genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14226194--14226227	14	2.6	13	86	13	52	52	0	2	44	1.16
14226259--14226311	23	2.3	23	90	0	88	54	7	11	26	1.62
14236301--14236430	43	3.0	43	73	16	108	30	30	17	22	1.97
14238422--14238552	43	3.1	42	82	2	145	28	25	18	28	1.98
14238493--14238660	43	3.9	44	80	5	173	27	32	15	24	1.95
14238507--14238683	43	4.1	43	73	12	123	26	30	15	27	1.96
14242362--14242397	18	1.9	19	88	5	56	19	2	8	69	1.27
14242784--14242903	7	17.0	7	73	14	59	35	43	0	21	1.53
14242784--14242853	21	3.3	21	81	2	86	31	48	0	20	1.50
14242784--14242853	14	4.9	14	83	1	86	31	48	0	20	1.50
14242845--14242923	21	3.7	21	72	11	63	37	37	0	24	1.56
14242876--14242917	14	2.9	14	89	6	66	35	38	0	26	1.57
14242872--14242918	15	3.3	15	88	8	71	40	34	0	25	1.56
14243302--14243494	41	4.7	40	86	7	271	27	33	19	19	1.96
14244112--14244235	43	2.9	43	77	13	130	29	30	19	20	1.97
14245106--14245134	14	2.1	14	100	0	58	27	6	0	65	1.18
14256287--14256362	31	2.4	31	77	6	80	47	10	0	42	1.38
14256949--14257055	45	2.5	43	82	11	125	32	2	29	34	1.72
14257232--14257280	16	3.3	15	79	17	50	51	4	0	44	1.20
14262724--14262756	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
14270340--14270486	73	2.0	73	100	0	294	37	23	12	27	1.90
14285365--14285395	5	6.2	5	100	0	62	19	41	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14285453--14285485	5	6.6	5	100	0	66	0	60	0	39	0.97
14286519--14286558	16	2.5	16	88	8	55	35	5	15	45	1.68
14289536--14289581	21	2.2	21	84	0	56	30	6	23	39	1.80
14291780--14291944	43	3.9	42	78	6	154	29	26	15	28	1.96
14294685--14294869	91	2.0	91	94	0	325	37	8	9	44	1.68
14295789--14295834	21	2.2	21	88	0	65	32	6	21	39	1.79
14296047--14296071	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14300123--14300175	21	2.4	22	75	18	56	54	0	7	37	1.29
14302189--14302279	32	2.8	32	98	0	173	26	3	18	51	1.61
14302145--14302281	59	2.2	60	79	8	143	28	3	16	51	1.62
14303535--14303572	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
14303658--14303701	20	2.3	19	88	7	70	52	11	6	29	1.63
14303823--14303881	24	2.5	24	91	0	100	23	0	16	59	1.37
14303861--14303897	15	2.5	15	86	0	56	13	0	29	56	1.37
14305579--14305619	19	2.2	19	91	8	66	26	9	12	51	1.70
14306670--14306727	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
14306914--14307091	50	3.5	50	88	0	257	26	24	30	18	1.98
14309804--14309841	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
14309824--14309863	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
14309811--14309874	34	1.9	33	87	9	94	35	9	15	39	1.80
14310038--14310073	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
14312154--14312178	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14314645--14314680	18	2.1	17	89	5	54	30	30	8	30	1.87
14317408--14317448	12	3.7	12	78	15	52	46	2	0	51	1.14
14323416--14323444	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
14324622--14324695	23	3.2	23	81	5	87	62	31	4	2	1.28
14324634--14324697	12	5.5	12	74	7	69	62	32	3	1	1.20
14325232--14325363	70	1.9	70	96	0	246	33	24	6	36	1.80
14329738--14329928	40	4.9	40	77	9	171	13	26	19	40	1.89
14329842--14329995	41	3.8	40	81	2	139	18	22	18	40	1.92
14331207--14331266	25	2.4	23	73	13	57	38	1	6	53	1.37
14332188--14332246	31	1.9	31	86	3	84	20	16	27	35	1.94
14334653--14334712	26	2.3	26	97	0	111	31	25	23	20	1.98
14338612--14338654	20	2.2	20	84	12	54	69	0	2	27	1.00
14346722--14346829	54	2.0	54	98	0	207	32	24	21	22	1.98
14354537--14354601	26	2.5	26	84	0	94	30	12	26	30	1.92
14364136--14364169	16	2.0	18	88	11	54	14	47	26	11	1.79
14364245--14364285	18	2.3	18	87	8	57	9	31	36	21	1.86
14366567--14366608	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
14380503--14380651	9	15.9	9	67	16	63	57	2	1	38	1.21
14380503--14380574	28	2.6	26	80	10	81	63	4	0	31	1.13
14380501--14380584	37	2.3	37	82	14	102	60	4	0	34	1.18
14384471--14384548	38	2.1	38	90	2	122	64	10	10	15	1.50
14387534--14387631	40	2.6	38	79	8	110	27	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14388494--14388564	22	3.2	22	77	15	83	1	22	2	73	1.05
14404310--14404437	30	4.3	30	86	0	175	37	7	12	42	1.72
14404310--14404482	90	1.9	91	87	1	258	34	8	15	42	1.76
14405395--14405466	36	2.0	36	100	0	144	19	13	30	36	1.91
14407164--14407196	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
14408229--14408253	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
14409518--14409556	21	1.9	20	84	5	51	12	10	5	71	1.28
14410060--14410098	19	2.1	19	85	0	51	41	5	15	38	1.69
14410145--14410206	29	2.2	29	85	2	81	32	4	14	48	1.65
14412427--14412465	19	2.1	19	85	9	53	33	0	7	58	1.26
14412551--14412606	19	2.8	19	73	7	58	35	0	1	62	1.06
14413704--14413754	21	2.4	21	77	9	59	19	23	25	31	1.98
14419614--14420258	44	14.5	44	69	7	234	27	24	18	29	1.98
14419633--14419808	89	2.0	89	87	0	253	27	23	18	30	1.97
14419544--14419957	222	1.9	221	91	0	684	28	24	16	30	1.97
14419722--14419964	133	1.8	133	82	0	315	27	25	16	30	1.97
14419751--14420150	177	2.3	177	94	0	703	28	24	17	29	1.97
14432168--14432205	2	18.5	2	94	5	67	50	2	0	47	1.15
14432496--14432538	4	10.8	4	94	0	77	76	2	0	20	0.89
14433975--14434018	19	2.3	19	88	0	70	43	9	13	34	1.76
14434077--14434115	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
14434338--14434386	3	16.3	3	91	8	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14434338--14434387	16	3.0	17	88	11	77	36	0	0	64	0.94
14455170--14455284	51	2.3	51	95	0	203	28	29	0	41	1.56
14455286--14455334	21	2.3	21	92	0	80	36	0	2	61	1.08
14457384--14457433	21	2.4	21	86	0	64	42	34	22	2	1.65
14457539--14457597	26	2.3	26	85	2	75	50	1	10	37	1.46
14457593--14457776	18	10.7	18	87	9	285	50	20	0	28	1.48
14457708--14457763	28	2.0	28	96	0	103	46	23	0	30	1.53
14457690--14457780	46	2.0	46	100	0	182	47	21	0	30	1.51
14457806--14457895	28	3.2	28	62	6	74	35	5	5	53	1.48
14457780--14457971	56	3.2	56	86	13	294	35	7	4	51	1.52
14457833--14457867	18	1.9	18	94	0	61	37	8	2	51	1.47
14457833--14458044	66	3.2	66	92	4	333	38	8	4	48	1.56
14457899--14457933	18	1.9	18	88	0	52	37	11	2	48	1.54
14457955--14457981	10	2.7	10	100	0	54	40	7	0	51	1.30
14458020--14458044	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
14459568--14459618	22	2.3	22	96	0	93	19	33	21	25	1.97
14461174--14461524	125	2.8	125	94	1	625	32	21	16	29	1.95
14461673--14461778	43	2.5	42	95	3	194	20	30	29	19	1.97
14462509--14462781	115	2.3	115	82	8	309	27	7	17	48	1.73
14464106--14464203	23	4.6	22	73	19	82	34	3	0	62	1.11
14464130--14464203	39	1.9	38	94	2	130	32	2	0	64	1.07
14469905--14469930	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14473389--14473421	14	2.4	14	85	14	50	24	12	36	27	1.91
14475575--14475603	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
14476805--14476881	31	2.9	25	69	22	66	23	15	10	50	1.74
14477309--14477502	31	6.4	31	67	22	94	44	11	19	25	1.83
14477427--14477481	28	2.0	28	85	0	74	49	7	20	23	1.74
14477309--14477502	91	2.1	90	81	6	214	44	11	19	25	1.83
14478806--14479068	49	5.4	49	90	3	404	24	1	12	61	1.41
14478739--14479041	147	2.1	148	77	10	318	27	2	12	57	1.49
14478849--14478977	16	7.9	15	65	20	55	25	2	10	61	1.41
14478806--14479075	147	1.8	147	91	1	452	24	2	12	60	1.44

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