genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416279--1416306	5	5.6	5	100	0	56	39	21	17	21	1.93
1417064--1417121	30	1.9	30	85	0	80	44	0	36	18	1.50
1417337--1417364	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
1422854--1422923	30	2.4	28	81	6	86	32	1	0	65	1.01
1423240--1423276	18	2.1	18	90	5	58	78	8	8	5	1.09
1423562--1423595	17	2.0	17	88	11	52	67	17	0	14	1.23
1424620--1424658	15	2.6	15	83	0	51	41	5	2	51	1.38
1428209--1428277	28	2.6	25	76	13	66	57	2	2	36	1.28
1430222--1430319	39	2.6	38	78	13	103	56	2	0	41	1.11
1430441--1430469	13	2.2	13	100	0	58	75	0	0	24	0.80
1430631--1430680	15	3.5	15	78	13	52	28	4	0	68	1.08
1446391--1446467	31	2.5	31	83	8	86	27	5	14	53	1.62
1457314--1457424	48	2.3	48	80	0	123	18	24	27	28	1.98
1457338--1457420	23	3.5	23	68	18	62	20	24	26	28	1.99
1458090--1458226	54	2.5	54	84	0	184	38	11	18	31	1.86
1458894--1458940	17	2.8	17	90	0	67	23	21	21	34	1.97
1463130--1463235	25	4.3	25	73	7	74	33	21	25	18	1.96
1463192--1463295	25	4.2	24	75	12	77	35	17	26	20	1.94
1464665--1464712	20	2.2	23	75	25	66	33	0	8	58	1.28
1464673--1464719	20	2.3	20	96	3	85	36	0	6	57	1.24
1467226--1467276	23	2.3	23	96	3	95	68	0	0	31	0.90
1470838--1470871	14	2.4	14	90	9	52	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1471511--1471564	26	2.1	26	100	0	108	37	22	11	29	1.89
1482794--1482996	46	4.5	46	93	1	338	33	13	23	28	1.93
1484243--1484384	49	2.9	49	83	2	176	26	14	26	31	1.95
1489092--1489294	46	4.5	46	95	1	356	32	15	23	29	1.95
1492950--1492985	18	2.0	18	88	0	54	19	8	19	52	1.70
1493266--1493316	11	4.6	11	77	18	52	35	0	1	62	1.06
1493269--1493342	22	3.4	21	77	17	71	29	2	2	64	1.21
1493269--1493342	11	6.9	10	72	15	51	29	2	2	64	1.21
1508911--1508966	23	2.4	24	85	5	71	66	0	0	33	0.92
1513684--1513759	3	25.3	3	100	0	152	32	0	0	67	0.91
1515723--1516012	42	7.0	41	82	5	321	32	21	21	25	1.98
1516487--1516537	21	2.4	21	90	0	75	1	45	17	35	1.60
1522002--1522252	9	29.4	9	74	13	194	33	0	18	47	1.52
1522002--1522239	25	9.3	26	78	14	169	34	0	18	46	1.53
1522356--1522434	12	7.4	11	70	17	51	34	0	12	53	1.39
1522399--1522456	21	2.8	20	87	7	80	34	3	17	44	1.65
1522371--1522558	95	2.0	95	96	0	349	37	3	13	45	1.59
1522505--1522529	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
1522497--1522553	21	2.7	21	81	5	71	38	3	15	42	1.65
1522585--1522853	62	4.4	61	84	3	369	50	8	5	35	1.55
1522636--1522723	31	2.9	30	66	23	74	52	6	6	34	1.55
1522666--1522703	16	2.4	16	87	12	53	50	5	0	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1522700--1522727	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1522585--1522853	123	2.2	123	96	0	493	50	8	5	35	1.55
1522789--1522826	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
1522823--1522850	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
1522819--1522868	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
1522585--1522905	123	2.6	123	89	3	436	50	8	5	35	1.55
1522585--1522934	62	5.8	58	76	13	314	50	7	5	36	1.55
1526144--1526174	7	4.4	7	100	0	62	48	38	0	12	1.42
1527130--1527184	21	2.7	20	77	5	56	38	36	3	21	1.71
1527623--1527835	114	1.9	114	90	3	340	32	18	13	35	1.90
1531634--1531672	19	2.1	19	85	0	51	35	20	7	35	1.81
1533744--1533798	20	2.7	20	89	10	85	34	12	12	40	1.82
1533686--1533778	39	2.5	37	74	17	93	45	9	10	34	1.72
1533760--1533842	21	4.2	20	69	23	59	42	9	7	40	1.65
1533769--1533840	37	1.9	37	82	2	90	48	11	6	33	1.65
1533868--1534145	38	7.7	35	78	11	253	43	10	12	33	1.76
1533869--1534169	17	16.4	18	70	15	199	43	9	12	33	1.76
1533853--1534103	75	3.5	74	81	9	263	44	10	13	31	1.78
1534122--1534167	22	2.0	22	91	4	74	41	8	8	41	1.67
1534857--1534951	46	2.1	45	82	5	111	3	25	1	70	1.08
1535453--1535588	58	2.3	59	86	3	177	40	6	19	33	1.77
1535444--1535588	29	5.0	29	76	8	143	40	6	17	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535786--1537348	229	6.6	227	81	11	1284	36	19	16	27	1.94
1535786--1537348	76	19.9	77	78	11	1039	36	19	16	27	1.94
1536697--1536755	27	2.2	27	100	0	118	22	42	20	15	1.89
1536622--1536833	105	2.0	105	97	1	399	33	24	16	24	1.96
1536538--1536911	183	2.0	184	95	1	678	36	21	16	25	1.94
1536724--1537348	78	8.1	78	89	6	952	37	19	15	27	1.92
1538196--1538258	16	4.1	15	79	18	60	1	9	3	85	0.77
1549261--1549449	19	10.0	20	67	19	86	44	9	8	37	1.67
1549265--1549365	36	2.7	36	83	8	114	44	8	9	36	1.69
1549307--1549445	56	2.4	58	77	10	151	46	10	8	34	1.70
1549339--1549391	20	2.8	17	83	16	61	35	13	13	37	1.83
1549339--1549422	37	2.2	39	82	4	100	40	10	10	38	1.75
1549462--1549768	17	16.8	17	68	15	159	42	10	13	32	1.78
1549461--1549737	37	7.7	35	79	8	240	42	10	13	33	1.77
1549462--1549761	18	16.4	18	70	14	186	43	10	13	33	1.77
1549446--1549681	75	3.2	72	78	12	250	43	10	14	32	1.79
1549714--1549759	23	2.1	22	84	8	58	39	8	8	43	1.66
1549714--1549759	22	2.0	22	87	4	65	39	8	8	43	1.66
1550451--1550545	46	2.1	45	82	5	111	3	25	1	70	1.08
1551037--1551182	29	5.0	29	78	8	154	40	7	17	34	1.78
1551047--1551182	58	2.3	59	87	3	186	40	7	19	33	1.79
1551877--1551917	16	2.7	15	82	17	50	12	12	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1560643--1560686	12	3.6	12	87	6	61	65	2	2	29	1.16
1561210--1561253	22	2.0	23	95	4	81	52	0	0	47	1.00
1567470--1567522	22	2.5	21	81	6	54	45	0	0	54	0.99
1569305--1569332	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1571112--1571278	43	3.9	43	85	2	183	27	32	16	23	1.96
1573987--1574021	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
1579367--1579404	18	2.2	17	95	4	67	42	15	7	34	1.76
1582143--1582191	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
1588039--1588091	16	3.3	16	83	0	70	35	30	22	11	1.89
1588799--1588842	12	3.1	15	84	15	58	50	0	0	50	1.00
1588583--1589179	239	2.5	239	80	5	627	46	7	9	36	1.64
1595914--1595940	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
1597123--1597506	187	2.1	186	93	0	660	28	11	16	43	1.82
1597940--1597978	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
1606795--1606920	63	2.0	63	100	0	252	46	20	14	19	1.84
1607417--1607584	41	4.1	40	79	10	160	28	24	18	28	1.98
1609196--1609234	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
1613364--1613427	23	2.6	24	80	7	76	62	1	0	35	1.05
1613368--1613401	17	1.9	17	88	5	50	67	0	0	32	0.91
1613372--1613410	12	3.3	12	78	7	53	71	0	0	28	0.86
1627803--1627843	13	2.9	14	80	20	50	51	0	2	46	1.14
1627875--1627931	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630943--1631008	13	5.1	13	78	7	71	33	6	22	37	1.79
1632022--1632064	21	2.1	20	83	12	52	72	0	0	27	0.85
1633243--1633337	37	2.5	37	82	3	100	17	13	24	44	1.85
1633248--1633337	39	2.4	37	83	3	99	18	14	21	45	1.85
1634507--1634556	11	4.6	11	85	5	57	66	4	0	30	1.10
1634518--1634558	11	3.7	11	90	0	64	60	4	0	34	1.18
1634502--1634562	32	1.9	31	90	3	95	62	4	0	32	1.17
1634632--1634660	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
1635557--1635594	15	2.4	17	82	13	53	39	18	2	39	1.65
1643913--1643946	14	2.4	14	90	0	50	29	0	5	64	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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