genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24861043--24861101	23	2.6	23	94	0	100	11	8	22	57	1.61
24861068--24861134	35	1.9	35	100	0	134	13	8	20	56	1.64
24861043--24861115	12	6.2	12	68	16	55	12	8	21	57	1.61
24861114--24861155	21	2.1	20	86	8	59	16	7	16	59	1.58
24861207--24861248	21	2.1	20	86	8	59	14	7	19	59	1.57
24862066--24862102	16	2.3	16	100	0	74	27	0	0	72	0.84
24861955--24862766	131	6.2	130	92	3	1364	43	5	3	48	1.41
24862327--24862366	16	2.5	16	95	0	71	25	0	0	75	0.81
24862342--24862606	126	2.2	120	91	7	425	43	4	3	49	1.38
24862586--24862622	16	2.3	16	100	0	74	27	0	0	72	0.84
24862720--24862753	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
24862784--24862831	18	2.7	18	78	9	53	39	4	4	52	1.40
24864373--24864444	30	2.4	30	85	0	90	27	34	8	29	1.86
24883029--24883096	35	1.9	35	91	5	111	17	20	19	42	1.89
24883743--24883804	29	2.1	29	93	0	106	35	16	27	20	1.94
24887664--24887848	51	3.6	51	78	3	169	22	16	28	32	1.95
24887664--24887848	101	1.8	102	87	3	275	22	16	28	32	1.95
24887852--24887946	45	2.1	45	84	0	127	26	16	23	33	1.96
24893037--24893164	25	5.2	25	83	4	127	24	21	20	33	1.97
24893037--24893164	50	2.6	50	80	3	143	24	21	20	33	1.97
24894794--24894833	20	2.0	20	100	0	80	40	10	0	50	1.36
24896380--24896579	85	2.4	84	92	0	319	34	25	16	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896388--24896529	42	3.4	42	75	13	148	36	25	15	22	1.93
24896380--24896614	43	5.6	43	75	9	207	35	24	16	23	1.95
24896979--24897037	30	2.0	30	86	0	82	28	25	8	37	1.85
24902407--24902459	25	2.2	24	86	3	70	22	22	15	39	1.91
24902427--24902538	25	4.5	25	76	4	82	24	21	21	33	1.98
24929127--24929544	138	3.1	136	90	1	633	40	7	6	45	1.57
24929127--24929544	136	3.1	135	89	2	631	40	7	6	45	1.57
24932428--24932452	12	2.1	12	100	0	50	8	16	40	36	1.77
24933308--24933337	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24936299--24936412	45	2.5	45	86	0	156	21	20	15	42	1.88
24941598--24941627	14	2.2	14	94	5	53	66	0	13	20	1.24
24942497--24942737	25	9.7	25	73	8	170	17	26	21	34	1.95
24942505--24942685	49	3.6	51	80	10	173	16	26	21	35	1.94
24942605--24942684	24	3.3	24	75	16	76	15	23	22	38	1.92
24942520--24942723	74	2.7	74	80	3	214	15	25	22	36	1.94
24942619--24942744	49	2.5	50	83	3	139	17	23	23	35	1.95
24943933--24943993	29	2.1	29	93	0	104	19	13	9	57	1.63
24944068--24944111	20	2.1	21	83	8	54	34	6	13	45	1.70
24956417--24956442	8	3.2	8	100	0	52	11	11	23	53	1.69
24957924--24958019	46	2.0	47	92	6	158	34	11	12	41	1.79
24961269--24961329	30	2.0	30	100	0	122	50	9	16	22	1.74
24961902--24961944	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24963418--24963699	50	5.7	50	82	4	158	23	29	19	27	1.98
24963454--24963743	50	5.7	50	82	5	296	23	29	19	26	1.98
24963475--24963699	100	2.2	100	87	1	326	22	30	20	26	1.98
24967688--24967825	43	3.3	43	79	6	138	31	19	21	27	1.98
24980334--24980687	29	12.2	29	86	0	492	36	12	28	22	1.91
24980334--24980687	58	6.1	58	93	0	546	36	12	28	22	1.91
24985544--24985584	12	3.1	13	86	13	57	65	2	17	14	1.37
24985557--24985586	12	2.5	12	100	0	60	70	0	13	16	1.18
25001348--25001592	40	6.1	40	83	0	285	34	17	27	20	1.95
25001357--25001593	120	2.0	120	87	0	339	35	16	27	20	1.94
25015331--25015398	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
25016122--25016158	18	2.1	18	94	0	65	37	13	27	21	1.91
25019449--25019493	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25023331--25023575	40	6.2	40	79	0	249	36	16	25	21	1.94
25023345--25023575	120	1.9	119	85	0	318	37	15	25	21	1.93
25023331--25023574	80	3.1	79	81	5	278	36	16	25	21	1.94
25026743--25026782	21	2.0	20	85	5	53	32	5	22	40	1.76
25029312--25029356	20	2.2	20	100	0	90	62	17	0	20	1.33
25034743--25034796	26	2.0	27	92	3	92	51	16	7	24	1.69
25035304--25035376	33	2.1	34	85	5	94	24	17	19	38	1.93
25036781--25036819	14	2.8	14	92	0	69	28	23	5	43	1.75
25037749--25037795	23	2.0	23	88	8	69	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25039387--25039507	41	2.9	41	84	6	138	28	17	19	33	1.95
25039711--25039735	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
25043697--25043736	19	2.1	19	85	0	53	30	5	5	60	1.40
25048180--25048206	14	1.9	14	100	0	54	66	7	7	18	1.40
25055868--25055906	14	2.7	15	80	8	53	46	20	0	33	1.51
25057180--25057230	23	2.2	23	96	0	93	15	23	41	19	1.90
25080594--25080631	19	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
25088550--25088732	41	4.5	41	79	8	203	21	26	16	35	1.94
25088552--25088732	82	2.2	82	84	2	238	22	26	16	35	1.94
25097076--25097145	25	2.9	24	80	2	77	31	18	20	30	1.96
25104528--25104655	25	5.0	25	78	9	125	28	21	20	28	1.98
25104528--25104655	50	2.5	50	83	9	145	28	21	20	28	1.98
25112459--25112548	30	3.0	30	90	0	135	38	8	24	27	1.85
25112616--25112680	29	2.2	29	86	2	94	38	13	21	26	1.91
25112623--25112679	29	1.9	30	92	3	98	38	8	24	28	1.85
25112482--25112759	140	2.0	141	92	0	468	34	14	23	27	1.94
25115705--25115746	13	3.1	14	83	10	52	71	0	23	4	1.05
25115707--25115767	21	3.0	20	81	11	61	72	0	21	6	1.07
25115721--25115767	21	2.2	22	85	14	64	72	0	19	8	1.10
25121326--25121559	29	8.1	29	86	2	303	37	12	25	24	1.91
25121326--25121559	58	4.1	57	88	2	335	37	12	25	24	1.91
25124680--25124754	31	2.4	31	93	6	125	41	2	14	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25125516--25125572	30	1.9	30	85	0	78	19	29	31	19	1.96
25142956--25143121	27	6.1	27	79	12	180	27	16	15	40	1.88
25142956--25143121	54	3.1	54	86	3	219	27	16	15	40	1.88
25142956--25143121	81	2.0	81	84	6	212	27	16	15	40	1.88
25147407--25147942	266	2.0	266	95	0	955	35	23	19	21	1.96
25152380--25152443	25	2.5	26	78	16	73	46	4	17	31	1.68
25156706--25156884	94	1.9	95	92	1	306	48	3	11	36	1.57
25156840--25156962	48	2.6	48	89	5	178	48	0	9	40	1.42
25156842--25156916	22	3.2	22	66	20	62	48	0	9	42	1.35
25159745--25159793	22	2.2	22	78	7	55	53	18	12	16	1.73
25159859--25159909	26	2.0	26	88	0	75	37	29	19	13	1.90
25159901--25159960	27	2.2	27	82	11	70	31	21	25	21	1.98
25160162--25160466	27	11.3	27	83	0	342	26	22	18	33	1.96
25160108--25160466	54	6.7	54	81	0	362	26	22	18	33	1.96
25160112--25160465	81	4.4	81	81	1	372	26	21	18	33	1.96
25162721--25162762	18	2.4	18	88	4	59	40	14	0	45	1.45
25163421--25163484	22	2.9	21	75	13	67	46	17	18	17	1.84
25163476--25163617	32	4.5	32	79	4	153	38	23	20	18	1.94
25163492--25163611	64	1.9	64	92	0	204	36	24	20	18	1.95
25163652--25163722	27	2.7	25	79	12	72	35	23	23	16	1.95
25163792--25163843	24	2.2	24	85	0	68	46	28	5	19	1.73
25163800--25163848	24	2.0	24	96	0	89	44	28	6	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25163921--25164143	27	8.2	26	76	5	153	26	19	18	35	1.95
25163934--25164143	54	3.9	54	76	10	221	26	19	19	34	1.95
25163882--25164143	82	3.2	82	78	5	246	26	19	19	35	1.95
25166001--25166038	15	2.5	15	86	0	58	5	10	34	50	1.59
25179340--25179374	15	2.3	15	85	0	52	57	11	20	11	1.64
25181924--25181948	12	2.1	12	100	0	50	28	40	24	8	1.83
25181943--25182022	37	2.2	37	84	8	101	31	22	20	26	1.98
25183319--25183343	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
25183445--25183684	49	4.7	50	79	5	216	27	22	27	23	1.99
25183450--25183635	99	1.8	102	81	6	234	26	20	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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