genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27242851--27242883	6	5.7	6	89	3	50	12	21	15	51	1.75
27254387--27254510	66	1.9	66	86	6	180	27	17	21	33	1.96
27263728--27263756	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27273474--27273512	17	2.4	17	91	4	62	28	0	0	71	0.86
27278234--27278278	20	2.3	20	84	3	56	28	6	6	57	1.50
27282938--27282997	30	2.0	30	96	0	111	35	13	15	36	1.86
27283254--27283297	22	2.0	22	86	4	61	45	13	20	20	1.85
27285386--27285436	20	2.6	19	87	9	75	43	15	13	27	1.85
27292319--27292398	3	26.7	3	97	0	151	68	0	31	0	0.90
27296417--27296491	37	2.0	37	92	0	123	32	17	16	34	1.92
27302214--27302265	20	2.6	20	78	0	59	32	7	15	44	1.75
27302477--27302547	30	2.4	29	83	9	81	36	22	18	22	1.95
27302501--27302559	30	2.0	30	93	0	100	38	23	16	20	1.92
27303523--27303646	32	3.9	32	100	0	248	29	25	8	37	1.84
27304013--27304051	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
27305618--27305847	50	4.6	50	88	0	325	18	30	21	29	1.97
27305562--27305847	150	1.9	147	82	3	349	20	29	21	29	1.98
27305875--27305962	44	2.0	44	93	0	149	25	19	11	44	1.84
27307512--27307649	50	2.6	52	81	9	163	24	31	19	24	1.98
27308673--27308802	50	2.6	50	78	0	143	25	26	20	28	1.99
27311931--27312028	49	2.0	49	97	0	187	28	27	11	32	1.91
27320321--27320357	18	1.9	18	89	10	56	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328324--27328385	27	2.3	27	83	5	72	32	30	14	22	1.94
27333401--27333482	41	2.0	43	85	9	116	26	21	6	45	1.75
27337757--27337883	43	3.0	42	84	3	148	26	14	25	33	1.95
27337810--27337909	43	2.3	44	84	1	130	28	17	24	31	1.97
27341262--27341295	18	1.9	17	94	5	59	50	2	0	47	1.16
27343048--27343089	10	4.3	10	82	17	61	21	19	2	57	1.52
27353649--27353746	42	2.4	42	89	1	153	21	23	26	28	1.99
27353817--27353856	21	1.9	21	89	0	62	27	17	12	42	1.85
27365329--27366449	558	2.0	558	95	0	2039	33	13	21	31	1.92
27367669--27367800	50	2.6	50	80	0	147	28	24	26	21	1.99
27379786--27379827	22	1.9	23	85	9	61	66	7	2	23	1.28
27379961--27380046	28	2.9	30	75	17	90	59	3	1	36	1.22
27380283--27380310	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27380334--27380368	7	5.0	7	89	10	54	74	0	0	25	0.82
27380388--27381152	88	8.7	88	82	3	849	23	25	24	26	2.00
27380560--27381049	44	11.1	44	67	12	236	23	25	25	26	2.00
27380511--27381114	44	13.7	43	66	7	226	23	25	24	26	2.00
27382383--27382420	11	3.5	11	92	3	60	10	5	5	78	1.06
27382494--27382526	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
27383349--27383409	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
27387480--27387571	30	3.1	29	74	12	87	57	5	2	34	1.34
27387592--27387618	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27387720--27387763	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
27387882--27387917	3	12.3	3	94	5	65	66	0	0	33	0.92
27387881--27387963	11	7.5	11	74	14	64	63	3	1	31	1.19
27387882--27387959	20	3.8	21	71	17	65	64	3	1	30	1.20
27388259--27388310	21	2.6	20	90	6	79	34	15	13	36	1.87
27390255--27390320	30	2.2	28	82	12	80	54	1	1	42	1.18
27390255--27390320	28	2.2	30	82	12	84	54	1	1	42	1.18
27390828--27390873	19	2.6	18	80	10	58	73	2	0	23	0.94
27394259--27394437	43	4.2	42	84	4	186	26	22	21	29	1.99
27394275--27394423	43	3.5	43	83	8	189	23	20	23	32	1.98
27394213--27394420	86	2.4	86	84	8	257	28	21	22	27	1.99
27394408--27394492	44	1.9	44	85	2	116	24	20	18	36	1.95
27394855--27394912	21	2.8	21	89	0	89	1	43	20	34	1.62
27394855--27394923	21	3.3	21	82	8	77	2	42	20	34	1.67
27400462--27400712	9	29.8	9	74	12	176	30	2	19	47	1.64
27400451--27400759	25	12.2	25	77	7	252	30	2	18	47	1.62
27400451--27400670	16	13.7	16	71	17	120	30	2	20	46	1.64
27400523--27400711	41	4.8	41	75	15	173	30	2	18	48	1.62
27401003--27401035	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
27402237--27402270	16	2.1	16	88	0	50	35	2	47	14	1.60
27403434--27404232	257	3.0	263	91	3	1297	29	19	19	32	1.96
27404198--27404445	112	2.2	111	80	7	257	30	20	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27404281--27404531	112	2.2	113	83	4	301	30	20	19	29	1.97
27404355--27404594	113	2.1	113	83	2	295	29	20	22	28	1.98
27410650--27410802	6	24.3	6	72	10	83	73	3	4	17	1.15
27410686--27410795	50	2.2	49	95	1	193	75	1	5	17	1.08
27410686--27410802	12	9.5	12	75	7	92	76	2	5	16	1.08
27411263--27411294	16	1.9	17	93	6	57	25	0	0	75	0.81
27411273--27411317	11	4.4	10	84	13	56	22	4	2	71	1.15
27436985--27437239	107	2.4	107	82	5	307	43	19	17	18	1.88
27436974--27437239	27	9.9	26	80	7	266	43	20	16	19	1.88
27444042--27444095	19	2.8	19	91	2	81	22	9	24	44	1.81
27444528--27444606	27	2.9	28	83	7	101	43	18	20	17	1.89
27444956--27445019	28	2.3	28	88	0	92	28	25	18	28	1.98
27453742--27453784	22	2.0	22	85	0	59	16	6	48	27	1.71
27457796--27457887	48	1.9	47	84	2	121	40	20	14	25	1.90
27460176--27460212	17	2.2	17	90	0	56	32	18	5	43	1.73
27468796--27468828	16	2.1	16	88	11	50	42	9	9	39	1.68
27475037--27475081	21	2.1	21	87	4	63	40	22	11	26	1.87
27475050--27475089	21	1.9	21	85	10	55	45	22	10	22	1.82
27482939--27482966	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
27504820--27504863	17	2.8	16	80	10	54	56	13	4	25	1.56
27510573--27510671	42	2.4	42	86	1	128	22	23	30	24	1.99
27514454--27514504	26	1.9	27	92	4	86	25	21	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27520255--27520289	17	2.1	17	88	0	52	68	14	2	14	1.32
27524114--27524138	10	2.5	10	100	0	50	8	20	0	72	1.10
27528570--27528683	27	4.0	27	77	13	129	18	21	28	31	1.97
27528602--27528789	33	5.6	33	70	19	129	19	18	26	35	1.95
27528577--27528711	60	2.2	60	93	0	225	19	20	26	33	1.97
27528658--27528859	75	2.6	77	88	1	309	21	17	27	33	1.96
27528658--27528870	77	2.8	75	87	2	302	22	18	27	31	1.97
27543142--27543286	70	2.1	69	93	1	245	44	9	14	31	1.77
27547086--27547128	20	2.2	20	86	0	59	60	4	2	32	1.30
27565483--27565514	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27565738--27565882	51	2.8	51	79	8	186	32	28	15	22	1.95
27568586--27568692	50	2.1	50	85	0	151	20	29	21	28	1.98
27568597--27568718	50	2.3	52	80	11	140	22	31	20	26	1.98
27575228--27575366	50	2.8	50	82	3	163	20	28	21	28	1.98
27587640--27587748	41	2.7	41	84	1	130	34	13	28	22	1.93
27596160--27596231	29	2.5	29	81	0	72	19	33	29	18	1.95
27596750--27596795	5	9.6	5	82	17	62	80	0	19	0	0.71
27596750--27596795	14	3.2	14	90	9	67	80	0	19	0	0.71
27603212--27603290	32	2.4	32	82	2	95	20	35	24	20	1.96
27603656--27603695	20	2.0	20	90	9	64	82	0	17	0	0.67
27603657--27603685	15	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
27609328--27609434	50	2.1	50	82	3	135	18	33	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27613771--27613845	28	2.7	28	78	0	78	28	25	16	30	1.96
27615280--27615344	29	2.2	31	84	15	84	43	1	9	46	1.45
27618347--27618512	72	2.3	72	97	1	316	35	12	15	37	1.84
27620623--27620711	44	2.0	44	100	0	178	35	28	8	26	1.87
27622883--27622911	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
27626554--27626666	27	4.1	28	81	4	90	23	18	17	40	1.91
27657414--27657457	20	2.2	20	87	0	61	38	0	25	36	1.56
27667822--27667857	18	1.9	19	88	5	56	38	16	8	36	1.79
27673411--27673460	18	2.9	16	85	11	64	26	32	0	42	1.56
27688406--27688439	18	1.9	17	94	5	59	73	0	8	17	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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