genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8918408--8918450	10	4.4	10	80	16	54	39	2	0	58	1.11
8918577--8918605	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8922717--8922747	16	1.9	16	100	0	62	58	16	25	0	1.38
8922717--8922754	16	2.5	15	91	8	60	60	15	23	0	1.35
8931868--8931974	32	3.3	32	82	7	110	20	37	22	19	1.94
8935129--8935209	30	2.6	31	86	3	110	20	30	11	37	1.88
8935206--8935230	12	2.1	12	100	0	50	56	28	0	16	1.41
8937398--8937425	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8939214--8939789	45	12.8	45	75	5	504	26	22	18	31	1.97
8939167--8939789	89	7.0	87	86	5	773	26	22	17	32	1.97
8940890--8941001	42	2.7	42	90	0	161	28	26	11	33	1.91
8941084--8941116	13	2.3	15	85	15	52	12	15	0	72	1.12
8941084--8941116	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
8943944--8943985	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
8947978--8948030	14	3.8	14	78	9	54	28	32	18	20	1.97
8947983--8948030	21	2.3	21	85	0	60	29	31	18	20	1.97
8951544--8951585	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8951877--8951913	15	2.5	15	86	0	56	45	0	0	54	1.00
8953157--8953195	19	2.0	20	90	10	62	48	5	0	46	1.24
8959552--8959589	16	2.4	16	90	0	58	65	10	5	18	1.41
8959706--8959755	17	2.9	18	79	8	59	46	10	14	30	1.77
8960987--8961046	25	2.4	25	83	5	77	48	16	10	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8963287--8963320	17	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
8971309--8971361	25	2.1	25	92	0	88	41	15	7	35	1.75
8976102--8976147	23	2.0	23	91	0	74	17	17	10	54	1.70
8977883--8978055	58	3.0	59	82	10	189	45	1	2	50	1.27
8978133--8978228	44	2.1	46	84	7	126	35	23	6	34	1.80
8978210--8978276	16	4.2	16	90	0	107	26	29	4	38	1.76
8980227--8980309	40	2.0	40	80	15	91	53	2	4	39	1.35
8980353--8980393	21	1.9	22	90	5	66	75	2	21	0	0.92
8987711--8987754	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
8989024--8989095	8	8.8	8	90	6	117	79	9	0	11	0.95
8989023--8989095	25	2.9	25	92	6	121	79	9	0	10	0.94
8989024--8989095	17	4.4	17	96	3	130	79	9	0	11	0.95
8989982--8990031	16	3.4	14	78	13	55	72	0	14	14	1.14
8989982--8990031	22	2.2	23	86	10	68	72	0	14	14	1.14
8991206--8992047	339	2.5	341	94	1	1492	29	21	23	25	1.99
8991206--8992047	85	9.9	85	95	0	1461	29	21	23	25	1.99
8992104--8992909	44	18.7	43	71	12	467	30	18	21	29	1.97
8992056--8992909	129	6.6	129	95	0	1447	30	18	21	29	1.97
8995583--8995988	109	3.7	110	88	4	599	30	16	19	33	1.95
8997569--8997609	17	2.3	18	83	4	57	2	19	2	75	1.03
8999633--8999684	19	2.6	19	84	6	59	15	3	5	75	1.14
8999641--8999684	10	4.4	10	80	11	54	15	2	4	77	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9000433--9000556	48	2.6	48	86	0	167	19	54	13	12	1.70
9000432--9000557	24	5.2	24	66	14	71	19	54	13	12	1.70
9011083--9011122	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
9011068--9011134	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
9013695--9013757	27	2.2	30	86	8	87	19	50	11	19	1.76
9018151--9018348	98	2.0	98	95	1	353	28	13	17	40	1.87
9020503--9020609	21	5.2	21	80	6	112	45	17	22	14	1.84
9028086--9028178	41	2.3	40	80	10	109	24	7	1	66	1.24
9028389--9028441	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
9029407--9029544	72	1.9	72	98	0	267	42	2	10	44	1.53
9029638--9029996	178	2.0	180	89	1	551	35	9	6	47	1.62
9032994--9033032	20	2.0	20	84	0	51	33	0	7	58	1.26
9035546--9035576	7	4.4	7	95	0	53	29	0	0	70	0.87
9037879--9037925	24	2.0	24	87	4	69	29	0	8	61	1.25
9071158--9071235	41	1.9	41	94	0	138	32	6	12	48	1.67
9072621--9072648	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
9073065--9073133	35	2.0	35	100	0	138	52	8	15	23	1.71
9075306--9075341	17	2.1	17	94	0	63	63	5	2	27	1.30
9077070--9077340	44	6.3	42	68	16	162	23	19	23	32	1.97
9077100--9077436	128	2.6	128	92	0	550	24	21	21	32	1.98
9077443--9078545	50	22.1	50	70	3	671	25	22	22	30	1.99
9077445--9078370	100	9.3	100	88	1	1324	24	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9077445--9078370	299	3.1	298	91	1	1471	24	22	23	30	1.99
9078611--9078775	43	3.8	43	83	4	206	31	26	15	26	1.95
9078611--9078798	87	2.1	88	91	0	297	29	27	14	27	1.96
9078611--9078916	44	7.0	43	75	3	261	29	26	16	27	1.96
9078639--9078910	87	3.1	86	83	5	296	31	26	15	26	1.96
9080320--9080400	8	9.8	8	79	10	74	2	3	14	79	0.98
9080320--9080400	23	3.2	24	81	10	83	2	3	14	79	0.98
9083819--9083854	17	2.1	17	89	0	54	61	5	2	30	1.33
9086068--9086108	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
9086146--9086227	41	2.0	41	95	0	146	29	8	14	47	1.74
9088889--9089118	109	2.1	107	88	1	334	32	15	19	33	1.93
9090320--9090362	11	3.9	11	81	0	59	11	51	20	16	1.75
9090315--9090360	22	2.1	22	95	0	83	10	54	21	13	1.69
9094765--9094997	78	3.0	77	80	7	251	15	18	17	48	1.81
9104727--9104788	32	1.9	32	87	6	90	46	12	17	22	1.82
9105689--9105714	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
9105916--9105954	20	1.9	21	84	5	53	30	0	5	64	1.15
9106908--9106932	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9107519--9107561	18	2.4	18	88	0	59	20	30	9	39	1.84
9111070--9111464	127	3.1	126	89	3	591	29	17	15	36	1.91
9111535--9111634	34	3.0	33	82	4	119	47	16	0	37	1.47
9118035--9118078	19	2.4	18	85	14	63	25	0	2	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9124125--9124159	17	2.1	18	89	10	56	48	0	8	42	1.33
9125104--9125291	51	3.7	51	78	8	177	26	14	25	33	1.94
9134155--9134260	56	1.9	56	94	0	185	50	14	13	21	1.76
9137294--9137353	27	2.2	27	90	0	93	26	18	35	20	1.95
9137771--9137810	16	2.7	15	85	11	55	42	5	0	52	1.23
9137768--9137814	16	3.0	16	78	9	53	42	6	0	51	1.27
9144131--9144157	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
9154344--9154379	16	2.3	16	90	4	56	58	5	13	22	1.56
9158205--9158238	17	1.9	18	94	5	61	20	23	0	55	1.43
9159949--9159986	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
9164791--9164844	24	2.2	24	90	0	81	37	12	20	29	1.90
9165118--9165551	44	9.9	44	65	12	167	29	20	24	25	1.99
9165120--9165434	132	2.4	133	90	1	481	29	20	23	26	1.99
9165245--9165672	220	1.9	220	90	0	676	28	20	24	26	1.99
9165472--9165658	44	4.2	44	72	8	137	26	18	26	29	1.98
9169730--9169770	21	2.0	21	85	0	55	36	7	9	46	1.65
9174005--9174062	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
9175194--9175227	17	1.9	18	88	5	52	26	5	11	55	1.58
9182419--9182470	22	2.4	22	80	6	61	36	11	19	32	1.87
9183233--9183401	28	6.0	28	77	5	169	18	14	7	59	1.58
9183254--9183401	57	2.6	56	85	5	190	20	13	6	60	1.54
9183234--9183422	28	6.7	27	77	10	155	19	15	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9183326--9183442	56	2.1	56	80	3	128	22	13	4	59	1.51
9189882--9189934	27	2.0	27	88	7	81	39	7	11	41	1.69
9190956--9190985	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
9192022--9192070	25	2.0	25	84	8	64	48	0	4	46	1.20
9195350--9195374	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9197058--9197128	33	2.3	30	86	13	92	60	11	9	18	1.57
9202376--9202647	75	3.6	75	84	2	350	20	22	21	34	1.97
9204950--9205000	25	2.1	24	85	10	68	29	5	5	58	1.45
9211584--9211629	24	1.9	24	90	0	74	26	10	19	43	1.84
9215355--9215392	13	3.0	13	82	17	53	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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