genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25560686--25560806	50	2.4	50	81	0	143	27	26	28	17	1.97
25564223--25564271	20	2.5	20	86	0	71	28	20	2	48	1.60
25564223--25564279	20	2.8	20	83	2	69	29	19	1	49	1.58
25564598--25564649	16	3.4	16	71	17	56	42	17	0	40	1.49
25568165--25568226	25	2.5	25	86	0	79	29	24	24	22	1.99
25587258--25587446	45	4.2	45	81	4	213	20	17	26	34	1.95
25589734--25589784	21	2.4	22	77	9	61	43	1	11	43	1.52
25590575--25590768	41	4.7	41	94	1	343	26	20	29	23	1.99
25590575--25590764	83	2.3	82	96	0	344	27	20	29	23	1.98
25590939--25591052	34	3.3	34	79	8	113	33	6	18	42	1.75
25596707--25597031	41	7.9	41	78	6	327	21	21	26	30	1.98
25596707--25597039	83	4.0	82	78	6	307	21	20	26	30	1.98
25596707--25597039	124	2.7	121	78	9	307	21	20	26	30	1.98
25596955--25597030	40	1.9	40	86	5	109	21	22	22	34	1.97
25601269--25601296	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25602693--25603025	43	7.8	43	82	3	388	25	18	25	31	1.97
25606276--25606354	25	3.2	25	75	13	99	21	22	20	35	1.96
25606275--25606373	50	2.0	50	85	0	135	25	24	18	32	1.97
25607736--25607779	23	2.0	23	86	4	63	27	0	15	56	1.40
25610362--25610421	25	2.4	25	82	0	75	25	28	26	20	1.99
25613454--25613547	26	3.6	26	98	0	179	23	30	23	22	1.99
25621575--25621613	19	2.2	18	90	9	62	15	20	0	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25622044--25622094	25	2.0	25	100	0	102	25	27	15	31	1.96
25631155--25631205	24	2.1	24	82	7	59	35	1	11	50	1.50
25637609--25637656	17	2.8	17	81	9	53	54	4	0	41	1.20
25638077--25638107	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
25638161--25638197	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
25639312--25639353	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
25651104--25651202	23	4.3	23	88	3	146	29	25	22	23	1.99
25651104--25651202	46	2.2	46	94	0	171	29	25	22	23	1.99
25651428--25651466	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
25656550--25656988	51	8.7	50	78	5	429	30	15	25	28	1.96
25656549--25656998	101	4.4	102	89	1	620	30	14	26	29	1.95
25656549--25656998	203	2.2	202	86	2	616	30	14	26	29	1.95
25657897--25657954	5	11.6	5	81	0	71	43	0	32	24	1.55
25657895--25657955	20	3.0	21	83	4	81	44	0	32	22	1.54
25659542--25659577	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
25659879--25659905	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
25661859--25662200	51	6.7	51	79	5	347	29	14	26	29	1.95
25661858--25662200	102	3.4	101	87	4	451	29	14	25	29	1.95
25663105--25663163	5	11.8	5	81	0	73	38	0	35	25	1.56
25663105--25663163	15	3.9	15	88	0	91	38	0	35	25	1.56
25666681--25666752	25	2.9	25	82	0	90	27	20	25	26	1.99
25672490--25672557	34	2.0	34	83	11	86	27	22	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25681351--25681403	15	3.7	15	76	16	58	45	3	0	50	1.19
25681447--25681471	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
25685276--25685337	20	3.2	20	81	6	74	50	1	9	38	1.45
25685281--25685341	18	3.3	18	81	4	68	50	1	9	37	1.45
25686125--25686159	18	1.9	18	88	11	54	82	0	8	8	0.83
25686916--25687275	133	2.7	130	82	8	456	28	23	18	30	1.98
25687269--25687438	50	3.4	50	75	0	187	24	28	21	26	1.99
25688681--25688770	45	2.0	45	84	4	119	13	24	16	45	1.83
25694262--25694296	18	1.9	18	88	11	54	82	0	8	8	0.83
25710776--25710817	21	2.0	21	86	9	59	59	7	9	23	1.53
25711742--25711814	33	2.2	33	97	0	137	17	8	31	42	1.79
25711742--25711847	33	3.2	33	87	1	113	16	9	33	39	1.81
25714148--25714606	230	2.0	230	91	0	747	29	22	15	32	1.94
25720279--25720318	21	1.9	21	94	0	71	37	15	10	37	1.80
25720356--25720857	250	2.0	250	96	0	914	39	17	12	30	1.87
25722476--25722538	27	2.3	27	80	0	72	19	26	15	38	1.92
25730366--25730433	30	2.4	26	80	19	91	23	14	36	25	1.93
25730376--25730437	30	2.1	30	100	0	124	22	12	40	24	1.89
25730476--25730545	26	2.7	26	80	4	70	20	24	38	17	1.93
25735094--25735406	43	7.3	43	88	2	427	28	32	19	19	1.96
25735094--25735406	84	3.7	85	86	2	432	28	32	19	19	1.96
25739956--25740054	37	2.6	37	84	6	119	37	2	43	17	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25740140--25740231	40	2.3	39	83	5	114	26	22	15	35	1.94
25741177--25741213	14	2.6	14	95	0	65	45	29	0	24	1.53
25741473--25741661	41	4.6	42	86	6	230	31	24	20	23	1.98
25741696--25741835	40	3.5	39	83	10	176	20	20	22	37	1.94
25742186--25742241	24	2.3	25	82	14	73	26	5	0	67	1.11
25747268--25747309	19	2.3	19	80	8	52	28	16	0	54	1.42
25749012--25749066	23	2.4	23	96	0	101	47	12	7	32	1.69
25751161--25751185	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
25753574--25753625	20	2.7	19	88	5	77	57	7	0	34	1.27
25753571--25753644	20	3.8	20	76	7	71	60	6	0	32	1.23
25753623--25753672	26	2.0	26	92	4	84	58	2	0	40	1.10
25753640--25753678	17	2.3	17	90	0	60	64	0	0	35	0.94
25753646--25753685	17	2.4	17	86	0	53	62	2	0	35	1.09
25759449--25759525	14	5.0	15	71	20	52	41	15	10	32	1.81
25765319--25765358	14	2.9	14	96	3	73	50	5	7	37	1.53
25765371--25765418	5	9.6	5	90	0	78	60	35	2	2	1.20
25767855--25767916	19	3.2	19	69	13	54	33	17	30	17	1.94
25767845--25767921	39	2.0	39	92	0	127	32	18	31	18	1.95
25775198--25775311	39	2.9	39	81	5	131	34	15	31	18	1.92
25775984--25776054	35	2.0	35	97	0	133	33	14	25	26	1.94
25783616--25783663	24	2.0	24	100	0	96	29	16	25	29	1.97
25783615--25783674	24	2.6	22	87	10	93	28	13	26	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25784449--25784512	31	2.1	31	96	0	119	35	25	6	32	1.81
25791290--25791321	17	1.9	16	93	6	55	21	25	31	21	1.98
25793862--25793894	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
25794944--25795164	70	3.0	71	80	14	252	23	17	27	30	1.97
25800993--25801032	2	22.0	2	80	19	52	45	0	0	55	0.99
25800993--25801032	9	4.4	10	79	20	52	45	0	0	55	0.99
25800994--25801030	5	7.0	5	96	3	56	43	0	0	56	0.99
25800993--25801035	10	4.0	11	88	11	63	44	0	0	55	0.99
25801644--25801682	20	2.0	20	89	0	60	48	12	10	28	1.74
25806389--25806426	19	2.0	20	84	5	51	52	5	15	26	1.64
25807055--25807098	21	2.1	21	82	0	52	29	36	15	18	1.92
25807065--25807116	21	2.5	21	83	0	59	19	42	17	21	1.89
25809646--25809699	26	2.1	26	82	6	65	35	18	5	40	1.74
25809862--25809941	25	3.2	25	96	0	151	32	25	20	22	1.98
25809862--25809968	50	2.1	50	89	0	160	31	24	21	22	1.98
25809862--25809980	25	4.8	25	86	2	123	34	22	21	21	1.97
25815497--25815614	38	3.1	38	100	0	236	24	12	10	52	1.70
25821953--25821983	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
25823327--25823388	29	2.1	29	82	11	74	56	14	6	22	1.61
25823616--25823655	19	2.0	20	90	4	64	42	12	10	35	1.76
25823721--25823848	51	2.5	52	85	5	174	33	22	16	27	1.95
25825077--25825455	192	2.0	187	93	2	650	36	7	33	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25827541--25827783	43	5.7	43	89	2	346	28	34	18	18	1.95
25828990--25829014	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
25831831--25831870	21	2.0	21	90	5	64	52	27	0	20	1.46
25831838--25831968	14	9.2	14	76	11	79	46	32	2	18	1.61
25831909--25831983	7	10.6	7	78	2	78	49	32	2	16	1.59
25832186--25832479	41	7.2	41	88	3	387	30	32	19	17	1.95
25832534--25832644	36	2.9	40	80	12	144	23	24	19	32	1.98
25839150--25839200	23	2.3	22	81	15	61	33	5	1	58	1.33
25839156--25839199	23	1.9	23	86	9	63	34	4	2	59	1.30
25849515--25849566	17	3.1	17	70	10	52	34	17	26	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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