genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20507665--20507705	3	13.7	3	90	10	66	29	0	2	68	1.03
20509665--20509853	101	1.8	101	88	5	290	26	16	26	29	1.97
20512042--20512075	16	2.1	17	88	5	52	50	35	2	11	1.54
20513235--20513467	127	1.8	126	81	7	290	34	11	17	36	1.86
20515233--20515872	127	5.0	126	91	1	992	23	21	22	32	1.98
20515232--20515872	83	7.6	84	70	12	307	23	21	22	32	1.98
20516485--20516680	108	1.8	108	87	4	297	46	10	16	26	1.78
20527608--20527813	103	2.0	103	90	1	324	33	18	7	39	1.80
20534844--20534980	40	3.4	40	88	3	204	29	22	19	27	1.98
20536629--20536670	20	2.1	20	100	0	84	30	30	14	23	1.94
20545997--20546124	45	2.8	45	90	0	193	34	19	21	24	1.96
20549657--20549720	17	3.6	17	74	15	67	46	12	12	28	1.78
20549660--20549728	36	1.9	36	93	0	120	46	14	13	26	1.81
20550706--20550772	32	2.2	31	78	10	75	40	2	10	46	1.53
20558163--20558347	96	1.9	96	87	0	271	31	17	16	34	1.92
20561505--20561572	30	2.3	30	92	0	109	50	1	5	42	1.35
20568235--20568297	30	2.1	30	93	0	108	47	15	14	22	1.81
20589033--20589061	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
20592829--20593960	44	24.8	44	73	11	595	30	19	22	27	1.98
20592875--20593052	96	1.9	96	84	0	239	32	17	22	28	1.96
20593278--20593958	89	7.6	89	79	5	703	30	18	23	27	1.98
20593296--20594043	360	2.1	360	97	0	1397	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20593903--20593996	44	2.1	44	80	3	109	34	18	22	25	1.96
20598150--20598206	28	2.1	27	93	6	98	54	38	0	7	1.28
20601891--20602056	45	3.7	45	78	4	158	25	16	25	31	1.97
20606578--20606614	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
20607330--20607424	48	2.0	48	87	0	136	42	21	14	22	1.89
20607650--20607722	36	2.0	36	91	0	119	41	16	9	32	1.81
20612468--20612563	48	2.0	48	89	0	147	40	20	17	20	1.91
20612788--20612860	36	2.0	36	91	0	119	41	16	8	34	1.78
20613905--20613938	9	3.9	9	84	7	52	67	0	0	32	0.91
20616534--20616565	15	2.0	17	88	11	50	28	25	0	46	1.53
20617034--20617283	38	6.6	38	85	0	311	45	26	16	12	1.83
20617054--20617283	76	3.0	76	91	0	352	44	24	16	13	1.85
20617043--20617283	114	2.1	114	88	3	351	44	25	16	13	1.84
20623004--20623232	38	6.0	38	82	1	262	44	20	16	18	1.87
20623002--20623217	114	1.9	114	87	3	319	43	20	16	18	1.87
20629283--20629327	23	2.0	23	81	0	54	66	4	2	26	1.22
20630754--20630936	50	3.7	50	87	0	231	24	19	22	34	1.96
20631044--20631660	44	13.1	44	65	19	223	27	20	18	33	1.96
20631012--20631772	142	5.4	142	94	0	1315	27	20	18	33	1.96
20633023--20633111	42	2.1	42	95	0	160	33	30	11	24	1.90
20644131--20644175	23	2.0	23	81	0	54	66	4	2	26	1.22
20661931--20661963	17	1.9	17	88	11	50	51	18	0	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20665425--20665479	21	2.5	21	82	5	56	65	5	0	29	1.15
20665445--20665530	17	4.8	17	70	24	52	63	1	4	30	1.21
20665500--20665537	9	4.3	9	83	6	51	68	0	0	31	0.90
20669685--20669716	15	2.0	17	88	11	50	28	25	0	46	1.53
20670200--20670460	114	2.3	114	84	4	330	43	22	16	18	1.88
20670200--20670471	38	7.2	38	81	2	269	44	22	16	17	1.87
20674368--20674409	21	2.0	21	85	4	57	59	0	16	23	1.37
20674870--20674939	34	2.1	34	91	5	115	35	32	5	25	1.80
20675658--20675692	11	3.2	11	88	12	54	14	28	8	48	1.73
20676133--20676399	38	7.0	38	84	1	266	44	22	17	15	1.86
20684705--20684820	27	4.3	27	93	1	198	17	18	22	41	1.90
20687690--20687734	19	2.3	20	78	17	51	33	2	2	62	1.20
20702073--20702213	50	2.8	50	82	0	147	27	21	27	23	1.99
20702771--20702805	5	6.8	5	87	6	52	37	0	2	60	1.12
20703775--20703826	25	2.1	25	85	7	70	17	25	21	36	1.94
20703793--20703868	22	3.3	22	76	12	73	17	27	17	38	1.91
20707462--20707496	5	6.8	5	93	6	61	40	0	0	60	0.97
20708462--20708519	25	2.3	25	87	0	80	18	22	20	37	1.94
20708505--20708562	22	2.7	22	72	2	64	15	25	18	39	1.91
20709433--20709471	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
20716811--20717770	50	19.2	50	88	1	1379	22	31	21	25	1.98
20724622--20724671	27	1.9	27	88	8	77	56	18	0	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20724857--20724987	50	2.6	51	84	4	176	38	12	14	35	1.84
20725485--20725538	10	5.0	11	76	17	51	27	0	1	70	0.98
20725982--20726022	14	3.0	14	82	7	57	24	0	4	70	1.06
20728754--20728896	49	2.9	48	82	5	178	30	21	27	20	1.98
20729030--20729077	25	1.9	25	95	0	87	50	12	16	20	1.78
20729148--20729186	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
20729149--20729197	20	2.5	20	86	3	73	59	6	22	12	1.55
20742259--20742364	43	2.5	43	84	6	135	35	25	16	21	1.95
20742302--20742431	67	1.9	68	82	4	165	30	26	18	24	1.98
20742366--20742473	41	2.6	41	95	0	189	20	28	21	29	1.98
20749978--20750009	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
20750238--20750427	51	3.8	52	80	8	205	30	26	17	25	1.98
20750236--20750419	101	1.8	101	87	4	273	30	25	18	25	1.98
20750231--20750453	101	2.2	102	80	6	249	29	26	17	26	1.97
20752871--20752914	21	2.1	21	87	8	63	61	2	0	36	1.09
20752869--20752922	17	2.9	19	75	20	51	62	1	1	33	1.16
20761525--20761567	21	2.0	21	86	8	61	62	2	0	34	1.08
20767575--20767619	18	2.5	17	82	13	54	24	4	0	71	1.05
20769277--20769348	36	2.0	36	83	0	90	25	20	30	23	1.99
20769451--20769565	39	3.0	39	92	1	187	29	7	11	51	1.66
20776975--20777158	101	1.8	101	84	4	255	24	19	26	29	1.98
20776971--20777156	50	3.7	49	71	11	153	24	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20777167--20777255	45	2.0	45	95	0	160	24	15	24	34	1.95
20779422--20779472	24	2.1	25	88	3	77	35	7	9	47	1.66
20785132--20785344	70	3.0	71	83	2	293	30	16	16	35	1.92
20790766--20790942	43	4.1	43	82	5	223	19	37	27	15	1.92
20790766--20791129	86	4.3	86	74	6	240	20	34	27	18	1.96
20790916--20791113	43	4.6	43	71	8	143	18	31	29	20	1.96
20791495--20791989	85	5.8	85	72	8	310	19	31	29	20	1.97
20791457--20791901	43	10.4	43	70	10	170	18	31	29	20	1.96
20791538--20791989	43	10.6	42	68	15	128	19	32	28	19	1.96
20791420--20791939	256	2.0	255	83	3	627	19	32	28	19	1.96
20791996--20792137	43	3.3	42	73	11	128	19	32	28	19	1.96
20791854--20792149	152	1.9	152	88	1	441	20	32	27	19	1.97
20791996--20792193	85	2.3	84	85	1	261	20	32	27	18	1.96
20791759--20792193	237	1.8	237	82	2	550	20	31	28	19	1.97
20793540--20793581	22	1.9	22	90	0	66	23	16	26	33	1.96
20796547--20796692	43	3.4	42	80	5	121	19	27	30	23	1.98
20796705--20796864	75	2.1	75	88	0	230	24	16	29	30	1.96
20805835--20805905	36	2.0	36	86	2	99	30	25	7	36	1.83
20809620--20809736	43	2.7	43	81	2	137	17	35	26	21	1.95
20809776--20811132	43	31.9	42	68	9	539	18	30	30	20	1.97
20809771--20809974	85	2.4	84	81	4	241	17	29	31	21	1.96
20809987--20811139	85	13.5	85	71	10	528	19	30	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20810247--20810557	171	1.8	171	82	1	408	17	29	30	21	1.96
20810593--20811000	128	3.2	127	77	6	382	19	30	30	19	1.96
20810813--20811084	128	2.1	128	81	4	316	18	33	28	19	1.95
20810616--20811147	213	2.5	213	76	3	473	19	31	29	19	1.96
20811423--20811554	43	3.1	42	79	8	117	20	31	28	19	1.97
20811487--20811606	43	2.8	42	83	9	152	19	31	34	15	1.92
20811604--20811761	75	2.1	75	93	0	271	23	17	29	29	1.97
20811949--20811994	25	1.9	24	86	8	67	39	17	19	23	1.92
20821929--20823601	43	39.2	42	68	14	365	20	31	28	20	1.97
20822314--20822398	42	2.0	42	84	6	111	20	30	27	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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