genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19485190--19485234	16	2.8	16	83	10	56	48	0	2	48	1.13
19485451--19485496	16	2.9	16	90	0	74	21	32	4	41	1.73
19488402--19488439	12	3.2	12	88	0	58	63	0	2	34	1.09
19488366--19488461	43	2.2	42	85	12	124	57	1	5	36	1.28
19489209--19489257	26	1.9	25	84	12	64	69	8	8	14	1.36
19496370--19496412	17	2.8	14	80	19	50	48	0	0	51	1.00
19496364--19496414	18	3.0	18	83	11	63	50	0	0	49	1.00
19496382--19496420	18	2.2	18	86	4	53	56	0	0	43	0.99
19503862--19503889	6	4.7	6	100	0	56	50	14	17	17	1.79
19504136--19504409	111	2.5	111	85	4	351	43	18	20	18	1.89
19504136--19504462	111	3.0	109	77	8	333	43	18	21	17	1.89
19506053--19506217	89	1.8	88	83	6	215	38	7	4	49	1.50
19506484--19506527	19	2.4	19	80	3	54	31	2	6	59	1.36
19513356--19513408	24	2.2	24	93	3	90	58	3	7	30	1.43
19515083--19516059	44	22.2	44	63	11	266	24	24	19	31	1.98
19514972--19516063	132	8.3	132	93	0	1790	24	25	19	30	1.98
19528249--19528305	26	2.3	25	84	6	71	59	5	7	28	1.45
19528255--19528305	26	2.0	26	88	0	75	58	5	7	27	1.49
19528328--19528354	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
19528293--19528350	29	2.1	27	81	9	71	55	1	5	37	1.33
19542866--19542896	16	1.9	16	93	0	53	64	0	6	29	1.18
19544459--19544651	85	2.3	84	83	7	232	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19544706--19545217	100	5.1	100	91	0	808	26	24	20	28	1.99
19544739--19545220	50	9.6	50	75	0	415	26	24	20	28	1.99
19557836--19557862	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
19557837--19557869	11	3.1	11	91	4	50	24	0	3	72	0.98
19557923--19557952	11	2.7	11	94	0	51	33	0	0	66	0.92
19557996--19558040	23	2.0	23	86	8	65	22	0	2	75	0.91
19558958--19558996	15	2.5	17	88	12	57	66	0	10	23	1.22
19559763--19560111	30	11.7	29	74	11	190	38	13	24	23	1.90
19567455--19567755	30	10.1	29	77	7	196	38	13	25	23	1.91
19567455--19567755	60	5.1	60	74	8	249	38	13	25	23	1.91
19567455--19567769	119	2.6	119	80	7	329	37	13	25	22	1.91
19567455--19567755	149	2.0	149	88	2	453	38	13	25	23	1.91
19572440--19572500	25	2.4	25	86	0	86	32	18	19	29	1.95
19572432--19572525	25	3.8	25	76	5	82	30	20	21	27	1.98
19579536--19579561	8	3.2	8	100	0	52	42	11	23	23	1.86
19581657--19581681	11	2.3	11	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19585248--19585322	22	3.4	22	96	0	132	33	13	24	29	1.93
19585850--19585880	7	4.3	7	95	4	53	41	16	0	41	1.48
19586312--19586387	38	2.0	38	92	0	125	35	18	18	27	1.94
19592844--19592891	17	2.9	16	82	14	53	2	25	0	72	0.95
19593609--19593657	19	2.5	20	87	12	75	51	0	14	34	1.43
19593609--19593665	19	3.0	19	84	5	53	45	0	15	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19597047--19597160	39	2.9	39	85	0	156	46	22	2	28	1.65
19606844--19606887	21	2.1	21	100	0	88	25	9	9	56	1.59
19625937--19625967	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19631973--19632193	27	8.3	27	86	1	293	41	21	18	18	1.91
19631978--19632193	106	2.0	108	91	1	355	40	22	18	18	1.91
19633646--19633806	51	3.2	51	79	2	164	23	18	24	33	1.97
19639028--19639052	6	4.2	6	100	0	50	36	0	48	16	1.46
19648505--19648534	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
19660712--19660753	22	2.0	21	85	4	57	33	4	23	38	1.76
19668304--19668382	35	2.3	34	82	2	95	21	27	24	26	1.99
19674863--19674895	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
19679268--19679307	10	3.9	11	81	15	50	22	7	5	65	1.38
19688381--19688602	97	2.3	97	84	6	294	44	8	11	35	1.71
19689220--19689269	24	2.0	24	84	11	64	64	8	12	16	1.49
19690319--19690388	14	5.1	14	82	6	90	15	1	34	48	1.54
19690311--19690420	28	4.2	26	77	9	116	16	2	32	48	1.60
19691134--19691176	5	9.0	5	90	10	72	60	0	0	39	0.97
19693481--19693505	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
19695301--19695341	19	2.2	19	95	0	73	26	12	0	60	1.31
19700814--19700857	23	2.0	22	86	4	61	50	15	4	29	1.64
19701561--19701591	7	4.4	7	100	0	62	58	12	0	29	1.35
19716838--19716877	20	2.0	20	100	0	80	45	25	20	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19723792--19723836	7	6.4	7	92	0	72	55	0	4	40	1.20
19730989--19731025	2	18.5	2	94	0	65	51	45	0	2	1.15
19734649--19734742	45	2.1	45	90	4	145	30	24	19	25	1.98
19734748--19734922	51	3.5	50	80	3	190	32	27	16	24	1.96
19734844--19734922	26	3.1	26	64	20	67	31	27	15	25	1.95
19734739--19734922	102	1.8	101	86	3	271	31	27	16	23	1.96
19736546--19736571	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
19737583--19737619	17	2.2	17	90	0	56	70	2	2	24	1.14
19738641--19738733	24	3.9	23	74	13	80	17	26	19	36	1.94
19738662--19738771	49	2.2	50	82	8	134	21	27	18	32	1.96
19738692--19738771	25	3.2	25	76	15	85	22	28	18	30	1.98
19740044--19740073	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
19748562--19748619	22	2.7	21	84	7	71	46	13	20	18	1.83
19751639--19751691	19	2.8	19	79	0	61	39	32	3	24	1.73
19755240--19755266	13	2.1	13	100	0	54	14	14	33	37	1.88
19757558--19757625	14	5.2	13	76	20	54	50	2	1	45	1.26
19761640--19761679	20	2.1	20	86	9	57	17	2	15	65	1.39
19768071--19768105	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
19769041--19769111	10	6.4	10	77	20	70	45	9	2	42	1.52
19774380--19774529	54	2.8	54	84	5	187	36	0	34	28	1.63
19774522--19774559	19	2.0	19	85	10	51	39	0	34	26	1.57
19774396--19774692	126	2.3	127	83	9	367	39	0	33	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19774588--19774725	75	1.9	75	87	4	208	39	0	31	28	1.62
19778546--19779356	23	35.0	22	74	14	599	40	17	14	28	1.88
19778524--19779356	93	9.0	92	87	6	800	39	17	14	28	1.89
19778524--19779324	116	6.9	114	79	9	620	40	17	14	27	1.89
19780045--19780146	28	3.6	28	95	0	177	30	25	12	31	1.93
19780024--19780147	56	2.2	55	87	4	176	30	25	12	32	1.92
19794810--19794970	41	3.9	41	90	3	234	29	19	21	29	1.98
19795166--19795190	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19798493--19798552	27	2.3	27	94	2	104	41	5	0	53	1.23
19799360--19799428	19	3.7	19	82	3	95	50	0	14	34	1.43
19799360--19799434	37	2.0	37	94	0	132	49	0	13	37	1.42
19799807--19799870	28	2.3	28	94	0	110	51	0	7	40	1.31
19800424--19800469	22	2.0	23	87	4	67	58	0	10	30	1.32
19801027--19801085	20	3.0	20	92	0	91	42	20	13	23	1.88
19801135--19801184	21	2.5	20	80	3	64	24	12	34	30	1.91
19805023--19805077	16	3.4	16	84	0	74	41	3	23	30	1.72
19806244--19806278	12	2.9	12	95	0	61	11	17	48	22	1.79
19807482--19807646	58	2.8	57	82	7	190	51	2	3	42	1.32
19808665--19808718	27	2.0	27	96	0	99	57	3	9	29	1.47
19811895--19812098	102	1.9	102	83	9	259	30	20	16	32	1.94
19816990--19817034	23	2.0	23	95	0	81	37	8	28	24	1.86
19819576--19819702	54	2.3	54	90	1	191	36	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19819576--19819706	27	4.8	27	82	0	145	36	14	24	24	1.93
19821207--19821231	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
19822604--19822653	23	2.0	26	81	14	61	58	8	2	32	1.39
19823438--19823472	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
19824128--19824580	44	10.5	43	72	13	238	26	23	20	28	1.99
19824177--19824573	214	1.8	215	88	3	600	27	23	20	28	1.99
19824596--19825114	88	5.9	89	88	3	750	31	24	13	31	1.93
19824589--19825122	44	12.1	44	83	1	613	30	24	12	31	1.93
19839752--19839796	23	1.9	24	90	4	74	71	2	6	20	1.20
19841485--19841526	20	2.2	19	83	12	50	61	2	19	16	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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