genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21492061--21492142	15	5.3	15	69	28	64	45	30	1	23	1.61
21492077--21492130	27	2.0	27	96	0	99	40	35	1	22	1.65
21491872--21492153	63	4.4	63	85	10	300	44	30	0	24	1.57
21492206--21492368	35	4.5	35	67	18	107	47	9	4	38	1.58
21492189--21492402	112	1.9	112	95	0	383	44	8	7	39	1.63
21495413--21495853	125	3.5	123	92	1	720	29	22	17	31	1.96
21497085--21497129	9	5.0	9	81	10	56	53	2	2	42	1.25
21497291--21497338	23	2.0	25	84	15	66	52	0	6	41	1.27
21497972--21498010	20	2.0	20	94	0	69	33	7	5	53	1.51
21498313--21498561	20	12.6	19	77	9	146	21	16	5	56	1.60
21498319--21498510	99	1.9	100	82	13	245	21	15	5	57	1.59
21498308--21498561	119	2.1	118	83	6	309	21	16	5	56	1.60
21498299--21498504	41	5.1	40	73	13	147	20	16	4	57	1.56
21498472--21498566	37	2.5	37	83	8	111	22	13	6	57	1.58
21498316--21498561	99	2.5	98	77	12	240	21	15	5	56	1.60
21498826--21498867	17	2.3	18	80	16	50	66	0	4	28	1.12
21499296--21499348	20	2.6	21	82	8	65	22	18	7	50	1.72
21499514--21499556	19	2.2	20	83	4	52	41	4	6	46	1.51
21502342--21502387	16	2.9	15	87	6	56	54	8	4	32	1.51
21504986--21505018	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
21507643--21507691	25	1.9	26	87	4	73	38	2	0	59	1.09
21508675--21508877	112	1.8	111	79	5	239	40	5	10	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21509780--21509966	41	4.6	41	90	2	304	18	21	28	31	1.97
21510314--21510364	22	2.3	23	74	16	54	27	1	23	47	1.63
21510369--21510408	14	2.9	14	88	7	55	25	2	25	47	1.64
21510354--21510432	14	5.6	14	74	7	52	20	2	31	45	1.64
21510613--21510654	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
21511248--21511293	22	2.0	23	91	4	76	69	4	0	26	1.07
21511298--21511380	39	2.1	39	84	4	105	39	16	21	21	1.92
21512175--21512256	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
21516421--21516562	43	3.3	43	83	4	173	23	18	31	26	1.97
21518376--21518599	112	2.0	112	100	0	448	33	30	21	15	1.94
21529120--21529156	18	2.1	18	89	0	56	59	2	27	10	1.44
21535237--21535640	160	2.6	154	84	7	494	41	11	4	42	1.62
21536633--21536769	42	3.3	42	87	0	184	40	20	18	21	1.92
21548282--21548342	9	6.6	9	77	7	59	34	1	39	24	1.65
21548288--21548341	19	2.8	19	78	10	56	33	1	38	25	1.67
21548288--21548343	29	2.0	28	89	3	85	35	1	37	25	1.66
21554717--21554743	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
21555717--21555809	19	5.1	19	72	12	86	46	12	10	30	1.76
21555714--21555832	54	2.2	54	95	0	220	44	14	10	30	1.79
21558915--21558945	12	2.7	12	95	5	55	22	0	3	74	0.96
21560236--21560274	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
21560255--21560328	35	2.1	35	100	0	148	40	14	10	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21565131--21565160	8	3.8	8	95	0	51	33	13	0	53	1.40
21566824--21567002	50	3.6	50	84	3	220	21	26	24	27	1.99
21568757--21569176	209	2.0	210	92	3	695	33	17	20	28	1.96
21570325--21570443	62	1.9	61	84	1	157	35	7	5	51	1.55
21572732--21572769	14	2.7	14	88	8	51	36	2	0	60	1.11
21577873--21577913	10	4.0	10	87	3	55	36	12	21	29	1.90
21586513--21586547	17	2.1	17	94	0	61	31	11	2	54	1.51
21586928--21587258	147	2.3	148	82	8	414	42	3	10	42	1.58
21587208--21587257	23	2.2	23	85	7	66	54	0	10	36	1.34
21596158--21596196	20	2.0	20	85	5	53	38	23	12	25	1.90
21601526--21601610	11	7.7	10	70	22	55	63	1	3	31	1.19
21601526--21601610	21	3.9	23	74	18	74	63	1	3	31	1.19
21601524--21601610	23	3.9	22	73	10	70	63	1	4	31	1.22
21604588--21604934	42	8.3	42	86	0	460	21	17	23	37	1.94
21605740--21606027	150	1.9	147	85	6	393	39	4	11	45	1.59
21605737--21606044	147	2.1	145	83	7	390	38	3	11	46	1.58
21606015--21606059	22	2.1	21	84	12	56	40	2	6	51	1.41
21608674--21608702	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
21624111--21624679	69	8.3	69	89	0	870	44	20	8	26	1.79
21624209--21624675	24	20.3	22	65	21	122	44	20	8	26	1.79
21624313--21624412	22	4.4	23	70	5	78	42	21	13	24	1.88
21624319--21624423	23	4.7	23	67	16	69	42	20	11	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21624111--21624675	275	2.1	276	91	0	907	45	20	8	26	1.79
21625445--21625597	41	3.7	41	88	0	216	34	26	19	19	1.96
21627831--21627866	7	5.1	7	89	0	54	75	0	8	16	1.04
21646306--21646330	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
21647962--21648083	45	2.7	45	81	5	131	25	17	16	40	1.89
21653551--21653676	63	2.0	63	93	0	216	17	22	14	46	1.84
21655536--21655574	18	2.1	19	90	4	62	53	23	12	10	1.69
21656224--21656336	37	3.1	36	76	7	95	42	15	15	26	1.87
21664136--21664169	10	3.3	10	91	4	50	73	2	5	17	1.16
21665195--21665256	29	2.1	29	93	0	106	24	11	14	50	1.75
21665204--21665261	29	2.0	29	96	0	107	24	13	15	46	1.82
21669924--21669963	20	2.0	21	90	5	64	37	7	25	30	1.83
21670544--21670648	49	2.1	49	83	0	129	38	20	18	23	1.93
21675472--21675510	10	3.9	10	86	0	60	51	0	20	28	1.48
21675468--21675507	20	2.0	20	100	0	80	50	0	20	30	1.49
21685791--21685820	16	1.9	15	93	6	51	30	26	13	30	1.94
21705710--21705738	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
21709305--21709392	34	2.6	34	80	3	88	27	21	19	31	1.97
21711948--21711991	18	2.4	18	80	0	52	4	15	4	75	1.14
21714180--21714226	24	2.1	21	84	11	58	31	4	40	23	1.74
21714503--21714617	40	2.9	40	88	2	160	8	34	4	52	1.52
21715261--21715375	54	2.1	54	88	4	178	38	19	14	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21715251--21715375	27	4.6	27	78	0	124	40	19	13	27	1.89
21715506--21715571	27	2.5	26	81	15	75	16	19	24	39	1.92
21721545--21721764	27	8.2	27	82	7	234	45	18	15	20	1.85
21721545--21721764	80	2.7	81	88	2	318	45	18	15	20	1.85
21721959--21722029	26	2.7	26	82	0	88	19	21	18	40	1.91
21722167--21722286	30	4.0	30	88	4	170	24	27	20	27	1.99
21723881--21723910	14	2.1	14	93	0	51	73	3	23	0	0.98
21727197--21727243	21	2.2	21	84	3	58	36	25	14	23	1.93
21728864--21728922	30	2.0	30	100	0	118	37	16	27	18	1.93
21732822--21732853	14	2.4	13	90	10	55	75	0	0	25	0.81
21734944--21735207	27	9.8	27	81	4	246	40	19	15	25	1.90
21734968--21735166	107	1.9	107	81	4	249	39	18	17	25	1.91
21735010--21735251	134	1.8	133	80	8	294	42	19	16	22	1.89
21734944--21735285	161	2.1	160	79	8	356	41	19	15	23	1.89
21735231--21735409	27	6.7	27	82	1	180	39	22	17	19	1.92
21735215--21735409	53	3.6	54	77	3	198	42	21	16	19	1.89
21735170--21735409	107	2.2	107	84	4	306	42	21	15	20	1.88
21735200--21735417	80	2.7	80	84	3	242	42	20	16	20	1.89
21735641--21735694	26	2.1	26	85	0	72	12	14	31	40	1.84
21735685--21735776	32	2.9	32	80	6	114	21	20	21	35	1.96
21748456--21748694	50	4.7	50	79	4	203	27	21	28	23	1.99
21766825--21767331	71	7.2	71	82	2	500	33	24	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21766825--21767271	143	3.2	141	80	6	467	33	23	19	23	1.97
21766825--21767227	214	1.9	212	84	1	536	33	24	19	23	1.97
21767202--21767578	70	5.4	70	80	6	356	28	25	21	24	1.99
21776717--21776776	30	2.0	30	83	3	77	26	6	8	58	1.52
21779741--21779840	51	2.0	51	90	4	157	26	28	2	44	1.65
21780958--21781000	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
21784198--21784254	29	2.0	29	92	0	96	35	7	10	47	1.65
21784976--21785231	125	2.0	127	84	1	336	30	20	16	32	1.95
21785985--21786018	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
21788273--21788368	43	2.3	42	80	7	113	21	22	30	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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