genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080415--2080441	14	1.9	14	100	0	54	0	29	3	66	1.09
2081510--2081570	30	2.0	31	87	3	88	31	0	47	21	1.51
2081690--2081720	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2082506--2082538	17	1.9	17	93	0	57	27	12	0	60	1.32
2082863--2082896	15	2.4	14	90	5	50	79	2	17	0	0.86
2089582--2089608	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
2095281--2095335	15	3.5	15	71	9	56	49	1	0	49	1.11
2100858--2100905	18	2.6	19	80	9	55	18	4	4	72	1.17
2110168--2110216	24	2.0	24	100	0	98	32	8	4	55	1.48
2115463--2115524	27	2.3	27	82	0	70	22	32	27	17	1.97
2116240--2116288	13	3.6	14	81	13	59	40	18	0	40	1.50
2126764--2127394	99	6.4	99	83	2	750	32	23	20	22	1.98
2126764--2127329	198	2.9	198	92	0	889	32	23	21	22	1.98
2126771--2127399	49	12.7	50	69	7	349	32	23	20	23	1.98
2128988--2129024	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2131260--2131349	44	2.0	44	89	6	137	35	2	22	40	1.66
2143785--2143849	27	2.4	27	79	5	78	20	20	33	26	1.96
2147195--2147277	27	3.1	27	78	3	69	22	33	24	19	1.97
2147951--2148013	13	4.8	13	77	9	58	41	17	1	39	1.59
2150328--2150374	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2150534--2150669	40	3.5	40	76	10	147	25	16	25	33	1.95
2150535--2150637	37	2.6	37	80	8	109	26	17	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152613--2152645	16	2.1	16	88	11	50	81	6	9	3	0.95
2159596--2159649	20	2.6	21	80	11	58	33	3	3	59	1.33
2170031--2170065	17	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
2170766--2170791	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2173016--2173085	17	4.0	17	73	12	61	38	0	2	58	1.13
2180317--2180369	25	2.1	25	100	0	106	45	3	15	35	1.64
2194920--2194986	33	2.0	33	88	0	98	31	10	7	50	1.64
2220032--2220062	16	1.9	16	93	0	53	41	6	6	45	1.55
2236320--2236369	24	2.1	24	100	0	100	50	16	16	18	1.79
2237754--2237811	17	3.4	17	79	11	64	67	1	29	1	1.11
2237767--2237812	23	2.0	22	87	4	65	67	0	30	2	1.03
2238758--2238809	15	3.5	15	69	10	52	53	11	1	32	1.48
2238762--2238821	30	2.0	29	93	3	102	53	10	1	35	1.44
2240206--2240255	24	2.1	25	81	7	59	30	6	6	58	1.46
2240325--2240353	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2240732--2240764	14	2.3	15	94	5	59	69	0	3	27	1.03
2241685--2241720	18	2.0	18	94	0	63	27	0	2	69	1.02
2243136--2243188	2	26.5	2	90	0	79	50	1	1	45	1.23
2243347--2243380	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2243628--2243664	14	2.7	13	88	12	56	0	16	13	70	1.17
2246017--2246093	14	5.0	15	72	20	61	44	14	7	33	1.74
2246033--2246072	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246021--2246087	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
2246155--2246187	14	2.4	14	95	5	59	69	0	0	30	0.88
2249692--2249759	31	2.2	31	83	0	82	38	13	14	33	1.85
2250644--2250740	11	9.4	11	75	21	61	58	0	4	37	1.17
2250653--2250718	9	7.0	9	74	19	55	62	0	1	36	1.05
2250617--2250756	70	2.0	72	88	5	214	61	0	2	35	1.16
2252419--2252576	77	2.0	77	93	1	271	20	14	20	44	1.86
2259334--2259392	31	1.9	30	82	3	73	38	10	13	37	1.79
2259788--2259840	21	2.5	21	81	0	70	30	33	9	26	1.88
2260791--2260832	20	2.1	20	86	0	57	61	0	0	38	0.96
2265676--2265704	14	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
2269167--2269303	72	1.9	72	86	5	197	39	7	9	43	1.65
2270636--2270683	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2274826--2274882	21	2.7	21	88	0	87	14	38	22	24	1.91
2277234--2277402	71	2.4	71	83	4	198	34	31	18	14	1.91
2280276--2280308	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2294194--2294252	31	2.0	30	80	12	68	45	13	8	32	1.74
2294527--2294584	29	2.0	29	87	12	84	31	8	15	44	1.76
2296529--2296573	23	2.0	23	91	8	74	60	0	2	37	1.09
2296828--2296871	20	2.1	22	87	8	65	47	2	2	47	1.27
2300726--2300758	17	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
2304075--2304109	12	2.9	12	86	0	52	37	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305008--2305130	60	2.0	61	95	1	221	31	16	8	43	1.79
2307959--2308025	25	2.5	28	71	11	68	55	1	5	37	1.34
2309096--2309163	9	7.4	9	83	9	84	22	10	26	41	1.85
2309324--2309348	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
2311042--2311101	26	2.3	26	76	0	66	38	5	0	56	1.21
2320395--2320438	19	2.3	19	92	4	70	36	0	2	61	1.09
2320395--2320431	19	1.9	19	100	0	74	37	0	0	62	0.96
2321836--2321910	38	2.0	39	89	5	118	34	1	0	64	1.02
2321869--2321930	26	2.3	27	88	2	90	33	0	1	64	1.03
2324979--2325015	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
2332280--2332333	25	2.2	25	86	6	74	50	3	0	46	1.19
2338738--2338801	27	2.3	29	80	15	73	25	6	0	68	1.12
2338743--2338809	29	2.3	31	78	21	81	26	5	0	67	1.14
2338747--2338793	18	2.5	19	79	6	60	23	8	0	68	1.17
2343895--2343960	25	2.7	24	79	11	80	53	22	4	19	1.64
2347418--2347479	21	3.0	20	90	9	99	46	19	22	11	1.81
2350665--2350968	45	6.8	45	93	1	495	24	21	19	34	1.96
2350632--2350970	135	2.5	135	88	2	502	24	20	18	35	1.95
2350617--2351017	90	4.5	90	85	6	424	23	20	18	37	1.94
2354477--2354508	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2360263--2360316	27	2.0	27	92	0	90	48	18	11	22	1.79
2366867--2366915	22	2.4	19	83	12	62	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366868--2366914	20	2.2	20	88	7	67	65	0	0	34	0.93
2368627--2368671	18	2.4	20	85	10	60	40	2	4	53	1.33
2381711--2381803	40	2.3	40	96	0	168	22	26	25	24	2.00
2384133--2384379	133	1.9	133	92	0	413	28	8	16	46	1.76
2386990--2387363	192	1.9	192	92	0	622	21	27	14	36	1.92
2391531--2391581	13	3.9	13	84	0	75	29	7	27	35	1.85
2394828--2394864	4	9.8	4	82	11	51	2	18	0	78	0.87
2394827--2394865	18	2.2	18	95	0	69	2	17	0	79	0.84
2394851--2394919	21	3.2	21	74	13	52	7	23	0	69	1.13
2396206--2396230	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2402740--2402789	17	2.8	18	90	6	84	42	42	0	16	1.47
2402766--2402790	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
2402775--2402846	36	1.9	39	86	8	105	56	25	1	16	1.48
2402984--2403046	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
2402981--2403055	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
2403054--2403110	9	6.4	9	85	4	62	26	8	24	40	1.84
2403054--2403110	18	3.2	18	85	5	71	26	8	24	40	1.84
2403163--2403219	27	2.1	27	83	0	69	31	10	15	42	1.81
2421458--2421508	21	2.4	21	90	0	84	41	27	7	23	1.82
2423764--2423804	18	2.2	19	87	12	59	56	29	0	14	1.39
2437163--2437210	20	2.3	22	85	7	64	41	8	4	45	1.53
2437129--2437714	155	3.9	150	82	8	613	43	10	3	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437129--2437737	149	4.0	149	82	9	598	43	10	3	41	1.57
2439873--2439961	40	2.2	40	95	0	160	31	25	1	41	1.63
2439971--2440035	30	2.2	30	91	8	107	36	0	0	63	0.95
2442347--2442581	29	8.3	29	91	6	401	45	25	0	28	1.54
2442347--2442581	117	2.1	110	93	5	398	45	25	0	28	1.54
2442521--2442563	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
2442576--2442701	55	2.3	55	100	0	252	38	11	4	45	1.62
2442685--2442709	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2445813--2446163	124	2.8	125	93	0	605	32	19	15	31	1.94
2453323--2453362	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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