genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737768--2737831	26	2.5	26	100	0	128	23	28	29	18	1.98
2739454--2739506	21	2.5	21	81	0	70	30	24	28	16	1.97
2739454--2739514	21	2.8	21	78	9	61	32	24	26	16	1.96
2743200--2743229	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2743309--2743349	16	2.5	17	80	11	59	39	2	0	58	1.11
2744688--2744737	24	2.1	24	84	0	64	66	8	0	26	1.19
2744782--2744826	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2745266--2745303	17	2.2	18	85	4	51	73	2	2	21	1.07
2745453--2745516	27	2.4	26	86	2	92	42	3	4	50	1.39
2750374--2750420	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2751796--2751872	30	2.6	31	87	6	106	37	11	18	32	1.87
2755329--2755379	17	3.1	16	81	10	50	19	0	11	68	1.20
2758280--2758331	9	5.3	9	79	18	52	75	3	0	21	0.97
2758542--2758592	21	2.4	22	80	3	59	41	5	15	37	1.72
2758777--2758812	18	1.9	19	88	5	56	63	8	0	27	1.23
2778847--2778920	29	2.6	29	86	2	96	40	4	13	41	1.63
2780648--2780849	83	2.4	83	79	9	203	23	20	24	31	1.98
2780604--2780892	127	2.3	126	83	5	343	24	21	22	31	1.98
2780818--2781231	44	9.5	44	78	5	372	25	25	18	30	1.98
2780737--2781113	175	2.2	171	88	2	556	25	24	20	29	1.99
2780870--2781233	131	2.8	132	92	2	601	25	25	19	29	1.99
2780777--2781231	175	2.6	175	85	2	538	25	25	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782995--2783039	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2783160--2783232	29	2.6	29	88	2	103	41	4	12	42	1.61
2783160--2783241	29	2.9	28	85	5	101	42	3	12	41	1.60
2788124--2788206	43	1.9	43	87	0	121	25	21	2	50	1.61
2797426--2797459	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
2802166--2802318	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
2804225--2804253	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2807125--2807359	124	1.9	124	92	1	400	29	15	22	31	1.95
2810584--2810790	28	7.3	28	86	4	245	31	0	24	43	1.58
2810569--2810724	57	2.6	59	77	19	180	30	1	25	42	1.63
2810677--2810873	23	7.9	23	73	16	135	30	0	23	45	1.53
2810584--2810794	85	2.5	85	89	0	314	31	0	24	43	1.58
2810773--2810808	18	2.0	18	94	0	63	30	0	19	50	1.48
2810745--2810885	46	2.9	46	86	11	201	29	0	22	47	1.52
2810791--2810890	23	3.7	28	81	14	129	30	1	23	46	1.59
2813036--2813069	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
2813168--2813233	29	2.4	27	82	12	73	60	1	1	36	1.15
2813266--2813307	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
2813279--2813337	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
2813257--2813358	52	2.0	51	84	5	134	33	0	31	34	1.65
2813308--2813378	22	3.2	22	88	7	99	36	1	26	35	1.66
2824233--2824290	24	2.3	26	88	8	84	53	1	5	39	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831466--2831585	61	2.0	62	84	1	161	44	15	2	37	1.61
2832644--2832727	31	2.8	30	78	3	87	39	5	9	45	1.61
2833720--2833763	20	2.2	20	84	8	54	45	15	4	34	1.67
2837328--2837369	20	2.1	20	91	8	68	45	4	11	38	1.62
2838414--2838483	19	3.6	19	79	9	79	20	18	25	35	1.95
2840530--2840570	21	2.0	21	85	9	57	51	0	4	43	1.23
2851027--2851059	11	2.8	12	86	9	50	30	0	0	69	0.88
2851181--2851245	30	2.2	30	88	5	96	60	13	1	24	1.43
2851525--2851565	20	2.0	20	86	9	57	39	12	7	41	1.70
2851806--2851858	23	2.3	23	76	20	58	45	3	3	47	1.39
2852066--2852133	23	3.2	20	71	20	50	51	7	0	41	1.30
2858291--2858331	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
2865399--2865472	25	2.8	26	78	10	71	20	22	20	36	1.95
2866843--2866882	21	2.0	20	85	5	53	52	2	15	30	1.55
2869526--2869556	15	2.1	15	93	0	53	25	9	12	51	1.70
2875905--2876038	40	3.4	40	73	13	107	32	24	15	26	1.95
2877185--2877217	16	2.1	16	94	0	57	0	27	0	72	0.85
2883491--2883602	52	2.2	52	96	0	206	39	14	11	34	1.82
2897230--2897257	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2901944--2901977	16	2.1	16	88	0	50	44	2	0	52	1.16
2902345--2902375	15	2.1	15	100	0	62	45	0	0	54	0.99
2905458--2905680	90	2.5	88	89	2	322	39	21	15	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2907918--2907980	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
2908096--2908123	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
2908387--2908419	13	2.5	13	90	0	57	63	0	0	36	0.95
2909091--2909116	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2910082--2910118	17	2.2	17	90	9	58	70	0	0	29	0.88
2910896--2910971	39	1.9	39	82	10	93	26	25	1	47	1.60
2916164--2916199	16	2.2	16	90	0	54	38	2	8	50	1.47
2917497--2917523	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2921667--2921700	8	4.2	8	100	0	68	61	0	0	38	0.96
2921967--2922011	15	2.8	16	86	6	56	51	0	0	48	1.00
2929528--2929573	20	2.3	20	81	7	58	36	17	8	36	1.81
2929775--2929805	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
2934999--2935058	29	2.1	28	87	3	84	45	26	11	16	1.82
2934999--2935053	26	2.0	27	83	13	69	47	27	9	16	1.76
2974445--2974708	89	3.0	88	87	2	366	38	18	10	32	1.85
2977390--2977594	10	21.0	9	68	21	78	31	3	2	62	1.25
2977449--2977570	28	4.2	28	78	16	115	36	1	0	61	1.12
2977390--2977594	19	10.5	18	68	21	78	31	3	2	62	1.25
2977488--2977571	29	2.9	29	86	13	104	36	0	1	61	1.04
2979272--2979522	95	2.7	95	79	11	240	33	11	17	36	1.86
2981134--2981316	50	3.7	49	87	2	240	25	24	31	19	1.98
2982748--2982931	19	9.9	19	70	11	112	46	22	4	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2982748--2982859	39	2.9	38	82	6	127	45	21	5	27	1.73
2982890--2982915	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
3004118--3004160	19	2.2	19	84	16	52	53	0	4	41	1.21
3010045--3010100	27	2.1	27	86	0	76	42	14	17	25	1.87
3027889--3027926	14	2.7	14	87	0	58	23	28	7	39	1.83
3027847--3027958	58	1.9	58	88	0	170	30	21	14	33	1.93
3027788--3027958	51	3.2	51	82	5	207	29	21	15	34	1.93
3033657--3033902	51	4.8	51	91	1	395	30	15	23	29	1.96
3033657--3033936	101	2.8	100	87	6	401	30	15	23	29	1.96
3033829--3033936	44	2.5	44	81	6	130	31	13	26	27	1.94
3034354--3034494	30	4.8	30	73	15	123	29	23	4	41	1.75
3034793--3034858	33	2.0	33	88	8	98	74	10	15	0	1.07
3034811--3034868	11	5.2	12	72	15	54	75	5	18	0	0.98
3034972--3035032	13	4.6	13	76	11	61	75	1	22	0	0.89
3034970--3035047	22	3.7	22	70	18	67	75	1	23	0	0.87
3034969--3035046	33	2.5	33	84	14	94	75	1	23	0	0.87
3034978--3035023	11	4.2	11	78	10	58	78	0	21	0	0.76
3034970--3035047	11	7.4	10	72	18	52	75	1	23	0	0.87
3035151--3035189	20	1.9	20	84	5	51	64	23	7	5	1.40
3035793--3035992	17	10.7	17	67	19	80	33	13	10	43	1.78
3035839--3036096	37	6.6	38	73	17	183	34	11	10	43	1.75
3035839--3036007	75	2.2	76	86	7	227	33	13	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3035934--3036089	83	1.9	83	82	7	201	33	10	11	44	1.74
3036040--3036075	17	2.2	17	90	5	56	36	5	11	47	1.63
3036077--3036188	36	3.1	34	83	11	134	37	9	10	41	1.73
3037416--3037602	94	2.0	94	98	0	365	20	13	9	57	1.63
3041648--3041722	1	75.0	1	72	0	51	85	12	2	0	0.70
3041648--3041716	13	5.3	13	83	10	79	85	13	1	0	0.66
3041650--3041710	9	6.7	9	83	9	79	85	14	0	0	0.60
3041648--3041716	27	2.7	26	88	4	95	85	13	1	0	0.66
3042589--3043952	76	17.9	77	85	6	1458	27	15	20	37	1.92
3042593--3044118	154	10.1	149	84	7	1398	27	15	20	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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