genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7944491--7944851	165	2.2	164	92	1	589	29	32	19	18	1.96
7945697--7945730	10	3.4	10	87	0	50	55	2	8	32	1.45
7946360--7946441	30	2.7	30	94	0	137	21	12	24	41	1.87
7947280--7947464	95	1.9	95	91	0	298	30	6	25	37	1.81
7957732--7957878	71	2.1	71	80	2	161	27	21	23	28	1.99
7958797--7958851	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
7958872--7958938	9	7.4	9	85	6	91	26	8	20	43	1.82
7961927--7962062	42	3.2	42	78	6	141	45	17	20	16	1.85
7968457--7968531	23	3.2	23	77	7	96	42	1	13	42	1.52
7968457--7968552	48	2.0	48	100	0	192	39	2	12	45	1.54
7968473--7968552	25	3.3	25	78	7	110	36	2	12	48	1.54
7969719--7969869	51	3.0	50	81	9	180	24	15	25	34	1.95
7969730--7969885	51	3.1	50	83	5	179	25	16	23	33	1.96
7976855--7976932	41	1.9	41	86	0	111	50	15	5	29	1.65
7985150--7985615	228	2.0	230	87	1	668	23	16	19	40	1.91
7986141--7986916	387	2.0	387	97	0	1453	29	15	16	38	1.90
7991024--7991086	31	2.0	31	100	0	126	28	15	19	36	1.92
7992912--7992968	24	2.4	25	79	8	73	47	1	0	50	1.11
7992974--7993018	23	2.0	22	82	4	54	35	2	4	57	1.31
7999779--7999882	52	2.0	50	90	3	163	35	12	14	37	1.84
8015880--8016219	44	7.7	44	76	9	251	30	17	21	30	1.96
8016016--8016144	41	3.1	39	77	14	132	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8016016--8016183	85	2.0	85	89	2	257	30	17	20	30	1.96
8026358--8026400	17	2.6	16	82	17	52	39	0	0	60	0.97
8026946--8026997	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
8029183--8029249	29	2.3	29	79	7	73	31	13	7	47	1.70
8033966--8034012	25	2.0	22	95	4	67	53	4	8	34	1.51
8038052--8038174	57	2.2	57	92	0	210	35	14	27	21	1.93
8039368--8039408	19	2.2	19	86	0	55	31	2	0	65	1.05
8040060--8040112	24	2.2	23	83	6	61	22	3	13	60	1.49
8047373--8047819	44	10.2	44	65	3	155	28	20	25	26	1.99
8047255--8047854	132	4.5	132	93	0	968	28	19	25	26	1.99
8049392--8049461	13	5.5	13	73	18	51	27	2	1	68	1.12
8050858--8050882	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8057999--8058579	61	9.5	61	74	7	426	43	16	7	32	1.75
8058012--8058572	184	3.1	184	92	0	901	43	16	7	32	1.75
8057975--8058572	92	6.5	92	84	1	754	43	16	7	32	1.75
8065820--8065906	10	7.6	11	73	20	72	47	1	4	47	1.30
8071296--8071354	19	3.0	20	82	12	68	42	6	8	42	1.61
8071381--8071424	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
8074658--8074720	25	2.6	24	75	5	63	14	31	17	36	1.90
8094663--8094704	21	2.0	21	95	0	75	38	14	11	35	1.83
8102400--8102479	31	2.6	31	84	9	103	52	11	1	35	1.45
8102793--8102826	16	2.3	14	90	10	50	38	5	2	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8106278--8106320	11	3.7	11	85	11	59	55	0	2	41	1.12
8107346--8107867	226	2.3	227	78	5	529	32	20	22	25	1.98
8107344--8108065	115	6.3	113	75	9	515	32	19	22	24	1.97
8108165--8108248	39	2.2	39	95	0	150	27	3	20	48	1.65
8108293--8108337	21	2.1	22	87	4	65	15	0	44	40	1.47
8110354--8110537	46	4.0	46	95	0	316	32	8	29	28	1.87
8112482--8112556	29	2.6	29	86	0	105	21	18	10	49	1.77
8113507--8113544	13	2.9	13	77	14	51	18	5	31	44	1.72
8113930--8114018	31	2.7	32	80	15	101	21	11	16	50	1.76
8114234--8114369	67	2.0	67	81	5	159	45	5	5	42	1.52
8114386--8114410	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8114390--8114503	52	2.1	55	82	10	139	51	13	0	34	1.47
8114542--8114657	9	12.7	9	79	13	130	47	18	1	31	1.59
8114527--8114685	65	2.4	64	92	2	246	46	21	1	30	1.62
8114573--8114685	38	3.3	36	70	25	109	44	22	1	31	1.63
8114719--8114785	25	2.7	25	85	0	89	43	20	2	32	1.67
8114855--8114986	43	3.1	42	77	8	124	30	18	26	24	1.98
8115751--8115796	22	2.1	22	87	0	65	39	21	28	10	1.87
8129482--8130387	451	2.0	451	96	0	1650	33	12	21	32	1.91
8130840--8130870	13	2.4	13	88	0	53	35	19	6	38	1.77
8133530--8133593	24	2.6	24	95	2	110	40	4	1	53	1.31
8139537--8139649	56	2.0	56	87	0	163	32	6	19	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8145374--8145509	43	3.2	43	64	15	118	26	26	22	25	2.00
8145172--8145523	173	2.0	173	90	2	546	24	25	21	29	1.99
8145172--8145523	86	4.1	87	90	1	530	24	25	21	29	1.99
8147127--8147169	6	7.2	6	86	0	50	13	4	4	76	1.10
8149544--8149587	20	2.1	21	83	4	54	11	22	11	54	1.68
8151427--8151477	26	2.1	23	85	10	66	72	9	9	7	1.28
8158567--8158618	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8159449--8159483	15	2.3	15	90	0	52	74	2	8	14	1.17
8160227--8160362	40	3.3	40	76	11	157	23	22	21	32	1.98
8160200--8160362	84	2.0	83	92	1	272	22	20	23	33	1.97
8160200--8160340	40	3.3	44	75	12	168	23	19	24	33	1.97
8162778--8162897	45	2.7	45	81	2	125	39	15	19	26	1.91
8165147--8165174	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
8169393--8169468	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
8169555--8169583	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8169688--8169726	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8171347--8171399	23	2.3	23	86	0	88	20	18	26	33	1.96
8186204--8186280	38	2.0	38	97	0	145	42	22	12	22	1.87
8188669--8188726	24	2.4	24	88	0	80	46	24	6	22	1.76
8188683--8188755	24	3.0	24	93	0	119	43	23	6	26	1.78
8188786--8188996	27	7.8	27	75	7	133	21	18	21	38	1.93
8188799--8188983	54	3.4	54	79	8	232	22	19	18	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188797--8188996	81	2.5	80	80	12	228	22	19	19	39	1.93
8195672--8195711	21	1.9	21	84	0	53	32	7	5	55	1.50
8195845--8195877	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
8195868--8195900	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
8202796--8202843	24	2.0	24	91	0	78	18	27	18	35	1.95
8208356--8208388	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
8208389--8208429	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
8208511--8208572	30	2.1	30	90	0	97	59	11	3	25	1.46
8210366--8210479	41	2.8	40	81	4	147	39	16	27	16	1.90
8213809--8213863	26	2.1	26	100	0	110	21	18	16	43	1.88
8216151--8216195	24	1.9	23	90	4	72	53	4	2	40	1.33
8227420--8227758	9	36.6	9	66	19	110	62	4	2	29	1.29
8227421--8227603	37	5.1	36	74	14	128	65	4	2	27	1.25
8227483--8227578	28	3.5	28	71	16	76	65	3	3	28	1.23
8227512--8227615	56	1.9	54	82	11	131	64	1	1	31	1.15
8227686--8227761	29	2.6	29	79	4	82	61	7	1	28	1.32
8227456--8227758	19	16.3	19	66	15	91	62	4	2	30	1.31
8228281--8228327	11	4.5	11	87	10	64	25	2	4	68	1.19
8228292--8228332	10	4.1	10	87	6	57	26	2	7	63	1.33
8228779--8228815	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
8234419--8234459	21	2.0	21	95	0	73	29	21	7	41	1.80
8239314--8239354	21	2.0	21	85	0	55	73	2	9	14	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8240685--8240714	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
8243320--8243438	60	2.0	59	83	6	150	39	3	16	40	1.65
8243490--8243634	62	2.4	60	80	15	149	42	6	1	49	1.38
8244962--8244999	8	4.4	9	90	6	53	39	0	2	57	1.12
8244972--8245006	8	4.2	8	96	3	61	45	0	2	51	1.16
8246447--8246490	6	7.0	6	89	5	52	75	0	0	25	0.81
8246447--8246492	7	7.1	7	92	7	64	73	0	0	26	0.83
8247028--8247073	20	2.2	20	88	11	67	43	0	0	56	0.99
8247249--8247313	32	2.0	32	90	0	103	35	16	16	30	1.92
8247632--8247656	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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