genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5733170--5733197	12	2.3	12	100	0	56	28	10	25	35	1.89
5736353--5736456	43	2.4	43	93	0	172	23	23	2	50	1.62
5738308--5738342	17	2.1	17	89	10	54	51	0	2	45	1.16
5746405--5746486	39	2.1	39	93	0	137	42	13	17	26	1.86
5750118--5750176	30	2.0	30	89	0	91	32	25	3	38	1.72
5751923--5751964	18	2.3	18	87	0	57	23	26	7	42	1.80
5753016--5753070	27	2.0	27	96	0	101	23	38	12	25	1.90
5755526--5755750	125	1.8	125	89	1	353	27	16	19	36	1.93
5755826--5755891	34	1.9	34	90	0	105	46	12	0	40	1.41
5755826--5755917	34	2.7	33	81	9	96	44	15	0	40	1.46
5756003--5756041	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
5755945--5756023	42	1.9	42	92	2	133	45	27	1	25	1.61
5759533--5759611	42	1.9	42	94	2	142	24	2	30	43	1.67
5759638--5759768	34	3.8	33	78	7	129	39	2	14	43	1.58
5759638--5759778	68	2.0	71	80	9	157	41	2	13	43	1.56
5759825--5760221	127	3.2	126	86	3	539	37	16	16	29	1.91
5760642--5760698	25	2.3	23	78	18	62	50	3	0	45	1.18
5764075--5764845	50	15.4	50	69	4	444	33	23	18	24	1.97
5764042--5764929	100	8.9	100	86	2	1066	32	22	19	25	1.97
5768664--5768720	29	2.0	29	86	6	80	33	19	17	29	1.95
5772943--5773014	32	2.2	33	95	4	130	38	4	19	37	1.71
5774772--5774858	40	2.2	40	97	0	165	47	16	8	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5781372--5781458	44	1.9	46	93	4	151	25	4	32	37	1.76
5781556--5781800	109	2.3	112	81	11	273	51	3	1	43	1.27
5781657--5781720	28	2.4	28	86	5	87	56	0	0	43	0.99
5783192--5783295	49	2.1	49	85	0	136	50	10	8	30	1.67
5783401--5783517	56	2.1	56	96	0	216	35	11	6	45	1.68
5784003--5784064	25	2.5	25	94	5	108	41	19	8	30	1.80
5790332--5790368	18	2.1	18	94	0	65	18	10	13	56	1.66
5790338--5790380	22	2.0	22	81	9	52	20	9	13	55	1.66
5791819--5791862	21	2.0	23	82	8	56	25	2	4	68	1.20
5802094--5802147	23	2.2	25	77	12	67	35	22	24	18	1.96
5802100--5802147	23	2.1	23	88	0	69	35	20	25	18	1.95
5804523--5804617	28	3.4	28	79	2	111	18	21	7	52	1.69
5804547--5804665	28	4.2	28	78	3	132	21	20	5	52	1.66
5804537--5804665	56	2.3	56	86	4	170	21	19	6	52	1.67
5811985--5812219	10	24.6	9	67	16	73	63	2	3	30	1.24
5812090--5812170	29	2.8	29	76	14	87	62	1	2	33	1.16
5812107--5812219	18	6.0	18	71	17	70	66	1	2	29	1.15
5812172--5812222	19	2.6	20	84	6	68	70	3	1	23	1.14
5812560--5812620	16	3.6	17	74	14	56	32	3	0	63	1.10
5812547--5812604	31	1.9	30	82	3	71	27	3	0	68	1.05
5815042--5815653	262	2.3	265	84	5	776	36	13	11	38	1.80
5816570--5816614	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5821886--5821970	22	3.9	22	87	0	107	29	25	14	30	1.95
5823017--5823077	3	20.3	3	100	0	122	67	0	32	0	0.91
5829576--5829638	25	2.6	24	78	16	67	50	1	0	47	1.10
5833256--5833295	21	1.9	21	90	10	64	22	7	17	52	1.69
5835082--5835113	3	10.7	3	93	0	55	68	0	31	0	0.90
5836912--5836983	10	6.8	10	78	12	81	72	0	27	0	0.85
5836902--5837018	20	5.6	20	77	15	105	69	0	30	0	0.89
5836918--5837018	24	4.5	24	81	14	117	69	0	30	0	0.89
5836902--5836991	10	9.8	10	75	17	63	70	0	30	0	0.88
5838290--5838316	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5838933--5839153	40	5.5	40	93	0	379	30	19	22	28	1.98
5844700--5844880	40	4.5	40	95	0	326	29	20	22	27	1.99
5846412--5846446	12	2.9	12	95	0	61	28	42	28	0	1.56
5850126--5850164	3	13.0	3	88	0	60	0	61	0	38	0.96
5851132--5851177	23	2.0	24	95	4	85	36	2	0	60	1.09
5853224--5853316	3	30.0	3	72	10	71	31	4	3	61	1.31
5856678--5856715	18	2.1	19	90	9	62	10	5	39	44	1.61
5856683--5856722	18	2.3	17	82	4	53	12	5	37	45	1.64
5859766--5859816	26	1.9	27	88	4	77	68	3	0	27	1.07
5860243--5860338	29	3.3	28	84	7	120	38	20	1	39	1.60
5860243--5860358	58	2.0	58	83	9	148	37	18	2	40	1.65
5860659--5860695	11	3.4	11	85	14	58	70	0	29	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5860801--5860839	20	2.0	20	95	5	71	76	0	23	0	0.78
5861278--5861329	16	3.3	16	73	21	56	73	0	23	3	1.00
5861623--5861662	21	1.9	21	89	0	62	47	10	2	40	1.50
5872366--5872552	50	3.7	50	79	2	196	30	28	16	24	1.97
5872366--5872497	51	2.6	50	84	3	158	31	28	15	24	1.96
5878581--5878630	23	2.1	25	85	7	68	58	2	0	40	1.10
5880436--5880680	50	4.9	50	76	6	226	32	26	15	24	1.95
5880438--5880675	101	2.4	101	85	1	307	32	26	15	24	1.96
5884051--5884088	19	2.0	19	100	0	76	47	5	26	21	1.71
5886349--5887405	75	14.0	75	83	2	1155	28	17	19	33	1.95
5886349--5887405	151	7.0	150	83	2	1125	28	17	19	33	1.95
5887709--5887832	29	4.3	30	87	4	157	35	22	4	37	1.73
5887709--5887832	58	2.1	58	88	2	187	35	22	4	37	1.73
5888038--5888092	27	2.1	26	83	10	67	78	3	10	7	1.08
5888184--5888219	11	3.3	11	85	14	56	72	0	27	0	0.85
5888185--5888226	22	2.0	20	90	9	66	69	0	30	0	0.89
5888333--5888398	4	17.5	4	74	22	63	74	1	24	0	0.91
5888326--5888398	25	3.0	24	84	9	87	73	1	24	0	0.90
5893446--5893491	23	1.9	25	91	8	78	28	21	4	45	1.71
5893801--5893858	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
5894171--5894355	46	4.0	46	89	0	280	28	24	10	36	1.88
5898671--5898711	19	2.2	19	86	0	55	56	4	4	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900426--5900482	9	6.2	9	80	11	62	42	26	10	21	1.85
5903122--5903168	22	2.1	22	92	0	76	59	0	6	34	1.23
5903176--5903223	9	5.9	8	85	14	55	75	2	0	22	0.91
5903174--5903223	16	3.1	15	81	18	57	76	2	0	22	0.89
5903124--5903199	29	2.6	29	75	8	73	63	0	3	32	1.13
5903174--5903238	23	2.8	23	83	4	78	72	1	1	24	1.02
5903206--5903241	11	3.2	11	84	7	54	63	0	2	33	1.08
5912776--5912801	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
5922231--5922268	3	12.7	3	100	0	76	65	0	34	0	0.93
5923480--5923843	115	3.2	114	90	1	575	24	21	26	26	2.00
5923742--5923942	99	2.0	98	90	2	314	22	24	25	26	2.00
5924199--5924281	36	2.3	37	83	6	98	20	0	33	45	1.51
5924199--5924273	22	3.5	22	78	7	66	21	0	33	45	1.52
5924200--5924281	15	5.7	15	72	7	62	20	0	34	45	1.52
5924199--5924311	7	15.7	7	73	12	59	21	0	32	46	1.52
5924199--5924310	15	7.7	15	69	15	58	21	0	32	46	1.52
5924448--5924502	7	7.7	7	75	4	56	21	0	45	32	1.52
5924473--5924520	22	2.2	22	84	0	60	29	4	37	29	1.76
5924817--5924870	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
5924855--5924953	47	2.1	48	94	1	173	45	7	0	47	1.30
5925287--5925325	16	2.6	15	88	8	53	17	35	0	46	1.49
5925635--5925669	18	1.9	18	88	0	52	2	20	0	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5929783--5929913	70	1.9	70	82	9	169	28	21	24	25	1.99
5929854--5929950	43	2.3	43	87	3	133	32	25	18	22	1.97
5930022--5930064	22	1.9	23	85	4	61	44	23	20	11	1.84
5930247--5930289	13	3.5	13	84	6	54	62	0	0	37	0.95
5932385--5932523	63	2.2	63	80	1	154	25	26	26	20	1.99
5935315--5935354	18	2.4	17	91	8	64	27	7	0	65	1.20
5935531--5935575	23	1.9	23	86	4	63	20	11	20	48	1.79
5937065--5937123	19	3.2	18	70	15	57	30	15	3	50	1.60
5939180--5939219	21	1.9	21	85	10	55	55	12	7	25	1.63
5941365--5941493	63	2.0	63	100	0	258	29	10	12	47	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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