genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  57  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16249464--16249501	19	2.0	20	89	5	60	57	0	21	21	1.40
16249464--16249501	20	1.9	19	85	15	51	57	0	21	21	1.40
16250855--16251287	44	9.6	44	73	13	267	31	19	21	27	1.98
16250997--16251381	44	8.9	41	73	9	189	31	18	21	28	1.97
16251085--16251371	85	3.3	84	73	8	306	30	18	21	29	1.97
16250847--16251396	175	3.1	175	87	5	757	32	18	21	28	1.97
16252307--16252338	15	2.1	15	94	0	55	12	3	0	84	0.74
16252309--16252341	8	4.2	8	92	7	50	12	6	0	81	0.85
16257358--16257498	40	3.5	40	76	4	133	39	22	19	19	1.93
16257485--16257812	113	2.8	113	87	4	467	28	22	21	26	1.99
16260509--16260539	16	1.9	16	93	0	53	35	19	6	38	1.77
16263353--16263392	21	1.9	21	94	0	71	35	17	45	2	1.62
16263281--16263473	87	2.2	87	84	5	239	37	17	33	11	1.87
16263779--16264255	43	11.1	43	94	0	828	21	20	27	30	1.98
16265915--16265939	11	2.3	11	100	0	50	40	16	16	28	1.89
16268030--16268081	18	3.1	18	70	13	56	67	3	0	28	1.08
16268218--16268254	17	2.2	17	90	0	56	72	0	0	27	0.84
16268225--16268261	17	2.2	17	90	0	56	72	0	0	27	0.84
16268362--16268427	8	8.6	8	73	18	52	33	4	0	62	1.16
16268366--16268425	29	2.1	29	84	9	79	31	5	0	63	1.16
16269020--16269069	18	2.7	20	72	12	52	64	8	2	26	1.32
16276073--16276115	6	7.2	6	100	0	86	0	67	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16277948--16278017	25	2.8	25	88	0	104	24	22	21	31	1.98
16279154--16279183	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
16284958--16285011	25	2.2	25	82	0	63	24	9	46	20	1.79
16285127--16285173	24	2.1	21	84	11	58	31	4	40	23	1.74
16285146--16285197	24	2.1	24	82	10	61	32	1	40	25	1.67
16286482--16286531	26	1.9	26	87	0	73	20	22	22	36	1.96
16287929--16287976	19	2.5	19	100	0	96	47	35	12	4	1.60
16291051--16291187	50	2.6	50	82	6	157	24	21	29	23	1.99
16291097--16291203	50	2.1	50	84	3	144	28	21	29	19	1.98
16293021--16293203	41	4.5	41	87	0	267	20	19	30	30	1.97
16293021--16293210	82	2.3	82	91	0	317	22	18	30	28	1.97
16293545--16293578	14	2.4	14	85	0	50	20	0	32	47	1.51
16293794--16293827	14	2.4	14	90	0	50	17	0	35	47	1.48
16293748--16293877	68	1.9	70	91	3	219	30	0	21	48	1.50
16293867--16293911	21	2.1	21	84	8	56	28	0	37	33	1.58
16294017--16294065	7	7.0	7	85	0	62	18	2	48	30	1.59
16294021--16294060	21	1.9	21	94	0	71	17	2	47	32	1.61
16300335--16300495	43	3.8	42	80	3	171	23	17	30	28	1.97
16300335--16300495	86	1.9	86	83	5	209	23	17	30	28	1.97
16307457--16307531	37	2.0	37	100	0	150	33	21	8	37	1.83
16307992--16308034	15	3.1	14	80	9	52	69	6	0	23	1.12
16314394--16314427	15	2.2	16	89	5	52	8	11	8	70	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16316955--16317003	23	2.1	23	92	0	80	55	8	18	18	1.67
16318118--16318229	55	2.0	55	89	0	170	18	30	8	41	1.81
16320154--16320229	25	3.0	26	86	5	102	25	26	15	32	1.95
16320190--16320251	24	2.5	25	82	7	65	29	20	20	29	1.98
16320206--16320272	25	2.8	24	81	2	80	32	19	22	25	1.97
16326066--16326099	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
16327064--16327094	16	2.0	16	93	6	55	74	0	0	25	0.82
16327955--16328019	25	2.6	25	92	0	103	23	26	15	35	1.94
16327955--16328034	25	3.2	24	84	8	90	25	25	15	35	1.94
16328002--16328048	24	2.0	24	82	0	58	34	23	14	27	1.94
16330277--16330340	25	2.6	26	85	7	80	31	18	23	26	1.98
16330304--16330353	25	2.0	25	84	0	64	34	16	26	24	1.95
16337564--16337696	50	2.6	51	82	3	171	30	27	18	24	1.98
16339130--16339371	50	4.7	50	80	5	202	26	21	27	23	1.99
16341727--16341786	23	2.6	23	94	2	102	28	31	10	30	1.89
16341799--16341831	17	1.9	17	93	0	57	57	12	9	21	1.62
16352488--16352535	22	2.2	23	81	11	64	41	6	2	50	1.39
16361414--16361467	25	2.1	26	83	10	67	29	3	1	64	1.21
16368979--16369016	18	2.2	17	86	9	51	36	15	2	44	1.61
16376079--16376173	49	1.9	49	91	4	156	43	8	16	31	1.78
16377092--16377120	10	2.9	10	100	0	58	10	10	20	58	1.60
16377853--16377899	23	2.1	22	84	11	60	8	17	6	68	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16379746--16379772	14	1.9	14	100	0	54	44	25	7	22	1.79
16382631--16382656	12	2.2	12	100	0	52	57	15	0	26	1.38
16384518--16384616	23	4.3	23	85	0	144	22	20	26	31	1.98
16384521--16384609	46	1.9	46	95	0	160	21	20	26	31	1.98
16389464--16389498	17	2.0	18	88	5	54	5	22	0	71	1.07
16397229--16397675	27	16.6	27	81	3	436	42	17	20	20	1.90
16397229--16397674	134	3.3	134	82	5	530	42	17	20	20	1.89
16397867--16397942	26	2.9	26	84	0	98	14	23	26	35	1.93
16398010--16398102	28	3.2	28	85	7	123	25	25	20	27	1.99
16405122--16405516	54	7.3	54	80	5	397	42	16	20	21	1.89
16405122--16405516	81	4.9	81	82	3	449	42	16	20	21	1.89
16405122--16405517	27	14.7	27	75	9	310	42	16	19	20	1.89
16405886--16405980	30	3.3	30	79	16	105	24	23	25	27	2.00
16410040--16410122	29	2.9	28	82	5	94	26	15	18	39	1.90
16419515--16419539	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16426240--16426338	20	5.0	19	71	12	74	13	34	20	32	1.91
16426482--16426506	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
16429159--16429241	36	2.4	35	91	4	132	40	2	9	46	1.49
16432066--16432142	38	2.0	39	87	2	111	46	22	2	28	1.65
16434664--16434743	38	2.1	38	90	0	124	61	20	2	16	1.46
16436294--16436347	26	2.2	24	86	6	72	50	1	1	46	1.23
16442048--16442105	24	2.4	25	77	13	68	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16447085--16447264	39	4.6	39	78	4	193	30	5	20	43	1.74
16447086--16447240	78	2.0	78	85	2	213	30	5	20	43	1.75
16455748--16455858	40	2.8	40	84	4	136	31	25	25	18	1.97
16455914--16456155	41	5.9	41	84	3	308	24	23	23	28	2.00
16455950--16456155	82	2.5	82	94	0	358	22	24	23	29	1.99
16456532--16456564	14	2.3	15	89	5	50	33	0	30	36	1.58
16457230--16457263	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
16457389--16457427	19	2.1	19	100	0	78	58	5	5	30	1.41
16457789--16458033	75	3.3	75	95	2	456	43	14	9	32	1.78
16457940--16458263	113	2.8	113	93	5	544	43	14	12	29	1.82
16458168--16458383	76	2.9	76	83	12	279	45	13	8	31	1.75
16458388--16458434	22	2.1	22	84	0	58	23	48	0	27	1.51
16459166--16459191	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16462121--16462146	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
16462189--16462431	43	5.6	43	81	2	256	20	14	31	33	1.93
16462198--16462431	86	2.7	85	84	4	283	19	14	31	33	1.93
16462524--16462567	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
16469360--16469399	21	2.0	20	85	14	55	32	25	2	40	1.69
16476150--16476189	20	2.0	20	100	0	80	45	20	15	20	1.86
16487378--16487573	51	3.9	51	79	4	209	23	16	28	32	1.96
16487382--16487568	101	1.8	102	90	5	308	22	16	27	33	1.95
16487570--16487664	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16495330--16495369	18	2.2	18	100	0	80	10	27	30	32	1.89
16504095--16504234	50	2.8	50	86	5	210	25	24	30	19	1.98
16510798--16510875	40	2.0	40	84	2	104	38	21	16	23	1.93
16511010--16511040	14	2.2	14	94	0	53	19	0	29	51	1.47
16511121--16511167	14	3.4	14	96	0	85	8	0	48	42	1.33
16511114--16511168	21	2.6	19	78	16	56	10	0	45	43	1.39
16512909--16512947	7	6.0	7	82	17	57	0	58	0	41	0.98
16512909--16512947	6	6.2	6	90	3	51	0	58	0	41	0.98
16513007--16513056	25	2.0	25	92	0	82	4	36	4	56	1.37
16515848--16515901	19	2.8	19	80	5	56	38	0	5	55	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190