genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1647989--1648062	26	2.8	26	93	0	130	45	17	13	22	1.83
1648262--1648461	99	2.0	99	93	0	337	39	7	6	47	1.56
1659630--1659720	31	3.1	29	84	12	114	35	2	0	62	1.07
1659689--1659727	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
1659688--1659745	20	2.8	20	80	17	57	41	1	3	53	1.28
1660467--1660498	15	2.1	15	100	0	64	31	6	31	31	1.82
1668210--1668261	22	2.4	22	100	0	104	40	5	32	21	1.77
1670381--1670816	216	2.0	216	95	0	782	40	12	13	33	1.82
1672158--1672567	206	2.0	205	88	0	613	40	20	15	23	1.91
1685712--1685755	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
1693320--1693349	10	2.9	10	95	5	51	50	6	3	40	1.45
1696511--1696653	57	2.4	59	85	9	175	30	21	25	22	1.99
1696781--1696911	67	2.0	67	96	0	244	22	17	32	28	1.96
1697626--1697650	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1703928--1703952	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1705288--1705335	17	2.8	17	100	0	96	41	6	4	47	1.48
1709323--1709398	39	2.0	38	82	7	91	38	3	2	55	1.33
1713488--1713518	6	5.2	6	96	0	53	45	0	54	0	0.99
1719866--1720260	210	1.9	211	88	0	594	37	15	17	29	1.91
1722211--1722351	51	2.8	50	78	8	124	37	7	17	37	1.77
1726344--1726417	13	5.5	13	79	9	76	39	28	6	25	1.81
1726354--1726397	16	2.9	16	87	12	67	34	31	6	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1733182--1733243	30	2.1	29	87	3	88	33	17	17	30	1.94
1737658--1737735	30	2.7	29	80	4	93	25	19	7	47	1.76
1747810--1747847	20	1.9	20	88	0	58	55	21	0	23	1.44
1751463--1751487	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1755208--1755275	30	2.3	30	89	0	100	42	17	16	23	1.88
1758582--1758654	30	2.3	31	83	6	94	27	16	34	21	1.95
1762908--1763007	29	3.4	29	85	8	123	21	14	21	44	1.86
1767052--1767085	17	2.0	17	94	0	59	41	0	14	44	1.45
1769801--1769843	21	2.0	21	90	0	68	44	18	25	11	1.84
1770518--1770557	21	1.9	21	84	0	53	50	20	0	30	1.49
1773439--1773468	15	2.0	15	93	0	51	60	0	3	36	1.14
1782607--1782670	28	2.3	28	78	7	69	12	9	6	71	1.29
1782687--1782795	46	2.2	51	81	14	131	44	1	0	52	1.18
1782687--1782756	22	3.1	22	85	4	86	41	1	1	55	1.17
1782750--1782818	31	2.2	33	84	5	88	42	5	0	52	1.25
1782843--1782910	22	3.0	22	76	2	55	41	4	2	51	1.37
1782938--1782969	15	2.1	15	94	0	55	31	21	15	31	1.95
1786350--1786385	15	2.4	15	90	9	56	61	0	0	38	0.96
1786346--1786456	36	3.1	35	75	17	113	54	0	0	44	1.06
1786348--1786451	15	7.3	15	66	23	55	53	0	0	45	1.06
1786353--1786458	33	3.0	33	84	8	122	56	0	0	42	1.05
1792383--1792451	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792383--1792451	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
1792432--1792522	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
1792667--1792721	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
1792673--1792721	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
1792604--1792869	137	1.9	138	91	0	435	44	3	4	47	1.40
1792607--1792903	137	2.2	135	84	6	330	44	5	3	46	1.43
1796230--1796500	64	4.0	64	70	16	229	33	9	8	48	1.66
1796149--1796460	145	2.2	145	96	0	570	34	9	8	47	1.66
1801894--1801938	20	2.2	20	84	0	54	55	6	0	37	1.26
1803998--1804037	19	2.0	21	85	9	57	7	30	10	52	1.62
1811199--1811326	28	4.6	28	81	5	125	32	20	16	30	1.94
1811221--1811326	28	3.8	28	86	2	151	33	21	16	27	1.95
1811221--1811325	55	1.9	55	88	0	156	34	21	17	26	1.95
1824008--1824261	102	2.4	106	85	6	331	31	18	20	29	1.96
1831979--1832033	25	2.2	24	90	9	85	56	3	3	36	1.34
1834176--1834237	3	20.7	3	79	0	70	61	3	0	35	1.12
1834176--1834235	24	2.5	24	100	0	120	60	3	0	36	1.14
1834928--1834992	5	13.2	5	78	15	64	56	1	0	41	1.08
1840646--1840718	38	1.9	38	86	5	103	36	1	4	57	1.26
1844187--1844233	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
1844392--1844526	40	3.5	38	75	12	116	26	17	23	31	1.97
1848031--1848250	40	5.5	40	87	5	320	19	31	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1848031--1848250	79	2.8	79	86	4	309	19	31	17	31	1.95
1848162--1848227	20	3.3	20	75	8	80	15	34	16	33	1.90
1851060--1851218	44	3.7	43	74	12	139	29	27	17	25	1.97
1862361--1862387	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
1866030--1866055	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
1870617--1870661	16	2.8	16	80	12	56	48	0	2	48	1.13
1871037--1871069	7	4.9	7	92	7	59	42	0	0	57	0.98
1890103--1890129	11	2.5	11	100	0	54	14	0	22	62	1.31
1894270--1894360	41	2.2	42	86	5	123	17	21	16	43	1.87
1897597--1897645	9	5.4	9	87	0	71	42	24	8	24	1.81
1897597--1897645	18	2.7	18	96	0	89	42	24	8	24	1.81
1902300--1902364	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
1903382--1903447	21	3.1	21	78	4	71	31	1	6	60	1.30
1905622--1905688	21	3.2	21	83	8	66	49	19	1	29	1.57
1905637--1905699	20	3.1	20	84	6	65	44	15	6	33	1.72
1906303--1906347	5	8.8	5	90	4	72	2	22	0	75	0.91
1909411--1909465	27	2.0	27	96	0	101	32	9	23	34	1.86
1911296--1911385	41	2.2	41	91	0	144	33	16	20	30	1.94
1911433--1911522	41	2.2	41	78	6	101	16	18	21	43	1.88
1912568--1912651	37	2.3	35	84	8	98	65	2	23	8	1.32
1922524--1922583	30	2.0	30	81	9	70	43	0	35	21	1.53
1923714--1923782	29	2.4	29	83	13	81	42	1	4	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926498--1926524	5	5.4	5	100	0	54	22	0	18	59	1.38
1931887--1931956	24	2.9	24	97	0	131	8	35	21	34	1.84
1934638--1934668	14	2.1	15	94	5	55	51	9	6	32	1.60
1935648--1935695	24	2.0	24	84	8	62	16	14	35	33	1.89
1950188--1950256	35	2.0	35	97	0	129	47	20	17	14	1.82
1952142--1952178	19	1.9	19	88	0	56	59	27	2	10	1.44
1963676--1963736	17	3.4	17	70	12	59	27	9	21	40	1.85
1965112--1965168	15	3.7	16	74	9	55	59	7	3	29	1.40
1965860--1965955	19	4.8	19	88	5	111	39	15	7	37	1.75
1976827--1976864	20	1.9	20	94	0	67	52	7	5	34	1.53
1980237--1980294	28	2.1	28	96	0	107	27	20	12	39	1.88
1990690--1990738	14	3.4	14	78	15	64	73	12	14	0	1.10
1995090--1995185	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
2012093--2012166	38	1.9	38	94	0	130	37	16	9	36	1.81
2016636--2016665	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
2018724--2018764	21	2.0	21	85	9	57	46	12	7	34	1.69
2019346--2019399	27	2.0	27	88	0	81	35	24	22	18	1.96
2019570--2019621	26	2.1	25	86	10	72	40	21	19	19	1.92
2019889--2020009	27	4.5	27	76	4	93	32	10	19	37	1.87
2020015--2020134	63	1.9	63	89	3	188	33	23	20	23	1.97
2023476--2023521	25	1.9	25	86	8	69	34	6	8	50	1.59
2028954--2029077	63	2.0	63	85	0	167	24	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029078--2029103	12	2.2	12	100	0	52	23	42	15	19	1.89
2034208--2034267	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
2034565--2034602	18	2.1	18	90	0	58	39	15	10	34	1.82
2044485--2044546	24	2.6	23	80	7	70	24	20	1	53	1.55
2050859--2050883	7	3.6	7	100	0	50	0	16	44	40	1.47
2053887--2053949	33	1.9	33	83	0	81	53	3	3	39	1.33
2056554--2056598	15	2.8	16	86	10	56	55	6	0	37	1.26
2076991--2077095	33	3.3	33	68	17	94	20	11	17	51	1.75
2077784--2077835	27	1.9	27	92	0	86	15	17	25	42	1.88
2078872--2078924	26	2.0	28	82	14	67	1	22	1	73	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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