genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  190  ( 22705 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20822338--20822738	212	1.9	212	80	6	472	19	29	29	21	1.97
20822375--20822778	85	4.8	84	69	13	288	19	29	29	21	1.97
20822642--20822917	137	2.0	138	80	3	306	17	30	28	23	1.97
20823157--20825780	43	61.4	41	65	15	280	20	29	29	20	1.97
20823398--20825103	85	19.8	86	69	10	367	20	30	28	20	1.97
20823684--20823817	42	3.2	42	74	10	121	17	31	30	20	1.96
20823401--20824486	477	2.3	476	76	5	1091	20	30	28	20	1.97
20824122--20825775	43	38.9	43	67	6	396	20	29	29	20	1.97
20824356--20825136	128	6.1	128	78	3	653	20	30	29	19	1.97
20824341--20825071	383	1.9	383	81	1	883	20	31	28	19	1.97
20824479--20825802	85	15.6	85	71	9	541	20	29	29	20	1.97
20825423--20825795	127	2.9	127	77	9	373	20	28	30	20	1.97
20828118--20828277	75	2.1	75	92	0	266	30	30	15	24	1.95
20828275--20828360	43	2.0	43	88	0	127	16	34	31	17	1.92
20839100--20839140	6	6.5	6	86	8	55	78	0	21	0	0.76
20839093--20839143	12	4.1	13	83	14	54	74	0	23	1	0.92
20839093--20839143	19	2.8	17	85	14	66	74	0	23	1	0.92
20840735--20841234	87	5.7	87	89	0	750	27	22	25	24	2.00
20841356--20841471	43	2.7	42	73	6	117	31	20	22	25	1.98
20841481--20841587	44	2.4	45	81	7	130	27	24	24	24	2.00
20846634--20846782	42	3.5	40	76	12	138	18	29	34	17	1.94
20846616--20847338	43	16.9	43	73	9	493	19	30	31	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20846616--20847341	85	8.5	85	76	8	550	19	30	31	18	1.96
20846687--20847313	128	4.9	127	78	7	601	19	31	30	18	1.96
20846616--20847162	213	2.6	212	81	4	611	19	31	31	18	1.95
20846672--20847341	256	2.6	252	81	7	699	20	31	31	17	1.96
20863571--20863731	75	2.1	75	90	2	261	29	29	14	25	1.95
20863729--20863890	43	3.8	43	80	4	166	19	30	29	20	1.97
20863729--20863891	86	1.9	86	82	2	202	19	30	29	20	1.97
20864036--20864073	14	2.9	13	84	7	51	7	21	42	28	1.81
20870474--20870676	107	1.9	107	79	6	232	20	33	28	17	1.96
20870588--20870858	128	2.1	128	87	1	382	19	32	29	18	1.96
20870734--20871027	85	3.4	85	84	0	372	19	28	30	21	1.98
20871006--20871607	85	7.1	82	76	7	503	18	30	31	19	1.96
20870581--20871490	42	21.4	42	74	8	644	19	30	30	19	1.97
20871125--20871582	169	2.7	168	84	4	458	18	31	31	18	1.95
20872376--20872643	105	2.6	105	91	4	418	18	20	30	30	1.96
20873852--20874607	43	17.8	42	71	7	456	18	29	32	19	1.96
20873866--20874607	85	8.8	84	73	8	337	18	29	32	19	1.96
20873986--20874358	169	2.2	170	84	4	468	17	30	32	18	1.95
20874078--20874652	211	2.7	211	79	5	640	18	29	32	18	1.95
20874290--20874696	126	3.2	125	76	7	383	19	29	32	19	1.96
20874589--20874725	43	3.2	42	80	10	136	18	27	32	21	1.96
20881911--20881972	31	2.0	31	100	0	124	32	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20882352--20882510	85	1.9	85	81	7	198	21	29	28	20	1.98
20882446--20884805	43	55.5	43	68	7	803	20	29	30	19	1.97
20882505--20884515	85	23.6	85	70	7	388	20	29	29	19	1.97
20882365--20882638	128	2.1	128	80	1	334	21	31	29	17	1.96
20882298--20883622	213	6.2	210	74	6	902	20	30	30	19	1.97
20882306--20882937	298	2.1	298	84	1	827	20	30	29	19	1.97
20882660--20883054	128	3.1	127	77	5	395	20	30	29	19	1.97
20883002--20883254	128	2.0	128	86	3	357	22	28	28	20	1.99
20883237--20884600	128	10.7	128	71	7	646	20	29	30	20	1.97
20882747--20884152	682	2.1	681	86	2	1957	20	29	29	20	1.98
20883469--20884047	213	2.7	212	78	1	577	19	30	30	19	1.97
20884549--20884765	42	5.2	41	72	7	141	18	30	32	18	1.95
20884616--20884808	85	2.3	84	81	2	226	20	30	31	18	1.96
20889913--20890335	43	9.9	43	72	7	326	18	29	32	19	1.96
20889913--20890114	85	2.4	85	87	0	278	17	29	34	18	1.94
20889968--20890257	128	2.3	128	84	1	368	18	31	31	18	1.95
20890059--20890336	85	3.3	85	80	4	301	19	30	31	18	1.96
20889913--20890335	213	2.0	213	85	2	582	18	29	32	19	1.96
20898806--20899624	43	19.3	43	72	10	391	20	30	29	19	1.97
20898787--20899664	85	10.3	84	75	5	536	20	30	30	19	1.97
20898806--20899664	127	6.7	127	73	8	562	20	30	30	19	1.97
20898800--20899409	255	2.4	255	80	4	651	20	30	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20911242--20911414	42	4.1	43	81	3	208	15	27	35	21	1.94
20911250--20911406	85	1.8	85	86	2	226	15	26	36	21	1.93
20911242--20911421	85	2.1	85	80	4	211	16	26	34	22	1.95
20911721--20911833	57	2.0	58	89	5	176	30	30	17	20	1.96
20911883--20912408	43	12.6	42	78	9	495	18	27	31	21	1.97
20911891--20912408	85	6.2	85	80	8	564	18	27	31	21	1.97
20911883--20912408	128	4.2	129	78	10	545	18	27	31	21	1.97
20912104--20912170	34	2.0	34	88	8	102	17	31	28	22	1.97
20912061--20912216	76	2.0	77	91	1	251	16	29	33	21	1.95
20911929--20912408	204	2.3	207	87	4	696	18	27	31	22	1.97
20917622--20917932	157	2.0	156	96	0	568	29	19	23	27	1.98
20919739--20919771	15	2.2	15	94	0	57	18	27	33	21	1.96
20924963--20925934	43	22.9	43	72	9	571	19	29	31	19	1.96
20924978--20925176	85	2.3	85	82	5	240	20	30	31	18	1.96
20925015--20926018	128	7.9	126	74	9	549	19	29	31	19	1.97
20925143--20925888	85	8.8	84	78	7	591	19	29	31	19	1.96
20925150--20925888	170	4.4	169	77	6	708	19	30	31	19	1.96
20924963--20925424	213	2.2	213	82	5	558	19	29	32	18	1.96
20925330--20925891	212	2.7	211	77	7	616	20	30	29	19	1.97
20944889--20944942	22	2.5	22	82	11	58	24	5	12	57	1.57
20945096--20945162	31	2.1	32	81	13	77	29	11	26	31	1.92
20945954--20945997	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951618--20953689	43	48.6	42	68	10	493	20	28	31	19	1.97
20951578--20953689	85	24.8	85	71	9	520	20	28	31	19	1.97
20951630--20953648	128	15.8	128	71	9	638	20	28	30	19	1.97
20951577--20953648	298	7.0	298	74	7	1452	20	28	31	19	1.97
20952835--20953680	170	5.0	168	73	8	602	19	29	31	19	1.96
20951618--20953554	213	9.1	209	72	8	1025	20	28	31	19	1.97
20958836--20958924	43	2.1	43	84	0	115	17	30	32	19	1.95
20959395--20959730	43	7.9	43	78	5	290	17	26	33	22	1.96
20959393--20959730	85	4.0	85	79	8	364	17	26	33	22	1.96
20959395--20959730	128	2.6	127	83	1	402	17	26	33	22	1.96
20968416--20968473	24	2.4	24	79	0	71	12	39	31	17	1.86
20968507--20968641	42	3.2	42	70	6	110	19	31	31	17	1.95
20968478--20968683	85	2.4	84	85	4	261	17	30	32	18	1.95
20968661--20969169	85	6.0	85	78	2	484	19	31	31	17	1.96
20968533--20968853	128	2.5	128	82	4	364	18	31	31	18	1.95
20968538--20969161	43	14.7	43	65	10	228	19	31	30	17	1.96
20968478--20968866	213	1.8	213	84	2	530	18	31	31	18	1.95
20968661--20969169	255	2.0	255	79	2	547	19	31	31	17	1.96
20969243--20969402	43	3.7	42	79	8	171	19	28	33	18	1.96
20969243--20969402	86	1.9	86	84	2	214	19	28	33	18	1.96
20975007--20975296	85	3.4	85	85	2	368	19	30	32	18	1.96
20975007--20975771	43	18.0	42	67	9	354	18	30	31	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20975153--20975427	128	2.1	127	82	2	334	19	30	31	18	1.95
20975232--20975969	85	8.7	85	76	4	565	18	29	32	19	1.95
20975068--20975509	213	2.1	213	84	0	569	19	30	31	18	1.95
20975186--20975679	128	3.9	128	73	8	317	18	29	32	19	1.96
20975009--20975596	298	2.0	298	85	1	802	18	30	31	19	1.96
20975068--20975585	213	2.4	213	81	3	542	18	30	32	18	1.95
20975307--20975881	254	2.3	255	85	3	766	18	29	32	19	1.96
20975827--20976005	43	4.2	43	79	7	202	15	26	36	20	1.93
20975826--20975990	86	1.9	86	86	4	235	16	27	35	20	1.94
20982748--20982882	43	3.1	43	88	0	189	15	26	36	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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