genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20983285--20983485	42	4.7	43	80	1	181	17	26	33	21	1.96
20983626--20984590	42	22.5	43	67	9	333	18	28	31	20	1.97
20983717--20983812	44	2.2	43	81	5	104	18	31	30	19	1.96
20983644--20984432	128	6.1	128	74	8	387	19	28	31	20	1.96
20983761--20984803	85	12.2	85	74	8	654	18	29	33	19	1.95
20983605--20984143	219	2.5	214	82	4	600	18	28	31	20	1.97
20983729--20984551	128	6.4	127	72	8	492	18	29	31	20	1.96
20984293--20984404	41	2.7	42	67	12	95	16	32	32	19	1.94
20984306--20984612	169	1.8	169	80	5	379	17	30	31	20	1.96
20983960--20984828	43	20.4	42	69	7	299	17	28	33	20	1.95
20984124--20984698	254	2.3	253	80	6	608	18	29	32	19	1.96
20988023--20988071	16	3.1	16	87	0	80	38	4	34	22	1.73
20988283--20988698	119	3.5	120	94	2	712	49	5	2	42	1.37
20988543--20988577	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20988827--20988857	16	1.9	16	100	0	62	25	6	9	58	1.54
20988980--20989029	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
21006364--21006455	43	2.1	43	82	4	114	16	29	35	18	1.93
21006923--21007102	43	4.2	42	75	11	134	20	25	33	21	1.97
21006989--21007108	43	2.8	42	81	9	136	19	25	30	24	1.98
21007784--21007850	24	2.8	24	90	0	107	14	35	29	19	1.92
21007861--21008705	85	9.9	85	78	7	533	19	31	30	18	1.96
21007923--21008745	213	3.9	212	78	6	645	19	31	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21007861--21008747	298	3.0	296	83	4	1085	19	30	31	18	1.96
21009019--21009191	43	4.0	43	82	3	213	17	27	35	19	1.95
21016778--21016897	42	2.8	43	80	2	125	15	30	34	20	1.93
21017320--21017612	42	6.9	42	78	5	257	20	25	30	23	1.99
21017365--21017610	128	1.9	127	87	0	357	19	25	30	24	1.98
21022984--21024112	43	26.5	43	74	7	713	17	29	34	18	1.95
21022984--21024092	85	13.0	85	77	5	751	18	29	33	18	1.95
21023035--21023539	256	2.0	255	84	1	652	19	29	33	17	1.95
21023124--21023744	341	1.8	341	85	0	873	18	30	33	18	1.95
21023043--21023829	341	2.3	339	80	3	851	18	29	32	18	1.95
21027839--21027923	43	2.0	43	86	4	118	17	25	35	21	1.95
21028395--21028730	43	7.9	42	77	7	302	19	26	31	22	1.97
21028393--21028730	85	4.0	85	77	7	335	19	26	31	22	1.97
21028391--21028730	128	2.7	126	83	3	403	19	26	31	22	1.97
21033986--21035298	43	30.9	43	72	9	807	19	30	31	18	1.96
21033986--21035417	85	16.8	84	75	7	715	19	30	31	18	1.96
21034047--21035212	128	9.1	127	72	10	849	19	31	31	18	1.96
21033986--21035043	213	5.0	211	77	7	951	19	31	31	18	1.96
21034015--21035453	43	33.8	42	72	10	455	19	30	31	18	1.96
21039025--21039082	24	2.4	24	97	0	107	31	1	15	51	1.53
21045023--21045126	50	2.0	52	81	7	124	25	35	18	20	1.95
21046564--21046623	19	3.2	19	79	11	61	61	3	11	23	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21048646--21048674	15	1.9	15	100	0	58	55	13	24	6	1.63
21049650--21049688	19	2.0	20	95	5	71	12	30	15	41	1.85
21049693--21049731	20	2.0	20	94	0	69	25	25	15	33	1.95
21052259--21052396	25	5.6	25	69	19	92	32	23	22	21	1.98
21052325--21052406	24	3.4	24	75	9	67	36	24	19	19	1.95
21052304--21052402	49	2.0	49	88	0	144	34	24	22	19	1.96
21056784--21056981	50	3.8	50	80	6	191	22	27	21	27	1.99
21070865--21070914	20	2.5	20	80	0	64	32	6	36	26	1.81
21072800--21072856	9	6.3	9	78	8	53	57	1	8	31	1.39
21073992--21074040	21	2.5	19	81	15	55	10	2	34	53	1.47
21074545--21075642	89	12.4	90	86	2	485	25	24	21	28	1.99
21074572--21074885	45	7.0	45	65	11	160	23	22	24	28	1.99
21074528--21075639	178	6.3	176	83	3	1046	25	24	21	28	1.99
21074955--21075625	355	1.9	355	92	0	1126	27	25	18	28	1.98
21075507--21075639	44	3.0	43	70	8	142	23	25	24	27	2.00
21074955--21075625	266	2.5	266	90	0	1020	27	25	18	28	1.98
21076888--21076914	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21077883--21077942	21	2.9	19	79	13	66	11	13	1	73	1.18
21077931--21077959	8	3.8	8	90	9	51	10	0	10	79	0.94
21082125--21082222	29	3.5	28	75	8	83	58	3	7	31	1.41
21082538--21082594	9	6.3	9	78	8	53	57	1	8	31	1.39
21084139--21084214	18	4.5	17	73	12	59	31	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21084703--21084779	30	2.5	31	77	12	97	38	15	18	27	1.91
21085614--21085678	26	2.4	26	89	5	94	61	1	6	30	1.29
21088769--21088806	19	2.0	19	100	0	76	42	15	10	31	1.81
21105001--21105034	7	4.9	7	86	13	52	70	0	14	14	1.17
21105004--21105034	13	2.3	13	94	5	53	74	0	12	12	1.08
21106259--21106823	87	6.5	87	92	0	932	28	23	24	24	2.00
21108563--21108607	21	2.1	21	83	0	54	44	0	2	53	1.13
21112212--21112256	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
21112209--21112266	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
21117541--21117593	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85
21117489--21117569	23	3.7	23	91	4	123	40	18	6	34	1.76
21125512--21125641	47	2.8	47	87	4	165	39	13	14	32	1.86
21125918--21125942	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
21126849--21126926	22	3.5	22	85	0	111	32	25	15	26	1.95
21127586--21127622	16	2.2	17	86	13	51	2	24	0	72	0.97
21127585--21127623	17	2.3	17	82	8	53	2	23	0	74	0.94
21135239--21135290	14	3.7	13	76	23	52	65	1	3	28	1.21
21136715--21136884	88	1.9	88	81	1	205	28	23	21	26	1.99
21136762--21136884	44	2.8	44	96	0	219	26	25	22	25	2.00
21136805--21137205	143	2.8	143	87	1	554	26	22	19	31	1.98
21138242--21138282	20	2.0	20	100	0	82	29	31	19	19	1.96
21144312--21144358	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21146352--21146381	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21147553--21147587	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
21147555--21147601	12	4.2	11	91	5	51	55	0	0	44	0.99
21147779--21147855	14	5.7	13	71	19	52	63	1	2	32	1.16
21148943--21148969	12	2.2	12	100	0	54	7	0	14	77	0.97
21149028--21152110	896	3.5	895	92	1	4805	37	16	9	35	1.82
21152672--21152721	17	2.7	19	78	12	59	18	6	4	72	1.22
21155016--21155080	16	4.1	16	95	0	103	36	3	35	24	1.71
21166372--21166448	9	8.4	9	87	8	84	41	27	10	20	1.85
21166371--21166448	27	2.9	27	78	7	95	42	26	10	20	1.84
21166589--21166618	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
21171179--21173822	736	3.6	735	88	1	3882	37	15	19	27	1.92
21173190--21174462	643	2.0	642	89	0	1956	36	16	19	27	1.93
21173820--21181128	736	10.0	735	86	3	9813	36	15	19	28	1.93
21175833--21181128	735	7.3	736	86	3	7294	36	15	19	28	1.93
21188307--21188355	24	2.1	23	85	11	64	44	12	20	22	1.84
21189966--21191796	736	2.5	735	93	1	3096	36	15	20	27	1.93
21192965--21193162	43	4.7	42	76	10	190	22	17	26	33	1.96
21192965--21193162	85	2.4	84	91	1	308	22	17	26	33	1.96
21199359--21199391	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
21200449--21200689	42	5.7	41	72	13	177	24	15	24	35	1.94
21200458--21200689	43	5.5	41	73	14	170	23	15	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21200458--21200696	85	2.8	84	83	1	307	23	17	24	34	1.96
21202030--21205376	734	4.5	736	88	3	4891	35	16	19	28	1.93
21209344--21209381	13	2.9	13	88	7	51	31	15	23	28	1.96
21214075--21214288	106	2.0	106	100	0	428	44	10	17	27	1.81
21216131--21216208	30	2.6	30	77	6	86	46	10	25	17	1.80
21230398--21230438	10	4.1	10	90	0	55	58	4	0	36	1.20
21233121--21233196	25	3.0	25	82	0	89	31	18	18	31	1.95
21236411--21236577	30	5.6	30	78	11	155	38	11	26	23	1.88
21236385--21236607	90	2.5	91	80	12	239	37	13	25	23	1.91
21236385--21236577	60	3.2	59	71	14	162	37	11	25	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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