genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  83  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24172363--24172418	25	2.2	26	84	12	71	62	5	25	7	1.42
24174382--24174444	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24176500--24176564	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
24177145--24177199	12	4.4	12	80	17	51	21	0	0	78	0.76
24177158--24177196	4	9.8	4	100	0	78	23	0	0	76	0.78
24177152--24177199	20	2.6	18	87	12	78	22	0	0	77	0.78
24192008--24192063	20	2.8	20	83	0	67	23	28	10	37	1.88
24193872--24193944	29	2.5	29	88	0	110	47	13	8	30	1.72
24195934--24195958	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
24205361--24205407	20	2.3	20	85	0	58	25	29	19	25	1.98
24213363--24213402	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24213486--24213539	17	3.1	18	79	12	51	7	20	3	68	1.30
24214450--24214487	13	2.9	13	100	0	76	13	7	0	78	0.94
24214528--24214574	12	4.0	12	86	5	69	14	2	10	72	1.21
24214530--24214571	11	3.7	11	93	3	66	11	2	9	76	1.12
24233866--24233937	30	2.4	30	85	0	90	27	34	8	29	1.86
24236126--24236226	52	1.9	52	95	0	184	32	21	18	26	1.97
24271981--24272017	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
24272072--24272103	9	3.6	9	91	0	55	40	21	12	25	1.88
24272757--24272831	24	3.2	24	90	1	116	17	42	2	37	1.63
24280878--24280904	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
24282394--24282437	4	9.8	5	92	7	53	0	18	0	81	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24282393--24282461	21	3.2	20	79	8	66	1	13	4	81	0.91
24288868--24288943	27	2.8	27	79	0	89	25	19	32	22	1.97
24289404--24289449	24	1.9	24	82	8	58	23	13	30	32	1.93
24296112--24296155	22	2.0	22	100	0	88	22	9	22	45	1.80
24297730--24297760	11	2.8	11	100	0	62	74	0	6	19	1.03
24305479--24305528	10	5.0	10	78	9	57	30	14	28	28	1.95
24305482--24305528	20	2.3	20	89	7	69	27	14	29	27	1.96
24307439--24307498	21	3.0	22	79	16	67	10	21	0	68	1.19
24307460--24307497	18	2.1	19	90	5	60	7	23	0	68	1.16
24307510--24307551	15	2.8	15	85	7	59	14	16	0	69	1.20
24307510--24307566	28	2.0	29	82	6	71	12	19	0	68	1.20
24308593--24308635	13	3.4	13	81	15	54	4	18	0	76	0.95
24308599--24308665	12	5.0	13	70	22	50	2	17	1	77	0.97
24310191--24310240	10	5.0	10	78	9	57	30	14	28	28	1.95
24310194--24310240	20	2.3	20	89	7	69	27	14	29	27	1.96
24312862--24312915	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
24312862--24312935	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
24312862--24312926	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
24319079--24319135	10	5.6	10	78	12	62	29	26	14	29	1.95
24319078--24319139	20	3.1	19	82	11	79	29	24	12	33	1.92
24320379--24320419	16	2.5	17	96	4	75	63	9	9	17	1.51
24323918--24323975	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24323918--24323978	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
24333861--24333914	12	3.9	14	76	23	60	72	5	7	14	1.26
24333878--24333914	17	2.2	17	85	4	58	78	2	8	10	1.06
24341706--24341752	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
24343334--24343378	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
24346005--24346037	16	2.1	16	94	0	57	12	9	24	54	1.66
24348331--24348374	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
24350244--24350378	12	11.8	11	66	22	57	71	2	18	8	1.22
24350244--24350357	18	6.2	18	71	9	86	71	2	18	7	1.23
24350244--24350368	30	4.3	30	71	8	96	70	2	18	8	1.24
24350255--24350378	57	2.2	57	75	10	135	70	1	19	8	1.22
24352670--24352709	16	2.5	16	83	0	53	12	12	22	52	1.72
24355131--24357249	822	2.6	820	86	3	2848	23	20	12	43	1.85
24362548--24362655	22	4.9	22	87	0	144	31	14	26	26	1.95
24363058--24363174	39	3.0	39	87	0	162	43	11	10	35	1.74
24366649--24366823	45	3.9	45	85	3	221	33	24	15	27	1.95
24366649--24366823	90	2.0	88	87	2	251	33	24	15	27	1.95
24371960--24372117	45	3.5	45	80	0	172	32	23	14	29	1.94
24373534--24373574	17	2.5	17	92	7	68	39	0	14	46	1.45
24373808--24373894	41	2.1	41	93	0	147	28	20	27	22	1.99
24374095--24374181	37	2.5	35	79	7	106	29	10	25	34	1.89
24386040--24386089	10	5.0	10	78	9	57	30	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24386043--24386089	20	2.3	20	89	7	69	27	14	29	27	1.96
24390499--24390546	25	1.9	25	87	8	71	31	18	27	22	1.97
24394740--24394787	10	4.8	10	77	10	53	29	16	31	22	1.96
24394740--24394787	20	2.4	20	86	6	71	29	16	31	22	1.96
24395498--24395597	32	3.2	32	64	25	86	22	27	27	24	1.99
24395477--24395611	62	2.2	62	98	0	261	20	26	26	25	1.99
24398502--24398553	24	2.1	26	85	7	72	36	3	36	23	1.73
24401872--24401912	18	2.2	19	91	4	66	68	4	4	21	1.28
24402123--24402175	27	2.0	25	85	7	70	58	9	11	20	1.60
24412738--24412784	13	3.8	12	77	11	51	23	14	0	61	1.33
24412738--24412784	12	3.8	13	80	11	62	23	14	0	61	1.33
24412823--24412853	12	2.6	12	100	0	62	12	6	6	74	1.21
24417306--24417342	17	2.2	17	90	0	56	48	8	8	35	1.62
24439968--24440174	43	4.9	43	79	8	219	36	26	15	22	1.93
24439968--24440203	85	2.8	85	87	3	336	34	26	16	22	1.95
24440180--24440229	26	1.9	26	91	0	82	22	32	26	20	1.98
24444103--24444164	25	2.4	26	89	8	99	40	9	12	37	1.77
24444114--24444165	25	2.1	25	100	0	104	40	7	15	36	1.76
24446250--24446306	20	2.8	20	74	10	62	12	33	17	36	1.87
24447746--24447771	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
24455763--24455790	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
24464126--24464154	8	3.6	8	100	0	58	0	13	20	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24469611--24469689	40	2.0	41	94	2	142	35	0	11	53	1.37
24472781--24472904	50	2.4	50	83	8	140	26	30	16	25	1.97
24473017--24473066	21	2.3	21	82	6	55	46	10	8	36	1.67
24476659--24476895	50	4.6	50	78	4	215	24	27	19	28	1.98
24476660--24476850	99	1.9	100	83	3	251	23	28	19	28	1.98
24491301--24491435	50	2.7	50	82	7	159	24	25	23	25	2.00
24493471--24493512	22	1.9	22	95	0	75	42	11	9	35	1.74
24496384--24496568	40	4.5	41	93	4	286	36	2	0	60	1.11
24496435--24496541	11	10.4	11	72	21	72	36	2	0	60	1.11
24496506--24496568	33	1.9	33	90	6	101	36	1	0	61	1.05
24502604--24502665	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
24502604--24502666	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
24502965--24503046	14	5.7	14	73	18	53	74	4	7	13	1.19
24502978--24503030	27	2.0	27	85	7	72	81	5	3	9	0.98
24503007--24503044	15	2.5	15	91	4	58	78	2	7	10	1.04
24503448--24503472	13	1.9	13	100	0	50	8	0	32	60	1.26
24505218--24505273	20	2.7	20	83	5	67	76	1	14	7	1.07
24505198--24505276	37	2.2	34	84	6	95	75	3	12	7	1.14
24512348--24512391	20	2.1	22	91	8	74	18	4	22	54	1.61
24517026--24517052	10	2.7	10	100	0	54	62	0	0	37	0.95
24520161--24520348	51	3.7	49	85	4	225	26	15	26	30	1.96
24520161--24520348	101	1.9	102	84	3	254	26	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24525790--24525952	82	2.0	82	87	2	238	33	14	25	26	1.94
24525988--24526074	32	2.7	32	94	0	147	22	14	26	35	1.94
24529733--24529963	115	2.0	115	99	0	453	44	8	26	20	1.80
24532692--24532776	29	2.9	28	86	10	109	24	15	22	37	1.93
24532710--24532980	29	9.3	29	75	4	195	30	14	20	35	1.92
24532724--24532980	58	4.4	58	79	5	221	29	14	20	35	1.92
24532790--24532980	89	2.2	87	83	3	249	30	14	19	35	1.92
24532710--24532979	147	1.8	147	83	1	362	30	14	20	35	1.92
24537035--24537137	20	5.2	20	66	9	66	15	33	15	34	1.89
24537024--24537227	40	5.1	40	84	0	246	16	30	15	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190