genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18809272--18809311	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
18809257--18809323	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
18810671--18810698	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18811835--18811880	24	1.9	24	90	0	74	39	0	28	32	1.57
18819753--18819818	32	2.1	32	97	0	123	36	13	16	33	1.88
18825622--18825663	14	3.1	13	78	21	50	59	4	0	35	1.19
18825630--18825667	16	2.4	16	82	4	51	60	5	0	34	1.19
18825858--18825982	18	7.2	17	78	15	73	61	3	2	32	1.25
18825861--18825999	15	8.7	15	80	11	86	59	3	2	33	1.29
18825923--18825988	3	22.0	3	93	0	114	65	1	1	31	1.11
18826420--18826475	20	2.8	20	79	12	62	76	3	17	1	1.01
18830986--18831025	18	2.2	19	86	4	55	27	7	22	42	1.80
18841606--18841887	64	4.4	64	76	7	239	44	17	20	17	1.87
18841606--18841858	128	2.0	128	82	6	316	43	16	21	18	1.87
18841612--18841858	31	7.8	31	74	8	192	43	16	21	18	1.88
18841619--18841887	128	2.1	128	80	5	303	44	17	20	17	1.86
18841876--18841933	28	2.1	28	83	6	73	32	13	36	17	1.89
18846887--18846972	43	2.0	43	88	4	129	26	27	15	30	1.96
18855821--18855965	58	2.6	57	82	6	188	34	24	15	26	1.94
18855821--18855962	29	5.0	29	83	5	159	35	23	15	25	1.94
18855805--18856010	29	7.4	27	75	14	136	35	23	16	23	1.95
18858092--18858134	15	2.9	15	92	0	77	30	0	30	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18858090--18858132	22	2.0	22	90	9	70	30	0	27	41	1.56
18861661--18861693	16	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
18869299--18869333	18	1.9	18	88	0	52	60	11	8	20	1.57
18879787--18879825	17	2.2	18	86	4	53	38	0	20	41	1.53
18882606--18882673	24	2.8	24	90	0	100	20	16	17	45	1.85
18901583--18901616	12	2.8	12	86	0	50	32	0	0	67	0.91
18903958--18904029	27	2.6	27	82	2	81	30	12	25	31	1.92
18903960--18904043	27	3.1	26	77	8	78	29	14	25	30	1.95
18904095--18904316	27	8.2	27	79	5	225	35	12	25	27	1.92
18906290--18906324	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
18919933--18920016	39	2.2	39	91	0	132	35	19	29	15	1.92
18919953--18920014	19	3.2	19	70	4	61	37	19	30	12	1.89
18926422--18926454	11	2.9	12	86	13	52	42	0	6	51	1.26
18931293--18931333	6	6.7	6	83	5	55	19	4	0	75	0.98
18931477--18931506	9	3.3	9	90	0	51	10	3	0	86	0.67
18934261--18934299	14	2.8	13	84	7	51	33	17	7	41	1.79
18934796--18934830	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
18951184--18951217	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
18960997--18961771	386	2.0	385	95	0	1399	30	19	19	30	1.96
18970033--18970102	27	2.6	27	86	0	104	28	10	27	34	1.89
18972242--18972272	15	2.0	16	93	6	55	38	3	32	25	1.72
18975397--18975474	37	2.1	37	85	0	102	38	10	12	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18976758--18976791	16	2.2	16	94	5	61	17	11	5	64	1.45
18994969--18994993	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
18998368--18998422	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
18999809--18999836	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
19005635--19006029	97	4.1	96	77	13	269	29	25	15	29	1.96
19005644--19006029	147	2.7	147	84	4	480	30	25	15	28	1.96
19005644--19006054	51	8.4	50	77	12	388	30	25	15	27	1.96
19014360--19014407	24	2.0	24	83	0	60	8	25	22	43	1.81
19014550--19014596	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
19016809--19016842	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
19018748--19018788	16	2.5	17	96	4	75	26	36	12	24	1.91
19020832--19020964	71	1.9	68	86	6	187	31	17	17	33	1.93
19024900--19024937	19	1.9	19	89	5	58	42	0	0	57	0.98
19024916--19024955	21	1.9	21	84	0	53	42	5	0	52	1.23
19025439--19025482	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
19028109--19028502	95	4.2	96	93	3	648	50	10	9	28	1.69
19028109--19028502	185	2.1	187	91	5	638	50	10	9	28	1.69
19028672--19028721	14	3.6	14	84	10	59	42	0	0	58	0.98
19028821--19028872	17	3.1	17	88	0	77	38	11	1	48	1.51
19029262--19029323	19	3.2	19	71	13	63	50	12	16	20	1.78
19033520--19033550	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19044783--19044823	20	2.0	21	86	9	59	53	21	4	19	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19045048--19045150	34	3.1	34	74	4	84	43	15	8	32	1.77
19045048--19045199	31	4.7	31	74	13	119	42	15	9	32	1.79
19045146--19045201	18	3.4	18	68	27	52	41	17	8	32	1.81
19047269--19047341	38	1.9	38	91	0	119	45	10	9	34	1.72
19067445--19068145	354	2.0	353	97	0	1312	18	17	22	42	1.89
19070924--19071068	71	2.0	71	94	2	256	30	19	20	30	1.97
19074917--19074949	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
19085465--19085544	13	6.2	13	74	0	70	36	5	23	35	1.77
19085465--19085582	26	4.5	26	82	4	121	35	5	22	35	1.79
19085486--19085556	13	5.5	13	71	6	63	38	2	28	30	1.71
19085550--19085582	13	2.5	13	90	0	57	39	9	18	33	1.82
19085467--19085582	52	2.2	53	80	4	146	36	6	22	35	1.79
19088070--19088121	20	2.6	20	93	0	77	46	25	21	7	1.77
19092502--19092544	23	2.0	21	86	9	59	13	13	13	58	1.64
19092714--19092754	17	2.5	16	84	7	55	36	0	4	58	1.20
19092693--19092767	39	1.9	38	84	10	98	29	0	6	64	1.19
19093340--19093775	218	2.0	218	96	0	811	36	18	13	31	1.90
19094369--19094431	23	2.6	24	80	14	67	66	3	1	28	1.16
19095419--19095461	21	2.0	21	95	0	77	27	13	25	32	1.94
19099456--19099601	54	2.7	54	87	4	222	32	19	15	32	1.94
19109267--19109502	50	4.7	50	81	1	251	22	28	23	26	1.99
19114825--19114949	50	2.5	50	82	0	160	21	28	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19120409--19120533	50	2.5	50	80	2	144	19	28	24	28	1.98
19127268--19127383	26	4.5	26	72	6	101	31	14	23	30	1.94
19132804--19132833	11	2.7	11	94	0	51	40	6	23	30	1.80
19134241--19134403	46	3.5	46	81	0	146	34	16	20	28	1.94
19145512--19145550	19	2.1	19	100	0	78	48	20	0	30	1.50
19147223--19147318	50	1.9	50	80	0	111	22	28	21	27	1.99
19150778--19150953	68	2.6	68	82	0	199	35	18	21	24	1.95
19154029--19154067	18	2.2	18	90	0	60	17	35	35	10	1.84
19158726--19158777	24	2.2	24	92	0	86	50	3	23	23	1.66
19158846--19158913	21	3.2	21	68	15	68	16	25	14	44	1.85
19158849--19158998	42	3.6	42	84	0	174	16	25	16	42	1.87
19162143--19162337	98	2.0	98	94	0	345	38	25	8	27	1.85
19162655--19162693	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
19163003--19163040	10	3.8	10	89	0	58	52	10	0	36	1.36
19163112--19163169	12	4.3	12	76	21	53	68	0	1	29	0.99
19163114--19163180	29	2.2	31	86	10	102	70	0	2	26	1.02
19163125--19163181	17	3.7	16	71	23	59	71	0	3	24	1.01
19168818--19168854	19	1.9	19	94	0	65	13	5	13	67	1.39
19170257--19170535	42	6.6	42	77	11	266	23	16	25	35	1.95
19170257--19170578	127	2.5	127	76	12	304	24	16	24	34	1.95
19170257--19170578	85	3.8	85	90	1	477	24	16	24	34	1.95
19180413--19180459	24	2.0	24	83	8	60	23	19	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181236--19181273	13	2.8	14	92	4	60	81	18	0	0	0.69
19181236--19181274	14	2.8	14	84	7	53	82	17	0	0	0.68
19181291--19181364	14	5.5	13	77	6	67	83	6	8	1	0.85
19181284--19181356	24	3.0	25	75	15	71	82	5	10	1	0.90
19181300--19181363	10	6.4	10	77	10	60	82	7	7	1	0.89
19181284--19181351	12	5.7	12	78	16	61	82	5	10	1	0.90
19183321--19184348	50	20.6	50	71	1	662	29	22	25	21	1.99
19183314--19184097	100	7.8	100	92	0	1255	29	22	25	21	1.99
19188373--19188401	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
19195212--19195265	29	1.9	28	85	14	76	62	5	5	25	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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