genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28752549--28752617	26	2.7	26	79	0	84	36	10	24	28	1.88
28756444--28756536	31	3.0	30	85	6	107	21	24	11	41	1.87
28758695--28758743	24	2.0	24	100	0	98	24	24	8	42	1.81
28761316--28761367	9	5.7	9	79	4	50	30	3	0	65	1.10
28761352--28761409	28	2.1	28	83	6	73	43	3	1	51	1.28
28763112--28763181	30	2.4	28	75	13	79	31	1	4	62	1.23
28768376--28768422	10	4.4	10	80	15	58	12	17	6	63	1.48
28768372--28768420	23	2.1	23	96	0	89	14	16	8	61	1.56
28770176--28770352	37	4.8	37	95	0	300	38	12	20	27	1.90
28770314--28770437	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	28	1.95
28773771--28773885	45	2.6	44	80	6	124	40	8	23	26	1.83
28775551--28775671	52	2.3	52	88	4	183	25	14	30	29	1.94
28782374--28782412	20	2.0	20	85	9	55	33	0	2	64	1.08
28784268--28784315	9	5.2	9	77	22	55	41	2	2	54	1.24
28784268--28784317	20	2.7	18	80	20	59	40	4	2	54	1.31
28786981--28787018	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
28787203--28787252	23	2.1	24	81	3	57	54	0	0	46	1.00
28787413--28787473	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
28787413--28787555	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
28787420--28787577	47	3.4	47	68	15	130	49	3	1	44	1.31
28787379--28787594	91	2.4	90	87	4	317	46	4	3	45	1.38
28792325--28792365	23	1.9	21	85	14	57	9	24	12	53	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28796233--28796311	20	4.0	20	71	5	61	15	29	20	35	1.93
28796213--28796313	40	2.5	40	87	3	132	15	27	18	37	1.92
28803490--28803714	41	5.6	41	82	4	251	18	28	17	34	1.94
28803490--28803694	81	2.5	82	82	3	236	20	28	17	33	1.95
28803605--28803669	21	3.1	21	70	12	62	23	32	16	27	1.96
28803585--28803651	20	3.3	20	70	12	55	16	31	19	32	1.94
28805546--28805586	17	2.4	17	91	0	64	31	12	31	24	1.92
28805546--28805593	17	2.8	17	87	0	60	31	12	33	22	1.91
28805892--28805918	12	2.2	12	100	0	54	22	33	29	14	1.94
28806079--28806145	9	7.4	9	85	6	82	43	22	7	26	1.80
28806079--28806145	27	2.5	27	80	9	91	43	22	7	26	1.80
28817895--28817961	24	2.8	24	72	0	62	31	28	14	25	1.95
28820278--28820347	25	2.8	25	84	0	86	22	20	25	31	1.98
28820493--28820525	17	1.9	17	93	0	57	48	12	0	39	1.40
28832086--28832660	27	21.4	27	86	1	697	41	21	18	17	1.90
28832086--28832660	107	5.4	108	84	1	726	41	21	18	17	1.90
28832086--28832660	161	3.6	162	85	2	755	41	21	18	17	1.90
28832686--28833529	420	2.0	421	94	0	1492	23	14	24	36	1.93
28836470--28836600	51	2.6	50	82	4	147	23	19	26	29	1.98
28836834--28836866	16	2.1	16	88	5	50	60	0	15	24	1.35
28839192--28839412	75	3.0	74	90	4	320	32	10	9	47	1.70
28840048--28840085	20	1.9	20	89	10	60	36	0	5	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28840720--28840796	35	2.2	34	88	9	111	40	2	0	57	1.13
28845710--28845763	25	2.3	25	75	18	62	53	5	3	37	1.42
28851115--28851204	42	2.2	42	78	7	96	22	28	28	20	1.98
28862299--28862362	26	2.5	26	100	0	128	23	17	4	54	1.61
28869927--28870108	67	2.7	67	90	1	276	34	18	24	22	1.96
28906291--28906343	24	2.2	24	79	0	61	20	13	18	47	1.82
28911817--28911855	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
28920027--28920056	7	4.1	7	95	4	51	30	0	53	16	1.44
28924599--28924887	25	12.3	24	76	14	196	18	24	18	38	1.93
28924599--28924804	47	4.3	47	90	3	243	17	23	19	38	1.93
28924599--28924804	50	4.2	49	88	5	251	17	23	19	38	1.93
28924650--28924804	75	2.1	72	90	3	238	19	25	18	37	1.94
28924795--28924833	19	2.1	19	90	0	60	23	33	15	28	1.95
28924827--28924887	22	2.8	22	84	0	77	16	24	19	39	1.92
28948682--28948723	22	1.9	22	85	0	57	38	14	21	26	1.91
28978962--28979000	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
28979105--28979133	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
28979220--28979295	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
28986162--28986830	50	13.5	50	67	9	287	32	22	20	24	1.98
28986146--28986819	100	6.8	98	86	3	775	32	22	21	23	1.98
28986215--28986568	49	7.2	48	68	11	200	29	24	22	22	1.99
29000543--29000605	31	2.0	31	100	0	126	19	15	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29004995--29005096	37	2.8	37	78	0	114	41	32	9	16	1.81
29010417--29010453	14	2.6	15	79	12	51	62	0	0	37	0.96
29010404--29010460	24	2.4	24	80	8	64	64	0	0	35	0.93
29014675--29014717	21	2.0	21	86	0	59	55	9	11	23	1.64
29015605--29015639	18	1.9	18	94	0	61	62	5	0	31	1.18
29016721--29017128	115	3.6	115	81	5	434	32	18	22	26	1.97
29017064--29017210	75	1.9	76	84	1	197	30	19	21	28	1.97
29017064--29017217	76	2.0	75	83	1	191	31	18	22	27	1.97
29016950--29017323	189	2.0	190	86	2	520	31	18	23	27	1.97
29017744--29017804	25	2.4	25	86	0	68	26	3	18	52	1.60
29017851--29017900	22	2.3	22	80	16	59	18	2	44	36	1.61
29018021--29018057	15	2.5	15	91	4	58	29	0	24	45	1.53
29018079--29018114	7	5.1	7	93	0	63	16	0	41	41	1.48
29019687--29019742	26	2.2	26	100	0	112	35	14	14	35	1.86
29025609--29025783	42	4.1	42	76	7	147	30	20	21	28	1.98
29032341--29032379	20	2.0	20	84	0	51	43	12	7	35	1.72
29038035--29038064	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
29039618--29039676	10	6.0	10	75	11	59	40	0	11	47	1.40
29039950--29040019	25	2.7	26	78	10	81	28	18	24	28	1.98
29039888--29040175	158	1.8	158	83	4	366	28	16	23	30	1.96
29053816--29053912	42	2.3	43	82	10	119	28	19	26	24	1.99
29054358--29054426	21	3.3	21	73	4	59	5	39	17	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29059958--29060087	9	14.9	9	71	18	80	31	2	18	47	1.61
29060037--29060087	19	2.7	19	85	11	77	33	0	15	50	1.44
29060072--29060233	12	13.8	12	68	13	79	28	1	19	51	1.54
29060172--29060240	24	3.0	24	87	8	92	27	1	17	53	1.52
29060192--29060246	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
29062271--29062364	44	2.1	44	90	3	145	34	10	32	22	1.88
29063536--29063582	14	3.3	14	84	3	58	44	34	0	21	1.52
29063536--29063583	7	6.7	7	78	4	51	43	35	0	20	1.52
29063543--29063585	15	2.9	15	86	3	61	41	37	0	20	1.53
29063947--29064493	114	4.8	113	75	10	436	28	23	18	30	1.97
29064048--29064496	229	2.0	228	83	6	579	27	23	18	30	1.98
29064445--29064599	75	2.1	75	82	0	193	27	21	16	34	1.94
29064842--29064934	40	2.3	40	83	8	111	15	20	23	40	1.90
29087039--29087180	42	3.4	42	94	0	239	37	11	25	25	1.90
29090902--29091065	75	2.2	76	96	1	303	19	19	28	32	1.96
29090966--29091229	102	2.6	103	92	0	431	18	20	29	31	1.96
29092816--29092872	22	2.6	22	91	0	87	35	15	26	22	1.94
29096899--29097266	102	3.6	102	89	0	574	18	20	29	31	1.96
29099017--29099059	17	2.5	17	85	11	52	16	2	9	72	1.21
29100310--29100446	49	2.8	50	80	6	154	30	21	24	23	1.99
29102576--29102607	9	3.6	9	95	0	55	15	0	6	78	0.95
29103751--29103808	30	1.9	30	85	0	80	24	34	25	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29106039--29106116	26	3.0	26	77	5	77	32	10	20	37	1.86
29109889--29109981	42	2.2	42	88	0	141	20	22	33	23	1.97
29117949--29117982	15	2.3	15	89	0	50	47	8	17	26	1.77
29121312--29121366	26	2.1	26	82	0	65	43	0	25	30	1.55
29124462--29124585	50	2.5	50	84	2	151	28	24	27	20	1.99
29124857--29124905	20	2.5	20	81	15	66	57	6	22	14	1.59
29134522--29134554	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
29145724--29146051	29	11.4	28	75	8	175	23	14	22	39	1.91
29145695--29146022	87	3.8	86	75	8	256	24	14	22	38	1.92
29145695--29146073	58	6.6	58	74	7	231	24	14	22	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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