genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  58  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16516020--16516068	21	2.3	21	86	6	64	28	34	10	26	1.89
16517208--16517267	30	2.0	30	100	0	120	20	3	23	53	1.60
16520501--16520601	43	2.3	44	83	10	127	23	12	27	35	1.92
16520529--16520619	43	2.1	43	83	4	112	20	15	27	36	1.93
16520682--16520723	22	1.9	22	100	0	84	42	23	19	14	1.87
16524063--16524088	7	3.7	7	100	0	52	26	11	0	61	1.30
16533897--16533935	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
16535559--16535679	44	2.8	44	77	9	122	34	19	15	29	1.93
16535866--16536123	128	2.0	128	86	3	358	23	24	20	31	1.98
16536119--16536338	87	2.5	88	84	0	289	24	22	23	29	1.99
16537332--16537370	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
16537420--16537457	12	3.2	12	88	0	58	55	0	10	34	1.34
16537419--16537478	24	2.3	26	83	8	70	58	0	8	33	1.28
16540618--16541254	50	12.7	50	69	4	382	23	20	24	32	1.98
16540618--16541262	100	6.4	100	86	2	774	23	20	23	32	1.98
16541309--16541560	44	5.5	44	72	14	179	28	19	20	32	1.96
16543889--16543923	8	4.5	8	96	3	63	0	20	0	80	0.72
16544032--16544060	13	2.2	13	100	0	58	27	13	6	51	1.66
16550149--16550201	26	2.0	26	96	0	97	33	16	11	37	1.85
16551555--16551589	18	2.0	17	88	5	52	37	20	0	42	1.52
16564929--16564982	21	2.6	21	87	0	81	25	27	20	25	1.99
16567775--16567819	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16575307--16575389	35	2.3	38	87	12	145	43	12	4	39	1.63
16575317--16575389	35	2.1	35	100	0	146	47	10	5	35	1.62
16575500--16575543	17	2.6	17	81	0	52	31	27	11	29	1.91
16580566--16580622	27	2.1	27	93	0	96	42	8	5	43	1.58
16582453--16582512	29	2.1	29	84	6	77	36	0	10	53	1.35
16594519--16594799	134	2.1	133	83	2	348	37	12	16	33	1.86
16604712--16604850	50	2.8	50	82	3	172	30	27	18	23	1.98
16608024--16608118	49	1.9	49	97	0	181	58	13	3	24	1.49
16611794--16611843	25	2.0	25	88	0	73	6	38	0	56	1.24
16614458--16614499	19	2.2	20	91	4	68	50	11	9	28	1.70
16614483--16614513	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
16614487--16614520	14	2.5	13	86	13	50	35	14	5	44	1.70
16614593--16614689	45	2.2	45	86	0	131	41	17	19	21	1.91
16614655--16614752	46	2.2	45	86	1	133	43	17	20	18	1.88
16619651--16619698	24	2.0	24	95	0	87	52	27	4	16	1.62
16620406--16620513	54	2.0	54	96	0	198	43	16	16	23	1.87
16622395--16622428	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
16622465--16622509	23	2.0	23	100	0	90	48	6	13	31	1.68
16626096--16626136	21	2.0	21	85	0	55	65	2	24	7	1.30
16632140--16632177	2	18.5	2	94	5	67	47	2	0	50	1.15
16633013--16633089	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
16633029--16633068	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16633017--16633083	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
16634136--16634179	22	2.0	22	81	0	52	59	0	9	31	1.29
16635213--16635250	12	3.2	12	77	7	51	57	0	0	42	0.98
16635453--16635550	45	2.1	45	80	14	103	41	3	1	54	1.23
16640637--16640678	22	1.9	22	90	0	66	30	16	11	40	1.85
16640872--16641330	69	6.7	67	75	5	276	28	17	24	29	1.97
16640925--16641189	137	1.9	138	83	3	338	28	17	23	29	1.97
16640876--16641349	207	2.3	206	83	4	544	28	17	24	30	1.97
16641141--16641465	138	2.4	138	79	4	334	26	17	26	28	1.98
16640876--16641442	207	2.7	207	78	5	472	27	18	24	29	1.98
16641141--16641519	138	2.7	138	77	5	331	26	17	26	29	1.98
16643827--16643890	20	3.2	20	86	4	76	32	15	28	23	1.95
16650247--16650282	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
16659037--16659264	42	5.4	40	73	14	183	23	16	26	34	1.95
16659037--16659274	85	2.8	84	87	1	314	23	16	25	33	1.96
16667487--16667520	17	1.9	18	94	5	61	11	35	32	20	1.89
16668706--16668888	51	3.6	51	80	3	176	22	16	27	32	1.96
16668810--16668890	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
16671278--16671336	30	1.9	31	86	3	84	47	3	20	28	1.66
16675146--16675254	35	3.1	36	71	9	98	22	19	25	32	1.97
16675136--16675325	71	2.7	71	80	1	184	26	22	23	27	1.99
16679897--16679926	16	1.9	16	93	6	53	53	0	13	33	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16684780--16685112	164	2.0	164	95	0	594	46	13	13	26	1.80
16690506--16690543	17	2.2	17	100	0	76	34	23	13	28	1.92
16694600--16694636	15	2.5	15	90	0	56	5	29	18	45	1.72
16704296--16704324	13	2.2	13	100	0	58	62	13	0	24	1.32
16705031--16705065	16	2.3	15	90	5	52	57	0	0	42	0.99
16712822--16712891	28	2.5	28	86	6	90	30	15	25	28	1.96
16713787--16713860	34	2.1	35	85	9	98	37	20	9	32	1.85
16714040--16714150	41	2.7	41	85	1	132	26	27	18	27	1.98
16714884--16715161	78	3.6	78	91	2	443	43	14	4	37	1.66
16720516--16720701	76	2.4	77	77	8	182	40	16	5	37	1.71
16720446--16720681	76	3.1	76	74	11	203	40	17	4	37	1.70
16720708--16721081	78	4.8	78	86	5	476	43	14	4	38	1.64
16723401--16723425	7	3.6	7	100	0	50	28	12	0	60	1.32
16729649--16729673	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
16735625--16735703	2	39.5	2	81	0	77	44	0	6	49	1.28
16735625--16735703	20	4.2	20	75	18	89	44	0	6	49	1.28
16735648--16735701	20	2.7	20	94	0	90	46	0	5	48	1.25
16737104--16737154	20	2.5	20	79	14	61	11	5	25	56	1.57
16740910--16740955	24	1.9	24	86	0	65	52	6	15	26	1.67
16741391--16741420	14	2.1	14	93	0	51	56	13	0	30	1.37
16745389--16745432	21	2.1	21	82	0	52	29	27	0	43	1.55
16745392--16745457	14	4.6	14	75	9	53	31	19	0	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16747889--16747943	23	2.3	23	76	17	58	41	7	7	43	1.60
16747897--16747939	23	2.0	22	86	9	61	44	4	6	44	1.52
16747992--16748030	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
16749208--16749271	21	3.0	22	75	13	78	17	20	23	39	1.92
16752955--16752980	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16762129--16762173	23	1.9	24	86	13	67	48	22	6	22	1.73
16768511--16768579	36	1.9	36	84	0	93	27	30	7	34	1.84
16771076--16771151	11	6.8	11	68	24	52	55	1	1	42	1.16
16771044--16771137	17	5.5	17	68	22	63	52	4	2	41	1.33
16776125--16776153	9	3.0	10	90	10	51	68	0	0	31	0.89
16776093--16776176	37	2.2	37	82	12	100	63	0	3	33	1.12
16776630--16776749	43	2.8	43	84	0	168	28	25	17	29	1.97
16781398--16781702	123	2.5	124	89	1	450	28	20	16	33	1.95
16781804--16781829	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
16782762--16782828	7	9.6	7	75	12	50	47	31	1	19	1.58
16782756--16782801	21	2.2	21	84	7	58	47	28	0	23	1.52
16783006--16783104	40	2.5	40	83	3	119	31	24	21	23	1.98
16783361--16783485	40	3.1	40	82	0	151	26	20	21	32	1.98
16783141--16783508	195	1.9	193	83	5	472	25	20	20	33	1.97
16795852--16795888	18	2.1	18	90	10	58	64	5	2	27	1.28
16799181--16799205	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
16802180--16802634	235	1.9	235	93	0	775	32	24	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16804239--16804277	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
16804549--16804673	50	2.5	50	82	0	151	19	28	24	28	1.98
16818920--16818959	17	2.3	18	76	23	50	40	5	0	55	1.22
16821135--16821208	11	6.9	11	83	10	100	55	0	1	43	1.08
16821172--16821259	22	4.4	19	73	15	70	63	0	2	34	1.07
16828253--16828308	24	2.3	24	100	0	112	42	3	25	28	1.71
16828427--16828460	17	1.9	18	88	5	52	38	8	5	47	1.59
16832826--16832856	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
16834969--16835067	42	2.4	42	93	1	164	21	26	14	38	1.91
16836795--16837023	43	5.3	43	81	3	230	22	14	20	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190