genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19847030--19847105	9	8.4	9	91	5	102	39	23	10	26	1.87
19847208--19847251	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
19849324--19849363	20	2.0	20	90	0	62	15	7	5	72	1.24
19849326--19849370	20	2.2	20	84	0	54	17	4	6	71	1.25
19852352--19852406	27	2.0	27	96	0	101	23	12	14	49	1.78
19852566--19852822	43	6.0	43	81	0	262	42	20	16	20	1.89
19855694--19855733	20	2.0	21	90	5	64	70	2	10	17	1.27
19857223--19857258	15	2.5	14	86	8	54	30	0	2	66	1.06
19857302--19857345	5	9.0	5	87	5	54	34	2	0	63	1.07
19857607--19857647	22	2.0	20	85	9	55	48	2	0	48	1.14
19857712--19857754	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
19858209--19858265	30	1.9	30	92	7	98	35	0	15	49	1.45
19859572--19859640	27	2.6	27	93	4	113	40	10	1	47	1.46
19859699--19859765	27	2.5	27	90	0	98	19	28	35	16	1.93
19859812--19859889	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
19859814--19859885	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
19859814--19859896	24	3.6	23	73	12	71	67	1	31	0	0.98
19859817--19859890	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
19859832--19859990	38	4.3	36	78	12	128	66	0	30	1	1.07
19859834--19859958	10	12.7	10	67	14	55	66	0	30	2	1.10
19859800--19859896	20	5.4	18	70	22	53	63	1	35	0	1.01
19862069--19862105	17	2.2	17	95	0	65	27	16	10	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19863070--19863098	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
19863328--19863360	14	2.4	14	100	0	66	24	42	27	6	1.78
19865238--19865282	18	2.5	18	81	0	63	22	46	2	28	1.63
19866015--19866060	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
19866366--19866432	27	2.5	27	100	0	134	14	31	29	23	1.95
19866489--19866558	28	2.5	29	93	6	119	48	0	10	41	1.36
19877248--19877308	16	3.8	16	72	10	61	54	0	0	45	1.00
19877244--19877308	18	3.7	17	72	12	60	53	0	0	46	1.00
19880662--19880755	35	2.7	35	88	1	125	13	12	26	46	1.79
19884711--19885104	23	16.6	23	71	12	208	42	17	13	26	1.87
19884723--19885094	71	5.2	71	84	4	419	43	17	13	25	1.86
19884762--19885097	71	4.7	71	84	4	426	43	17	14	25	1.86
19885020--19885114	48	2.0	48	91	0	154	44	15	16	23	1.86
19885039--19885113	23	3.2	23	74	7	78	42	16	17	24	1.88
19885827--19885896	28	2.5	28	85	0	95	30	24	12	32	1.93
19886747--19886783	16	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
19901420--19901468	22	2.2	21	89	7	71	59	0	0	40	0.98
19901420--19901468	21	2.2	22	85	7	64	59	0	0	40	0.98
19902133--19902176	22	2.0	22	91	8	72	45	9	2	43	1.48
19903833--19903875	24	1.9	22	81	13	52	27	2	2	67	1.15
19906304--19906554	68	3.7	68	80	0	259	35	17	20	25	1.95
19906303--19906619	136	2.3	136	83	3	377	36	17	20	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19906304--19906602	68	4.4	68	80	0	247	36	17	20	25	1.94
19907111--19907207	48	2.0	48	85	0	131	54	6	3	36	1.41
19912067--19912210	41	3.5	41	86	0	198	20	21	23	34	1.96
19912053--19912209	82	1.9	82	88	0	233	20	22	23	33	1.97
19912650--19912690	21	2.0	21	85	9	57	31	4	19	43	1.72
19916171--19916227	20	2.7	22	71	20	59	61	8	10	19	1.54
19916752--19916825	3	24.7	3	97	0	139	66	0	1	32	1.00
19917970--19917998	15	1.9	15	100	0	58	10	0	41	48	1.37
19917972--19918005	15	2.3	15	89	0	50	11	0	47	41	1.40
19920344--19920410	27	2.5	27	87	0	98	20	13	41	23	1.88
19923248--19923289	21	2.0	22	81	13	52	35	2	4	57	1.33
19925131--19925181	26	2.0	26	84	7	68	25	1	5	66	1.24
19925489--19925544	21	2.6	21	79	17	62	73	3	1	21	1.08
19927718--19927754	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
19927736--19927840	45	2.5	43	82	11	112	32	3	29	34	1.76
19927736--19927827	44	2.1	45	89	6	143	32	4	28	34	1.77
19927987--19928021	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19927973--19928326	120	3.0	120	94	2	622	51	4	0	43	1.27
19928061--19928125	14	4.7	14	72	16	55	55	1	0	43	1.09
19927980--19928283	59	5.1	59	70	17	234	50	3	0	44	1.25
19928002--19928312	61	5.2	61	73	13	320	51	4	0	43	1.28
19929231--19929260	6	5.0	6	100	0	60	66	16	0	16	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19931273--19931310	3	12.7	3	88	0	58	31	0	2	65	1.06
19931491--19931534	23	1.9	23	90	0	70	34	4	4	56	1.40
19932628--19932663	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
19939776--19939811	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19946209--19946240	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
19946716--19946802	45	1.9	46	80	2	104	32	21	8	37	1.83
19950898--19950943	24	2.0	24	87	8	69	28	15	23	32	1.95
19953657--19953682	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
19957617--19957641	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
19971771--19971819	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
19975876--19975941	33	2.0	33	96	0	123	37	13	9	39	1.77
19978820--19978865	18	2.5	19	89	10	69	45	0	2	52	1.13
19978988--19979043	23	2.4	23	82	5	60	42	5	3	48	1.43
19984890--19984932	5	8.2	5	85	10	59	4	16	0	79	0.90
19984892--19984938	15	2.9	17	87	9	64	8	12	0	78	0.95
19985023--19985133	20	6.2	18	71	16	54	36	8	0	54	1.30
19984950--19985194	36	7.1	32	66	16	96	34	7	0	57	1.30
19984929--19985427	70	7.0	70	87	6	682	34	7	0	57	1.32
19984925--19985427	143	3.5	140	90	4	751	33	7	0	57	1.32
19985354--19985388	17	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
19995099--19995147	3	16.3	3	86	0	62	24	0	8	67	1.18
20000823--20000859	18	2.1	18	100	0	74	56	0	5	37	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20005276--20005320	22	2.0	23	82	4	56	62	2	2	33	1.20
20005466--20005541	35	2.2	35	90	4	118	52	2	1	43	1.23
20006210--20006252	12	3.7	11	82	11	50	30	2	11	55	1.48
20007345--20007378	16	2.1	16	94	0	59	50	5	2	41	1.42
20011652--20011718	30	2.2	30	83	0	80	37	5	14	41	1.71
20011661--20011721	30	2.0	30	90	0	95	39	4	11	44	1.62
20012029--20012085	19	2.9	19	80	10	69	28	1	1	68	1.09
20012039--20012104	29	2.2	30	86	2	98	30	3	4	62	1.30
20013745--20013776	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
20013966--20014137	61	2.8	61	79	12	176	55	2	0	40	1.19
20014065--20014140	40	1.9	40	86	5	109	56	2	1	39	1.21
20015324--20015359	16	2.2	16	100	0	72	63	19	0	16	1.30
20018583--20018638	13	4.3	13	79	6	51	44	1	3	50	1.29
20023705--20023989	29	9.8	29	77	5	164	23	28	13	35	1.92
20023793--20023960	87	1.9	87	81	4	205	23	29	12	35	1.91
20023710--20023989	116	2.4	116	87	1	391	22	28	13	35	1.92
20023800--20024011	29	7.3	28	82	5	180	24	27	12	35	1.92
20026197--20026229	15	2.2	15	94	0	57	45	21	30	3	1.67
20031198--20031286	45	2.0	45	100	0	178	38	7	24	29	1.84
20033977--20034089	44	2.6	44	82	2	138	24	12	23	38	1.90
20036230--20036261	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
20042052--20042085	6	5.8	6	96	3	61	0	14	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20042054--20042097	22	2.0	23	86	4	63	0	15	2	81	0.78
20048332--20048371	12	3.2	12	82	3	53	47	12	0	40	1.41
20048805--20048865	31	2.0	31	90	6	97	60	0	1	37	1.07
20048805--20048897	11	8.9	11	73	16	65	60	0	2	37	1.09
20048818--20048932	41	3.0	39	88	8	173	60	0	3	35	1.13
20050798--20050822	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
20052191--20052379	94	2.0	94	98	0	369	28	15	24	30	1.96
20052485--20052536	16	3.2	16	89	5	70	44	3	26	25	1.71
20052769--20052902	18	7.9	18	69	17	90	57	2	0	39	1.16
20057689--20057811	60	2.0	60	100	0	246	45	9	9	34	1.70

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