genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17144634--17144678	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
17144811--17144848	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
17152419--17152450	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
17152426--17152450	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
17152417--17152450	18	1.9	17	94	5	59	82	0	0	17	0.67
17167471--17167514	22	2.0	22	95	0	79	18	11	18	52	1.74
17168039--17168070	14	2.1	16	88	11	50	25	0	6	68	1.12
17172739--17172770	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
17172865--17173107	50	4.8	50	91	0	378	25	22	31	20	1.98
17177991--17178258	141	1.9	141	82	5	335	30	19	20	29	1.97
17196693--17196717	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
17203716--17203939	27	8.4	27	75	5	195	37	19	19	23	1.95
17203719--17203919	80	2.5	81	78	7	203	37	19	18	23	1.94
17203717--17203920	107	1.9	108	85	3	286	37	19	18	24	1.94
17203958--17204054	24	4.0	24	83	0	104	24	9	20	45	1.80
17203985--17204066	24	3.4	24	84	0	101	24	8	19	47	1.77
17204140--17204192	27	2.0	27	82	14	65	20	26	20	32	1.98
17204148--17204200	27	2.0	27	81	7	63	24	24	18	32	1.97
17204241--17204327	32	2.7	32	83	0	102	20	20	21	36	1.95
17206081--17206126	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
17206962--17207005	22	2.0	23	90	4	72	59	4	0	36	1.18
17209937--17209998	28	2.2	29	88	2	90	66	8	4	20	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17209990--17210031	12	3.8	11	78	12	50	78	0	14	7	0.95
17209996--17210028	12	2.9	12	86	13	52	75	0	18	6	1.00
17214674--17214711	15	2.4	16	86	4	51	44	28	2	23	1.67
17218029--17218138	41	2.7	41	73	9	107	60	14	1	22	1.43
17218539--17218592	25	2.2	25	83	6	65	61	11	0	27	1.30
17229049--17229074	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
17229795--17229854	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
17229959--17230021	30	2.1	30	81	0	72	42	0	38	19	1.51
17232486--17232601	43	2.7	43	79	9	148	20	15	27	36	1.93
17253619--17253643	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
17255585--17255788	59	3.4	59	93	0	354	32	5	9	52	1.56
17258267--17258386	62	1.9	62	98	0	231	37	6	15	40	1.74
17266251--17266470	40	5.5	40	85	0	280	16	28	18	36	1.93
17266267--17266451	20	9.2	20	64	9	81	15	28	18	37	1.92
17281506--17281623	58	2.0	58	95	0	209	31	11	19	38	1.87
17289524--17289574	26	1.9	26	88	4	75	35	1	7	54	1.40
17293276--17293313	19	2.0	20	89	5	60	39	5	13	42	1.66
17301678--17301838	88	1.8	88	84	0	223	28	18	23	29	1.97
17307220--17307261	5	8.4	5	84	10	50	16	0	4	78	0.91
17307222--17307255	16	2.1	16	88	0	50	11	0	5	82	0.83
17308685--17308755	36	2.0	36	97	0	133	33	14	15	36	1.87
17310291--17310318	11	2.5	11	100	0	56	39	17	0	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17315094--17315150	28	2.0	28	89	0	87	28	29	22	19	1.98
17315276--17315371	26	3.7	26	84	0	120	42	19	20	16	1.89
17315636--17315724	27	3.3	27	93	0	151	17	15	22	43	1.87
17326768--17327305	50	10.6	50	81	7	546	23	29	19	27	1.98
17327233--17327325	48	1.9	48	82	0	114	24	27	21	25	1.99
17330111--17330169	30	1.9	31	86	3	84	30	18	3	47	1.65
17332395--17332428	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
17332492--17332550	30	2.0	30	83	3	75	47	8	8	35	1.64
17338842--17338959	59	2.0	59	100	0	236	52	11	6	28	1.63
17344187--17344377	50	3.9	49	76	3	159	28	21	28	20	1.99
17344579--17344627	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
17346867--17346920	27	2.0	27	100	0	108	18	29	18	33	1.95
17354080--17354155	33	2.3	32	86	6	109	23	25	26	25	2.00
17367014--17367063	19	2.6	19	96	0	91	38	12	14	36	1.83
17367400--17367435	3	12.0	3	88	11	56	33	0	2	63	1.08
17367392--17367435	12	3.5	13	87	12	65	34	0	4	61	1.16
17367563--17367606	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
17367749--17367827	30	2.6	31	76	15	83	32	2	6	58	1.37
17372625--17372657	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
17373984--17374288	88	3.5	88	75	5	296	26	24	25	22	2.00
17374543--17374658	44	2.6	45	84	2	155	31	20	21	25	1.98
17375101--17375169	19	3.5	19	84	7	102	42	13	11	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17375507--17375554	3	16.0	3	91	8	80	33	0	2	64	1.05
17375499--17375549	15	3.5	15	89	10	79	33	0	3	62	1.13
17375684--17375727	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
17375966--17376014	18	2.7	18	69	12	55	30	2	2	65	1.15
17398043--17398068	11	2.4	11	100	0	52	34	11	7	46	1.69
17398005--17398121	56	2.2	49	85	10	144	30	13	10	45	1.77
17401435--17401538	49	2.1	49	87	3	147	34	7	8	49	1.62
17402698--17403153	222	2.0	222	95	0	822	37	6	9	46	1.62
17403368--17403460	45	2.1	44	86	9	127	36	23	5	34	1.78
17403442--17403481	16	2.5	16	87	0	62	30	27	5	37	1.78
17416878--17416932	23	2.4	23	90	3	85	49	16	18	16	1.81
17426007--17426171	18	9.7	17	68	19	87	47	2	8	41	1.47
17426007--17426132	51	2.5	51	88	2	173	46	2	8	42	1.47
17426091--17426147	15	3.6	15	70	21	53	43	1	5	49	1.35
17426076--17426165	33	2.7	33	92	0	153	45	2	8	43	1.47
17426023--17426196	84	2.1	83	84	5	226	48	2	8	40	1.46
17426182--17426278	19	5.1	19	69	16	74	57	3	2	37	1.26
17426249--17426290	19	2.2	19	83	8	50	64	4	4	26	1.33
17426211--17426336	66	2.0	63	82	7	155	59	2	3	34	1.26
17428117--17428165	20	2.5	20	78	15	57	10	26	6	57	1.55
17428416--17428557	50	2.8	50	82	4	169	20	28	22	28	1.98
17435799--17435841	21	2.0	21	90	0	68	18	20	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17449170--17449198	15	2.0	15	93	6	51	55	6	13	24	1.63
17449701--17449744	5	8.2	5	92	5	52	70	29	0	0	0.88
17449701--17449750	6	8.8	6	93	2	70	70	30	0	0	0.88
17455323--17455354	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
17455484--17455541	21	2.8	22	89	7	86	0	36	3	60	1.14
17455484--17455525	7	6.0	7	100	0	84	0	42	0	57	0.99
17471171--17471222	15	3.2	15	72	27	52	23	9	19	48	1.78
17480462--17480563	42	2.5	42	84	9	129	19	13	21	45	1.85
17483186--17483242	28	2.0	28	96	0	105	33	36	10	19	1.86
17486867--17486968	39	2.6	39	88	0	150	31	2	19	46	1.65
17489546--17489877	27	12.3	26	83	9	341	43	18	19	19	1.88
17489546--17489878	54	6.2	54	89	3	449	43	18	19	19	1.89
17489546--17489878	81	4.1	81	83	5	422	43	18	19	19	1.89
17517220--17517269	17	2.9	17	93	0	91	44	6	26	24	1.76
17521839--17521871	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
17527383--17527477	29	3.4	28	77	5	86	35	22	14	27	1.93
17534437--17534466	15	2.0	15	93	0	51	30	6	6	56	1.51
17536430--17536506	38	2.0	38	97	0	145	28	7	22	41	1.81
17542498--17542543	21	2.4	18	82	10	56	52	4	17	26	1.63
17542691--17542717	12	2.2	12	100	0	54	14	22	33	29	1.94
17544957--17545259	149	2.0	149	88	0	444	39	16	8	35	1.78
17546080--17546128	25	2.0	25	91	0	80	36	10	10	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17548967--17549038	27	2.7	25	75	14	72	76	0	4	19	0.95
17548981--17549014	12	2.6	14	81	18	54	73	0	5	20	1.04
17548986--17549026	12	3.5	12	81	15	50	75	0	4	19	0.98
17548975--17549038	16	3.6	17	75	20	60	78	0	3	18	0.89
17561289--17561344	24	2.3	24	90	0	94	23	21	16	39	1.92
17565700--17565805	25	4.3	25	77	9	92	34	20	18	25	1.96
17568839--17568893	25	2.2	26	90	3	85	32	20	9	38	1.84
17569043--17569079	6	6.5	6	81	12	51	16	27	0	56	1.40
17570843--17570946	55	1.9	55	97	0	199	33	18	12	35	1.88
17586490--17586926	27	16.3	27	81	7	435	41	17	19	21	1.90

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