genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4873--4929	7	8.3	7	96	3	107	56	14	0	29	1.39
5477--5519	20	2.2	20	100	0	86	27	20	9	41	1.83
8339--8385	23	2.0	23	100	0	94	12	19	42	25	1.86
8392--11650	43	76.5	43	71	6	1779	19	30	30	19	1.97
8360--11424	85	36.0	85	72	9	923	19	30	30	19	1.97
9016--9154	42	3.3	41	72	12	113	16	32	31	19	1.94
9194--9504	171	1.8	171	84	1	426	19	32	29	18	1.96
9173--9625	214	2.1	213	85	2	604	19	32	29	18	1.96
9544--9723	42	4.3	42	74	5	139	20	30	31	18	1.96
8364--10537	298	7.3	295	73	7	1222	19	29	30	19	1.97
10165--10571	171	2.4	170	80	4	401	18	30	30	19	1.96
10641--11651	383	2.6	383	80	4	1268	20	30	29	19	1.97
9016--11636	85	30.8	85	73	8	1449	19	30	30	19	1.97
13628--13737	42	2.6	42	85	0	139	17	29	34	19	1.94
13613--14617	43	23.7	43	70	8	427	18	30	30	20	1.97
14054--14155	42	2.4	42	81	0	123	20	26	30	22	1.98
14179--14323	42	3.5	40	75	12	130	16	32	32	18	1.93
13669--14619	85	11.2	85	72	7	355	19	30	30	19	1.96
17771--17898	43	3.0	42	85	8	177	20	32	30	17	1.95
17908--19390	43	34.9	43	71	7	782	19	30	30	19	1.96
17897--18100	83	2.4	84	81	6	209	17	29	33	19	1.95
18082--18263	84	2.2	84	86	5	242	19	32	29	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17897--19390	85	17.6	85	73	7	850	19	30	30	19	1.96
20919--21041	44	2.8	42	78	12	133	19	30	30	19	1.96
20920--21892	43	22.8	43	71	10	443	19	29	30	20	1.97
21015--21836	170	4.8	169	76	6	635	19	29	30	20	1.97
20945--21977	127	8.1	128	72	10	548	19	29	30	20	1.97
22095--22286	85	2.3	85	80	7	194	18	29	32	19	1.96
22150--22574	127	3.3	125	77	7	383	19	30	30	20	1.97
22267--22458	85	2.3	85	81	5	219	19	31	29	19	1.96
22310--22541	43	5.4	41	69	14	130	20	31	28	19	1.97
23263--25059	43	42.2	43	75	8	1243	19	30	30	19	1.96
23263--25059	128	14.1	127	74	10	1051	19	30	30	19	1.96
23292--25059	170	10.4	170	77	6	1431	19	30	30	19	1.96
23263--25188	213	9.0	209	77	7	1341	19	30	30	19	1.96
23263--25059	298	6.0	294	77	6	1132	19	30	30	19	1.96
23932--25211	43	30.0	43	71	10	329	18	30	30	19	1.96
29125--29209	29	3.0	27	72	11	66	32	11	2	52	1.50
30589--30630	20	2.1	20	100	0	84	52	14	0	33	1.42
35503--35557	25	2.2	25	90	0	83	45	5	14	34	1.68
35872--35917	24	1.9	24	91	8	76	36	13	13	36	1.83
45663--45712	25	1.9	27	84	8	68	62	4	0	34	1.14
52816--52868	26	2.0	26	85	0	70	62	5	1	30	1.29
56428--56490	26	2.4	26	83	0	90	61	0	1	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58181--58240	26	2.3	25	83	8	75	65	6	1	26	1.27
58198--58248	26	2.0	26	96	0	93	68	1	1	27	1.11
60554--60613	30	2.0	29	87	3	84	31	25	6	36	1.82
62657--62707	26	2.0	26	96	0	93	68	1	1	27	1.11
75349--75392	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
77513--77793	125	2.2	124	87	6	399	29	16	22	31	1.96
81066--81243	30	5.7	29	83	13	221	29	0	25	45	1.54
81077--81241	34	5.1	33	85	12	229	29	0	24	45	1.54
81079--81243	63	2.6	64	94	1	296	30	0	24	44	1.54
83388--83421	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
83512--83574	29	2.2	29	88	2	92	61	1	0	36	1.05
83620--83658	21	1.9	20	85	15	53	33	0	30	35	1.58
83613--83712	52	1.9	52	85	4	139	38	0	29	33	1.58
83662--83729	22	3.1	22	89	0	100	41	0	23	35	1.55
90196--90259	18	3.5	18	71	23	53	62	0	3	34	1.11
90214--90257	19	2.4	19	84	3	54	59	0	2	38	1.10
90574--90703	64	2.0	64	95	0	233	39	12	26	21	1.89
91128--91184	16	3.5	16	81	9	71	73	0	3	22	0.98
91116--91186	17	4.1	17	72	22	58	73	1	2	22	1.05
92714--92763	26	1.9	26	84	8	66	32	16	10	42	1.81
93965--93998	17	2.0	17	88	0	50	38	8	0	52	1.33
103177--103219	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103460--103539	36	2.2	36	88	0	124	13	12	38	35	1.83
104507--104560	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
108027--108124	23	4.3	23	93	2	171	19	21	27	31	1.97
108031--108117	45	1.9	45	97	0	165	17	21	28	32	1.96
115831--115863	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
116363--116423	28	2.2	28	100	0	122	34	8	3	54	1.47
121764--121824	30	2.0	30	100	0	122	26	9	6	57	1.55
123452--123476	12	2.1	12	100	0	50	20	8	0	72	1.10
124729--124766	20	1.9	20	100	0	76	36	7	21	34	1.82
126248--126296	5	9.4	5	86	4	62	20	2	0	77	0.87
130595--130638	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
148273--148313	19	2.2	19	90	0	64	34	4	14	46	1.66
148757--148802	24	1.9	24	100	0	92	56	17	8	17	1.65
157196--157221	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
158588--158654	35	1.9	35	87	0	98	58	10	2	28	1.46
164993--165050	28	2.1	28	93	0	98	27	17	17	37	1.92
166984--167022	20	2.0	20	89	0	60	48	7	5	38	1.54
175867--175901	17	2.1	17	88	0	52	74	8	5	11	1.22
176189--176260	25	3.0	24	75	13	67	56	6	2	33	1.40
177215--177271	21	2.7	21	94	0	105	36	10	10	42	1.74
177192--177266	21	3.5	20	85	7	78	38	13	9	38	1.77
177434--177539	55	1.9	55	94	0	185	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178178--178287	56	1.9	58	87	3	161	29	20	5	45	1.73
185844--185873	15	1.9	16	93	6	53	43	3	0	53	1.17
186838--186862	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
187145--187180	18	2.1	17	94	5	63	38	0	11	50	1.38
198522--198634	25	4.6	25	75	10	101	17	24	18	38	1.92
200650--200702	27	2.0	27	92	0	88	37	20	20	20	1.94
210634--210676	23	2.0	22	86	9	61	44	4	6	44	1.52
217726--218084	71	5.3	70	66	17	236	31	19	12	36	1.89
217705--218278	134	4.3	134	92	1	875	31	18	13	36	1.89
219562--219919	134	2.7	134	81	2	425	29	19	15	36	1.92
220064--220134	15	4.8	16	84	6	71	67	0	2	29	1.05
220094--220134	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
225865--225894	12	2.5	12	88	0	51	0	13	16	70	1.18
226441--226502	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
229540--229644	11	10.4	11	70	22	70	40	3	0	56	1.18
229532--229678	39	3.6	40	83	13	183	37	2	0	59	1.12
229569--229636	17	3.7	17	80	16	82	42	1	0	55	1.08
230722--230756	18	1.9	18	88	0	52	62	11	2	22	1.41
241047--241234	50	3.8	50	83	0	232	21	31	20	27	1.98
241249--241347	44	2.2	44	94	1	171	24	20	12	43	1.85
247318--247347	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
251229--251267	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260181--260238	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
260620--260673	22	2.6	21	82	8	58	40	7	1	50	1.41
263382--263433	19	2.7	19	81	0	59	53	3	3	38	1.37
263896--263939	24	2.0	23	86	13	65	50	0	0	50	1.00
267371--267434	26	2.5	26	89	2	103	23	15	26	34	1.95
267345--267448	25	4.1	24	75	13	75	24	13	27	34	1.93
286330--286393	33	1.9	33	96	0	119	14	15	18	51	1.76
294263--294288	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
294829--294864	19	1.9	19	94	5	65	61	11	13	13	1.58
316963--316988	12	2.2	12	100	0	52	50	15	7	26	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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