genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18473827--18473869	21	2.0	21	86	8	61	11	13	27	46	1.78
18473945--18474504	43	13.2	42	84	6	677	30	24	21	23	1.99
18473948--18474548	254	2.4	253	86	5	845	30	24	20	25	1.99
18474925--18474984	12	5.2	12	72	11	54	1	38	18	41	1.60
18474949--18475017	21	3.3	21	87	0	102	1	43	20	34	1.61
18498899--18498932	17	2.1	16	88	5	50	47	2	0	50	1.16
18500900--18500979	40	2.0	40	85	4	108	45	17	18	18	1.86
18507198--18507255	27	2.1	27	96	0	107	37	22	13	25	1.91
18507198--18507255	18	3.2	18	85	4	73	37	22	13	25	1.91
18509330--18509365	8	4.4	8	89	6	54	75	0	2	22	0.94
18509321--18509358	9	4.1	9	86	6	58	78	0	0	21	0.74
18509329--18509365	17	2.2	17	95	0	65	75	0	2	21	0.92
18521216--18521247	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18527388--18527501	53	2.1	54	93	1	194	52	1	6	39	1.37
18529252--18529291	19	2.0	20	90	9	64	65	15	0	20	1.28
18531872--18532016	54	2.7	54	81	2	157	26	26	25	21	1.99
18533612--18533654	21	2.0	22	81	4	52	67	2	2	27	1.15
18536064--18536128	12	5.5	12	70	15	55	58	0	4	36	1.19
18536093--18536128	11	3.4	11	88	3	56	55	0	5	38	1.23
18536083--18536196	60	1.9	57	82	8	140	62	0	4	33	1.15
18536496--18536576	27	3.2	26	72	8	69	58	2	4	34	1.33
18536497--18536529	11	2.8	12	86	9	50	63	3	6	27	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18537931--18537964	8	4.0	8	85	14	50	29	0	0	70	0.87
18537931--18537971	18	2.3	18	91	4	66	31	0	0	68	0.90
18539256--18539318	27	2.3	27	94	0	108	9	31	34	23	1.87
18541163--18541213	13	4.2	12	76	16	52	13	1	7	76	1.09
18541163--18541213	23	2.3	22	82	3	57	13	1	7	76	1.09
18548983--18549079	48	2.0	48	91	0	158	43	19	2	35	1.63
18549806--18549831	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
18559180--18559214	18	2.0	18	88	5	54	8	20	0	71	1.11
18565548--18565607	19	3.1	19	78	2	66	13	26	20	40	1.89
18569948--18570127	50	3.5	50	81	9	166	28	21	26	24	1.99
18571909--18571934	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18577525--18577834	45	6.9	44	73	11	180	29	21	16	32	1.95
18577433--18577734	136	2.2	137	89	0	471	29	19	16	33	1.94
18577898--18578209	143	2.2	143	82	5	364	29	18	19	31	1.96
18577954--18578253	143	2.1	143	81	4	338	29	20	19	31	1.97
18579654--18579774	45	2.6	44	81	9	134	12	29	19	38	1.89
18579682--18579774	45	2.0	46	89	2	143	16	27	18	37	1.92
18587044--18587090	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
18595460--18595484	9	2.8	9	100	0	50	80	0	12	8	0.92
18596239--18596286	20	2.3	21	82	10	62	37	6	8	47	1.59
18606130--18606183	26	2.0	27	86	10	76	57	0	0	42	0.98
18607355--18607385	16	1.9	16	93	0	53	12	0	35	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18607533--18607970	125	3.5	124	89	2	653	32	17	20	29	1.95
18609197--18609251	28	2.0	28	82	13	69	58	12	16	12	1.64
18617379--18617466	43	2.0	43	100	0	176	34	13	22	29	1.93
18619373--18619585	112	1.9	111	88	2	320	38	8	10	41	1.71
18619632--18619660	15	1.9	15	100	0	58	31	0	20	48	1.50
18619647--18619821	21	8.2	21	92	1	287	24	0	30	44	1.58
18619647--18619813	85	2.0	84	93	1	289	25	0	30	43	1.59
18619647--18619821	64	2.7	63	91	2	287	24	0	30	44	1.58
18619835--18619877	12	3.3	12	84	15	59	55	0	0	44	0.99
18619838--18619877	7	5.9	7	83	16	57	55	0	0	45	0.99
18621062--18621087	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
18622250--18622305	29	2.0	28	82	10	69	50	1	17	30	1.57
18634115--18634154	18	2.2	18	86	8	55	10	0	22	67	1.20
18640886--18640925	18	2.2	18	86	8	55	5	0	27	67	1.11
18641801--18641907	51	2.1	51	87	0	151	29	14	9	46	1.75
18652395--18652482	26	3.3	26	79	3	95	63	5	2	28	1.29
18652520--18652553	16	2.2	16	89	5	52	55	0	2	41	1.15
18656355--18656380	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18659189--18659287	31	2.9	34	74	19	100	54	3	2	40	1.27
18660484--18660529	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
18663902--18664144	50	4.8	50	91	0	378	20	30	23	25	1.98
18664390--18664446	27	2.1	27	100	0	114	14	26	10	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18668817--18668862	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
18671091--18671308	114	1.9	114	88	1	330	34	15	14	34	1.88
18674897--18674923	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
18681724--18681761	17	2.2	17	86	9	51	42	2	7	47	1.46
18695146--18695280	27	5.1	27	76	14	106	34	4	8	52	1.51
18695158--18695299	13	10.8	13	83	3	169	33	4	8	52	1.53
18695163--18695290	53	2.4	53	86	2	132	32	4	9	53	1.54
18695158--18695297	40	3.5	40	91	0	219	34	4	8	52	1.51
18695331--18695372	22	1.9	22	100	0	84	42	4	7	45	1.52
18704663--18704701	21	1.9	20	89	5	60	43	5	5	46	1.48
18710503--18710527	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
18721965--18722004	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
18726248--18726338	30	2.7	36	70	19	95	27	13	29	29	1.94
18726192--18726359	66	2.5	66	82	1	194	28	14	27	29	1.96
18728163--18728231	31	2.2	31	80	10	79	39	13	14	33	1.85
18733009--18733066	22	2.6	22	81	7	64	41	15	5	37	1.70
18734221--18734253	5	6.4	5	96	3	57	78	0	0	21	0.75
18739925--18740051	49	2.6	49	80	4	134	32	24	14	28	1.95
18747146--18747249	53	2.0	53	85	9	142	36	0	32	29	1.64
18747225--18747348	66	1.9	65	94	1	221	46	0	26	26	1.53
18749163--18749215	27	2.0	27	84	0	70	77	0	7	15	0.98
18750093--18750181	26	3.3	26	65	9	70	48	3	7	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18756539--18756679	50	2.8	50	81	9	162	26	15	27	30	1.96
18756884--18756960	38	2.0	38	87	5	111	42	1	22	33	1.62
18770570--18770612	5	8.6	5	80	10	52	76	0	0	23	0.78
18770567--18770615	25	2.0	24	96	4	89	73	0	0	26	0.83
18779104--18779302	43	4.7	42	78	10	201	35	26	14	23	1.93
18779096--18779330	42	5.6	43	78	8	225	34	25	15	23	1.95
18779096--18779330	85	2.8	85	88	4	334	34	25	15	23	1.95
18779104--18779330	43	5.4	41	74	14	178	35	25	14	23	1.93
18779697--18779753	30	1.9	30	85	0	78	29	21	7	42	1.79
18783533--18783562	14	2.1	14	93	0	51	46	16	0	36	1.47
18794508--18794574	27	2.5	27	85	0	89	32	19	28	19	1.96
18795821--18795919	45	2.2	45	87	7	139	44	18	17	20	1.87
18796144--18796186	19	2.3	19	91	0	68	46	20	6	25	1.76
18800471--18800513	22	2.0	22	81	9	52	39	2	4	53	1.34
18800658--18800715	29	2.0	29	96	0	107	46	6	13	32	1.70
18801754--18801848	28	3.2	28	65	21	77	34	7	23	34	1.83
18801739--18801854	60	1.9	60	96	0	214	31	7	22	37	1.83
18802213--18802237	7	3.6	7	100	0	50	24	0	28	48	1.52
18802294--18802547	90	2.8	89	87	2	384	25	7	15	51	1.69
18802659--18802708	19	2.5	20	75	21	50	58	0	4	38	1.17
18805217--18805264	22	2.2	22	88	7	71	22	8	0	68	1.16
18805222--18805258	17	2.2	17	90	0	56	27	5	0	67	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18805369--18805498	5	23.4	5	72	18	71	33	16	0	50	1.51
18805333--18805381	23	2.1	23	81	7	55	24	12	0	63	1.29
18805358--18805498	28	4.8	29	73	16	139	33	16	0	49	1.51
18805369--18805480	33	3.5	32	75	15	115	33	16	0	49	1.52
18805358--18805498	57	2.4	59	84	9	182	33	16	0	49	1.51
18805576--18805630	21	2.7	20	86	11	67	20	10	0	69	1.18
18805575--18805615	16	2.6	16	88	3	57	21	12	0	65	1.25
18805572--18805633	22	3.0	21	86	9	83	20	12	0	66	1.25
18805659--18805698	21	1.9	21	94	0	71	27	7	0	65	1.20
18806070--18806172	29	3.6	29	85	3	138	27	14	0	57	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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