92	7	60	15	0	51	33	1.44
2125616--2125668	26	2.0	26	82	7	63	20	0	45	33	1.52
2125753--2125835	7	11.9	7	79	5	87	19	1	48	31	1.57
2125784--2125843	14	4.4	14	87	10	56	18	0	48	33	1.48
2125870--2125932	31	2.0	31	100	0	126	34	0	7	57	1.28
2126092--2126118	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2126120--2126160	20	2.0	20	85	0	55	60	4	7	26	1.43
2126174--2126265	47	2.0	47	84	0	121	42	7	3	46	1.48
2127563--2127587	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
2128344--2128387	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
2128376--2128464	14	6.3	14	85	1	88	4	10	11	74	1.21
2128391--2128477	7	12.3	7	80	2	102	3	11	12	72	1.24
2128393--2128460	35	1.9	35	93	0	118	2	11	13	72	1.24
2137539--2137710	66	2.6	65	82	4	202	41	18	27	12	1.87
2137681--2137753	21	3.5	21	81	3	76	34	17	41	6	1.76
2137701--2137793	21	4.4	21	80	0	105	34	16	43	6	1.73
2138148--2138409	86	3.0	86	88	3	366	22	17	29	29	1.97
2138137--2138489	43	8.2	43	73	5	264	24	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138147--2138409	130	2.0	130	79	5	282	22	17	29	30	1.97
2138157--2138409	87	2.9	86	88	3	366	23	18	30	28	1.97
2138674--2138716	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
2141392--2141684	114	2.6	114	94	0	507	31	19	22	26	1.98
2141832--2142093	114	2.3	114	89	2	391	29	19	24	27	1.98
2142060--2142149	41	2.2	41	82	4	101	17	22	28	31	1.97
2143651--2143927	83	3.3	82	82	5	315	25	18	23	31	1.98
2145445--2145471	14	1.9	14	100	0	54	14	25	14	44	1.84
2146406--2146813	9	41.8	9	66	25	72	47	12	1	39	1.49
2146415--2146901	56	8.2	56	81	11	555	45	11	1	40	1.51
2146512--2146562	22	2.4	22	86	3	77	47	9	1	41	1.48
2146539--2146845	31	9.7	34	75	18	270	45	12	1	40	1.50
2146645--2146689	16	2.8	16	80	19	58	44	24	0	31	1.54
2146404--2146907	153	3.4	151	80	12	556	46	11	1	40	1.50
2146711--2146811	22	4.6	22	68	26	72	49	11	0	38	1.40
2146822--2146867	22	2.1	22	91	0	74	45	10	0	43	1.39
2146888--2147028	9	16.7	9	73	12	111	41	17	1	39	1.59
2146888--2147028	25	5.6	25	68	18	80	41	17	1	39	1.59
2146888--2147028	34	4.2	33	70	15	92	41	17	1	39	1.59
2146832--2147006	83	2.1	81	86	4	235	42	14	1	40	1.56
2146893--2147026	16	8.1	16	70	15	78	41	17	1	38	1.59
2147066--2147099	16	2.1	16	88	0	50	55	14	0	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150319--2150488	66	2.6	65	83	3	198	40	17	28	14	1.88
2150460--2150570	21	5.3	21	80	0	105	34	18	41	6	1.75
2150920--2151192	43	6.3	43	77	2	262	21	16	32	29	1.95
2150940--2151213	86	3.2	86	89	1	379	24	16	32	26	1.96
2150920--2151152	129	1.8	129	83	3	308	22	15	31	30	1.95
2151049--2151234	86	2.2	86	87	0	264	22	19	31	26	1.98
2151307--2151349	18	2.4	18	96	0	77	32	16	23	27	1.96
2151346--2151388	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
2151450--2151491	21	2.0	21	95	0	75	64	4	7	23	1.38
2152343--2152424	24	3.4	24	75	8	69	24	20	21	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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