genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18284931--18284991	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
18286752--18286926	72	2.4	73	79	10	198	54	12	8	25	1.64
18287346--18287393	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
18288282--18288667	117	3.3	115	81	13	520	36	8	7	47	1.61
18288406--18288442	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
18288289--18288659	115	3.1	123	83	14	445	36	8	7	48	1.61
18290617--18290674	19	3.1	19	87	0	89	51	20	25	1	1.57
18290649--18290774	25	5.0	25	89	0	189	48	25	23	3	1.65
18290751--18290790	19	2.1	19	90	0	62	47	17	30	5	1.69
18292088--18292197	27	4.1	27	82	3	125	37	10	22	29	1.88
18292086--18292241	54	2.9	55	81	9	160	35	10	25	28	1.90
18292089--18292241	27	5.7	27	73	9	109	34	11	24	29	1.90
18293897--18293984	40	2.2	41	89	2	142	55	11	13	19	1.68
18294937--18294973	6	6.2	6	100	0	74	16	51	0	32	1.45
18296872--18296939	32	2.3	31	85	10	88	17	2	1	77	0.96
18296995--18297038	18	2.4	19	88	7	65	27	0	4	68	1.09
18297942--18297972	9	3.4	9	95	0	53	35	16	35	12	1.87
18298023--18298087	22	3.2	22	70	20	77	30	3	16	49	1.61
18298034--18298095	19	3.2	19	70	20	65	35	1	12	50	1.51
18298017--18298110	39	2.4	39	100	0	188	36	2	17	44	1.60
18298017--18298129	39	2.9	38	89	5	120	36	1	16	45	1.58
18298770--18298800	16	2.0	15	93	6	53	16	58	25	0	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18301253--18301357	54	2.0	54	83	9	137	28	29	0	41	1.56
18306919--18306971	24	2.2	24	82	0	61	22	11	15	50	1.75
18307104--18307154	25	2.1	25	88	3	77	64	23	3	7	1.37
18308484--18308524	14	2.7	15	88	11	57	51	4	2	41	1.36
18308579--18308632	20	2.9	19	75	20	60	55	1	1	40	1.21
18308579--18308687	37	2.9	38	75	17	113	54	2	2	40	1.29
18310283--18310313	16	1.9	16	100	0	62	70	6	9	12	1.31
18310645--18310694	23	2.2	23	85	0	64	44	22	14	20	1.86
18322095--18322166	33	2.2	33	100	0	144	41	11	19	27	1.85
18324360--18324406	20	2.5	18	80	13	51	61	8	19	10	1.53
18330083--18330125	16	2.7	16	82	10	52	25	4	4	65	1.32
18333077--18333143	33	2.0	33	97	0	125	20	11	28	38	1.88
18344451--18344708	115	2.2	115	90	0	390	37	16	15	31	1.89
18344959--18345032	20	3.7	20	80	7	96	40	0	14	44	1.46
18344952--18345031	40	2.0	40	100	0	160	40	0	17	42	1.49
18351160--18351184	12	2.1	12	100	0	50	8	24	40	28	1.83
18352706--18352763	27	2.2	26	84	9	73	29	27	6	36	1.83
18364358--18364419	26	2.4	26	97	0	115	46	0	1	51	1.10
18364594--18364648	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
18364772--18364876	44	2.5	40	74	15	104	31	28	4	35	1.78
18364770--18364879	45	2.6	44	81	8	131	31	28	5	34	1.80
18364858--18364895	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18365583--18365610	13	2.2	13	100	0	56	21	0	7	71	1.09
18367298--18367350	27	2.0	27	82	14	65	47	5	5	41	1.51
18370573--18370616	22	2.0	22	90	0	70	47	43	0	9	1.35
18374153--18374177	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
18374836--18374919	3	27.7	3	72	11	55	27	5	3	63	1.34
18374863--18374919	22	2.6	22	80	5	62	28	5	5	61	1.39
18375033--18375093	2	29.5	2	85	9	79	47	4	1	45	1.34
18379020--18379093	30	2.5	30	80	6	89	77	6	6	9	1.14
18379017--18379116	24	4.3	24	75	15	86	75	7	9	9	1.21
18379062--18379161	50	2.0	52	82	7	125	73	6	12	9	1.25
18380127--18380177	7	7.6	7	86	8	79	72	0	13	13	1.12
18380127--18380177	20	2.5	20	93	0	84	72	0	13	13	1.12
18380127--18380177	13	3.8	14	84	10	79	72	0	13	13	1.12
18381695--18381805	41	2.6	43	81	7	118	26	20	22	30	1.98
18381695--18382511	44	18.6	45	71	9	392	29	20	22	27	1.98
18381690--18382512	218	3.8	218	89	3	1206	30	20	21	27	1.98
18382313--18382593	85	3.2	84	72	6	283	29	20	20	29	1.98
18382215--18382593	175	2.2	175	94	0	650	29	20	20	28	1.98
18384057--18384321	87	3.0	85	71	11	250	30	19	21	27	1.97
18384991--18385496	44	11.7	44	75	5	366	31	21	23	24	1.98
18384964--18385236	130	2.1	130	88	2	404	31	20	24	23	1.98
18384988--18385406	174	2.4	174	88	2	614	30	21	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18385116--18385451	87	3.9	84	74	12	191	30	21	24	24	1.99
18386234--18386258	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
18386914--18387002	3	29.3	3	73	10	65	26	5	2	65	1.27
18386946--18387002	22	2.6	22	83	5	71	28	5	3	63	1.33
18387100--18387161	2	30.5	2	74	9	54	45	4	3	46	1.40
18387101--18387159	31	1.9	31	86	6	84	44	5	3	47	1.42
18388132--18388172	21	2.0	21	85	0	55	51	14	4	29	1.63
18390371--18390589	85	2.6	85	85	2	269	32	25	19	22	1.97
18390371--18390589	43	5.1	43	86	1	269	32	25	19	22	1.97
18391114--18391183	29	2.4	29	78	2	70	40	22	8	28	1.84
18391710--18392041	86	3.9	84	84	4	353	41	17	9	31	1.81
18391764--18392041	86	3.2	86	88	0	387	41	17	8	32	1.80
18395538--18395597	10	5.7	11	83	15	65	43	5	0	51	1.23
18395538--18395600	19	3.1	19	80	19	74	41	4	0	53	1.22
18396054--18396260	14	14.4	14	67	16	84	47	30	1	19	1.61
18396055--18396168	21	5.3	21	71	15	63	48	30	0	20	1.56
18396439--18396814	41	9.2	41	87	0	511	28	28	20	23	1.99
18396446--18396814	163	2.3	163	85	0	504	27	28	20	23	1.99
18396849--18396935	39	2.2	40	81	6	97	20	22	20	35	1.96
18398833--18398866	14	2.3	15	90	5	52	0	5	20	73	1.04
18398991--18399055	13	5.0	13	75	14	71	33	7	24	33	1.84
18400964--18401044	19	4.1	19	90	3	108	14	27	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18406297--18406415	25	4.8	24	77	7	96	16	29	21	31	1.96
18406700--18406741	18	2.4	17	92	7	75	38	7	11	42	1.69
18425519--18425865	113	3.1	113	77	8	341	23	22	24	29	1.99
18426201--18426249	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
18426825--18426864	14	2.9	13	85	10	53	2	0	50	47	1.14
18428124--18428167	19	2.3	19	80	0	52	31	40	2	25	1.68
18434023--18434093	21	3.4	20	74	3	61	33	18	45	2	1.64
18434317--18434350	14	2.4	14	95	0	59	11	8	20	58	1.59
18434418--18434623	42	4.9	41	81	5	182	35	18	21	23	1.95
18434412--18434622	84	2.5	84	81	5	230	35	18	21	24	1.95
18436079--18436157	40	2.0	40	82	0	95	31	12	26	29	1.93
18436203--18436444	41	5.9	41	92	2	389	21	21	29	27	1.98
18436206--18436444	81	2.9	81	91	3	390	21	21	29	27	1.98
18436798--18436878	7	11.6	7	77	5	65	23	0	39	37	1.55
18436798--18436878	21	3.9	21	75	6	74	23	0	39	37	1.55
18437102--18437144	15	3.0	14	76	6	50	20	2	30	46	1.63
18437074--18437122	22	2.2	22	78	7	55	26	2	24	46	1.63
18437147--18437197	22	2.3	22	86	6	68	23	0	37	39	1.55
18437585--18437638	6	8.3	6	78	13	54	74	5	1	18	1.11
18437592--18437616	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18437584--18437638	19	2.8	19	88	5	74	72	5	1	20	1.13
18439974--18440021	24	2.0	24	84	8	62	31	22	4	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18445429--18445481	25	2.1	26	96	3	99	22	7	22	47	1.76
18447596--18447624	15	1.9	15	100	0	58	31	6	41	20	1.79
18448972--18449041	33	2.1	34	94	2	124	44	18	7	30	1.76
18456451--18456483	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
18458847--18458895	23	2.1	23	84	0	62	40	6	6	46	1.53
18465223--18465466	43	5.7	42	82	3	265	20	13	22	43	1.87
18465227--18465466	126	1.9	129	86	4	353	20	12	22	43	1.86
18465311--18465502	88	2.2	88	81	9	191	20	15	23	41	1.90
18471405--18471444	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
18473827--18473868	22	2.0	22	90	4	68	9	14	28	47	1.75

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