genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453613--2453638	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2458342--2458396	20	2.8	20	81	8	60	32	1	1	63	1.15
2458378--2458424	19	2.6	18	75	18	53	44	0	0	55	0.99
2462262--2462296	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
2475736--2475846	58	2.0	58	83	5	147	45	2	4	46	1.37
2477956--2478007	17	3.1	17	91	2	79	28	25	5	40	1.78
2481043--2481117	36	2.1	36	94	0	132	45	12	9	33	1.73
2481858--2481890	16	2.1	16	88	11	50	36	0	9	54	1.32
2482054--2482112	26	2.3	27	82	8	70	30	10	8	50	1.66
2482325--2482361	13	2.8	13	87	4	56	21	5	5	67	1.31
2485286--2485311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2487039--2487075	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2502142--2502181	21	1.9	21	100	0	80	47	15	15	22	1.82
2516594--2516644	19	2.7	20	81	9	61	35	1	7	54	1.40
2516602--2516644	18	2.2	20	88	8	63	39	0	4	55	1.20
2517756--2517784	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
2517771--2517795	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2523414--2524614	309	3.9	307	86	3	1561	35	14	18	31	1.92
2525139--2525373	80	3.0	78	85	3	310	28	24	11	35	1.91
2526636--2526687	12	4.2	12	75	15	52	36	1	0	61	1.07
2526636--2526694	19	3.2	18	79	15	59	37	1	0	61	1.07
2526643--2526693	27	2.0	25	92	7	84	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527007--2527176	84	2.0	84	90	0	268	45	19	14	21	1.85
2532856--2533637	308	2.5	306	85	3	1022	35	14	19	30	1.91
2542579--2542634	25	2.2	25	87	6	76	41	19	14	25	1.89
2544224--2544430	101	2.1	101	88	0	308	45	14	16	22	1.84
2546120--2546149	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
2549517--2549626	56	2.0	56	96	0	202	40	9	8	41	1.66
2550340--2550394	23	2.4	24	85	14	80	60	0	7	32	1.24
2551745--2551792	15	3.4	14	77	13	53	33	4	20	41	1.72
2554438--2554610	41	4.2	41	84	0	220	34	17	21	26	1.96
2554639--2554836	42	4.7	43	78	13	225	21	18	26	33	1.96
2554598--2554836	84	2.8	83	91	1	361	22	17	26	33	1.96
2561338--2561422	42	2.0	42	100	0	170	40	14	21	24	1.90
2563410--2563612	101	2.0	101	90	0	316	45	15	16	22	1.85
2569574--2569617	15	3.1	15	81	18	67	31	0	25	43	1.55
2569572--2569638	27	2.5	27	85	0	80	35	0	20	43	1.53
2572350--2572452	51	2.0	51	100	0	206	37	3	23	34	1.73
2580591--2580632	22	1.9	22	90	0	66	40	14	28	16	1.88
2580591--2580667	20	3.7	19	75	6	55	44	15	27	12	1.83
2585370--2585418	21	2.3	21	75	6	55	6	16	4	73	1.19
2590162--2590225	19	3.0	22	75	24	66	37	4	3	54	1.37
2590179--2590244	19	3.4	19	73	19	64	37	4	1	56	1.29
2590166--2590243	39	1.9	42	89	7	126	37	3	2	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590190--2590251	19	3.2	19	75	18	56	41	1	1	54	1.19
2592344--2592381	16	2.3	17	90	4	60	5	26	5	63	1.37
2600608--2600642	5	6.8	5	90	3	52	20	17	20	42	1.89
2603779--2603821	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
2603925--2604000	9	8.4	9	88	5	109	25	7	22	44	1.79
2606023--2606059	19	2.0	19	89	5	58	70	5	0	24	1.08
2606027--2606067	19	2.2	19	86	0	55	70	4	0	24	1.06
2606166--2606815	113	5.8	112	77	9	527	26	24	18	30	1.98
2606166--2606815	114	5.7	114	78	7	524	26	24	18	30	1.98
2606389--2606815	229	1.9	229	83	3	502	25	23	18	31	1.97
2606908--2606996	40	2.2	40	83	0	106	19	20	25	34	1.96
2608740--2608782	14	2.9	15	80	12	54	34	2	0	62	1.08
2610496--2610550	26	2.1	27	90	10	87	34	10	0	54	1.36
2610496--2610544	24	2.0	26	88	8	75	34	10	0	55	1.34
2610618--2610669	27	1.9	27	84	0	68	30	23	32	13	1.93
2610743--2610812	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2610748--2610818	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2611126--2611196	37	1.9	37	97	0	133	49	0	9	40	1.36
2611132--2611200	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
2611275--2611326	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
2611277--2611335	27	2.2	27	84	0	73	15	28	25	30	1.96
2611364--2611394	10	3.1	10	90	0	53	0	0	19	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611396--2611457	26	2.4	26	89	5	90	50	1	8	40	1.42
2617039--2617078	18	2.2	19	90	4	64	72	2	0	25	0.97
2623542--2623600	31	1.9	31	82	0	73	45	8	6	38	1.61
2631883--2632058	90	2.0	90	91	0	289	35	17	13	34	1.89
2632206--2632241	10	3.6	10	88	11	56	0	58	0	41	0.98
2633053--2633149	31	2.9	34	72	20	87	49	2	3	45	1.29
2636203--2636618	49	8.6	48	78	9	226	32	18	25	23	1.97
2636203--2636657	48	9.4	49	80	9	404	32	18	25	23	1.97
2636298--2636643	93	3.5	102	79	10	280	34	19	24	21	1.96
2639588--2639667	26	3.0	26	66	10	72	55	1	11	32	1.43
2639696--2639726	16	1.9	16	100	0	62	70	0	9	19	1.14
2640028--2640063	13	2.7	14	87	12	58	63	0	5	30	1.17
2643576--2643829	49	5.1	48	82	6	280	20	23	19	36	1.95
2643576--2643829	98	2.6	98	84	7	320	20	23	19	36	1.95
2650414--2650484	31	2.2	33	78	14	76	32	1	5	60	1.29
2651505--2651651	60	2.5	59	80	4	170	27	21	15	34	1.94
2654319--2654364	23	2.0	23	87	8	67	32	8	19	39	1.82
2658728--2658765	20	1.9	20	88	0	58	50	13	7	28	1.69
2658714--2658780	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
2660194--2660236	11	3.5	11	77	22	50	67	0	0	32	0.91
2669829--2669946	43	2.7	42	84	6	146	32	7	18	41	1.79
2674402--2674440	19	2.1	19	90	0	60	33	7	7	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677815--2677856	16	2.7	15	89	10	66	26	23	9	40	1.85
2688808--2688912	52	2.0	52	100	0	210	38	20	18	22	1.94
2689057--2689104	20	2.2	22	75	17	55	20	31	10	37	1.87
2689068--2689108	20	2.0	20	100	0	82	19	29	14	36	1.92
2695992--2696056	19	3.4	19	80	15	64	49	1	23	26	1.59
2699461--2699551	44	2.1	44	95	0	164	29	13	10	46	1.77
2700559--2700713	49	3.2	48	68	14	138	45	16	13	25	1.83
2700539--2700823	97	2.9	97	92	2	466	47	16	12	24	1.81
2701246--2701289	22	2.0	22	91	4	72	68	13	18	0	1.22
2701928--2701990	27	2.3	27	81	8	74	53	4	3	38	1.38
2703968--2704365	57	6.8	59	83	5	495	12	30	14	42	1.83
2703968--2704365	117	3.4	117	97	0	742	12	30	14	42	1.83
2710982--2711016	18	1.9	18	94	0	61	31	34	14	20	1.92
2714721--2714780	30	2.0	31	86	3	86	45	0	35	20	1.51
2714786--2714810	9	2.8	9	100	0	50	8	0	44	48	1.32
2714986--2715022	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2717540--2717674	44	3.1	44	96	0	243	32	12	9	45	1.75
2718666--2718953	97	2.9	100	90	4	449	46	16	12	24	1.82
2720074--2720135	27	2.3	29	75	16	78	54	6	3	35	1.42
2720552--2720607	11	5.4	11	75	12	55	39	3	0	57	1.16
2720543--2720623	31	2.6	31	96	3	146	38	2	0	59	1.11
2723556--2723585	14	2.1	14	100	0	60	63	16	6	13	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727290--2727362	13	5.7	13	75	18	55	47	4	1	46	1.30
2730688--2730728	22	1.9	21	95	5	73	43	14	12	29	1.82
2732381--2732415	9	3.9	9	92	0	61	28	11	14	45	1.79
2732469--2732499	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2733090--2733124	18	1.9	18	88	0	52	17	0	2	80	0.84
2733132--2733181	22	2.3	23	79	10	59	20	16	6	58	1.59
2734558--2734591	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
2735242--2735281	11	3.5	11	86	6	62	37	0	10	52	1.35
2735233--2735281	23	2.1	23	100	0	98	38	0	12	48	1.41
2735233--2735281	12	4.3	11	84	7	62	38	0	12	48	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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