genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8627614--8627672	30	2.0	30	93	0	100	18	18	37	25	1.94
8637923--8638399	131	3.6	131	85	1	625	33	14	14	37	1.86
8637859--8638421	262	2.1	261	85	3	740	32	14	13	39	1.85
8638815--8638896	41	2.0	41	92	0	137	37	26	15	19	1.92
8649183--8649250	3	22.7	3	100	0	136	66	0	0	33	0.92
8651767--8651801	17	2.1	17	88	0	52	20	37	40	2	1.67
8652993--8653018	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
8655237--8655281	24	1.9	23	81	4	54	60	6	13	20	1.55
8655301--8655412	36	3.1	34	80	13	109	56	0	8	34	1.35
8657291--8657396	44	2.4	44	85	3	142	25	19	21	33	1.97
8658296--8658382	45	1.9	45	83	0	111	47	10	16	26	1.78
8659127--8659175	24	2.0	24	96	0	89	38	10	32	18	1.84
8665518--8665577	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
8676621--8676771	56	2.8	53	82	7	180	29	22	25	22	1.99
8679368--8679402	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
8680504--8680564	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
8680540--8680579	16	2.5	16	87	0	53	47	2	10	40	1.50
8680652--8680679	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8680570--8680730	68	2.4	67	94	3	288	40	4	8	47	1.53
8681619--8681663	24	1.9	23	86	4	63	62	6	13	17	1.52
8682082--8682111	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8688926--8688984	23	2.6	22	76	10	66	42	18	5	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8691488--8691762	147	1.9	147	84	1	372	29	19	20	30	1.97
8692271--8692327	27	2.1	27	100	0	114	61	7	7	24	1.47
8692503--8692694	98	2.0	97	88	3	287	48	13	17	21	1.80
8693998--8694033	18	1.9	19	88	5	56	38	22	16	22	1.93
8699282--8699331	26	2.0	25	84	11	66	50	4	0	46	1.20
8699518--8699563	15	3.1	15	83	0	56	39	0	0	60	0.97
8702073--8702148	37	2.1	37	97	0	143	34	13	17	35	1.88
8710177--8710296	55	2.2	55	90	3	197	21	32	24	21	1.98
8711994--8712146	41	3.8	41	92	0	245	24	22	23	29	1.99
8712213--8712270	26	2.2	26	85	11	75	58	3	8	29	1.44
8712522--8712552	14	2.1	15	94	5	55	32	0	35	32	1.58
8712574--8712638	7	9.3	7	73	6	51	27	0	36	35	1.57
8713272--8713305	17	1.9	17	88	5	50	73	2	2	20	1.09
8713805--8713923	60	2.0	60	98	1	231	51	15	5	28	1.64
8713864--8714065	76	2.7	76	93	4	338	47	13	8	30	1.73
8715293--8715350	24	2.5	24	91	2	91	24	10	6	58	1.55
8718502--8718758	86	3.1	80	83	8	218	22	17	33	26	1.96
8718538--8718758	43	5.1	43	89	0	343	21	17	34	26	1.95
8718852--8718894	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
8720004--8720028	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
8722130--8722758	316	2.0	315	92	0	1051	31	19	19	29	1.96
8723738--8723790	16	3.3	15	77	15	52	75	1	9	13	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8724583--8724612	5	6.0	5	92	0	51	0	16	0	83	0.65
8730284--8730314	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8730467--8730504	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8730633--8730738	41	2.6	41	92	0	176	30	25	21	22	1.99
8742120--8742189	29	2.5	28	75	11	81	35	0	42	21	1.53
8744051--8744090	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
8744030--8744106	14	5.0	15	71	20	52	33	9	15	41	1.79
8744176--8744252	20	3.8	20	73	13	86	33	3	3	58	1.35
8744374--8744404	15	2.1	15	100	0	62	25	0	35	38	1.56
8746666--8746723	27	2.1	27	93	0	98	25	8	29	36	1.86
8746979--8747004	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
8747161--8747190	14	2.1	14	93	0	51	36	10	43	10	1.72
8747213--8747258	24	1.9	24	95	0	83	36	4	45	13	1.63
8748382--8748535	47	3.2	47	77	12	186	53	2	0	43	1.19
8748402--8748460	30	2.0	30	86	6	84	52	5	0	42	1.23
8748386--8748505	16	7.4	16	66	24	56	55	2	0	41	1.13
8748454--8748832	120	3.2	120	94	1	665	52	3	1	41	1.28
8748681--8748765	28	2.9	28	73	11	73	58	2	0	38	1.11
8751345--8751378	12	2.8	12	100	0	68	61	26	5	5	1.42
8751817--8751875	20	3.1	19	79	11	59	59	3	25	11	1.48
8751826--8751875	17	2.7	18	80	17	57	62	4	26	8	1.41
8751828--8751875	22	2.2	21	85	10	62	62	4	25	8	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8753658--8753713	17	3.3	17	79	0	67	50	28	7	14	1.69
8755597--8755659	25	2.5	25	81	0	72	30	22	30	17	1.96
8762359--8762394	17	2.1	17	89	0	54	13	36	30	19	1.91
8771952--8771985	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
8777234--8777386	43	3.6	43	72	11	134	23	19	28	28	1.98
8777741--8777931	93	2.1	90	83	9	233	38	3	20	37	1.70
8782850--8782911	26	2.4	26	86	0	88	33	12	14	38	1.84
8786881--8786926	15	3.1	14	87	6	65	34	26	26	13	1.92
8790049--8790087	19	2.1	19	95	0	69	23	17	28	30	1.97
8790672--8790705	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
8792678--8792768	45	2.0	45	100	0	182	20	10	19	48	1.79
8794430--8794468	20	2.1	19	85	9	53	41	23	0	35	1.55
8794573--8794665	43	2.2	43	98	1	179	38	16	4	40	1.68
8796617--8796726	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
8797251--8797297	15	3.4	14	80	8	60	61	0	0	38	0.96
8801030--8801237	103	2.0	103	100	0	416	22	8	27	42	1.81
8805057--8805119	26	2.4	26	83	0	81	38	14	11	36	1.81
8814384--8814415	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8816666--8816692	13	2.1	13	100	0	54	22	0	14	62	1.31
8816798--8816851	24	2.3	24	81	9	58	33	1	5	59	1.31
8833595--8833621	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
8836610--8836727	59	2.0	59	89	0	182	30	15	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8847797--8847828	17	1.9	17	93	6	57	59	0	9	31	1.29
8848412--8848462	21	2.4	21	83	6	59	47	0	25	27	1.53
8848412--8848454	20	2.0	20	82	8	50	44	0	30	25	1.55
8848730--8848768	20	1.9	21	89	5	62	56	20	2	20	1.54
8849611--8849648	18	2.1	19	85	5	51	50	5	7	36	1.54
8850124--8850176	20	2.6	21	75	6	63	39	15	26	18	1.90
8851163--8851208	23	2.0	22	84	12	58	19	4	4	71	1.20
8852360--8852401	17	2.5	17	88	0	57	11	2	7	78	1.04
8852347--8852393	12	3.8	12	78	15	51	12	0	10	76	1.02
8856371--8856438	26	2.7	26	86	6	95	16	26	22	35	1.94
8856377--8856438	25	2.5	26	84	7	83	17	27	22	32	1.97
8867176--8867240	20	3.2	20	70	12	60	26	29	13	30	1.94
8874600--8875799	89	13.3	88	77	6	875	33	16	19	30	1.94
8874600--8875799	44	26.6	44	77	6	909	33	16	19	30	1.94
8874600--8875799	133	8.9	132	75	6	927	33	16	19	30	1.94
8874600--8875763	221	5.2	221	75	8	828	33	16	19	30	1.94
8877476--8877525	22	2.3	22	86	3	75	24	16	4	56	1.57
8882314--8882484	64	2.7	63	86	2	211	21	28	19	30	1.97
8883044--8883096	6	8.5	6	83	8	52	73	0	18	7	1.06
8883044--8883100	13	4.7	12	79	10	53	71	0	21	7	1.08
8883579--8883635	15	4.0	13	74	17	51	63	1	1	33	1.15
8888294--8888330	19	1.9	19	94	0	65	51	2	24	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8892630--8892678	19	2.5	20	93	6	82	38	10	14	36	1.80
8898344--8898416	37	2.0	37	97	0	137	45	6	15	32	1.72
8912476--8912553	22	3.5	22	85	0	102	47	20	19	12	1.82
8912846--8912870	8	3.1	8	100	0	50	36	12	0	52	1.39
8915769--8915865	42	2.3	42	83	0	113	31	15	15	37	1.89
8915953--8916046	24	3.9	24	79	5	109	25	20	22	31	1.98
8915954--8916048	48	2.0	48	89	0	145	25	20	23	31	1.98
8916002--8916153	64	2.4	64	86	2	207	26	18	23	31	1.97
8916066--8916112	24	2.0	24	91	0	76	25	21	25	27	1.99
8916779--8916815	16	2.2	18	85	9	51	45	5	8	40	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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