genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  74  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21236385--21236607	60	3.7	59	70	13	152	37	13	25	23	1.91
21236566--21236637	30	2.4	30	85	0	90	40	15	23	20	1.91
21236449--21236638	90	2.1	90	84	4	242	37	14	25	22	1.92
21237725--21237813	42	2.1	42	81	4	99	19	15	38	26	1.92
21238711--21238769	25	2.4	25	97	0	109	49	27	5	18	1.68
21242835--21242866	16	2.0	16	100	0	64	25	18	0	56	1.42
21243350--21243393	19	2.3	19	88	4	70	52	25	0	22	1.48
21243992--21244137	75	1.9	75	80	2	168	45	12	13	28	1.80
21244255--21244416	75	2.2	75	80	6	184	49	12	11	25	1.75
21243885--21244405	268	1.9	268	98	0	1006	46	13	11	28	1.78
21247626--21247665	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21250781--21251105	163	2.0	163	100	0	650	35	9	17	38	1.82
21256556--21256600	12	3.8	12	81	0	54	15	35	22	26	1.94
21259774--21259838	33	2.0	33	100	0	130	38	18	15	27	1.91
21260165--21260195	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
21264610--21264665	21	2.8	20	79	12	62	57	1	3	37	1.27
21265171--21265331	80	2.0	80	98	0	313	25	27	12	34	1.92
21270599--21270660	20	3.1	19	78	17	63	35	12	27	24	1.92
21274899--21274966	27	2.6	27	86	4	95	30	11	10	47	1.74
21275111--21275147	6	6.2	6	87	0	56	16	21	0	62	1.33
21275111--21275147	18	2.1	18	100	0	74	16	21	0	62	1.33
21276160--21276287	44	2.9	43	78	7	139	64	6	1	27	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21276182--21276214	17	2.0	16	94	5	57	60	0	3	36	1.12
21276236--21276321	26	3.4	25	82	4	109	67	4	2	25	1.22
21276236--21276322	25	3.4	25	80	3	102	66	4	2	26	1.23
21276160--21276475	46	6.9	46	71	19	191	63	3	3	29	1.29
21276346--21276478	26	5.6	24	70	15	89	64	2	4	28	1.25
21276344--21276472	69	1.9	69	82	9	165	64	2	4	28	1.26
21276346--21276484	24	5.8	24	68	21	87	62	2	5	29	1.30
21278111--21278954	44	18.7	44	72	11	381	28	20	20	30	1.98
21278146--21278592	185	2.5	181	79	7	444	26	19	21	32	1.97
21278559--21278953	181	2.2	180	84	3	506	29	22	18	29	1.98
21278603--21278952	89	3.9	89	72	11	266	29	22	18	29	1.97
21278784--21278952	43	3.8	43	78	5	142	31	23	17	27	1.97
21281887--21281930	14	3.2	14	77	6	54	63	4	0	31	1.14
21281871--21282129	25	10.3	26	73	17	165	63	4	3	28	1.30
21281871--21282129	26	10.3	25	74	16	207	63	4	3	28	1.30
21281872--21282138	50	5.4	49	77	14	246	62	4	4	29	1.32
21282280--21282322	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
21284541--21284733	50	3.8	50	87	0	269	25	23	30	20	1.99
21288440--21288506	25	2.6	25	81	13	82	16	7	1	74	1.11
21290725--21290799	34	2.2	34	97	0	141	56	13	2	28	1.51
21291817--21291972	69	2.3	69	82	4	190	23	24	16	35	1.95
21296315--21296443	43	3.0	43	75	4	125	32	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21301009--21301125	43	2.7	43	82	5	155	23	17	25	33	1.96
21301271--21301303	15	2.1	16	94	5	59	36	0	21	42	1.53
21302845--21303002	41	3.9	41	89	3	239	24	27	19	29	1.98
21304698--21304722	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
21306206--21306275	11	6.0	11	75	18	70	37	22	8	31	1.85
21306206--21306275	24	3.0	24	73	19	76	37	22	8	31	1.85
21310479--21310556	41	1.9	41	94	0	138	21	29	19	29	1.98
21311851--21311875	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
21314802--21314859	15	3.7	15	73	11	53	55	5	1	37	1.33
21315879--21315913	4	8.2	4	90	9	52	22	0	5	71	1.07
21320942--21320978	17	2.2	17	90	4	58	54	0	0	45	1.00
21329015--21329044	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
21329016--21329047	15	2.1	15	100	0	64	68	6	0	25	1.12
21329789--21330706	45	20.4	45	84	1	1167	28	24	18	28	1.98
21336598--21336688	33	2.7	33	93	1	146	29	27	24	18	1.98
21336667--21336744	27	2.9	27	98	0	147	29	30	23	16	1.96
21336695--21336951	102	2.5	102	91	0	415	32	27	18	21	1.97
21344116--21344377	33	7.7	33	69	21	143	20	20	27	30	1.98
21344111--21344341	102	2.3	102	93	0	399	20	19	28	30	1.97
21346936--21346970	16	2.2	16	89	0	52	42	22	17	17	1.88
21348866--21348895	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
21350911--21350959	24	2.0	24	100	0	98	34	16	12	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21361908--21361941	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
21362811--21362844	11	3.1	11	100	0	68	35	11	8	44	1.72
21370983--21371152	30	5.7	30	76	13	125	22	25	11	40	1.88
21370971--21371183	90	2.4	88	82	5	239	22	24	13	39	1.90
21370971--21371179	60	3.5	60	72	7	208	22	24	12	39	1.89
21376870--21376909	21	1.9	21	89	0	62	40	10	12	37	1.77
21377979--21378068	20	4.5	20	80	9	94	32	6	13	47	1.68
21378398--21378434	18	2.1	18	89	0	56	40	0	2	56	1.13
21378422--21378463	21	2.0	21	90	4	68	35	2	4	57	1.33
21391090--21391127	18	2.1	18	100	0	76	57	0	18	23	1.40
21392809--21392920	27	4.1	27	84	7	156	44	18	14	22	1.86
21392818--21392923	55	2.0	53	87	7	151	44	19	15	20	1.87
21393106--21393209	26	4.0	26	73	0	82	18	18	22	41	1.90
21393323--21393425	30	3.5	29	82	2	118	22	27	24	26	2.00
21403870--21403908	18	2.1	19	85	4	53	33	2	2	61	1.23
21405765--21405810	23	2.0	23	100	0	92	39	4	17	39	1.69
21415164--21415202	14	2.8	14	96	0	69	7	12	12	66	1.43
21415775--21415943	27	6.3	27	86	1	214	44	19	17	17	1.86
21415775--21415943	54	3.1	54	88	0	248	44	19	17	17	1.86
21415775--21415925	81	1.9	81	90	0	239	45	21	17	15	1.85
21416341--21416407	28	2.4	28	84	0	89	23	22	25	28	1.99
21418341--21418385	18	2.5	18	88	0	63	35	20	6	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21419475--21419505	14	2.2	14	94	0	53	45	3	6	45	1.45
21426335--21426383	10	4.8	10	79	20	57	30	2	6	61	1.32
21430355--21430645	50	5.7	50	85	2	341	26	23	29	20	1.99
21436053--21436096	5	8.2	5	80	14	52	79	2	18	0	0.83
21436051--21436096	11	4.2	11	84	15	60	78	2	19	0	0.86
21436053--21436096	16	2.7	16	89	3	61	79	2	18	0	0.83
21437382--21437428	25	2.0	23	84	16	60	8	27	4	59	1.45
21448753--21448794	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
21449309--21449350	21	2.0	20	86	13	59	21	47	9	21	1.79
21452385--21452433	22	2.3	22	82	3	64	36	2	4	57	1.30
21453273--21453311	19	2.1	19	90	4	62	38	2	5	53	1.37
21461894--21461965	34	2.1	34	82	5	83	41	19	9	29	1.83
21462150--21462350	41	4.9	41	91	0	321	21	29	19	29	1.98
21462466--21462645	64	2.8	63	89	6	251	41	17	7	33	1.78
21466890--21466923	15	2.3	15	90	10	52	38	17	5	38	1.74
21467485--21467531	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
21469068--21469136	13	5.1	13	81	13	77	78	1	17	2	0.95
21470159--21470205	15	3.1	15	84	9	60	70	0	17	12	1.17
21470235--21470274	12	3.3	12	82	0	53	60	2	22	15	1.47
21472147--21472193	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
21475273--21475300	6	4.7	6	100	0	56	35	50	0	14	1.43
21485516--21485542	10	2.7	10	100	0	54	55	22	0	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21485590--21485631	20	2.1	20	86	0	57	57	21	0	21	1.41
21485590--21485618	10	2.9	10	100	0	58	58	20	0	20	1.39
21485718--21485791	34	2.2	34	90	4	114	54	10	5	29	1.57
21487216--21487269	22	2.5	22	78	3	65	25	20	16	37	1.93
21487275--21487419	62	2.3	62	78	0	173	28	22	13	35	1.92
21489327--21489376	11	4.5	11	82	7	66	22	30	2	46	1.63
21489323--21489376	22	2.5	22	85	11	76	22	27	1	48	1.61
21490583--21490615	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
21491801--21491839	7	5.7	7	85	14	55	46	0	0	53	1.00
21491866--21492107	21	11.5	21	89	6	373	44	31	0	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190