genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27322859--27323197	49	7.0	49	81	6	386	27	10	13	48	1.74
27322887--27323165	100	2.9	95	85	4	339	27	10	13	47	1.76
27322984--27323197	100	2.1	100	92	1	349	25	10	14	49	1.75
27326409--27326460	21	2.5	21	100	0	104	63	3	28	3	1.30
27329375--27329460	28	3.2	27	68	15	70	26	9	11	52	1.68
27329370--27329618	49	5.0	49	86	3	336	24	9	14	51	1.71
27329370--27329621	100	2.5	97	86	5	342	23	9	15	51	1.71
27331136--27331229	47	2.0	47	91	0	152	34	18	15	31	1.92
27349941--27349978	12	3.1	12	85	14	51	10	15	2	71	1.25
27354074--27354104	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
27363123--27363153	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
27370664--27370766	39	2.7	38	80	10	120	50	7	3	37	1.50
27377674--27377712	21	1.9	20	84	5	51	41	25	15	17	1.89
27383922--27383962	21	2.0	21	90	0	64	21	7	4	65	1.37
27385564--27385611	15	3.2	15	78	0	60	31	16	8	43	1.78
27392854--27393026	50	3.5	50	81	3	190	27	21	28	21	1.99
27397570--27397715	73	2.0	73	95	0	265	25	21	25	27	2.00
27400160--27400202	16	2.7	15	82	10	50	11	4	2	81	0.93
27400571--27400614	22	2.0	22	91	8	72	68	2	6	22	1.25
27402270--27402326	27	2.2	26	90	3	87	40	22	12	24	1.88
27402774--27402854	41	2.0	41	90	0	126	29	13	28	28	1.94
27407457--27407683	101	2.2	100	79	11	257	26	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27407500--27407677	51	3.5	49	84	5	223	25	17	25	30	1.97
27407683--27407780	46	2.2	43	80	12	108	23	17	25	33	1.96
27409935--27409972	18	2.1	19	85	14	53	23	21	7	47	1.77
27420577--27420683	49	2.2	49	81	0	115	28	26	18	26	1.98
27421959--27422037	29	2.7	29	82	4	86	46	15	12	25	1.80
27422294--27422450	75	2.1	75	95	1	278	45	15	7	31	1.73
27427769--27427905	46	3.0	46	92	2	222	30	25	8	35	1.86
27429129--27429176	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
27430444--27430627	96	1.9	97	89	2	291	34	14	19	31	1.92
27436899--27436953	17	3.4	17	66	19	53	40	7	12	40	1.71
27436894--27436963	32	2.2	32	94	0	131	44	5	10	40	1.62
27437452--27437489	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
27443085--27443123	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
27443079--27443123	12	3.8	13	94	5	62	66	0	0	33	0.92
27444062--27444179	58	2.0	59	86	6	168	11	21	16	50	1.76
27444067--27444195	59	2.2	58	83	8	154	10	24	14	51	1.73
27445058--27445098	6	7.2	6	81	10	50	0	21	2	75	0.92
27445058--27445098	11	3.6	11	80	6	55	0	21	2	75	0.92
27445058--27445099	17	2.4	18	88	7	61	0	23	2	73	0.94
27445119--27445160	18	2.3	18	100	0	84	9	0	9	80	0.89
27445117--27445161	10	4.7	10	89	10	76	8	0	8	82	0.85
27448341--27448518	51	3.5	50	78	9	209	26	15	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27448286--27448562	101	2.7	102	81	8	325	27	14	25	32	1.95
27462014--27462050	19	1.9	20	88	5	58	59	0	5	35	1.20
27463844--27463932	30	2.9	30	81	6	99	68	1	1	29	1.04
27463846--27463946	15	6.5	15	76	11	78	70	0	0	27	1.00
27476691--27476723	17	2.1	17	88	11	52	51	9	0	39	1.34
27477247--27477328	37	2.2	37	88	0	119	23	18	23	35	1.96
27477480--27477536	18	3.2	18	76	19	57	45	0	26	28	1.54
27481199--27481240	18	2.3	18	87	0	57	42	2	30	23	1.67
27489694--27489756	21	3.0	21	66	2	54	25	20	17	36	1.94
27494065--27494131	34	1.9	35	84	3	91	31	8	13	46	1.74
27496426--27496686	50	5.2	50	74	1	227	22	20	22	33	1.97
27496399--27496686	100	2.9	100	88	0	423	22	20	22	34	1.97
27496920--27497253	44	7.8	42	71	7	143	29	21	18	30	1.97
27496681--27497079	219	1.8	219	92	1	674	30	19	17	32	1.95
27496929--27497208	129	2.2	129	90	0	434	30	20	18	30	1.97
27497370--27497486	44	2.7	44	86	2	155	25	21	21	31	1.98
27497058--27497502	232	1.9	232	90	0	710	27	20	18	32	1.97
27497713--27497950	119	2.0	120	92	0	397	26	21	20	32	1.97
27499223--27499267	7	6.4	7	82	14	58	15	15	0	68	1.21
27499232--27499282	8	6.5	8	80	17	54	11	15	0	72	1.12
27499223--27499267	13	3.2	15	84	12	60	15	15	0	68	1.21
27500157--27500248	34	2.6	35	81	6	105	10	9	6	72	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27515711--27515771	30	2.0	30	96	0	113	37	14	19	27	1.91
27534820--27534861	22	1.9	22	90	0	66	11	21	26	40	1.88
27534925--27535151	43	5.3	43	90	0	321	29	31	18	19	1.96
27540233--27540408	82	2.1	82	87	0	244	44	25	2	27	1.66
27540909--27541225	41	7.7	41	88	0	427	29	22	21	26	1.99
27541262--27541358	40	2.4	41	83	8	128	19	21	20	38	1.94
27543427--27543490	21	3.0	21	88	0	83	12	20	17	50	1.78
27545973--27546058	26	3.4	25	74	16	65	63	4	5	25	1.36
27546112--27546151	18	2.2	18	86	0	53	57	7	7	27	1.53
27557905--27557931	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
27571159--27571342	95	1.9	96	83	3	237	37	4	17	39	1.72
27571385--27571786	126	3.2	126	94	1	682	31	17	22	28	1.97
27575453--27575492	18	2.2	18	90	0	62	42	7	32	17	1.77
27576150--27576182	7	4.7	7	92	0	57	54	15	3	27	1.55
27577353--27577398	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
27577359--27577401	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
27584298--27584420	61	2.0	61	100	0	246	26	16	24	32	1.96
27584600--27584702	51	2.0	51	100	0	206	17	15	27	39	1.90
27584986--27585025	21	2.0	21	85	5	55	50	5	0	45	1.23
27585754--27585828	34	2.2	33	84	9	98	25	28	1	45	1.62
27585754--27585830	22	3.5	22	80	18	88	25	27	1	45	1.61
27585754--27585830	11	6.9	11	75	20	72	25	27	1	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27585792--27585888	51	1.9	50	85	6	133	26	24	3	45	1.68
27587035--27587060	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
27587563--27587606	18	2.4	18	76	0	52	18	27	6	47	1.73
27588160--27588568	21	18.7	21	82	8	460	43	32	0	23	1.60
27588177--27588240	29	2.2	29	88	2	94	35	43	0	20	1.52
27588205--27588568	22	16.9	21	85	5	451	43	31	1	23	1.61
27588162--27588256	50	1.9	50	97	0	181	38	41	0	20	1.52
27588159--27588538	65	5.8	63	82	6	222	43	32	1	22	1.61
27588205--27588568	43	8.4	43	84	3	482	43	31	1	23	1.61
27588167--27588284	50	2.4	50	84	2	139	43	36	0	20	1.52
27588160--27588464	43	6.8	48	70	20	175	44	33	0	21	1.58
27589714--27590280	126	4.5	125	82	4	685	29	22	17	30	1.97
27589714--27590280	251	2.3	250	86	2	764	29	22	17	30	1.97
27591192--27591238	20	2.4	19	82	10	58	29	4	2	63	1.25
27591798--27591861	32	2.0	32	90	0	101	43	6	18	31	1.75
27598912--27598974	24	2.7	23	83	7	83	55	17	19	7	1.66
27603446--27603491	24	1.9	24	82	8	58	50	13	2	34	1.53
27614322--27614366	23	1.9	24	86	4	65	51	11	2	35	1.50
27614322--27614367	24	1.9	24	82	8	58	52	10	2	34	1.49
27621865--27621937	37	1.9	38	86	2	103	31	20	2	45	1.65
27622142--27622328	51	3.7	51	75	8	175	33	26	14	25	1.95
27625451--27625490	19	2.1	19	85	0	53	75	2	0	22	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626461--27626487	4	6.8	4	100	0	54	25	74	0	0	0.83
27647477--27647508	16	2.0	16	100	0	64	25	0	37	37	1.56
27647493--27647583	45	2.0	45	85	2	121	29	6	28	35	1.83
27650048--27650157	33	3.3	33	80	11	136	32	8	16	42	1.77
27650104--27650206	51	2.0	51	100	0	206	29	7	17	45	1.76
27656768--27656930	81	2.0	81	89	0	245	26	16	20	35	1.94
27661130--27661179	9	5.4	9	83	9	66	34	2	42	22	1.65
27661130--27661180	19	2.8	18	88	5	75	35	1	41	21	1.65
27661446--27661483	19	2.0	20	89	5	60	47	2	0	50	1.15
27662682--27662792	43	2.6	42	83	7	134	28	28	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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