genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22137757--22137825	22	3.1	22	97	0	129	34	14	24	26	1.94
22155671--22155699	11	2.5	12	88	11	51	17	6	13	62	1.52
22160604--22160865	131	2.0	131	95	0	470	29	15	20	33	1.94
22163920--22164442	73	7.2	71	78	8	443	37	16	21	24	1.93
22163922--22164442	35	14.4	36	78	7	457	37	16	21	24	1.93
22163918--22164442	219	2.4	218	82	6	600	37	16	21	24	1.93
22165643--22166064	139	3.0	139	84	2	542	31	22	19	26	1.98
22170766--22170891	57	2.2	57	97	2	238	67	7	9	15	1.41
22178865--22178904	14	2.7	15	92	7	73	40	5	5	50	1.46
22181982--22182085	31	3.4	30	71	10	93	24	14	12	49	1.78
22182545--22182625	27	3.0	27	78	7	83	17	13	40	28	1.87
22182560--22182659	27	3.7	27	76	10	98	11	13	41	35	1.79
22192657--22192765	20	5.4	20	75	4	94	10	30	22	37	1.87
22192706--22192788	40	2.1	40	88	4	123	13	33	19	33	1.90
22193889--22193949	23	2.8	22	76	16	65	39	1	6	52	1.37
22195029--22195104	18	4.2	18	84	3	91	32	25	9	32	1.87
22195806--22195858	19	2.9	17	78	16	54	43	1	0	54	1.11
22195799--22195847	25	2.0	25	95	0	89	38	2	0	59	1.09
22195801--22195854	25	2.2	25	89	0	81	38	1	0	59	1.08
22195864--22195904	19	2.2	19	83	12	50	34	0	2	63	1.08
22200752--22200809	22	2.7	21	82	10	64	43	15	20	20	1.88
22202834--22202934	43	2.3	43	91	0	157	33	24	14	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22204862--22204922	32	1.9	32	100	0	122	37	16	16	29	1.91
22208658--22208706	24	2.0	24	100	0	98	30	12	24	32	1.92
22214420--22214460	18	2.3	18	100	0	82	36	19	21	21	1.95
22220222--22220689	88	5.3	88	89	1	724	22	24	27	26	2.00
22221890--22221937	25	1.9	25	83	8	62	2	27	0	70	0.98
22226755--22226786	10	3.2	10	95	0	55	78	0	0	21	0.76
22226749--22226783	17	2.1	17	89	10	54	77	0	0	22	0.78
22227273--22227364	19	4.8	19	86	5	141	38	14	9	38	1.79
22227266--22227364	38	2.7	38	90	3	157	37	15	9	38	1.79
22230248--22230321	38	1.9	38	86	0	103	37	13	17	31	1.89
22233306--22233388	24	3.3	23	71	21	60	38	16	10	33	1.84
22233324--22233404	24	3.2	26	70	20	71	37	14	11	37	1.82
22233285--22233542	50	5.1	50	80	2	293	37	18	10	32	1.85
22233315--22233398	26	3.3	25	73	18	75	38	17	9	34	1.83
22238399--22238430	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
22250720--22250861	24	6.0	24	69	17	100	36	1	0	61	1.05
22250752--22250874	11	11.9	11	67	24	63	39	0	0	59	1.03
22250774--22250825	10	5.4	10	73	17	56	25	0	0	75	0.81
22250775--22250825	9	5.4	9	79	6	57	25	0	0	74	0.82
22250718--22250874	70	2.3	67	86	6	208	38	1	0	60	1.05
22255982--22256013	17	1.9	16	93	6	55	21	21	25	31	1.98
22256920--22257012	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22257365--22257405	3	13.7	3	84	0	55	58	4	0	36	1.20
22258299--22258332	5	6.6	5	86	6	50	58	2	0	38	1.13
22260968--22261244	28	9.9	29	75	9	193	35	22	15	27	1.94
22261007--22261244	28	8.5	28	77	9	202	36	21	15	26	1.94
22261007--22261255	57	4.5	56	74	13	203	35	22	15	26	1.94
22273823--22274059	33	6.8	33	68	23	128	21	19	27	31	1.98
22273822--22274022	102	2.0	103	90	3	316	20	19	27	32	1.97
22281307--22281506	102	2.0	102	93	0	346	20	18	27	33	1.96
22281407--22281616	75	2.8	74	89	3	323	21	18	28	31	1.97
22296755--22296810	23	2.4	23	90	0	85	10	19	28	41	1.85
22298432--22298473	10	4.4	10	79	11	52	80	9	0	9	0.89
22303809--22303856	24	2.0	24	83	0	60	33	25	20	20	1.97
22303770--22303895	63	2.0	63	85	3	173	31	23	22	23	1.98
22303833--22303934	39	2.6	39	84	3	125	31	24	21	22	1.98
22303769--22303964	102	1.9	102	86	0	275	31	23	20	23	1.98
22307280--22307344	27	2.4	28	72	10	64	43	6	6	44	1.54
22310744--22310784	22	2.0	22	90	9	68	56	0	0	43	0.99
22310752--22310781	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
22317099--22317144	23	2.0	23	91	0	74	41	23	6	28	1.79
22317298--22317366	30	2.3	31	82	7	79	43	4	21	30	1.72
22326795--22326862	35	1.9	35	82	11	86	60	1	5	32	1.30
22328537--22328582	24	2.0	24	86	4	67	54	6	4	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22333579--22333617	19	2.1	19	85	9	53	38	2	0	58	1.12
22349274--22349309	18	2.0	18	88	0	54	19	25	5	50	1.69
22349294--22349330	18	2.0	19	89	5	58	24	32	5	37	1.78
22349288--22349347	21	3.0	21	85	7	72	28	33	3	35	1.74
22354060--22354142	22	3.8	22	86	0	103	30	14	26	28	1.95
22354833--22355000	23	7.3	23	98	0	327	30	29	21	18	1.97
22358112--22358297	50	3.6	50	86	5	212	26	19	29	25	1.99
22358160--22358341	50	3.6	50	82	4	197	26	19	29	23	1.98
22358706--22358741	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
22362886--22362926	6	6.8	6	100	0	82	51	0	31	17	1.46
22368053--22368430	125	3.0	125	92	0	594	29	16	22	30	1.96
22370878--22371309	45	9.8	42	76	11	179	27	0	26	45	1.56
22370875--22371641	23	34.3	22	76	10	632	26	0	26	47	1.54
22370933--22371639	45	15.8	44	78	11	602	25	0	26	47	1.52
22371442--22371503	28	2.1	29	88	5	90	17	0	32	50	1.47
22372109--22372151	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
22372793--22372818	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
22373922--22373959	11	3.5	11	82	3	51	65	0	0	34	0.93
22374012--22374078	11	5.9	12	81	13	88	44	0	31	23	1.54
22374012--22374078	34	2.0	34	85	11	93	44	0	31	23	1.54
22377021--22377173	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
22378720--22379078	29	12.4	29	85	2	339	32	11	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22378720--22379078	87	4.1	87	82	3	409	32	11	28	26	1.92
22396282--22396527	50	4.8	50	83	3	267	22	28	21	27	1.99
22396282--22396519	100	2.3	102	84	4	300	23	28	21	27	1.99
22398782--22398817	16	2.3	15	90	4	54	25	16	0	58	1.38
22399046--22399236	51	3.8	51	79	11	230	30	27	16	24	1.97
22399039--22399228	102	1.9	102	90	3	294	31	26	17	24	1.97
22402514--22402612	50	2.0	50	92	4	164	19	17	17	46	1.84
22411836--22411872	20	1.9	18	89	10	56	37	2	5	54	1.38
22413489--22413527	20	2.0	20	89	0	60	20	23	2	53	1.57
22427070--22427103	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
22430097--22430134	16	2.5	15	87	8	51	28	2	5	63	1.30
22430732--22430781	26	1.9	26	91	0	82	28	28	24	20	1.99
22436702--22436739	16	2.5	15	87	8	51	28	2	5	63	1.30
22437335--22437385	26	2.0	26	88	0	75	25	29	25	19	1.99
22446999--22447065	34	1.9	35	90	3	109	29	10	13	46	1.76
22458876--22458979	50	2.1	50	100	0	208	29	23	15	31	1.95
22460569--22460749	90	2.0	90	100	0	362	23	16	18	41	1.90
22464632--22464691	28	2.1	28	96	0	111	45	5	6	43	1.52
22465877--22466045	50	3.3	51	79	8	146	23	27	20	27	1.99
22468263--22468396	72	1.9	72	85	3	189	25	23	17	33	1.96
22479031--22479069	15	2.6	15	83	0	51	28	43	15	12	1.83
22481420--22481448	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486917--22486977	30	2.1	29	84	9	79	50	9	6	32	1.61
22486917--22486974	29	2.0	29	83	6	73	50	10	6	32	1.63
22491574--22491622	23	2.0	24	81	14	57	38	14	4	42	1.64
22493240--22493266	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
22495627--22495684	29	2.0	29	96	0	107	24	22	31	22	1.99
22499283--22499331	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
22499345--22499386	19	2.3	18	84	8	50	54	0	0	45	0.99
22501350--22501592	50	4.7	51	82	5	258	26	20	29	24	1.99
22513001--22513065	16	3.9	16	76	15	53	38	1	3	56	1.24
22513837--22513876	21	2.0	21	85	5	55	40	7	47	5	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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