genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25229396--25229621	112	2.0	111	96	0	416	33	18	5	42	1.72
25232603--25232708	5	21.0	5	71	22	55	39	0	4	54	1.28
25232571--25232681	33	3.4	33	78	13	97	39	0	4	55	1.20
25232630--25232688	24	2.6	23	77	17	68	37	0	6	55	1.26
25232603--25232686	36	2.5	35	84	7	111	39	0	4	55	1.21
25232603--25232681	31	2.5	33	84	10	103	39	0	3	56	1.17
25232632--25232708	18	4.5	17	72	21	54	38	1	5	54	1.31
25232780--25232812	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
25233386--25233423	18	2.1	18	100	0	76	31	7	10	50	1.66
25236194--25236421	41	5.7	39	76	6	179	20	28	15	35	1.93
25236274--25236411	21	6.8	20	67	15	79	18	29	16	34	1.93
25236194--25236420	40	5.6	41	77	3	201	20	27	15	36	1.93
25247473--25247544	25	2.9	25	85	4	92	30	26	16	26	1.97
25266195--25266224	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
25266236--25266265	11	2.7	11	100	0	60	60	0	0	40	0.97
25270916--25271207	50	5.7	50	78	3	246	24	28	20	26	1.99
25275930--25275955	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
25276663--25276697	13	2.6	14	86	9	54	0	34	2	62	1.10
25277583--25277638	25	2.2	26	79	17	73	64	1	1	32	1.14
25292361--25292463	51	2.0	51	92	0	170	33	4	21	39	1.75
25298842--25299012	50	3.3	50	81	6	164	22	30	22	23	1.99
25301859--25301902	18	2.4	18	76	0	52	20	34	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25312638--25312757	25	4.8	25	85	4	127	31	23	20	25	1.98
25312638--25312757	50	2.4	50	84	5	145	31	23	20	25	1.98
25313389--25313429	21	1.9	22	90	5	66	36	7	21	34	1.82
25320955--25320995	21	1.9	22	90	5	66	36	9	21	31	1.86
25321408--25321502	42	2.3	42	94	0	163	25	30	31	12	1.93
25327044--25327074	15	2.1	15	93	0	53	38	32	6	22	1.80
25344836--25344885	21	2.3	22	86	13	68	52	14	6	28	1.65
25360215--25360402	51	3.7	50	82	3	189	32	27	14	25	1.94
25360316--25360398	26	3.2	26	68	21	75	32	26	15	25	1.96
25362298--25362343	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
25362911--25362937	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
25366618--25366657	14	2.7	14	84	7	53	50	0	0	50	1.00
25374813--25374851	19	2.0	20	85	5	53	51	0	15	33	1.44
25375519--25375594	25	3.2	25	62	24	63	27	32	23	15	1.95
25375462--25375596	47	3.0	47	90	5	199	25	28	29	17	1.97
25392718--25392816	42	2.4	42	87	3	137	24	28	22	25	1.99
25393466--25393551	39	2.2	39	79	8	95	36	2	8	53	1.43
25402466--25402993	269	2.0	270	96	0	977	39	20	12	27	1.89
25411560--25411849	144	2.0	142	89	3	447	32	17	18	32	1.94
25416903--25416936	17	2.0	18	88	11	54	70	2	5	20	1.21
25418679--25418759	31	2.6	32	76	9	87	46	9	13	29	1.75
25418996--25419039	22	2.0	22	100	0	88	40	0	18	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25421790--25421821	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25422044--25422188	51	2.8	51	80	8	195	31	30	16	22	1.96
25423610--25423783	38	4.6	38	90	0	249	32	28	19	20	1.97
25423635--25423703	16	4.0	16	71	21	50	33	31	18	15	1.93
25423654--25423726	22	3.6	22	75	21	95	31	31	21	15	1.94
25423676--25423739	16	3.6	16	74	22	65	29	31	23	15	1.95
25426383--25426443	31	2.0	31	93	0	104	29	21	31	18	1.96
25427986--25428034	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
25431630--25431688	30	1.9	31	86	10	86	44	8	20	27	1.80
25432157--25432500	102	3.4	101	87	2	449	29	15	25	29	1.96
25432157--25432491	51	6.6	50	82	5	350	29	15	25	29	1.96
25433365--25433539	85	2.1	85	97	0	332	26	18	14	39	1.90
25434108--25434221	43	2.7	43	80	13	135	21	20	28	29	1.98
25434952--25434985	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
25436268--25436393	66	1.9	66	95	0	225	26	35	17	19	1.94
25436539--25436654	57	2.0	59	90	10	184	22	24	23	30	1.99
25441447--25441490	23	1.9	23	95	0	79	52	9	6	31	1.59
25441451--25441502	23	2.2	23	82	3	59	50	17	5	26	1.69
25443748--25443827	39	2.1	39	100	0	160	65	12	5	17	1.44
25445217--25445261	16	2.8	17	76	10	58	68	2	6	22	1.24
25445902--25446291	154	2.6	147	83	9	469	44	9	3	42	1.55
25446688--25446721	10	3.3	10	88	8	50	82	0	11	5	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25447010--25447040	16	1.9	16	100	0	62	51	9	19	19	1.74
25447047--25447427	42	9.1	42	82	2	424	39	23	17	20	1.92
25447835--25447867	17	1.9	17	93	0	57	0	6	12	81	0.85
25447857--25447889	13	2.3	15	85	15	52	0	0	21	78	0.75
25455958--25456015	4	14.5	4	75	0	53	51	3	24	20	1.62
25457261--25457291	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
25457344--25457380	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25457594--25457653	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
25471806--25471964	54	3.0	53	85	2	201	20	16	20	42	1.89
25471833--25471987	27	5.8	27	87	0	204	17	15	23	43	1.87
25485507--25485689	51	3.6	51	79	6	167	27	16	26	29	1.97
25487953--25488002	25	1.9	27	84	8	68	30	18	12	40	1.86
25488272--25488304	12	2.8	12	100	0	66	9	24	0	66	1.20
25488298--25488336	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
25489138--25489400	28	9.4	28	90	5	367	28	23	24	23	1.99
25489804--25490147	27	12.7	27	83	6	256	19	15	23	40	1.90
25489817--25490135	81	3.9	81	86	4	385	18	16	23	41	1.90
25489818--25490147	54	6.1	54	81	4	362	18	16	23	41	1.89
25490351--25490386	17	2.1	18	89	5	56	22	38	22	16	1.93
25491656--25491846	50	3.7	50	79	4	193	25	28	19	26	1.99
25496177--25496316	27	5.1	27	85	1	163	19	21	20	39	1.93
25497826--25497879	25	2.2	25	89	0	81	18	48	11	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503059--25503170	42	2.6	43	80	4	129	25	16	25	33	1.96
25505208--25505239	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
25527707--25527888	39	4.7	39	81	4	206	30	4	21	42	1.74
25527708--25527888	78	2.3	78	84	0	229	30	4	22	41	1.75
25541264--25541296	14	2.3	15	89	5	50	9	0	9	81	0.87
25545126--25545172	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
25548292--25548339	18	2.7	18	80	0	60	75	0	25	0	0.81
25548292--25548338	12	3.8	13	83	8	55	74	0	25	0	0.82
25550684--25551604	44	20.5	44	71	9	445	31	18	22	27	1.97
25550673--25551193	178	2.9	178	87	0	756	32	18	22	27	1.97
25551265--25551659	44	8.8	44	68	11	192	30	20	21	27	1.98
25552335--25552374	11	3.6	11	86	0	53	10	0	12	77	0.99
25552339--25552370	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
25568937--25568992	21	2.7	21	88	0	76	21	37	23	17	1.94
25572883--25573056	27	6.4	27	84	0	213	41	22	15	20	1.90
25572867--25573053	81	2.3	81	83	4	236	42	20	15	21	1.89
25577651--25577682	16	2.0	16	93	0	55	37	9	18	34	1.83
25579244--25579337	46	2.1	46	95	2	172	36	2	22	39	1.66
25590443--25590552	32	3.5	32	82	1	132	40	20	19	20	1.92
25590556--25590605	26	1.9	26	84	8	66	36	28	22	14	1.92
25590594--25590657	27	2.4	26	85	14	87	32	25	23	18	1.97
25590721--25590778	24	2.4	24	88	0	89	46	22	8	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25590759--25590804	24	1.9	24	90	0	74	39	23	10	26	1.88
25590824--25590967	27	5.4	27	80	5	141	24	20	18	36	1.94
25590823--25590967	54	2.7	52	81	5	164	24	21	17	36	1.95
25594683--25594982	38	7.9	38	84	3	298	36	28	19	16	1.93
25594678--25594980	114	2.7	114	82	2	367	36	28	18	16	1.93
25618804--25618872	10	6.9	10	73	12	61	27	14	31	26	1.95
25618802--25618872	20	3.5	20	82	3	81	29	14	30	25	1.94
25619665--25619698	17	2.0	17	94	0	59	26	23	17	32	1.97
25623282--25623358	20	3.9	20	84	5	86	28	15	28	27	1.96
25623581--25623615	10	3.5	10	96	0	52	22	0	22	54	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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