genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24706995--24707377	51	7.7	51	74	13	180	29	15	25	28	1.96
24706997--24707223	97	2.3	100	84	6	293	27	14	27	29	1.96
24707189--24707371	49	3.7	49	91	0	285	30	17	24	28	1.97
24722925--24722970	14	3.5	14	74	14	53	60	2	4	32	1.28
24725804--24725842	19	2.1	19	90	0	60	46	0	25	28	1.53
24729736--24729829	47	2.0	47	95	0	170	39	18	11	30	1.86
24731025--24731277	132	1.9	133	87	2	375	45	5	17	31	1.71
24734468--24734689	68	3.3	68	85	0	282	36	16	23	23	1.94
24741720--24741770	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
24758775--24758832	25	2.3	26	80	14	68	36	24	13	25	1.92
24766481--24766520	20	2.0	20	90	0	62	5	30	25	40	1.77
24769804--24769855	26	2.0	26	85	7	70	40	3	17	38	1.68
24770625--24770680	28	2.0	28	100	0	112	32	10	25	32	1.90
24773515--24773908	200	2.0	200	92	0	662	29	13	19	37	1.90
24774803--24775180	198	1.9	199	92	2	636	29	13	19	38	1.89
24776080--24776458	200	1.9	200	95	0	686	30	13	18	37	1.89
24777352--24777730	199	1.9	199	92	2	645	28	13	19	38	1.89
24778615--24779008	200	2.0	200	91	1	646	28	14	20	37	1.91
24787960--24788045	40	2.2	40	91	0	136	30	9	31	29	1.88
24788173--24788217	10	4.3	10	78	10	54	37	2	0	60	1.09
24791138--24791277	25	5.6	25	73	12	76	22	22	20	35	1.96
24791150--24791277	50	2.6	49	80	10	145	22	21	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24791419--24791470	26	2.0	26	85	7	70	40	5	17	36	1.73
24803498--24803544	23	2.0	23	100	0	94	42	4	4	48	1.42
24812263--24812366	52	2.0	52	86	3	147	26	25	14	32	1.95
24813570--24813605	18	2.0	18	88	0	54	66	0	5	27	1.13
24814549--24814583	6	5.8	6	100	0	70	68	0	0	31	0.90
24815338--24815391	20	2.7	21	78	18	62	40	9	0	50	1.35
24815338--24815409	18	3.8	19	75	17	69	37	11	0	51	1.38
24815903--24815944	21	2.0	21	85	4	57	66	0	2	30	1.04
24816203--24816269	29	2.3	29	84	2	82	52	4	1	41	1.31
24833920--24833956	18	2.2	18	85	9	51	37	16	8	37	1.78
24839800--24839839	20	2.0	20	85	0	53	32	17	22	27	1.96
24844941--24844996	28	2.0	28	85	0	76	46	25	7	21	1.76
24845339--24845393	28	2.0	28	82	7	67	61	1	30	5	1.29
24851817--24851857	16	2.7	16	88	7	59	51	0	7	41	1.30
24858199--24858236	16	2.4	16	86	4	51	47	15	0	36	1.46
24859767--24860014	50	4.8	50	86	3	289	27	20	29	22	1.98
24861774--24861897	43	2.9	44	76	11	130	30	27	20	21	1.98
24864914--24864968	27	2.0	27	100	0	110	38	18	14	29	1.90
24867581--24867635	24	2.3	25	81	6	69	36	1	7	54	1.39
24871928--24871967	22	1.9	20	85	10	53	47	0	12	40	1.41
24878979--24879005	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24879278--24879351	25	3.0	25	73	15	71	28	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24885370--24885500	36	3.6	36	82	7	151	15	9	30	44	1.79
24886419--24886465	8	5.8	8	87	12	69	36	2	10	51	1.49
24891700--24891748	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
24891762--24891809	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
24893068--24893111	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
24894600--24894647	18	2.6	18	83	6	60	50	2	4	43	1.33
24895258--24895287	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
24896765--24896815	13	3.6	14	76	10	50	43	0	1	54	1.11
24897735--24897850	41	2.8	41	76	2	117	18	20	25	34	1.96
24922351--24922411	30	2.0	30	96	0	113	32	22	14	29	1.94
24937901--24937947	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
24938618--24938757	27	5.1	27	85	1	190	42	18	17	20	1.89
24938618--24938757	55	2.6	54	88	5	203	42	18	17	20	1.89
24940426--24940768	51	6.8	50	73	5	246	29	26	19	25	1.98
24940480--24940773	50	5.9	50	73	6	211	29	26	19	24	1.99
24940433--24940617	101	1.8	100	85	8	257	30	25	17	25	1.98
24940585--24940785	48	4.1	48	69	15	167	29	27	19	23	1.98
24940484--24940785	149	2.0	149	93	0	514	29	26	19	24	1.99
24941420--24941520	22	4.6	22	87	0	130	31	14	26	26	1.95
24941975--24942029	26	2.1	26	89	0	83	23	20	21	34	1.97
24942081--24942243	28	5.8	28	89	4	233	23	24	25	26	2.00
24942088--24942284	56	3.4	56	84	7	150	23	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24955644--24955683	13	3.1	13	92	0	62	35	10	5	50	1.58
24963649--24963704	28	2.0	28	100	0	112	39	25	3	32	1.73
24965822--24965967	69	2.1	67	86	5	195	22	29	22	25	1.99
24968000--24968042	17	2.4	18	80	7	52	20	0	30	48	1.50
24970236--24970270	17	2.1	17	100	0	70	28	40	5	25	1.78
24987791--24987873	42	2.0	42	87	0	121	44	2	22	30	1.66
25000165--25000218	25	2.1	26	83	10	67	31	5	1	61	1.30
25008236--25008274	18	2.2	18	95	0	69	25	10	15	48	1.76
25017002--25017048	20	2.3	20	85	0	67	42	25	0	31	1.55
25027491--25027516	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
25036186--25036226	18	2.2	19	91	4	66	17	21	0	60	1.35
25051340--25051426	38	2.3	38	85	2	111	50	6	5	36	1.53
25056393--25056417	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25057542--25057678	56	2.6	53	85	9	156	27	22	27	22	1.99
25062704--25062733	15	2.0	15	93	0	51	20	3	0	76	0.92
25065632--25065723	27	3.4	27	82	10	109	20	26	25	28	1.99
25072449--25072488	21	1.9	21	84	0	53	62	0	35	2	1.09
25089164--25089344	81	2.2	80	93	0	299	23	20	20	35	1.96
25089164--25089368	27	7.6	27	88	1	268	22	20	21	35	1.96
25091601--25091688	44	2.0	44	93	0	149	37	13	21	27	1.91
25097548--25097583	18	2.0	18	100	0	72	33	27	11	27	1.91
25102507--25102551	21	2.0	23	83	8	58	44	11	4	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25113405--25113455	13	3.9	12	85	14	66	70	9	1	17	1.24
25113492--25113530	13	2.7	15	80	15	55	69	2	12	15	1.30
25113496--25113529	13	2.6	13	95	0	59	70	2	11	14	1.27
25125261--25125303	20	2.2	19	83	4	50	46	23	6	23	1.76
25125851--25125913	24	2.6	24	84	2	81	25	23	20	30	1.99
25125896--25125982	25	3.5	24	80	3	93	29	20	26	22	1.99
25140917--25141013	48	2.0	48	82	4	115	42	25	13	18	1.87
25143939--25144110	28	6.1	28	76	6	143	37	20	16	25	1.93
25143961--25144015	27	2.0	27	92	0	92	36	29	12	21	1.91
25144008--25144112	29	3.7	29	72	12	90	38	19	15	27	1.91
25145204--25145236	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
25161198--25161438	124	2.0	123	93	0	410	26	21	24	27	1.99
25162479--25162558	25	3.2	23	75	16	63	36	21	23	18	1.95
25162610--25162674	25	2.7	24	73	4	67	32	13	30	23	1.93
25167567--25167596	15	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
25168309--25168364	21	2.8	19	79	12	51	53	0	5	41	1.24
25170595--25170629	17	2.1	17	94	0	61	25	2	28	42	1.69
25173015--25173060	22	2.1	22	95	0	83	36	6	21	34	1.80
25177712--25177776	32	2.1	32	94	2	114	49	10	9	30	1.69
25183995--25184059	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
25191663--25191709	19	2.5	19	82	6	51	53	4	2	40	1.32
25194586--25194623	2	19.5	2	94	5	69	0	47	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25201465--25201494	11	2.7	11	94	0	51	30	20	6	43	1.77
25206245--25206313	34	2.0	34	100	0	138	44	5	17	31	1.72
25216304--25216504	29	6.9	28	80	5	177	36	14	26	22	1.93
25220050--25220118	30	2.3	30	80	7	79	37	7	26	28	1.83
25220109--25220206	29	3.3	29	88	4	144	42	11	28	17	1.83
25220100--25220415	30	10.7	30	75	10	165	39	12	25	22	1.89
25220136--25220457	149	2.2	149	80	5	364	38	13	26	22	1.90
25220313--25220428	60	1.9	60	89	3	180	36	12	28	23	1.90
25220316--25220457	60	2.4	60	83	7	173	36	12	28	21	1.91
25221765--25221869	50	2.1	49	84	5	131	27	20	32	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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